FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6010, 1231 aa
1>>>pF1KB6010 1231 - 1231 aa - 1231 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8925+/-0.00111; mu= 21.0206+/- 0.068
mean_var=92.2013+/-18.503, 0's: 0 Z-trim(104.1): 18 B-trim: 47 in 1/50
Lambda= 0.133569
statistics sampled from 7735 (7741) to 7735 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.238), width: 16
Scan time: 5.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14607.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX (1231) 8096 1571.4 0
CCDS43990.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX (1268) 7601 1476.0 0
CCDS3090.1 STAG1 gene_id:10274|Hs108|chr3 (1258) 5509 1072.9 0
CCDS75642.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1226) 3714 727.0 7e-209
CCDS34703.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1225) 3713 726.8 8e-209
CCDS64730.1 STAG3 gene_id:10734|Hs108|chr7 (1167) 3390 664.5 4.2e-190
>>CCDS14607.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX (1231 aa)
initn: 8096 init1: 8096 opt: 8096 Z-score: 8427.1 bits: 1571.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8096; 100.0% identity (100.0% similar) in 1231 aa overlap (1-1231:1-1231)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MIAAPEIPTDFNLLQESETHFSSDTDFEDIEGKNQKQGKGKTCKKGKKGPAEKGKGGNGG
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GKPPSGPNRMNGHHQQNGVENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDIALLDLINF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 FIQCSGCKGVVTAEMFRHMQNSEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMAGPQWKKFKSSFCEFIG
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVALNLSIN
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250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFVHRYRDA
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGLYYNKEL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVAVQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVYHLVYSA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPEEDGMMKRRGRQGPNANLVKTLVFFFLESELHEHAAYL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEEPLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAAECHPPVG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITELFAVALPQLLAKYSVDAEKVTNLLQLPQYFDLEIY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TTGRLEKHLDALLRQIRNIVEKHTDTDVLEACSKTYHALCNEEFTIFNRVDISRSQLIDE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LADKFNRLLEDFLQEGEEPDEDDAYQVLSTLKRITAFHNAHDLSKWDLFACNYKLLKTGI
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pF1KB6 ENGDMPEQIVIHALQCTHYVILWQLAKITESSSTKEDLLRLKKQMRVFCQICQHYLTNVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ENGDMPEQIVIHALQCTHYVILWQLAKITESSSTKEDLLRLKKQMRVFCQICQHYLTNVN
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pF1KB6 TTVKEQAFTILCDILMIFSHQIMSGGRDMLEPLVYTPDSSLQSELLSFILDHVFIEQDDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TTVKEQAFTILCDILMIFSHQIMSGGRDMLEPLVYTPDSSLQSELLSFILDHVFIEQDDD
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pF1KB6 NNSADGQQEDEASKIEALHKRRNLLAAFCKLIVYTVVEMNTAADIFKQYMKYYNDYGDII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NNSADGQQEDEASKIEALHKRRNLLAAFCKLIVYTVVEMNTAADIFKQYMKYYNDYGDII
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KETMSKTRQIDKIQCAKTLILSLQQLFNEMIQENGYNFDRSSSTFSGIKELARRFALTFG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LDQLKTREAIAMLHKDGIEFAFKEPNPQGESHPPLNLAFLDILSEFSSKLLRQDKRTVYV
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1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB6 YLEKFMTFQMSLRREDVWLPLMSYRNSLLAGGDDDTMSVISGISSRGSTVRSKKSKPSTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YLEKFMTFQMSLRREDVWLPLMSYRNSLLAGGDDDTMSVISGISSRGSTVRSKKSKPSTG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KRKVVEGMQLSLTEESSSSDSMWLSREQTLHTPVMMQTPQLTSTIMREPKRLRPEDSFMS
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1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB6 VYPMQTEHHQTPLDYNRRGTSLMEDDEEPIVEDVMMSSEGRIEDLNEGMDFDTMDIDLPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VYPMQTEHHQTPLDYNRRGTSLMEDDEEPIVEDVMMSSEGRIEDLNEGMDFDTMDIDLPP
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230
pF1KB6 SKNRRERTELKPDFFDPASIMDESVLGVSMF
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SKNRRERTELKPDFFDPASIMDESVLGVSMF
1210 1220 1230
>>CCDS43990.1 STAG2 gene_id:10735|Hs108|chrX (1268 aa)
initn: 8126 init1: 7601 opt: 7601 Z-score: 7911.4 bits: 1476.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7979; 97.1% identity (97.1% similar) in 1263 aa overlap (1-1226:1-1263)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MIAAPEIPTDFNLLQESETHFSSDTDFEDIEGKNQKQGKGKTCKKGKKGPAEKGKGGNGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MIAAPEIPTDFNLLQESETHFSSDTDFEDIEGKNQKQGKGKTCKKGKKGPAEKGKGGNGG
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pF1KB6 GKPPSGPNRMNGHHQQNGVENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDIALLDLINF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GKPPSGPNRMNGHHQQNGVENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDIALLDLINF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 FIQCSGCKGVVTAEMFRHMQNSEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMAGPQWKKFKSSFCEFIG
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190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVALNLSIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVALNLSIN
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250 260 270 280 290 300
pF1KB6 MDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFVHRYRDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFVHRYRDA
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGLYYNKEL
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVAVQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVYHLVYSA
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430 440 450 460 470 480
pF1KB6 HRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPEEDGMMKRRGRQGPNANLVKTLVFFFLESELHEHAAYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPEEDGMMKRRGRQGPNANLVKTLVFFFLESELHEHAAYL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEEPLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAAECHPPVG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITELFAVALPQLLAKYSVDAEKVTNLLQLPQYFDLEIY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TTGRLEKHLDALLRQIRNIVEKHTDTDVLEACSKTYHALCNEEFTIFNRVDISRSQLIDE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LADKFNRLLEDFLQEGEEPDEDDAYQVLSTLKRITAFHNAHDLSKWDLFACNYKLLKTGI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ENGDMPEQIVIHALQCTHYVILWQLAKITESSSTKEDLLRLKKQMRVFCQICQHYLTNVN
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pF1KB6 TTVKEQAFTILCDILMIFSHQIMSGGRDMLEPLVYTPDSSLQSELLSFILDHVFIEQDDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TTVKEQAFTILCDILMIFSHQIMSGGRDMLEPLVYTPDSSLQSELLSFILDHVFIEQDDD
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pF1KB6 NNSADGQQEDEASKIEALHKRRNLLAAFCKLIVYTVVEMNTAADIFKQYMKYYNDYGDII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NNSADGQQEDEASKIEALHKRRNLLAAFCKLIVYTVVEMNTAADIFKQYMKYYNDYGDII
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910 920 930 940 950 960
pF1KB6 KETMSKTRQIDKIQCAKTLILSLQQLFNEMIQENGYNFDRSSSTFSGIKELARRFALTFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KETMSKTRQIDKIQCAKTLILSLQQLFNEMIQENGYNFDRSSSTFSGIKELARRFALTFG
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pF1KB6 LDQLKTREAIAMLHKDGIEFAFKEPNPQGESHPPLNLAFLDILSEFSSKLLRQDKRTVYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LDQLKTREAIAMLHKDGIEFAFKEPNPQGESHPPLNLAFLDILSEFSSKLLRQDKRTVYV
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB6 YLEKFMTFQMSLRREDVWLPLMSYRNSLLAGGDDDTMSVISGISSRGSTVRSKKSKPSTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YLEKFMTFQMSLRREDVWLPLMSYRNSLLAGGDDDTMSVISGISSRGSTVRSKKSKPSTG
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB6 KRKVVEGMQLSLTEESSSSDSMWLSREQTLHTPVMMQTPQLTSTIMREPKRLRPEDSFMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KRKVVEGMQLSLTEESSSSDSMWLSREQTLHTPVMMQTPQLTSTIMREPKRLRPEDSFMS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160
pF1KB6 VYPMQTEHHQTPLDYN-------------------------------------RRGTSLM
:::::::::::::::: :::::::
CCDS43 VYPMQTEHHQTPLDYNTQVTWMLAQRQQEEARQQQERAAMSYVKLRTNLQHAIRRGTSLM
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1170 1180 1190 1200 1210 1220
pF1KB6 EDDEEPIVEDVMMSSEGRIEDLNEGMDFDTMDIDLPPSKNRRERTELKPDFFDPASIMDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 EDDEEPIVEDVMMSSEGRIEDLNEGMDFDTMDIDLPPSKNRRERTELKPDFFDPASIMDE
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1230
pF1KB6 SVLGVSMF
:::
CCDS43 SVLGVSMF
>>CCDS3090.1 STAG1 gene_id:10274|Hs108|chr3 (1258 aa)
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Smith-Waterman score: 5782; 70.1% identity (86.9% similar) in 1272 aa overlap (1-1231:1-1258)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MIAAPEIPTDFNLLQESETHFSSDTDFEDIEGKNQ-KQGK-GK---TCKKGKKGPAEKGK
::.. :.:. . .:. .: .. ...:. : :.. :.:. :. : :: .:.:.::..
CCDS30 MITS-ELPVLQDSTNETTAHSDAGSELEETEVKGKRKRGRPGRPPSTNKKPRKSPGEKSR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 GGNGGGKPPSGPNRMNGHHQQNGV-ENMMLFEVVKMGKSAMQSVVDDWIESYKHDRDIAL
.: .: .: ::: :::: : . ::::::.:::::::::::::::::.::::::
CCDS30 --IEAGIRGAGRGRANGHPQQNGEGEPVTLFEVVKLGKSAMQSVVDDWIESYKQDRDIAL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LDLINFFIQCSGCKGVVTAEMFRHMQNSEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMAGPQWKKFKSS
:::::::::::::.:.: ::::.:::.::::::::::::::::::::: :::::::.:.
CCDS30 LDLINFFIQCSGCRGTVRIEMFRNMQNAEIIRKMTEEFDEDSGDYPLTMPGPQWKKFRSN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 FCEFIGVLVRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVA
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FCEFIGVLIRQCQYSIIYDEYMMDTVISLLTGLSDSQVRAFRHTSTLAAMKLMTALVNVA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LNLSINMDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNAIFKGVFV
:::::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.::
CCDS30 LNLSIHQDNTQRQYEAERNKMIGKRANERLELLLQKRKELQENQDEIENMMNSIFKGIFV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 HRYRDAIAEIRAICIEEIGIWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTMHDKQGEVRLKCLTALQGL
:::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::.::.::::::::: :::.:
CCDS30 HRYRDAIAEIRAICIEEIGVWMKMYSDAFLNDSYLKYVGWTLHDRQGEVRLKCLKALQSL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 YYNKELNSKLELFTSRFKDRIVSMTLDKEYDVAVQAIKLLTLVLQSSEEVLTAEDCENVY
: :.:: ::::::.:::::::::::::::::::.::.:.::.:..:::.:. :::::::
CCDS30 YTNRELFPKLELFTNRFKDRIVSMTLDKEYDVAVEAIRLVTLILHGSEEALSNEDCENVY
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 HLVYSAHRPVAVAAGEFLYKKLFSRRDPE-EDGMMKRRGRQGPNANLVKTLVFFFLESEL
::::::::::::::::::.::::::.::. :... :::::..::.::.. ::.:::::::
CCDS30 HLVYSAHRPVAVAAGEFLHKKLFSRHDPQAEEALAKRRGRNSPNGNLIRMLVLFFLESEL
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 HEHAAYLVDSMWDCATELLKDWECMNSLLLEEPLSGEEALTDRQESALIEIMLCTIRQAA
::::::::::.:. . :::::::::. ::::::..::::..:::::::::.:.:::::::
CCDS30 HEHAAYLVDSLWESSQELLKDWECMTELLLEEPVQGEEAMSDRQESALIELMVCTIRQAA
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 ECHPPVGRGTGKRVLTAKEKKTQLDDRTKITELFAVALPQLLAKYSVDAEKVTNLLQLPQ
: :::::::::::::::::.:::.:::.:.:: : ..::.::.:::.:::::.::::.::
CCDS30 EAHPPVGRGTGKRVLTAKERKTQIDDRNKLTEHFIITLPMLLSKYSADAEKVANLLQIPQ
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