Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6281
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6281, 798 aa
1>>>pF1KB6281 798 - 798 aa - 798 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3587+/-0.000989; mu= 3.1542+/- 0.060
mean_var=235.5271+/-47.944, 0's: 0 Z-trim(112.4): 51 B-trim: 824 in 1/51
Lambda= 0.083571
statistics sampled from 13158 (13199) to 13158 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.405), width: 16
Scan time: 3.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3429.1 PPARGC1A gene_id:10891|Hs108|chr4 ( 798) 5401 664.7 1.7e-190
CCDS7529.1 PPRC1 gene_id:23082|Hs108|chr10 (1664) 685 96.3 4.4e-19
CCDS73186.1 PPRC1 gene_id:23082|Hs108|chr10 (1400) 627 89.3 4.9e-17
>>CCDS3429.1 PPARGC1A gene_id:10891|Hs108|chr4 (798 aa)
initn: 5401 init1: 5401 opt: 5401 Z-score: 3533.5 bits: 664.7 E(32554): 1.7e-190
Smith-Waterman score: 5401; 100.0% identity (100.0% similar) in 798 aa overlap (1-798:1-798)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAWDMCNQDSESVWSDIECAALVGEDQPLCPDLPELDLSELDVNDLDTDSFLGGLKWCSD
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CCDS34 MAWDMCNQDSESVWSDIECAALVGEDQPLCPDLPELDLSELDVNDLDTDSFLGGLKWCSD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QSEIISNQYNNEPSNIFEKIDEENEANLLAVLTETLDSLPVDEDGLPSFDALTDGDVTTD
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CCDS34 QSEIISNQYNNEPSNIFEKIDEENEANLLAVLTETLDSLPVDEDGLPSFDALTDGDVTTD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 NEASPSSMPDGTPPPQEAEEPSLLKKLLLAPANTQLSYNECSGLSTQNHANHNHRIRTNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NEASPSSMPDGTPPPQEAEEPSLLKKLLLAPANTQLSYNECSGLSTQNHANHNHRIRTNP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 AIVKTENSWSNKAKSICQQQKPQRRPCSELLKYLTTNDDPPHTKPTENRNSSRDKCTSKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AIVKTENSWSNKAKSICQQQKPQRRPCSELLKYLTTNDDPPHTKPTENRNSSRDKCTSKK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 KSHTQSQSQHLQAKPTTLSLPLTPESPNDPKGSPFENKTIERTLSVELSGTAGLTPPTTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KSHTQSQSQHLQAKPTTLSLPLTPESPNDPKGSPFENKTIERTLSVELSGTAGLTPPTTP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 PHKANQDNPFRASPKLKSSCKTVVPPPSKKPRYSESSGTQGNNSTKKGPEQSELYAQLSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PHKANQDNPFRASPKLKSSCKTVVPPPSKKPRYSESSGTQGNNSTKKGPEQSELYAQLSK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 SSVLTGGHEERKTKRPSLRLFGDHDYCQSINSKTEILINISQELQDSRQLENKDVSSDWQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SSVLTGGHEERKTKRPSLRLFGDHDYCQSINSKTEILINISQELQDSRQLENKDVSSDWQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 GQICSSTDSDQCYLRETLEASKQVSPCSTRKQLQDQEIRAELNKHFGHPSQAVFDDEADK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GQICSSTDSDQCYLRETLEASKQVSPCSTRKQLQDQEIRAELNKHFGHPSQAVFDDEADK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 TGELRDSDFSNEQFSKLPMFINSGLAMDGLFDDSEDESDKLSYPWDGTQSYSLFNVSPSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TGELRDSDFSNEQFSKLPMFINSGLAMDGLFDDSEDESDKLSYPWDGTQSYSLFNVSPSC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 SSFNSPCRDSVSPPKSLFSQRPQRMRSRSRSFSRHRSCSRSPYSRSRSRSPGSRSSSRSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SSFNSPCRDSVSPPKSLFSQRPQRMRSRSRSFSRHRSCSRSPYSRSRSRSPGSRSSSRSC
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 YYYESSHYRHRTHRNSPLYVRSRSRSPYSRRPRYDSYEEYQHERLKREEYRREYEKRESE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YYYESSHYRHRTHRNSPLYVRSRSRSPYSRRPRYDSYEEYQHERLKREEYRREYEKRESE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 RAKQRERQRQKAIEERRVIYVGKIRPDTTRTELRDRFEVFGEIEECTVNLRDDGDSYGFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RAKQRERQRQKAIEERRVIYVGKIRPDTTRTELRDRFEVFGEIEECTVNLRDDGDSYGFI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 TYRYTCDAFAALENGYTLRRSNETDFELYFCGRKQFFKSNYADLDSNSDDFDPASTKSKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TYRYTCDAFAALENGYTLRRSNETDFELYFCGRKQFFKSNYADLDSNSDDFDPASTKSKY
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB6 DSLDFDSLLKEAQRSLRR
::::::::::::::::::
CCDS34 DSLDFDSLLKEAQRSLRR
790
>>CCDS7529.1 PPRC1 gene_id:23082|Hs108|chr10 (1664 aa)
initn: 794 init1: 589 opt: 685 Z-score: 456.1 bits: 96.3 E(32554): 4.4e-19
Smith-Waterman score: 787; 29.8% identity (53.8% similar) in 699 aa overlap (124-798:1047-1664)
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 ETLDSLPVDEDGLPSFDALTDGDVTTDNEASPSSMPDGT---PPPQEAEEPSLLKKLLLA
.:.. : . : : . .. :. .
CCDS75 ESRGTPAGPPENVLPLSMAPPLSLGLPGHGAPQTEPTKVEVKPVPASPHPKHKVSALVQS
1020 1030 1040 1050 1060 1070
160 170 180 190 200
pF1KB6 PANTQLSYNECSGLSTQNHAN-------HNHRIRTNPAIVKTENSWSNKAKSICQQQKPQ
: :. :..... :. .. : : .: . :. . . ... . :
CCDS75 PQMKALACVSAEGVTVEEPASERLKPETQETRPREKPPLPATKAVPTPRQSTV--PKLPA
1080 1090 1100 1110 1120 1130
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 RRPCS-ELLKYLTTNDDPPHTKPTENRNSSRDKCTSKKKSHTQSQSQHLQAKPTTLSLPL
.: . :..: : :.:. .:. .. . . . : .: .... . . :
CCDS75 VHPARLRKLSFLPT----PRTQGSEDVVQAFISEIGIEASDLSSLLEQFEKSEAKKECP-
1140 1150 1160 1170 1180
270 280 290 300 310
pF1KB6 TPESPNDP-----KGS---PFENKTIERTLSVELSGTAGLTPPTTPPHKANQDNPFRASP
: .: : .:. : :.. ..: . ::...::::::.::::. . :. :
CCDS75 -PPAPADSLAVGNSGGVDIPQEKRPLDRLQAPELANVAGLTPPATPPHQLWK--PLAAVS
1190 1200 1210 1220 1230 1240
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 KLKSSCKTVVPPPSKKPRYSESSGTQGNNSTKKGPEQSELYAQLSKSSVLTGGHEERKTK
: .. :.:. . . :: ... .. . . . : : : ...
CCDS75 LLAKA---------KSPKSTAQEGTLKPEGVTEAKHPAAVRLQ-------EGVHGPSRVH
1250 1260 1270 1280 1290
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 RPSLRLFGDHDYCQSINSKTEILINISQELQDSRQLENKDVSSDWQGQICSSTD-SDQCY
: :::::: . :.: ... : .:.: :. . : . .
CCDS75 VGS----GDHDYC--VRSRTP-----PKKMP---ALVIPEVGSRWN--VKRHQDITIKPV
1300 1310 1320 1330
440 450 460 470 480 490
pF1KB6 LRETLEASKQVSPC--STRKQLQDQEIRAELNKHFGHPSQAVFDDEADKTGELRDSDFSN
: .: . :: ..:. : :.. .: . :: . . . : : :
CCDS75 L--SLGPAAPPPPCIAASREPL-DHRTSSEQ----ADPSAPCLAPSSLLSPEA--SPCRN
1340 1350 1360 1370 1380
500 510 520 530 540 550
pF1KB6 EQFSKLPMFINSGLAMDGLFDDSEDESDKLSYPWDGTQSYSLFNVSPSCSSFNSPCRDSV
.. .. : .. . . .. : :.: .. . .:: : :. .: .:
CCDS75 DMNTRTPPEPSAKQRSMRCYRKACRSASPSSQGWQGRRGRNSRSVS-SGSNRTSEASSSS
1390 1400 1410 1420 1430 1440
560 570 580 590 600 610
pF1KB6 SPPKSLFSQRPQRMRSRSRSFSRHRSCSRSPYSRSRSRSPGSRSSSRSCYYYESSHYRHR
: .: ::::::.: :..: : : .: . :: : ::
CCDS75 SSSSS-------SSRSRSRSLS-------PPHKRWRRSSCSSSGRSRRCSSSSSSSSSSS
1450 1460 1470 1480 1490
620 630 640 650 660
pF1KB6 THRNSPLYVRSRSRSPYSRRPRYDSYEEYQHERLKREEYRREYEKRESERAKQRER--QR
. .: ::::::: :: : . ::.: . .:. ::.: :.
CCDS75 SSSSSSSSSRSRSRSPSPRR---------------RSDRRRRYSSYRSHDHYQRQRVLQK
1500 1510 1520 1530
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 QKAIEERRVIYVGKIRPDTTRTELRDRFEVFGEIEECTVNLRDDGDSYGFITYRYTCDAF
..:::::::...::: ::.::..:: :::::::::...: .::.:::.::::. .::
CCDS75 ERAIEERRVVFIGKIPGRMTRSELKQRFSVFGEIEECTIHFRVQGDNYGFVTYRYAEEAF
1540 1550 1560 1570 1580 1590
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 AALENGYTLRRSNETDFELYFCGRKQFFKSNYADLDSNSDDFDPASTKSKYDSLDFDSLL
::.:.:. ::...: :.: : ::.:: : .:.::::: .::::: .:::.::::::.::
CCDS75 AAIESGHKLRQADEQPFDLCFGGRRQFCKRSYSDLDSNREDFDPAPVKSKFDSLDFDTLL
1600 1610 1620 1630 1640 1650
790
pF1KB6 KEAQRSLRR
:.::..:::
CCDS75 KQAQKNLRR
1660
>>CCDS73186.1 PPRC1 gene_id:23082|Hs108|chr10 (1400 aa)
initn: 694 init1: 589 opt: 627 Z-score: 419.4 bits: 89.3 E(32554): 4.9e-17
Smith-Waterman score: 666; 31.5% identity (54.7% similar) in 565 aa overlap (254-798:898-1400)
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 KPTENRNSSRDKCTSKKKSHTQSQSQHLQAKPTTLSLPLTPESPNDP--KGSPFENKTIE
.: .: : . : : :: . .:. .
CCDS73 AVPTPPSMSAALPFPAGGLGMPPSLPPPPLQPPSLPLSMGPVLP-DPFTHYAPLPSWPCY
870 880 890 900 910 920
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 RTLSVELSGTAGLTPPTTPPHKANQDNPFRASPKLKSSCKTV-VPPPSKKPRYSESSGTQ
.: :: : :: : : .. . . . : .:.. .:::. :: :. :
CCDS73 PHVSP--SGYPCLPPPPTVPLVSGTPGAYAVPP----TCSVPWAPPPAPVSPYS-STCTY
930 940 950 960 970
350 360 370 380 390
pF1KB6 GNNSTKKGPEQSELYAQLSKSSVLTGGHEERKTKRPSLRLFGDH----DYCQSINSKTEI
: . ::... ... . : . : . .:... : . .. .
CCDS73 GPLGWGPGPQHAPFWSTVPPPP-LPPASIGRAVPQPKMESRGTPAGPPENVLPLSMAPPL
980 990 1000 1010 1020 1030
400 410 420 430 440
pF1KB6 LINI---SQELQDSRQLENKDV--SSDWQGQICSSTDSDQ-----CYLRETLEASKQVSP
... . . ..: : : : . .. . ..: : : : . . . :
CCDS73 SLGLPGHGAPQTEPTKVEVKPVPASPHPKHKVSALVQSPQMKALACVSAEGVTVEE---P
1040 1050 1060 1070 1080 1090
450 460 470 480 490 500
pF1KB6 CSTRKQLQDQEIRAELNKHFGHPSQAV---FDDEADKTGELRDSDFSNEQFSKLPMFINS
: : . . :: : . .: ..:: .. . : .. . . . .: : .:
CCDS73 ASERLKPETQETRPR-EKPPLPATKAVPTPRQSTVPKLPAVHPARLRKLSFLPTPRTQGS
1100 1110 1120 1130 1140 1150
510 520 530 540 550 560
pF1KB6 GLAMDGLFDDSEDESDKLSYPWDGTQSYSLFNVSPSCSSFNSPCRDSVSPPKSLFSQRPQ
........ :.. :: ::.. .:.. . :: . :
CCDS73 EDVVQAFISEIGIEASDLS---------SLLE------QFEKSEAKKECPPPA-----PA
1160 1170 1180 1190
570 580 590 600 610 620
pF1KB6 RMRSRSRSFSRHRSCSRSPYSRSRSRSPGSRSSSRSCYYYESSHYRHRTHRNSPLYVRSR
. . : : ::: : :: : : .: ::: : :: : :.. :: : :
CCDS73 DSLAVGNSGS---SCSSSGRSR-RCSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSRSRSRSPSP---RRR
1200 1210 1220 1230 1240
630 640 650 660 670 680
pF1KB6 SRSPYSRRPRYDSYEEYQHERLKREEYRREYEKRESERAKQRERQRQKAIEERRVIYVGK
: .:: ::.::. ..: :.: :: :...:::::::...::
CCDS73 S----DRRRRYSSYRSHDH-------YQR-----------QRVLQKERAIEERRVVFIGK
1250 1260 1270 1280
690 700 710 720 730 740
pF1KB6 IRPDTTRTELRDRFEVFGEIEECTVNLRDDGDSYGFITYRYTCDAFAALENGYTLRRSNE
: ::.::..:: :::::::::...: .::.:::.::::. .::::.:.:. ::...:
CCDS73 IPGRMTRSELKQRFSVFGEIEECTIHFRVQGDNYGFVTYRYAEEAFAAIESGHKLRQADE
1290 1300 1310 1320 1330 1340
750 760 770 780 790
pF1KB6 TDFELYFCGRKQFFKSNYADLDSNSDDFDPASTKSKYDSLDFDSLLKEAQRSLRR
:.: : ::.:: : .:.::::: .::::: .:::.::::::.:::.::..:::
CCDS73 QPFDLCFGGRRQFCKRSYSDLDSNREDFDPAPVKSKFDSLDFDTLLKQAQKNLRR
1350 1360 1370 1380 1390 1400
798 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 17:32:04 2016 done: Sun Nov 6 17:32:04 2016
Total Scan time: 3.900 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]