Result of FASTA (omim) for
pF1KB6264
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6264, 769 aa
1>>>pF1KB6264 769 - 769 aa - 769 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3800+/-0.000933; mu= 24.8020+/- 0.059
mean_var=395.2214+/-82.723, 0's: 0 Z-trim(108.6): 2094 B-trim: 147 in 2/51
Lambda= 0.064514
statistics sampled from 14331 (16702) to 14331 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.475), E-opt: 0.2 (0.196), width: 16
Scan time: 10.620
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 743) 2913 287.8 1.1e-76
NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 745) 2850 282.0 6.5e-75
NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 864) 2757 273.4 2.8e-72
NP_001159353 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 947) 2757 273.5 2.8e-72
NP_003406 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 i ( 947) 2757 273.5 2.8e-72
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 2607 259.7 4.8e-68
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 2607 259.7 4.8e-68
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 2607 259.7 4.8e-68
XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 2607 259.7 4.9e-68
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 2607 259.7 4.9e-68
NP_001287880 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 (1159) 2607 259.8 4.9e-68
NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 2607 259.8 4.9e-68
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 2517 251.5 1.7e-65
NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 2506 249.9 2.8e-65
NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 2506 249.9 2.8e-65
NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 2506 249.9 2.8e-65
NP_001311074 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 2506 249.9 2.8e-65
NP_001311081 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 2506 249.9 2.8e-65
NP_001311070 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 2506 249.9 2.8e-65
NP_001311073 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 2506 250.0 2.9e-65
XP_016885306 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 779) 2506 250.0 2.9e-65
NP_001311076 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 2506 250.0 2.9e-65
NP_009061 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 2506 250.0 2.9e-65
NP_700359 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 2506 250.0 2.9e-65
NP_001311079 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 2506 250.0 2.9e-65
NP_001311069 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 2506 250.0 2.9e-65
NP_001311071 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 2506 250.0 2.9e-65
NP_001311077 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 2506 250.0 2.9e-65
NP_001311082 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 2506 250.0 2.9e-65
XP_016885305 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 2506 250.0 2.9e-65
XP_006724618 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 2506 250.0 2.9e-65
NP_001311080 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 2506 250.0 2.9e-65
XP_016885303 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2506 250.0 2.9e-65
XP_006724613 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2506 250.0 2.9e-65
XP_016885300 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2506 250.0 2.9e-65
XP_016885302 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2506 250.0 2.9e-65
XP_016885304 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2506 250.0 2.9e-65
NP_001311083 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 813) 2506 250.0 2.9e-65
XP_016885299 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2506 250.0 2.9e-65
XP_016885301 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 2506 250.0 2.9e-65
NP_001311084 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 821) 2506 250.0 2.9e-65
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 2489 248.8 9.9e-65
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2467 246.4 3.6e-64
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2467 246.4 3.6e-64
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2467 246.4 3.6e-64
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2467 246.4 3.6e-64
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 2467 246.4 3.6e-64
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2467 246.4 3.6e-64
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2467 246.4 3.6e-64
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2467 246.4 3.6e-64
>>NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 iso (743 aa)
initn: 2470 init1: 2470 opt: 2913 Z-score: 1497.6 bits: 287.8 E(85289): 1.1e-76
Smith-Waterman score: 2913; 56.6% identity (77.4% similar) in 749 aa overlap (1-747:1-740)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MPANWTSPQKSSALAPEDHGSSYEGSVSFRDVAIDFSREEWRHLDPSQRNLYRDVMLETY
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NP_001 MAANGDSPPWSPALAAEGRGSSCEASVSFEDVTVDFSKEEWQHLDPAQRRLYWDVTLENY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB6 SHLLSVGYQVPEAEVVM-LEQGKEPWALQGERPRQSCPGEKLW-DHNQCRKILSYKQVSS
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NP_001 SHLLSVGYQIPKSEAAFKLEQGEGPWMLEGEAPHQSC-SEELWQDNDQLEQRQENQNNLL
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 QPQKMYPGEKAYECAKFEKIFTQKSQLKVHLKVLAGEKLYVCIECGKAFVQKPEFIIHQK
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NP_001 SHVKVLIKERGYEHKNIEKIIHVTTKLVPSIK-----RLHNCDTILKHTLNSHN---HNR
120 130 140 150 160 170
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pF1KB6 THMREKPFKCNECGKSFFQVSSLFRHQRIHTGEKLYECSQCGKGFSYNSDLSIHEKIHTG
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NP_001 NSATKNLGKIFGNGNNFPHSPSSTKNENAKTGANSCEHDHYEKHLSHKQAPTHHQKIHPE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 ERHHECTDCGKAFTQKSTLKMHQKIHTGERSYICIECGQAFIQKTHLIAHRRIHTGEKPY
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NP_001 EKLYVCTECVMGFTQKSHLFEHQRIHAGEKSRECDKSNKVFPQKPQVDVHPSVYTGEKPY
240 250 260 270 280 290
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pF1KB6 ECSNCGKSFISKSQLQVHQRVHTRVKPYICTEYGKVFSNNSNLVTHKKVQSREKSSICTE
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NP_001 LCTQCGKVFTLKSNLITHQKIHTGQKPYKCSECGKAFFQRSDLFRHLRIHTGEKPYECSE
300 310 320 330 340 350
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pF1KB6 CGKAFTYRSELIIHQRIHTGEKPYECSDCGKAFTQKSALTVHQRIHTGEKSYICMKCGLA
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NP_001 CGKGFSQNSDLSIHQKTHTGEKHYECNECGKAFTRKSALRMHQRIHTGEKPYVCADCGKA
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pF1KB6 FIQKAHLIAHQIIHTGEKPHKCGHCGKLFTSKSQLHVHKRIHTGEKPYMCNKCGKAFTNR
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NP_001 FIQKSHFNTHQRIHTGEKPYECSDCGKSFTKKSQLHVHQRIHTGEKPYICTECGKVFTHR
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pF1KB6 SNLITHQKTHTGEKSYICSKCGKAFTQRSDLITHQRIHTGEKPYECNTCGKAFTQKSHLN
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NP_001 TNLTTHQKTHTGEKPYMCAECGKAFTDQSNLIKHQKTHTGEKPYKCNGCGKAFIWKSRLK
480 490 500 510 520 530
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pF1KB6 IHQKIHTGERQYECHECGKAFNQKSILIVHQKIHTGEKPYVCTECGRAFIRKSNFITHQR
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NP_001 IHQKSHIGERHYECKDCGKAFIQKSTLSVHQRIHTGEKPYVCPECGKAFIQKSHFIAHHR
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pF1KB6 IHTGEKPYECSDCGKSFTSKSQLLVHQPVHTGEKPYVCAECGKAFSGRSNLSKHQKTHTG
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NP_001 IHTGEKPYECSDCGKCFTKKSQLRVHQKIHTGEKPNICAECGKAFTDRSNLITHQKIHTR
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pF1KB6 EKPYICSECGKTFRQKSELITHHRIHTGEKPYECSDCGKSFTKKSQLQVHQRIHTGEKPY
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NP_001 EKPYECGDCGKTFTWKSRLNIHQKSHTGERHYECSKCGKAFIQKATLSMHQIIHTGKKPY
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pF1KB6 VCAECGKAFTDRSNLNKHQTTHTGDKPYKCGICGKGFVQKSVFSVHQSSHA
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NP_001 ACTECQKAFTDRSNLIKHQKMHSGEKRYKASD
720 730 740
>>NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 iso (745 aa)
initn: 2470 init1: 2470 opt: 2850 Z-score: 1465.9 bits: 282.0 E(85289): 6.5e-75
Smith-Waterman score: 2850; 56.5% identity (77.9% similar) in 728 aa overlap (22-747:24-742)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MPANWTSPQKSSALAPEDHGSSYEGSVSFRDVAIDFSREEWRHLDPSQRNLYRDVMLE
: ..::::.::..:::.:::.::::.:: :: :: ::
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pF1KB6 TYSHLLSVGYQVPEAEVVM-LEQGKEPWALQGERPRQSCPGEKLW-DHNQCRKILSYKQV
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NP_001 NYSHLLSVGYQIPKSEAAFKLEQGEGPWMLEGEAPHQSC-SEELWQDNDQLEQRQENQNN
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pF1KB6 SSQPQKMYPGEKAYECAKFEKIFTQKSQLKVHLKVLAGEKLYVCIECGKAFVQKPEFIIH
. :. :..:: ..:::. ..: .: .:. : : ... . :
NP_001 LLSHVKVLIKERGYEHKNIEKIIHVTTKLVPSIK-----RLHNCDTILKHTLNSHN---H
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pF1KB6 QKTHMREKPFKCNECGKSFFQVSSLFRHQRIHTGEKLYECSQCGKGFSYNSDLSIHEKIH
... .. : :..: . : ... .:: . : .. : .:... . :.:::
NP_001 NRNSATKNLGKIFGNGNNFPHSPSSTKNENAKTGANSCEHDHYEKHLSHKQAPTHHQKIH
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pF1KB6 TGERHHECTDCGKAFTQKSTLKMHQKIHTGERSYICIECGQAFIQKTHLIAHRRIHTGEK
:. . ::.: .::::: : ::.::.::.: : . ...: :: .. .: ..::::
NP_001 PEEKLYVCTECVMGFTQKSHLFEHQRIHAGEKSRECDKSNKVFPQKPQVDVHPSVYTGEK
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pF1KB6 PYECSNCGKSFISKSQLQVHQRVHTRVKPYICTEYGKVFSNNSNLVTHKKVQSREKSSIC
:: :..::: : ::.: .::..:: ::: :.: ::.: . :.: : .... :: :
NP_001 PYLCTQCGKVFTLKSNLITHQKIHTGQKPYKCSECGKAFFQRSDLFRHLRIHTGEKPYEC
300 310 320 330 340 350
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pF1KB6 TECGKAFTYRSELIIHQRIHTGEKPYECSDCGKAFTQKSALTVHQRIHTGEKSYICMKCG
.::::.:. :.: :::. ::::: :::..::::::.:::: .::::::::: :.: ::
NP_001 SECGKGFSQNSDLSIHQKTHTGEKHYECNECGKAFTRKSALRMHQRIHTGEKPYVCADCG
360 370 380 390 400 410
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pF1KB6 LAFIQKAHLIAHQIIHTGEKPHKCGHCGKLFTSKSQLHVHKRIHTGEKPYMCNKCGKAFT
:::::.:. .:: :::::::..:. ::: ::.:::::::.:::::::::.:..:::.::
NP_001 KAFIQKSHFNTHQRIHTGEKPYECSDCGKSFTKKSQLHVHQRIHTGEKPYICTECGKVFT
420 430 440 450 460 470
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pF1KB6 NRSNLITHQKTHTGEKSYICSKCGKAFTQRSDLITHQRIHTGEKPYECNTCGKAFTQKSH
.:.:: :::::::::: :.:..::::::..:.:: ::. :::::::.:: ::::: ::.
NP_001 HRTNLTTHQKTHTGEKPYMCAECGKAFTDQSNLIKHQKTHTGEKPYKCNGCGKAFIWKSR
480 490 500 510 520 530
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pF1KB6 LNIHQKIHTGERQYECHECGKAFNQKSILIVHQKIHTGEKPYVCTECGRAFIRKSNFITH
:.:::: : :::.:::..::::: ::: : :::.:::::::::: :::.:::.::.::.:
NP_001 LKIHQKSHIGERHYECKDCGKAFIQKSTLSVHQRIHTGEKPYVCPECGKAFIQKSHFIAH
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KB6 QRIHTGEKPYECSDCGKSFTSKSQLLVHQPVHTGEKPYVCAECGKAFSGRSNLSKHQKTH
.:::::::::::::::: ::.:::: ::: .:::::: .::::::::. :::: ::: :
NP_001 HRIHTGEKPYECSDCGKCFTKKSQLRVHQKIHTGEKPNICAECGKAFTDRSNLITHQKIH
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KB6 TGEKPYICSECGKTFRQKSELITHHRIHTGEKPYECSDCGKSFTKKSQLQVHQRIHTGEK
: :::: :..::::: ::.: :.. ::::. :::: :::.: .:. :..:: ::::.:
NP_001 TREKPYECGDCGKTFTWKSRLNIHQKSHTGERHYECSKCGKAFIQKATLSMHQIIHTGKK
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760
pF1KB6 PYVCAECGKAFTDRSNLNKHQTTHTGDKPYKCGICGKGFVQKSVFSVHQSSHA
::.:.:: ::::::::: ::: :.:.: ::
NP_001 PYACTECQKAFTDRSNLIKHQKMHSGEKRYKASD
720 730 740
>>NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 is (864 aa)
initn: 10528 init1: 2746 opt: 2757 Z-score: 1418.7 bits: 273.4 E(85289): 2.8e-72
Smith-Waterman score: 2757; 52.2% identity (75.8% similar) in 735 aa overlap (34-768:130-859)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 NWTSPQKSSALAPEDHGSSYEGSVSFRDVAIDFSREEWRHLDPSQRNLYRDVMLETYSHL
:::. . :. .:. ... .... .
NP_001 TFGKLCLLSTKYLSRQKPHKCGTHGKSLKYIDFTSDYARN-NPNGFQVHGKSFFHSKHEQ
100 110 120 130 140 150
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LSVGYQVPEAEVVMLEQGKEPWALQGERPRQSCPGEKLWDHNQCRKILSYKQVSSQPQKM
.: . :. .:.:: . .: ::: . . :.: .: :. :.
NP_001 TVIGIKYCES----IESGKTVNKKSQLMCQQMYMGEKPFGCSCCEKAFSSKSYLLVHQQT
160 170 180 190 200 210
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 YPGEKAYECAKFEKIFTQKSQLKVHLKVLAGEKLYVCIECGKAFVQKPEFIIHQKTHMRE
. :: : : . : :..:: : :: .. .::::. : :: :.: . ...:::. : :
NP_001 HAEEKPYGCNECGKDFSSKSYLIVHQRIHTGEKLHECSECRKTFSFHSQLVIHQRIHTGE
220 230 240 250 260 270
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 KPFKCNECGKSFFQVSSLFRHQRIHTGEKLYECSQCGKGFSYNSDLSIHEKIHTGERHHE
.:..: :::: : . ..: ::. :.:.: : :..:::.:. .:.: :::.:::::. .:
NP_001 NPYECCECGKVFSRKDQLVSHQKTHSGQKPYVCNECGKAFGLKSQLIIHERIHTGEKPYE
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pF1KB6 CTDCGKAFTQKSTLKMHQKIHTGERSYICIECGQAFIQKTHLIAHRRIHTGEKPYECSNC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]