FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6217, 728 aa
1>>>pF1KB6217 728 - 728 aa - 728 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2776+/-0.000868; mu= 8.6366+/- 0.053
mean_var=190.2909+/-37.960, 0's: 0 Z-trim(114.3): 18 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.092975
statistics sampled from 14870 (14888) to 14870 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.776), E-opt: 0.2 (0.457), width: 16
Scan time: 4.490
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS53739.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 ( 692) 4813 658.1 1.3e-188
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CCDS5914.1 ASIC3 gene_id:9311|Hs108|chr7 ( 543) 411 67.5 6e-11
>>CCDS53738.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 (728 aa)
initn: 5094 init1: 5094 opt: 5094 Z-score: 3703.0 bits: 695.8 E(32554): 6.1e-200
Smith-Waterman score: 5094; 99.9% identity (100.0% similar) in 728 aa overlap (1-728:1-728)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MGMARGSLTRVPGVMGEGTQGPELSLDPDPCSPQSTPGLMKGNKLEEQDPRPLQPIPGLM
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 EGNKLEEQDSSPPQSTPGLMKGNKREEQGLGPEPAAPQQPTAEEEALIEFHRSYRELFEF
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130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 FCNNTTIHGAIRLVCSQHNRMKTAFWAVLWLCTFGMMYWQFGLLFGEYFSYPVSLNINLN
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SDKLVFPAVTICTLNPYRYPEIKEELEELDRITEQTLFDLYKYSSFTTLVAGSRSRRDLR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GTLPHPLQRLRVPPPPHGARRARSVASSLRDNNPQVDWKDWKIGFQLCNQNKSDCFYQTY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SSGVDAVREWYRFHYINILSRLPETLPSLEEDTLGNFIFACRFNQVSCNQANYSHFHHPM
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 YGNCYTFNDKNNSNLWMSSMPGINNGLSLMLRAEQNDFIPLLSTVTGARVMVHGQDEPAF
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430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MDDGGFNLRPGVETSISMRKETLDRLGGDYGDCTKNGSDVPVENLYPSKYTQQVCIHSCF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QESMIKECGCAYIFYPRPQNVEYCDYRKHSSWGYCYYKLQVDFSSDHLGCFTKCRKPCSV
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pF1KB6 TSYQLSAGYSRWPSVTSQEWVFQMLSRQNNYTVNNKRNGVAKVNIFFKELNYKTNSESPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TSYQLSAGYSRWPSVTSQEWVFQMLSRQNNYTVNNKRNGVAKVNIFFKELNYKTNSESPS
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pF1KB6 VTMVTLLSNLGSQWSLWFGSSVLSVVEMAELVFDLLVIMFLMLLRRFRSRYWSPGRGGRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 VTMVTLLSNLGSQWSLWFGSSVLSVVEMAELVFDLLVIMFLMLLRRFRSRYWSPGRGGRG
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670 680 690 700 710 720
pF1KB6 AQEVASTLASSPPSHFCPHPMSLSLSQPGPAPSPALTAPPPAYATLGPRPSPGGSAGASS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 AQEVASTLASSPPSHFCPHPMSLSLSQPGPAPSPALTAPPPAYATLGPRPSPGGSAGASS
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 SACPLGGP
:.::::::
CCDS53 STCPLGGP
>>CCDS53739.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 (692 aa)
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Smith-Waterman score: 4813; 99.7% identity (100.0% similar) in 689 aa overlap (40-728:4-692)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 RVPGVMGEGTQGPELSLDPDPCSPQSTPGLMKGNKLEEQDPRPLQPIPGLMEGNKLEEQD
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MSSIKGNKLEEQDPRPLQPIPGLMEGNKLEEQD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SSPPQSTPGLMKGNKREEQGLGPEPAAPQQPTAEEEALIEFHRSYRELFEFFCNNTTIHG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 AIRLVCSQHNRMKTAFWAVLWLCTFGMMYWQFGLLFGEYFSYPVSLNINLNSDKLVFPAV
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190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TICTLNPYRYPEIKEELEELDRITEQTLFDLYKYSSFTTLVAGSRSRRDLRGTLPHPLQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TICTLNPYRYPEIKEELEELDRITEQTLFDLYKYSSFTTLVAGSRSRRDLRGTLPHPLQR
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250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LRVPPPPHGARRARSVASSLRDNNPQVDWKDWKIGFQLCNQNKSDCFYQTYSSGVDAVRE
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 WYRFHYINILSRLPETLPSLEEDTLGNFIFACRFNQVSCNQANYSHFHHPMYGNCYTFND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 WYRFHYINILSRLPETLPSLEEDTLGNFIFACRFNQVSCNQANYSHFHHPMYGNCYTFND
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KNNSNLWMSSMPGINNGLSLMLRAEQNDFIPLLSTVTGARVMVHGQDEPAFMDDGGFNLR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PGVETSISMRKETLDRLGGDYGDCTKNGSDVPVENLYPSKYTQQVCIHSCFQESMIKECG
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pF1KB6 CAYIFYPRPQNVEYCDYRKHSSWGYCYYKLQVDFSSDHLGCFTKCRKPCSVTSYQLSAGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 CAYIFYPRPQNVEYCDYRKHSSWGYCYYKLQVDFSSDHLGCFTKCRKPCSVTSYQLSAGY
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550 560 570 580 590 600
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SRWPSVTSQEWVFQMLSRQNNYTVNNKRNGVAKVNIFFKELNYKTNSESPSVTMVTLLSN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LGSQWSLWFGSSVLSVVEMAELVFDLLVIMFLMLLRRFRSRYWSPGRGGRGAQEVASTLA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS53 SSPPSHFCPHPMSLSLSQPGPAPSPALTAPPPAYATLGPRPSPGGSAGASSSTCPLGGP
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>>CCDS8543.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 (669 aa)
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Smith-Waterman score: 4675; 99.9% identity (100.0% similar) in 669 aa overlap (60-728:1-669)
30 40 50 60 70 80
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::::::::::::::::::::::::::::::
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90 100 110 120 130 140
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 LGPEPAAPQQPTAEEEALIEFHRSYRELFEFFCNNTTIHGAIRLVCSQHNRMKTAFWAVL
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 WLCTFGMMYWQFGLLFGEYFSYPVSLNINLNSDKLVFPAVTICTLNPYRYPEIKEELEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 WLCTFGMMYWQFGLLFGEYFSYPVSLNINLNSDKLVFPAVTICTLNPYRYPEIKEELEEL
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210 220 230 240 250 260
pF1KB6 DRITEQTLFDLYKYSSFTTLVAGSRSRRDLRGTLPHPLQRLRVPPPPHGARRARSVASSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 DRITEQTLFDLYKYSSFTTLVAGSRSRRDLRGTLPHPLQRLRVPPPPHGARRARSVASSL
160 170 180 190 200 210
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pF1KB6 RDNNPQVDWKDWKIGFQLCNQNKSDCFYQTYSSGVDAVREWYRFHYINILSRLPETLPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 RDNNPQVDWKDWKIGFQLCNQNKSDCFYQTYSSGVDAVREWYRFHYINILSRLPETLPSL
220 230 240 250 260 270
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pF1KB6 EEDTLGNFIFACRFNQVSCNQANYSHFHHPMYGNCYTFNDKNNSNLWMSSMPGINNGLSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 EEDTLGNFIFACRFNQVSCNQANYSHFHHPMYGNCYTFNDKNNSNLWMSSMPGINNGLSL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 MLRAEQNDFIPLLSTVTGARVMVHGQDEPAFMDDGGFNLRPGVETSISMRKETLDRLGGD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 YGDCTKNGSDVPVENLYPSKYTQQVCIHSCFQESMIKECGCAYIFYPRPQNVEYCDYRKH
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pF1KB6 SSWGYCYYKLQVDFSSDHLGCFTKCRKPCSVTSYQLSAGYSRWPSVTSQEWVFQMLSRQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 SSWGYCYYKLQVDFSSDHLGCFTKCRKPCSVTSYQLSAGYSRWPSVTSQEWVFQMLSRQN
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pF1KB6 NYTVNNKRNGVAKVNIFFKELNYKTNSESPSVTMVTLLSNLGSQWSLWFGSSVLSVVEMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 NYTVNNKRNGVAKVNIFFKELNYKTNSESPSVTMVTLLSNLGSQWSLWFGSSVLSVVEMA
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pF1KB6 ELVFDLLVIMFLMLLRRFRSRYWSPGRGGRGAQEVASTLASSPPSHFCPHPMSLSLSQPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 ELVFDLLVIMFLMLLRRFRSRYWSPGRGGRGAQEVASTLASSPPSHFCPHPMSLSLSQPG
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::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS85 PAPSPALTAPPPAYATLGPRPSPGGSAGASSSTCPLGGP
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>>CCDS10609.1 SCNN1B gene_id:6338|Hs108|chr16 (640 aa)
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Smith-Waterman score: 1230; 32.4% identity (65.8% similar) in 620 aa overlap (113-710:21-627)
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 NKREEQGLGPEPAAPQQPTAEEEALIEFHRSYRELFEFFCNNTTIHGAIRLVCSQHNRMK
.:.::. ..:.::. :: :..: . :
CCDS10 MHVKKYLLKGLHRLQKGPGYTYKELLVWYCDNTNTHGPKRIICEGPK--K
10 20 30 40
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pF1KB6 TAFWAVLWLCTFGMMYWQFGLLFGEYFSYPVSLNINLNSDKLVFPAVTICTLNPYRYPEI
:.: .: : ... ::.:... :.:. ::...... . :::::::. .:..: .:
CCDS10 KAMWFLLTLLFAALVCWQWGIFIRTYLSWEVSVSLSVGFKTMDFPAVTICNASPFKYSKI
50 60 70 80 90 100
210 220 230 240 250
pF1KB6 KEELEELDRITEQTLFDLYKYSSFTTLVAGSRSRRDLRGTL----PHPLQRLRVPPPPH-
:. :..::.. : .: . .. .. . . :.: .. : : : : :
CCDS10 KHLLKDLDELMEAVLERI-----LAPELSHANATRNLNFSIWNHTPLVLIDERNPHHPMV
110 120 130 140 150 160
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 ----GARRARSVASSLRDNNPQVDWKDWKIGFQLCNQNKSDCFYQTYSSGVDAVREWYRF
: . ..:: .. . . :....::. :...: .....:...:. ::: .
CCDS10 LDLFGDNHNGLTSSSASEK--ICNAHGCKMAMRLCSLNRTQCTFRNFTSATQALTEWYIL
170 180 190 200 210 220
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 HYINILSRLPETLPSLEEDTLGN-FIFACRFNQVSCNQANYSHFHHPMYGNCYTFNDKNN
. ::....:. .: . :. .:.:: :. :: :.. . .: ::::: :: .
CCDS10 QATNIFAQVPQQ-ELVEMSYPGEQMILACLFGAEPCNYRNFTSIFYPHYGNCYIFNWGMT
230 240 250 260 270 280
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 SNLWMSSMPGINNGLSLMLRAEQNDFIPLLSTVTGARVMVHGQDEPAFMDDGGFNLRPGV
. :. :: . ::.:.: :.:..:.:....:.:.:.: : :. : :. :.
CCDS10 EKALPSANPGTEFGLKLILDIGQEDYVPFLASTAGVRLMLHEQRSYPFIRDEGIYAMSGT
290 300 310 320 330 340
440 450 460 470 480
pF1KB6 ETSISMRKETLDRLGGDYGDCTKNGSDVPVENLYP---SKYTQQVCIHSCFQESMIKECG
::::.. . :.:.: :. :: :::.:::.:.: . :. :.:..::::. ::..:.
CCDS10 ETSIGVLVDKLQRMGEPYSPCTVNGSEVPVQNFYSDYNTTYSIQACLRSCFQDHMIRNCN
350 360 370 380 390 400
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 CAYIFYPRPQNVEYCDYRKHSSWGYCYYKLQVDFSSDHLGCFTKCRKPCSVTSYQLSAGY
:.. .:: :.. .::. : .:..:: ::.. .. . :. :.. :. :.:... ..
CCDS10 CGHYLYPLPRGEKYCNNRDFPDWAHCYSDLQMSVAQRET-CIGMCKESCNDTQYKMTISM
410 420 430 440 450
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 SRWPSVTSQEWVFQMLSRQNNYTVNN--KRNGVAKVNIFFKELNYKTNSESPSVTMVTLL
. ::: .:..:.:..::.. . ..: .:.:..:.::.:.:.::.: :: . ..: ::
CCDS10 ADWPSEASEDWIFHVLSQERDQSTNITLSRKGIVKLNIYFQEFNYRTIEESAANNIVWLL
460 470 480 490 500 510
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 SNLGSQWSLWFGSSVLSVVEMAELVFDLL---VIMFLMLLRRFRSRYWSPGRGGRGAQEV
::::.:...:.:.::: ..:..:...:.. .: .. : . .:.: . . .: :
CCDS10 SNLGGQFGFWMGGSVLCLIEFGEIIIDFVWITIIKLVALAKSLRQRRAQASYAG-PPPTV
520 530 540 550 560 570
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 ASTLASSPPSHFCPHPMSLSLSQPGPAPS----PALTAPPPAYATLGPRPSPGGSAGASS
: . . : : : . :: :: : .::: : .: .:
CCDS10 AELVEAHTNFGFQPDTAPRS-PNTGPYPSEQALPIPGTPPPNYDSLRLQPLDVIESDSEG
580 590 600 610 620 630
pF1KB6 SACPLGGP
CCDS10 DAI
640
>>CCDS44037.2 SCNN1D gene_id:6339|Hs108|chr1 (802 aa)
initn: 1521 init1: 675 opt: 1196 Z-score: 876.7 bits: 173.0 E(32554): 1.6e-42
Smith-Waterman score: 1590; 36.4% identity (65.9% similar) in 701 aa overlap (26-710:130-796)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGMARGSLTRVPGVMGEGTQGPELSLDPDPCSPQSTPGLMK---GNKLEEQDPRP
: :. : .. : : :. : ..: :
CCDS44 AFLSRTSPVAAASFQSRQEARGSILLQSCQLPPQWLSTEAWTGEWKQPHGGALTSRSPGP
100 110 120 130 140 150
60 70 80 90 100
pF1KB6 LQPI-PGLMEGNKLEEQDSSPPQSTPGLMKGNKREEQGLGP-EPAAPQQPTAE--EEALI
. : : ..: . : : . . .:. . : :.:: : : .:.:.
CCDS44 VAPQRPCHLKG-----WQHRPTQHNAACKQGQAAAQTPPRPGPPSAPPPPPKEGHQEGLV
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CCDS59 VSSEPRPDILDMPSLHVAFPSSPQIKS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]