Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6119
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6119, 623 aa
1>>>pF1KB6119 623 - 623 aa - 623 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6718+/-0.00117; mu= 17.4497+/- 0.071
mean_var=290.9237+/-58.779, 0's: 0 Z-trim(111.9): 91 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.075194
statistics sampled from 12631 (12713) to 12631 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.712), E-opt: 0.2 (0.391), width: 16
Scan time: 3.960
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5005.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 ( 623) 4267 477.1 3e-134
CCDS55041.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 ( 562) 3734 419.2 7.3e-117
CCDS232.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 633) 3551 399.4 7.3e-111
CCDS44085.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 636) 3294 371.6 1.8e-102
CCDS75491.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 ( 464) 3108 351.2 1.8e-96
CCDS60020.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 535) 3084 348.7 1.2e-95
CCDS72726.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 494) 2710 308.0 1.9e-83
CCDS72727.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 595) 2711 308.3 1.9e-83
CCDS43223.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 ( 593) 1161 140.1 8e-33
CCDS3460.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 ( 524) 1150 138.8 1.7e-32
CCDS7242.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 594) 1143 138.2 3.1e-32
CCDS7241.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 586) 1139 137.7 4.1e-32
CCDS64086.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 ( 470) 1116 135.1 2.1e-31
CCDS64085.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 ( 485) 1116 135.1 2.1e-31
CCDS3790.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 ( 533) 1116 135.2 2.2e-31
CCDS73133.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 602) 1087 132.1 2.1e-30
CCDS7243.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 594) 1083 131.7 2.8e-30
>>CCDS5005.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 (623 aa)
initn: 4267 init1: 4267 opt: 4267 Z-score: 2523.6 bits: 477.1 E(32554): 3e-134
Smith-Waterman score: 4267; 100.0% identity (100.0% similar) in 623 aa overlap (1-623:1-623)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MATEHVNGNGTEEPMDTTSAVIHSENFQTLLDAGLPQKVAEKLDEIYVAGLVAHSDLDER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 MATEHVNGNGTEEPMDTTSAVIHSENFQTLLDAGLPQKVAEKLDEIYVAGLVAHSDLDER
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 AIEALKEFNEDGALAVLQQFKDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADSSKGPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 AIEALKEFNEDGALAVLQQFKDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADSSKGPD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFEDELVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 EAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFEDELVP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LFEKAGPIWDLRLMMDPLTGLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIGVCISV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 LFEKAGPIWDLRLMMDPLTGLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIGVCISV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 ANNRLFVGSIPKSKTKEQILEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKTAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 ANNRLFVGSIPKSKTKEQILEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKTAA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 QARRRLMSGKVKVWGNVGTVEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILEKAFSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 QARRRLMSGKVKVWGNVGTVEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILEKAFSQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 FGKLERVKKLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKERKAQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 FGKLERVKKLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKERKAQR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 QAAKNQMYDDYYYYGPPHMPPPTRGRGRGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDYYGYDYHNYRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 QAAKNQMYDDYYYYGPPHMPPPTRGRGRGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDYYGYDYHNYRGG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 YEDPYYGYEDFQVGARGRGGRGARGAAPSRGRGAAPPRGRAGYSQRGGPGSARGVRGARG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 YEDPYYGYEDFQVGARGRGGRGARGAAPSRGRGAAPPRGRAGYSQRGGPGSARGVRGARG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 GAQQQRGRGVRGARGGRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQNWGSQPIAQQPLQGGDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS50 GAQQQRGRGVRGARGGRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQNWGSQPIAQQPLQGGDH
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB6 SGNYGYKSENQEFYQDTFGQQWK
:::::::::::::::::::::::
CCDS50 SGNYGYKSENQEFYQDTFGQQWK
610 620
>>CCDS55041.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 (562 aa)
initn: 3730 init1: 3730 opt: 3734 Z-score: 2211.5 bits: 419.2 E(32554): 7.3e-117
Smith-Waterman score: 3734; 98.9% identity (99.6% similar) in 557 aa overlap (1-556:1-557)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MATEHVNGNGTEEPMDTTSAVIHSENFQTLLDAGLPQKVAEKLDEIYVAGLVAHSDLDER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MATEHVNGNGTEEPMDTTSAVIHSENFQTLLDAGLPQKVAEKLDEIYVAGLVAHSDLDER
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 AIEALKEFNEDGALAVLQQFKDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADSSKGPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AIEALKEFNEDGALAVLQQFKDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADSSKGPD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 EAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFEDELVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFEDELVP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LFEKAGPIWDLRLMMDPLTGLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIGVCISV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LFEKAGPIWDLRLMMDPLTGLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIGVCISV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 ANNRLFVGSIPKSKTKEQILEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKTAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ANNRLFVGSIPKSKTKEQILEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKTAA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 QARRRLMSGKVKVWGNVGTVEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILEKAFSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QARRRLMSGKVKVWGNVGTVEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILEKAFSQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 FGKLERVKKLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKERKAQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 FGKLERVKKLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKERKAQR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 QAAKNQMYDDYYYYGPPHMPPPTRGRGRGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDYYGYDYHNYRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QAAKNQMYDDYYYYGPPHMPPPTRGRGRGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDYYGYDYHNYRGG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 YEDPYYGYEDFQVGARGRGGRGARGAAPSRGRGAAPPRGRAGYSQRGGPGSARGVRGARG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YEDPYYGYEDFQVGARGRGGRGARGAAPSRGRGAAPPRGRAGYSQRGGPGSARGVRGARG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KB6 GAQQQRGRGV-RGARGGRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQNWGSQPIAQQPLQGGD
::::::::: .:...:
CCDS55 GAQQQRGRGQGKGVEAGPDLLQ
550 560
>>CCDS232.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 (633 aa)
initn: 2899 init1: 2505 opt: 3551 Z-score: 2103.8 bits: 399.4 E(32554): 7.3e-111
Smith-Waterman score: 3551; 82.1% identity (93.6% similar) in 636 aa overlap (1-623:1-633)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATEHVNGNGT-----EEPMDTTSAVIHSENFQTLLDAGLPQKVAEKLDEIYVAGLVAHS
::.. ::::.. ::::::.: : :.:...::..:::::::::.::::. .::::.
CCDS23 MANQ-VNGNAVQLKEEEEPMDTSS-VTHTEHYKTLIEAGLPQKVAERLDEIFQTGLVAYV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 DLDERAIEALKEFNEDGALAVLQQFKDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADS
:::::::.::.::::.:::.::::::.:::::::::::::::::::::::::::.:: .:
CCDS23 DLDERAIDALREFNEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQES
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SKGPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFE
.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::..:::.:::::::::.:
CCDS23 TKGPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 DELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLTGLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIG
:::::::::::::::::::::::.: ::::::.::: :::::::::: ...::: :::.:
CCDS23 DELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 VCISVANNRLFVGSIPKSKTKEQILEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYED
:::::::::::::::::.::::.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS23 VCISVANNRLFVGSIPKNKTKENILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYED
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 HKTAAQARRRLMSGKVKVWGNVGTVEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILE
::.::::::::::::::::::: :::::::.:.::::::::::::::::::.::::::::
CCDS23 HKSAAQARRRLMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 KAFSQFGKLERVKKLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKE
:.::.:::::::::::::::.::..: .:::::.:::::..:::.::::.:::::.::::
CCDS23 KSFSEFGKLERVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 RKAQRQAAKNQMYDDYYYYGPPHMPPPTRGRGRGG-RGGYGYPPDYYGYEDYYD-YYGYD
:.: :::... :.::::. ::.:::: ::::::: :::::::::::::::::: :::::
CCDS23 RQAARQASRSTAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYD
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 YHNYRGGYEDPYYGYED-FQVGARGRGGRGARGAAPS-RGRGAAPPRGRAGYSQRGGP-G
::.::::::::::::.: . : .:: ::::.::: : ::::: ::::::::::::.: :
CCDS23 YHDYRGGYEDPYYGYDDGYAVRGRG-GGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLG
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580
pF1KB6 SARGVRGARGG-AQQQRGRGVRGARGGRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQ-NWGSQ
:: ::.::: :::::::: ::.::.::::::::::::::::::::::::::: :::::
CCDS23 PPRGSRGGRGGPAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQ
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620
pF1KB6 PIAQQPLQ-GGDHSGNYGYKSENQEFYQDTFGQQWK
:::::::: :::.::::::...::::::::.:::::
CCDS23 PIAQQPLQQGGDYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
600 610 620 630
>>CCDS44085.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 (636 aa)
initn: 1864 init1: 1428 opt: 3294 Z-score: 1953.1 bits: 371.6 E(32554): 1.8e-102
Smith-Waterman score: 3535; 81.7% identity (93.1% similar) in 639 aa overlap (1-623:1-636)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATEHVNGNGT-----EEPMDTTSAVIHSENFQTLLDAGLPQKVAEKLDEIYVAGLVAHS
::.. ::::.. ::::::.: : :.:...::..:::::::::.::::. .::::.
CCDS44 MANQ-VNGNAVQLKEEEEPMDTSS-VTHTEHYKTLIEAGLPQKVAERLDEIFQTGLVAYV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 DLDERAIEALKEFNEDGALAVLQQFKDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADS
:::::::.::.::::.:::.::::::.:::::::::::::::::::::::::::.:: .:
CCDS44 DLDERAIDALREFNEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQES
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SKGPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFE
.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::..:::.:::::::::.:
CCDS44 TKGPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 DELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLTGLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIG
:::::::::::::::::::::::.: ::::::.::: :::::::::: ...::: :::.:
CCDS44 DELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 VCISVANNRLFVGSIPKSKTKEQILEEFSKVT---EGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLE
:::::::::::::::::.::::.::::::::: :::.:::::::::::::::::::::
CCDS44 VCISVANNRLFVGSIPKNKTKENILEEFSKVTGLTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 YEDHKTAAQARRRLMSGKVKVWGNVGTVEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEE
:::::.::::::::::::::::::: :::::::.:.::::::::::::::::::.:::::
CCDS44 YEDHKSAAQARRRLMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 ILEKAFSQFGKLERVKKLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQK
::::.::.:::::::::::::::.::..: .:::::.:::::..:::.::::.:::::.:
CCDS44 ILEKSFSEFGKLERVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 RKERKAQRQAAKNQMYDDYYYYGPPHMPPPTRGRGRGG-RGGYGYPPDYYGYEDYYD-YY
::::.: :::... :.::::. ::.:::: ::::::: :::::::::::::::::: ::
CCDS44 RKERQAARQASRSTAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYY
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KB6 GYDYHNYRGGYEDPYYGYED-FQVGARGRGGRGARGAAPS-RGRGAAPPRGRAGYSQRGG
:::::.::::::::::::.: . : .:: ::::.::: : ::::: ::::::::::::.
CCDS44 GYDYHDYRGGYEDPYYGYDDGYAVRGRG-GGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGA
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 P-GSARGVRGARGG-AQQQRGRGVRGARGGRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQ-NW
: : :: ::.::: :::::::: ::.::.::::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS44 PLGPPRGSRGGRGGPAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNW
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620
pF1KB6 GSQPIAQQPLQ-GGDHSGNYGYKSENQEFYQDTFGQQWK
::::::::::: :::.::::::...::::::::.:::::
CCDS44 GSQPIAQQPLQQGGDYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
600 610 620 630
>>CCDS75491.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 (464 aa)
initn: 3104 init1: 3104 opt: 3108 Z-score: 1845.3 bits: 351.2 E(32554): 1.8e-96
Smith-Waterman score: 3108; 98.7% identity (99.6% similar) in 459 aa overlap (99-556:1-459)
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 NEDGALAVLQQFKDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADSSKGPDEAKIKALL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MKTYRQREKQGTKVADSSKGPDEAKIKALL
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 ERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFEDELVPLFEKAGPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFEDELVPLFEKAGPI
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 WDLRLMMDPLTGLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIGVCISVANNRLFVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 WDLRLMMDPLTGLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIGVCISVANNRLFVG
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250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SIPKSKTKEQILEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKTAAQARRRLMS
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GKVKVWGNVGTVEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILEKAFSQFGKLERVK
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370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKERKAQRQAAKNQMY
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430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DDYYYYGPPHMPPPTRGRGRGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDYYGYDYHNYRGGYEDPYYGY
340 350 360 370 380 390
490 500 510 520 530 540
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EDFQVGARGRGGRGARGAAPSRGRGAAPPRGRAGYSQRGGPGSARGVRGARGGAQQQRGR
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550 560 570 580 590 600
pF1KB6 GV-RGARGGRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQNWGSQPIAQQPLQGGDHSGNYGYK
: .:...:
CCDS75 GQGKGVEAGPDLLQ
460
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:::::::::::.:: .:.::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::: ::..:::.:::::::::.::::::::::::::
CCDS60 ERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDELVPLFEKAGPI
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::::::::::.: ::::::.::: :::::::::: ...::: :::.::::::::::::::
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::::.::::.::::::::: :::.::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS60 SIPKNKTKENILEEFSKVTGLTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKSAAQARRR
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310 320 330 340 350 360
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:::::::::::: :::::::.:.::::::::::::::::::.:::::::::.::.:::::
CCDS60 LMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKSFSEFGKLE
220 230 240 250 260 270
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pF1KB6 RVKKLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKERKAQRQAAKN
::::::::::.::..: .:::::.:::::..:::.::::.:::::.:::::.: :::...
CCDS60 RVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQAARQASRS
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:.::::. ::.:::: ::::::: :::::::::::::::::: :::::::.:::::::
CCDS60 TAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYDYHDYRGGYED
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:::::.: . : .:: ::::.::: : ::::: ::::::::::::.: : :: ::.::
CCDS60 PYYGYDDGYAVRGRG-GGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPRGSRGGRG
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: :::::::: ::.::.::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::: :
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::.::::::...::::::::.:::::
CCDS60 GDYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
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pF1KB6 NEDGALAVLQQFKDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADSSKGPDEAKIKALL
:::::::::::.:: .:.:::::::::
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10 20
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pF1KB6 ERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFEDELVPLFEKAGPI
.:::::::::.::::::::::::::
CCDS72 -----------------------------------VFVGKIPRDLYEDELVPLFEKAGPI
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::.: ::::::.::: :::::::::: ...::: :::.::::::::::::::
CCDS72 WDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVCISVANNRLFVG
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pF1KB6 SIPKSKTKEQILEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKTAAQARRRLMS
::::.::::.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS72 SIPKNKTKENILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKSAAQARRRLMS
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310 320 330 340 350 360
pF1KB6 GKVKVWGNVGTVEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILEKAFSQFGKLERVK
::::::::: :::::::.:.::::::::::::::::::.:::::::::.::.::::::::
CCDS72 GKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKSFSEFGKLERVK
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pF1KB6 KLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKERKAQRQAAKNQMY
:::::::.::..: .:::::.:::::..:::.::::.:::::.:::::.: :::... :
CCDS72 KLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQAARQASRSTAY
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pF1KB6 DDYYYYGPPHMPPPTRGRGRGG-RGGYGYPPDYYGYEDYYD-YYGYDYHNYRGGYEDPYY
.::::. ::.:::: ::::::: :::::::::::::::::: :::::::.::::::::::
CCDS72 EDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYDYHDYRGGYEDPYY
300 310 320 330 340 350
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pF1KB6 GYED-FQVGARGRGGRGARGAAPS-RGRGAAPPRGRAGYSQRGGP-GSARGVRGARGG-A
::.: . : .:: ::::.::: : ::::: ::::::::::::.: : :: ::.::: :
CCDS72 GYDDGYAVRGRG-GGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPRGSRGGRGGPA
360 370 380 390 400 410
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pF1KB6 QQQRGRGVRGARGGRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQ-NWGSQPIAQQPLQ-GGDH
::::::: ::.::.::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::: :::.
CCDS72 QQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIAQQPLQQGGDY
420 430 440 450 460 470
610 620
pF1KB6 SGNYGYKSENQEFYQDTFGQQWK
::::::...::::::::.:::::
CCDS72 SGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
480 490
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10 20 30 40 50
pF1KB6 MATEHVNGNGT-----EEPMDTTSAVIHSENFQTLLDAGLPQKVAEKLDEIYVAGLVAHS
::.. ::::.. ::::::.: : :.:...::..:::::::::.::::. .::::.
CCDS72 MANQ-VNGNAVQLKEEEEPMDTSS-VTHTEHYKTLIEAGLPQKVAERLDEIFQTGLVAYV
10 20 30 40 50
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pF1KB6 DLDERAIEALKEFNEDGALAVLQQFKDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADS
:::::::.::.::::.:::.::::::.:::::::::::::::::::::::::::.:: .:
CCDS72 DLDERAIDALREFNEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQES
60 70 80 90 100 110
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pF1KB6 SKGPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFE
.::::::::: .:::::::::.:
CCDS72 TKGPDEAKIK--------------------------------------VFVGKIPRDLYE
120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 DELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLTGLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIG
:::::::::::::::::::::::.: ::::::.::: :::::::::: ...::: :::.:
CCDS72 DELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLG
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 VCISVANNRLFVGSIPKSKTKEQILEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYED
:::::::::::::::::.::::.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS72 VCISVANNRLFVGSIPKNKTKENILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYED
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 HKTAAQARRRLMSGKVKVWGNVGTVEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILE
::.::::::::::::::::::: :::::::.:.::::::::::::::::::.::::::::
CCDS72 HKSAAQARRRLMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILE
270 280 290 300 310 320
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pF1KB6 KAFSQFGKLERVKKLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKE
:.::.:::::::::::::::.::..: .:::::.:::::..:::.::::.:::::.::::
CCDS72 KSFSEFGKLERVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKE
330 340 350 360 370 380
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pF1KB6 RKAQRQAAKNQMYDDYYYYGPPHMPPPTRGRGRGG-RGGYGYPPDYYGYEDYYD-YYGYD
:.: :::... :.::::. ::.:::: ::::::: :::::::::::::::::: :::::
CCDS72 RQAARQASRSTAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYD
390 400 410 420 430 440
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pF1KB6 YHNYRGGYEDPYYGYED-FQVGARGRGGRGARGAAPS-RGRGAAPPRGRAGYSQRGGP-G
::.::::::::::::.: . : .:: ::::.::: : ::::: ::::::::::::.: :
CCDS72 YHDYRGGYEDPYYGYDDGYAVRGRG-GGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLG
450 460 470 480 490
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pF1KB6 SARGVRGARGG-AQQQRGRGVRGARGGRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQ-NWGSQ
:: ::.::: :::::::: ::.::.::::::::::::::::::::::::::: :::::
CCDS72 PPRGSRGGRGGPAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQ
500 510 520 530 540 550
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pF1KB6 PIAQQPLQ-GGDHSGNYGYKSENQEFYQDTFGQQWK
:::::::: :::.::::::...::::::::.:::::
CCDS72 PIAQQPLQQGGDYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
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>>CCDS43223.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 (593 aa)
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pF1KB6 KDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADSSKG-PDEAKIKALLERTGYTLDVTT
:: .. : :.:: . ::.:::::.. .
CCDS43 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQEN
10 20 30 40 50
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 GQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFEDELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLT
:::::::::: . : .:. : :.::::::::..::::::.:: .: :..:::::: .
CCDS43 GQRKYGGPPPG--WEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMD-FD
60 70 80 90 100
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 GLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIGVCISVANNRLFVGSIPKSKTKEQI
: ::::::: .: :. :..::. ::.::: :. .::: :: : :::.:.::: : .:.:
CCDS43 GKNRGYAFVMYCHKHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEI
110 120 130 140 150 160
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pF1KB6 LEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKTAAQARRRLMSGKVKVWGNVGT
:::..:::::. :::.: . :: ::::: :.:::.:..::.:::.:: :....::. .
CCDS43 LEEIAKVTEGVLDVIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIA
170 180 190 200 210 220
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pF1KB6 VEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILEKAFSQF--GKLERVKKLKDYAFIH
:.::.: : : .:: ::.:.:::: .::. ..:.:.:: : .:::::..::::.:
CCDS43 VDWAEPEIDVDEDVMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVH
230 240 250 260 270 280
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pF1KB6 FDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKERKAQRQAAKNQMYDDYYYYGPP
: :. ::.::...:: .::: .:...::: : ::. .. : :
CCDS43 FTSREDAVHAMNNLNGTELEGSCLEVTLAKPVD---KEQYSRYQKA--------------
290 300 310 320 330
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pF1KB6 HMPPPTRGRGRGGRGGYGYPPDYYGYEDYYD--YYGYDYHNYRGGYEDPYYGYEDFQVGA
.:: :: . . :.: : : :::: :. : .: :. ..:.
CCDS43 -------ARG-GGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYPYNALIGPNRD-YF----VKAGS
340 350 360 370
500 510 520 530 540 550
pF1KB6 -RGRGGRGARGAAPSRGRGAAPPRGRAGYSQRGGPGSARGV--RGARG-GAQQQRGRGVR
:::: :::: .:. : ::: : :: ...::. : .: : ::..:
CCDS43 IRGRG----RGAAGNRAPG---PRG----SYLGGYSAGRGIYSRYHEGKGKQQEKGYELV
380 390 400 410 420
560 570 580 590 600 610
pF1KB6 GARGGRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQNWGSQPIAQQPLQGGDHSGNYGYKSENQ
CCDS43 PNLEIPTVNPVAIKPGTVAIPAIGAQYSMFPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMISPIAVQPDP
430 440 450 460 470 480
>>CCDS3460.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 (524 aa)
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90 100 110 120 130
pF1KB6 KDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADSSKG-PDEAKIKALLERTGYTLDVTT
:: .. : :.:: . ::.:::::.. .
CCDS34 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQEN
10 20 30 40 50
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 GQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFEDELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLT
:::::::::: . : .:. : :.::::::::..::::::.:: .: :..:::::: .
CCDS34 GQRKYGGPPPG--WEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMD-FD
60 70 80 90 100
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pF1KB6 GLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIGVCISVANNRLFVGSIPKSKTKEQI
: ::::::: .: :. :..::. ::.::: :. .::: :: : :::.:.::: : .:.:
CCDS34 GKNRGYAFVMYCHKHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEI
110 120 130 140 150 160
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pF1KB6 LEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKTAAQARRRLMSGKVKVWGNVGT
:::..:::::. :::.: . :: ::::: :.:::.:..::.:::.:: :....::. .
CCDS34 LEEIAKVTEGVLDVIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIA
170 180 190 200 210 220
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pF1KB6 VEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILEKAFSQF--GKLERVKKLKDYAFIH
:.::.: : : .:: ::.:.:::: .::. ..:.:.:: : .:::::..::::.:
CCDS34 VDWAEPEIDVDEDVMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVH
230 240 250 260 270 280
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pF1KB6 FDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKER--KAQR-----QAAKNQMY--
: :. ::.::...:: .::: .:...::: :... : :: : .::.. :
CCDS34 FTSREDAVHAMNNLNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVY
290 300 310 320 330 340
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pF1KB6 --DDYY--YYGPPH--MPPPTRGRGRGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDYYGYDYHNYRGGYE
: : ::: :. . :.:
CCDS34 SCDPYTLAYYGYPYNALIGPNRDYFVKVAIPAIGAQYSMFPAAPAPKMIEDGKIHTVEHM
350 360 370 380 390 400
623 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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