Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6347
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6347, 266 aa
1>>>pF1KB6347 266 - 266 aa - 266 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7342+/-0.000903; mu= 12.4719+/- 0.054
mean_var=82.9713+/-17.204, 0's: 0 Z-trim(107.0): 69 B-trim: 2 in 1/50
Lambda= 0.140802
statistics sampled from 9240 (9314) to 9240 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16
Scan time: 2.070
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6 ( 266) 1607 336.1 1.5e-92
CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6 ( 266) 1541 322.7 1.6e-88
CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 269) 1104 234.0 8.6e-62
CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 264) 1100 233.2 1.5e-61
CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 ( 261) 1079 228.9 2.8e-60
CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 ( 258) 1041 221.2 5.9e-58
CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 ( 273) 947 202.1 3.5e-52
CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 ( 227) 896 191.7 3.9e-49
CCDS4760.1 DMB gene_id:3109|Hs108|chr6 ( 263) 286 67.8 8.8e-12
CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 341) 283 67.3 1.7e-11
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 271 64.8 7.2e-11
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 271 64.8 8.7e-11
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 271 64.8 9.2e-11
>>CCDS47409.1 DRB1 gene_id:3123|Hs108|chr6 (266 aa)
initn: 1607 init1: 1607 opt: 1607 Z-score: 1775.1 bits: 336.1 E(32554): 1.5e-92
Smith-Waterman score: 1607; 89.5% identity (95.5% similar) in 266 aa overlap (1-266:1-266)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSSLAALTVTLMVLSSRLAFAGDTRPRFLELLKSECHFFNGTERVRFLERYF
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CCDS47 MVCLKLPGGSCMTALTVTLMVLSSPLALSGDTRPRFLWQPKRECHFFNGTERVRFLDRYF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 HNQEEFVRFDSDVGEYRAVTELGRPVAESWNSQKDLLEQKRGQVDNYCRHNYGVVESFTV
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CCDS47 YNQEESVRFDSDVGEFRAVTELGRPDAEYWNSQKDILEQARAAVDTYCRHNYGVVESFTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVHPQVTVYPAKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKTGVVSTGLIHNG
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CCDS47 QRRVQPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFLNGQEEKAGMVSTGLIQNG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS47 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
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CCDS47 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
250 260
>>CCDS4751.1 DRB5 gene_id:3127|Hs108|chr6 (266 aa)
initn: 1562 init1: 1541 opt: 1541 Z-score: 1702.7 bits: 322.7 E(32554): 1.6e-88
Smith-Waterman score: 1541; 86.1% identity (95.1% similar) in 266 aa overlap (1-266:1-266)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSSLAALTVTLMVLSSRLAFAGDTRPRFLELLKSECHFFNGTERVRFLERYF
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CCDS47 MVCLKLPGGSYMAKLTVTLMVLSSPLALAGDTRPRFLQQDKYECHFFNGTERVRFLHRDI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 HNQEEFVRFDSDVGEYRAVTELGRPVAESWNSQKDLLEQKRGQVDNYCRHNYGVVESFTV
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CCDS47 YNQEEDLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDFLEDRRAAVDTYCRHNYGVGESFTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVHPQVTVYPAKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKTGVVSTGLIHNG
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CCDS47 QRRVEPKVTVYPARTQTLQHHNLLVCSVNGFYPGSIEVRWFRNSQEEKAGVVSTGLIQNG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS47 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
190 200 210 220 230 240
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
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CCDS47 FLGAGLFIYFKNQKGHSGLHPTGLVS
250 260
>>CCDS59006.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (269 aa)
initn: 1095 init1: 1075 opt: 1104 Z-score: 1222.9 bits: 234.0 E(32554): 8.6e-62
Smith-Waterman score: 1104; 62.6% identity (82.4% similar) in 262 aa overlap (4-265:7-268)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVCLKLPGGSSLAALTVTLMVLSSRLAFAGDTRPRFLELLKSECHFFNGTERVRFLE
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CCDS59 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 RYFHNQEEFVRFDSDVGEYRAVTELGRPVAESWNSQKDLLEQKRGQVDNYCRHNYGVVES
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CCDS59 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 FTVQRRVHPQVTVYPAKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKTGVVSTGLI
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CCDS59 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 HNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVL
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CCDS59 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
190 200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KB6 GLLFLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
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CCDS59 GLIFLGLGLIIRQRSQKGPQGPPPAGLLH
250 260
>>CCDS78128.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 (264 aa)
initn: 1065 init1: 804 opt: 1100 Z-score: 1218.6 bits: 233.2 E(32554): 1.5e-61
Smith-Waterman score: 1100; 62.6% identity (82.8% similar) in 262 aa overlap (4-265:3-263)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSSLAALTVTLMVLSSRLAFAGDTRPRFLELLKSECHFFNGTERVRFLERYF
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CCDS78 MALQIPGGFWAAAVTVMLVMLSTPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVARYI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 HNQEEFVRFDSDVGEYRAVTELGRPVAESWNSQKDLLEQKRGQVDNYCRHNYGVVESFTV
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CCDS78 YNREEYGRFDSDVGEFQAVTELGRSI-EDWNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELRTTL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVHPQVTVYPAKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKTGVVSTGLIHNG
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CCDS78 QRQVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLIRNG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS78 DWTFQILVMLEITPQRGDIYTCQVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGIGGFVLGLI
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
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CCDS78 FLGLGLIIRHRGQKGPRGPPPAGLLH
240 250 260
>>CCDS43451.1 DQB1 gene_id:3119|Hs108|chr6 (261 aa)
initn: 1079 init1: 1079 opt: 1079 Z-score: 1195.6 bits: 228.9 E(32554): 2.8e-60
Smith-Waterman score: 1079; 63.5% identity (82.9% similar) in 252 aa overlap (4-255:7-258)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MVCLKLPGGSSLAALTVTLMVLSSRLAFAGDTRPRFLELLKSECHFFNGTERVRFLE
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CCDS43 MSWKKALRIPGDLRVATVTLMLAMLSSLLAEGRDSPEDFVFQFKGMCYFTNGTERVRLVT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 RYFHNQEEFVRFDSDVGEYRAVTELGRPVAESWNSQKDLLEQKRGQVDNYCRHNYGVVES
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CCDS43 RYIYNREEYARFDSDVGVYRAVTPQGRPDAEYWNSQKEVLEGTRAELDTVCRHNYEVAFR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 FTVQRRVHPQVTVYPAKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKTGVVSTGLI
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CCDS43 GILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPGQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 HNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVL
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CCDS43 RNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVL
190 200 210 220 230 240
240 250 260
pF1KB6 GLLFLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
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CCDS43 GLIFLGLGLIIRQRSQKGLLH
250 260
>>CCDS4765.1 DPB1 gene_id:3115|Hs108|chr6 (258 aa)
initn: 1037 init1: 967 opt: 1041 Z-score: 1154.0 bits: 221.2 E(32554): 5.9e-58
Smith-Waterman score: 1041; 60.1% identity (82.9% similar) in 258 aa overlap (1-258:1-256)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSSLAALTVTLMVLSSRLAFAGDTRPRFLELLKSECHFFNGTERVRFLERYF
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CCDS47 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYLFQGRQECYAFNGTQR--FLERYI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 HNQEEFVRFDSDVGEYRAVTELGRPVAESWNSQKDLLEQKRGQVDNYCRHNYGVVESFTV
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CCDS47 YNREEFARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVHPQVTVYPAKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKTGVVSTGLIHNG
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CCDS47 QRRVQPRVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS47 DWTFQILVMLEMTPQQGDVYTCQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSARSKTLTGAGGFVLGLI
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
. :.:.:.. :..: . :
CCDS47 ICGVGIFMHRRSKKVQRGSA
240 250
>>CCDS4754.1 DOB gene_id:3112|Hs108|chr6 (273 aa)
initn: 903 init1: 882 opt: 947 Z-score: 1050.4 bits: 202.1 E(32554): 3.5e-52
Smith-Waterman score: 947; 55.2% identity (80.2% similar) in 252 aa overlap (12-263:9-260)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSSLAALTVTLMVLSSRLAFAGDTRPRFLELLKSECHFFNGTERVRFLERYF
..:: :.: :.: .. . :. :. :..:.: ::::.:.:. :..
CCDS47 MGSGWVPWVVALLVNLTRLDSSMTQGTDSPEDFVIQAKADCYFTNGTEKVQFVVRFI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 HNQEEFVRFDSDVGEYRAVTELGRPVAESWNSQKDLLEQKRGQVDNYCRHNYGVVESFTV
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CCDS47 FNLEEYVRFDSDVGMFVALTKLGQPDAEQWNSRLDLLERSRQAVDGVCRHNYRLGAPFTV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVHPQVTVYPAKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKTGVVSTGLIHNG
:.:.:.::::: .: :..:::: :::.:::::.:...:: :::::..::.::: :.::
CCDS47 GRKVQPEVTVYPERTPLLHQHNLLHCSVTGFYPGDIKIKWFLNGQEERAGVMSTGPIRNG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
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CCDS47 DWTFQTVVMLEMTPELGHVYTCLVDHSSLLSPVSVEWRAQSEYSWRKMLSGIAAFLLGLI
180 190 200 210 220 230
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
:: .:. : .: :::. : .:
CCDS47 FLLVGIVIQLRAQKGYVRTQMSGNEVSRAVLLPQSC
240 250 260 270
>>CCDS56419.1 DQB2 gene_id:3120|Hs108|chr6 (227 aa)
initn: 880 init1: 619 opt: 896 Z-score: 995.6 bits: 191.7 E(32554): 3.9e-49
Smith-Waterman score: 896; 60.8% identity (82.0% similar) in 217 aa overlap (4-220:3-218)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MVCLKLPGGSSLAALTVTLMVLSSRLAFAGDTRPRFLELLKSECHFFNGTERVRFLERYF
:..::: ::.:: :..::. .: : : :: .:. :.: ::::::: . ::.
CCDS56 MALQIPGGFWAAAVTVMLVMLSTPVAEARDFPKDFLVQFKGMCYFTNGTERVRGVARYI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 HNQEEFVRFDSDVGEYRAVTELGRPVAESWNSQKDLLEQKRGQVDNYCRHNYGVVESFTV
.:.::. ::::::::..::::::: . :.::. ::.:::.:. ::. ::::: . :.
CCDS56 YNREEYGRFDSDVGEFQAVTELGRSI-EDWNNYKDFLEQERAAVDKVCRHNYEAELRTTL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRRVHPQVTVYPAKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKTGVVSTGLIHNG
::.:.: ::. :..:. :.:::::::::. :::..:.:::::: ::: .:::::.::.::
CCDS56 QRQVEPTVTISPSRTEALNHHNLLVCSVTDFYPAQIKVRWFRNDQEETAGVVSTSLIRNG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKMLSGVGGFVLGLL
::::: ::::: .:. :..:::::::::. ::.::::: :
CCDS56 DWTFQILVMLEITPQRGDIYTCQVEHPSLQSPITVEWRPRGPPPAGLLH
180 190 200 210 220
250 260
pF1KB6 FLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
>>CCDS4760.1 DMB gene_id:3109|Hs108|chr6 (263 aa)
initn: 243 init1: 147 opt: 286 Z-score: 325.0 bits: 67.8 E(32554): 8.8e-12
Smith-Waterman score: 286; 32.3% identity (59.4% similar) in 192 aa overlap (75-261:65-250)
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 HFFNGTERVRFLERYFHNQEEFVRFDSDVGEYRAVTELGRPVAESWNSQKDLLEQK-RGQ
:. ... :. ... : ::: : :. :.
CCDS47 GTPKDFTYCISFNKDLLTCWDPEENKMAPCEFGVLNSLANVLSQHLN-QKDTLMQRLRNG
40 50 60 70 80 90
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 VDNYCRHNYGVVESFTVQRRVHPQVTVYPAKTQPLQHHN--LLVCSVSGFYPGSIEVRWF
..: :. :.: . : :.: : ::: :.. .. .:.: : ::::. . . :
CCDS47 LQNCATHTQPFWGSLTNRTR-PPSVQV--AKTTPFNTREPVMLACYVWGFYPAEVTITWR
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210
pF1KB6 RNGQ--EEKTGVVSTGLIHNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRA
.::. .... .:. :::::.::: : .: :..::: ::: .. :. .:
CCDS47 KNGKLVMPHSSAHKTAQ-PNGDWTYQTLSHLALTPSYGDTYTCVVEHTGAPEPILRDWTP
160 170 180 190 200
220 230 240 250 260
pF1KB6 RSESAQSKMLSGVGGFVLGLLFLGAGLFIYFRNQKGHSGLQPTGFLS
:. .: :.. .::: .. .: . . :::. :
CCDS47 GLSPMQTLKVS-VSAVTLGLGLIIFSLGVISWRRAGHSSYTPLPGSNYSEGWHIS
210 220 230 240 250 260
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