Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6112
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6112, 619 aa
1>>>pF1KB6112 619 - 619 aa - 619 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3691+/-0.000851; mu= 14.4521+/- 0.051
mean_var=94.1979+/-18.716, 0's: 0 Z-trim(108.6): 29 B-trim: 6 in 1/49
Lambda= 0.132146
statistics sampled from 10283 (10305) to 10283 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16
Scan time: 3.580
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8037.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 ( 619) 4139 799.6 0
CCDS43979.1 NXF2B gene_id:728343|Hs108|chrX ( 626) 2410 469.9 4.3e-132
CCDS14497.1 NXF2 gene_id:56001|Hs108|chrX ( 626) 2410 469.9 4.3e-132
CCDS44629.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 ( 356) 2265 442.2 5.6e-124
CCDS14491.2 NXF5 gene_id:55998|Hs108|chrX ( 365) 1199 238.9 8.7e-63
CCDS14503.1 NXF3 gene_id:56000|Hs108|chrX ( 531) 1004 201.9 1.8e-51
>>CCDS8037.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 (619 aa)
initn: 4139 init1: 4139 opt: 4139 Z-score: 4266.5 bits: 799.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4139; 100.0% identity (100.0% similar) in 619 aa overlap (1-619:1-619)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
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CCDS80 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 MSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKNWF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 KITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYKIL
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CCDS80 KITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYKIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDLVA
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CCDS80 DRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDLVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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CCDS80 QNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNLSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 NELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPPPI
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CCDS80 NELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPPPI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 AFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSLSI
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CCDS80 AFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSLSI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 PFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQHDVNSFV
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CCDS80 PFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQHDVNSFV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 VDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDELFVRNAS
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CCDS80 VDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDELFVRNAS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 SEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNNWDYTRSA
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CCDS80 SEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNNWDYTRSA
550 560 570 580 590 600
610
pF1KB6 QAFTHLKAKGEIPEVAFMK
:::::::::::::::::::
CCDS80 QAFTHLKAKGEIPEVAFMK
610
>>CCDS43979.1 NXF2B gene_id:728343|Hs108|chrX (626 aa)
initn: 2303 init1: 2303 opt: 2410 Z-score: 2484.9 bits: 469.9 E(32554): 4.3e-132
Smith-Waterman score: 2410; 59.3% identity (82.8% similar) in 609 aa overlap (9-617:16-622)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLE
.: :. .: : .::: . :: .. . . . .:: :. .
CCDS43 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTF-QGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 EDDGDVAMSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQD
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CCDS43 ENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMK-WHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 GTSKNWFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALK
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CCDS43 GYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 AVNYKILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLR
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CCDS43 DVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 SDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNL
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CCDS43 FDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 KILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDG
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CCDS43 KTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 HELPPPIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDG
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CCDS43 RELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 ACCSLSIPFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQ
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CCDS43 ACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQ
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 HDVNSFVVDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDE
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CCDS43 HDLSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDE
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 LFVRNASSEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNN
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CCDS43 LFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNE
540 550 560 570 580 590
600 610
pF1KB6 WDYTRSAQAFTHLKAKGEIPEVAFMK
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CCDS43 WNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
600 610 620
>>CCDS14497.1 NXF2 gene_id:56001|Hs108|chrX (626 aa)
initn: 2303 init1: 2303 opt: 2410 Z-score: 2484.9 bits: 469.9 E(32554): 4.3e-132
Smith-Waterman score: 2410; 59.3% identity (82.8% similar) in 609 aa overlap (9-617:16-622)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLE
.: :. .: : .::: . :: .. . . . .:: :. .
CCDS14 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGSTF-QGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSHCQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 EDDGDVAMSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQD
:.::.: : :.. ..:..::. : .:: ::..:.:..:. :.: :::: . ..::
CCDS14 ENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIRCERRMK-WHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNTQD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 GTSKNWFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALK
: ..::::.::::: :::::::.. :::.:: :::..::: .:: :::.:::.:::::
CCDS14 GYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASALK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 AVNYKILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLR
:.::: : ::..: :..: :. :... :.::: :.:.::: :.:::. :::::::..::
CCDS14 DVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 SDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNL
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CCDS14 FDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 KILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDG
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CCDS14 KTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 HELPPPIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDG
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CCDS14 RELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYHDE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 ACCSLSIPFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQ
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CCDS14 ACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPKTQ
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 HDVNSFVVDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDE
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CCDS14 HDLSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDE
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 LFVRNASSEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNN
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CCDS14 LFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQDNE
540 550 560 570 580 590
600 610
pF1KB6 WDYTRSAQAFTHLKAKGEIPEVAFMK
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CCDS14 WNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
600 610 620
>>CCDS44629.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 (356 aa)
initn: 2265 init1: 2265 opt: 2265 Z-score: 2339.2 bits: 442.2 E(32554): 5.6e-124
Smith-Waterman score: 2265; 99.1% identity (99.7% similar) in 341 aa overlap (1-341:1-341)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 MSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKNWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MSDAQDGPRVRYNPYTTRPNRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKNWF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 KITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYKIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYKIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDLVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDLVA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 QNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNLSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 QNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNLSG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 NELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPPPI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ..
CCDS44 NELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYIRSVVACVSPPGDLHPLGG
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 AFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSLSI
>>CCDS14491.2 NXF5 gene_id:55998|Hs108|chrX (365 aa)
initn: 1262 init1: 1199 opt: 1199 Z-score: 1240.7 bits: 238.9 E(32554): 8.7e-63
Smith-Waterman score: 1316; 54.7% identity (75.5% similar) in 384 aa overlap (111-493:5-351)
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 RRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKNWFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQ
.:: . ..:::.::::: :::::::.. ::
CCDS14 MRRNTQDENMRKWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQ
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 SKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYKILDRENRRISIIINSSAPPHTI
:.:::::::..::: .:: :::. ::.::::: :.::: : ::..: :... . :...
CCDS14 SNCSVPFTPVDFHYIRNRACFFVQVASAASALKDVSYKIYDDENQKICIFVSHFTAPYSV
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 LNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDLVAQNIDVVLNRRSCMAATLRII
:.::: :.:.::: :.:::. :::::::..:: ::::....::..::::.::::::.:
CCDS14 KNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIT
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 EENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNLSGNELKSERELDKIKGLKLEEL
:.:.:::::::: ::.::.:: .:.:..:::..: :::: :.:.: :: :.::::::::
CCDS14 ERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEEL
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 WLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPPPIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGT
::.:: ::.:: :::.:.::::. :::::::::.:: :. :... :. ::: .. :.
CCDS14 WLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGS
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KB6 ENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSLSIPFIPQNPARSSLAEYFKDSR
:.:: :::.:::: :.: .::::::
CCDS14 ETLKHLVLQFLQQ------------------------------------SNLCKYFKDSR
280 290
450 460 470 480 490
pF1KB6 NVKKLKDPTLRFRLLKHTRL-NVVAFLNELPKTQHDVNSFVVDISAQTSTLLCFSVNGVF
:.: :::: :. .:::::. : :. ::.:::: .:..::. :: . ::
CCDS14 NIKILKDPYLQRKLLKHTKCPRNVDSLSALPETQHDFTSILVDMWYQTVNT-CFLPRAGP
300 310 320 330 340 350
500 510 520 530 540 550
pF1KB6 KEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDELFVRNASSEEIQRAFAMPAPTPSSSP
CCDS14 ESQSLRPL
360
>>CCDS14503.1 NXF3 gene_id:56000|Hs108|chrX (531 aa)
initn: 1003 init1: 1003 opt: 1004 Z-score: 1037.4 bits: 201.9 E(32554): 1.8e-51
Smith-Waterman score: 1677; 49.7% identity (71.4% similar) in 563 aa overlap (11-571:11-529)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
: :. : ::. . .. .. . :: . :..:: ...:::.:
CCDS14 MSLPSGHTTGHTDQVV---QRRARCWDIYQRRF---SSRSEPVNPGMHSSSHQQQDGDAA
10 20 30 40 50
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pF1KB6 MSDAQ-DGPRVRYNPYTTRP-NRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKN
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