Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6006
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6006, 2468 aa
1>>>pF1KB6006 2468 - 2468 aa - 2468 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.5660+/-0.00137; mu= -17.5170+/- 0.083
mean_var=475.3120+/-95.610, 0's: 0 Z-trim(112.1): 65 B-trim: 11 in 1/54
Lambda= 0.058828
statistics sampled from 12911 (12950) to 12911 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.398), width: 16
Scan time: 5.850
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4012.1 MAP1B gene_id:4131|Hs108|chr5 (2468) 15986 1373.3 0
CCDS42031.1 MAP1A gene_id:4130|Hs108|chr15 (2803) 1896 177.5 8.5e-43
CCDS32954.1 MAP1S gene_id:55201|Hs108|chr19 (1059) 1320 128.4 1.9e-28
CCDS77262.1 MAP1S gene_id:55201|Hs108|chr19 (1033) 1299 126.6 6.4e-28
>>CCDS4012.1 MAP1B gene_id:4131|Hs108|chr5 (2468 aa)
initn: 15986 init1: 15986 opt: 15986 Z-score: 7345.5 bits: 1373.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 15986; 100.0% identity (100.0% similar) in 2468 aa overlap (1-2468:1-2468)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MATVVVEATEPEPSGSIANPAASTSPSLSHRFLDSKFYLLVVVGEIVTEEHLRRAIGNIE
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CCDS40 MATVVVEATEPEPSGSIANPAASTSPSLSHRFLDSKFYLLVVVGEIVTEEHLRRAIGNIE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LGIRSWDTNLIECNLDQELKLFVSRHSARFSPEVPGQKILHHRSDVLETVVLINPSDEAV
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CCDS40 LGIRSWDTNLIECNLDQELKLFVSRHSARFSPEVPGQKILHHRSDVLETVVLINPSDEAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 STEVRLMITDAARHKLLVLTGQCFENTGELILQSGSFSFQNFIEIFTDQEIGELLSTTHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 STEVRLMITDAARHKLLVLTGQCFENTGELILQSGSFSFQNFIEIFTDQEIGELLSTTHP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 ANKASLTLFCPEEGDWKNSNLDRHNLQDFINIKLNSASILPEMEGLSEFTEYLSESVEVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 ANKASLTLFCPEEGDWKNSNLDRHNLQDFINIKLNSASILPEMEGLSEFTEYLSESVEVP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 SPFDILEPPTSGGFLKLSKPCCYIFPGGRGDSALFAVNGFNMLINGGSERKSCFWKLIRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SPFDILEPPTSGGFLKLSKPCCYIFPGGRGDSALFAVNGFNMLINGGSERKSCFWKLIRH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 LDRVDSILLTHIGDDNLPGINSMLQRKIAELEEEQSQGSTTNSDWMKNLISPDLGVVFLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 LDRVDSILLTHIGDDNLPGINSMLQRKIAELEEEQSQGSTTNSDWMKNLISPDLGVVFLN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 VPENLKNPEPNIKMKRSIEEACFTLQYLNKLSMKPEPLFRSVGNTIDPVILFQKMGVGKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 VPENLKNPEPNIKMKRSIEEACFTLQYLNKLSMKPEPLFRSVGNTIDPVILFQKMGVGKL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 EMYVLNPVKSSKEMQYFMQQWTGTNKDKAEFILPNGQEVDLPISYLTSVSSLIVWHPANP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 EMYVLNPVKSSKEMQYFMQQWTGTNKDKAEFILPNGQEVDLPISYLTSVSSLIVWHPANP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 AEKIIRVLFPGNSTQYNILEGLEKLKHLDFLKQPLATQKDLTGQVPTPVVKQTKLKQRAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 AEKIIRVLFPGNSTQYNILEGLEKLKHLDFLKQPLATQKDLTGQVPTPVVKQTKLKQRAD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 SRESLKPAAKPLPSKSVRKESKEETPEVTKVNHVEKPPKVESKEKVMVKKDKPIKTETKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SRESLKPAAKPLPSKSVRKESKEETPEVTKVNHVEKPPKVESKEKVMVKKDKPIKTETKP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 SVTEKEVPSKEEPSPVKAEVAEKQATDVKPKAAKEKTVKKETKVKPEDKKEEKEKPKKEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SVTEKEVPSKEEPSPVKAEVAEKQATDVKPKAAKEKTVKKETKVKPEDKKEEKEKPKKEV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 AKKEDKTPIKKEEKPKKEEVKKEVKKEIKKEEKKEPKKEVKKETPPKEVKKEVKKEEKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 AKKEDKTPIKKEEKPKKEEVKKEVKKEIKKEEKKEPKKEVKKETPPKEVKKEVKKEEKKE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 VKKEEKEPKKEIKKLPKDAKKSSTPLSEAKKPAALKPKVPKKEESVKKDSVAAGKPKEKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 VKKEEKEPKKEIKKLPKDAKKSSTPLSEAKKPAALKPKVPKKEESVKKDSVAAGKPKEKG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB6 KIKVIKKEGKAAEAVAAAVGTGATTAAVMAAAGIAAIGPAKELEAERSLMSSPEDLTKDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 KIKVIKKEGKAAEAVAAAVGTGATTAAVMAAAGIAAIGPAKELEAERSLMSSPEDLTKDF
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB6 EELKAEEVDVTKDIKPQLELIEDEEKLKETEPVEAYVIQKEREVTKGPAESPDEGITTTE
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CCDS40 EELKAEEVDVTKDIKPQLELIEDEEKLKETEPVEAYVIQKEREVTKGPAESPDEGITTTE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB6 GEGECEQTPEELEPVEKQGVDDIEKFEDEGAGFEESSETGDYEEKAETEEAEEPEEDGEE
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CCDS40 GEGECEQTPEELEPVEKQGVDDIEKFEDEGAGFEESSETGDYEEKAETEEAEEPEEDGEE
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB6 HVCVSASKHSPTEDEESAKAEADAYIREKRESVASGDDRAEEDMDEAIEKGEAEQSEEEA
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CCDS40 HVCVSASKHSPTEDEESAKAEADAYIREKRESVASGDDRAEEDMDEAIEKGEAEQSEEEA
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB6 DEEDKAEDAREEEYEPEKMEAEDYVMAVVDKAAEAGGAEEQYGFLTTPTKQLGAQSPGRE
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CCDS40 DEEDKAEDAREEEYEPEKMEAEDYVMAVVDKAAEAGGAEEQYGFLTTPTKQLGAQSPGRE
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB6 PASSIHDETLPGGSESEATASDEENREDQPEEFTATSGYTQSTIEISSEPTPMDEMSTPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 PASSIHDETLPGGSESEATASDEENREDQPEEFTATSGYTQSTIEISSEPTPMDEMSTPR
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB6 DVMSDETNNEETESPSQEFVNITKYESSLYSQEYSKPADVTPLNGFSEGSKTDATDGKDY
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CCDS40 DVMSDETNNEETESPSQEFVNITKYESSLYSQEYSKPADVTPLNGFSEGSKTDATDGKDY
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB6 NASASTISPPSSMEEDKFSRSALRDAYCSEVKASTTLDIKDSISAVSSEKVSPSKSPSLS
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CCDS40 NASASTISPPSSMEEDKFSRSALRDAYCSEVKASTTLDIKDSISAVSSEKVSPSKSPSLS
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB6 PSPPSPLEKTPLGERSVNFSLTPNEIKVSAEAEVAPVSPEVTQEVVEEHCASPEDKTLEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 PSPPSPLEKTPLGERSVNFSLTPNEIKVSAEAEVAPVSPEVTQEVVEEHCASPEDKTLEV
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB6 VSPSQSVTGSAGHTPYYQSPTDEKSSHLPTEVIEKPPAVPVSFEFSDAKDENERASVSPM
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CCDS40 VSPSQSVTGSAGHTPYYQSPTDEKSSHLPTEVIEKPPAVPVSFEFSDAKDENERASVSPM
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB6 DEPVPDSESPIEKVLSPLRSPPLIGSESAYESFLSADDKASGRGAESPFEEKSGKQGSPD
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CCDS40 DEPVPDSESPIEKVLSPLRSPPLIGSESAYESFLSADDKASGRGAESPFEEKSGKQGSPD
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KB6 QVSPVSEMTSTSLYQDKQEGKSTDFAPIKEDFGQEKKTDDVEAMSSQPALALDERKLGDV
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CCDS40 QVSPVSEMTSTSLYQDKQEGKSTDFAPIKEDFGQEKKTDDVEAMSSQPALALDERKLGDV
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB6 SPTQIDVSQFGSFKEDTKMSISEGTVSDKSATPVDEGVAEDTYSHMEGVASVSTASVATS
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CCDS40 SPTQIDVSQFGSFKEDTKMSISEGTVSDKSATPVDEGVAEDTYSHMEGVASVSTASVATS
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KB6 SFPEPTTDDVSPSLHAEVGSPHSTEVDDSLSVSVVQTPTTFQETEMSPSKEECPRPMSIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SFPEPTTDDVSPSLHAEVGSPHSTEVDDSLSVSVVQTPTTFQETEMSPSKEECPRPMSIS
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KB6 PPDFSPKTAKSRTPVQDHRSEQSSMSIEFGQESPEQSLAMDFSRQSPDHPTVGAGVLHIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 PPDFSPKTAKSRTPVQDHRSEQSSMSIEFGQESPEQSLAMDFSRQSPDHPTVGAGVLHIT
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KB6 ENGPTEVDYSPSDMQDSSLSHKIPPMEEPSYTQDNDLSELISVSQVEASPSTSSAHTPSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 ENGPTEVDYSPSDMQDSSLSHKIPPMEEPSYTQDNDLSELISVSQVEASPSTSSAHTPSQ
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KB6 IASPLQEDTLSDVAPPRDMSLYASLTSEKVQSLEGEKLSPKSDISPLTPRESSPLYSPTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 IASPLQEDTLSDVAPPRDMSLYASLTSEKVQSLEGEKLSPKSDISPLTPRESSPLYSPTF
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KB6 SDSTSAVKEKTATCHSSSSPPIDAASAEPYGFRASVLFDTMQHHLALNRDLSTPGLEKDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SDSTSAVKEKTATCHSSSSPPIDAASAEPYGFRASVLFDTMQHHLALNRDLSTPGLEKDS
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KB6 GGKTPGDFSYAYQKPEETTRSPDEEDYDYESYEKTTRTSDVGGYYYEKIERTTKSPSDSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 GGKTPGDFSYAYQKPEETTRSPDEEDYDYESYEKTTRTSDVGGYYYEKIERTTKSPSDSG
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KB6 YSYETIGKTTKTPEDGDYSYEIIEKTTRTPEEGGYSYDISEKTTSPPEVSGYSYEKTERS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 YSYETIGKTTKTPEDGDYSYEIIEKTTRTPEEGGYSYDISEKTTSPPEVSGYSYEKTERS
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KB6 RRLLDDISNGYDDSEDGGHTLGDPSYSYETTEKITSFPESEGYSYETSTKTTRTPDTSTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 RRLLDDISNGYDDSEDGGHTLGDPSYSYETTEKITSFPESEGYSYETSTKTTRTPDTSTY
1990 2000 2010 2020 2030 2040
2050 2060 2070 2080 2090 2100
pF1KB6 CYETAEKITRTPQASTYSYETSDLCYTAEKKSPSEARQDVDLCLVSSCEYKHPKTELSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 CYETAEKITRTPQASTYSYETSDLCYTAEKKSPSEARQDVDLCLVSSCEYKHPKTELSPS
2050 2060 2070 2080 2090 2100
2110 2120 2130 2140 2150 2160
pF1KB6 FINPNPLEWFASEEPTEESEKPLTQSGGAPPPPGGKQQGRQCDETPPTSVSESAPSQTDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 FINPNPLEWFASEEPTEESEKPLTQSGGAPPPPGGKQQGRQCDETPPTSVSESAPSQTDS
2110 2120 2130 2140 2150 2160
2170 2180 2190 2200 2210 2220
pF1KB6 DVPPETEECPSITADANIDSEDESETIPTDKTVTYKHMDPPPAPVQDRSPSPRHPDVSMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 DVPPETEECPSITADANIDSEDESETIPTDKTVTYKHMDPPPAPVQDRSPSPRHPDVSMV
2170 2180 2190 2200 2210 2220
2230 2240 2250 2260 2270 2280
pF1KB6 DPEALAIEQNLGKALKKDLKEKTKTKKPGTKTKSSSPVKKSDGKSKPLAASPKPAGLKES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 DPEALAIEQNLGKALKKDLKEKTKTKKPGTKTKSSSPVKKSDGKSKPLAASPKPAGLKES
2230 2240 2250 2260 2270 2280
2290 2300 2310 2320 2330 2340
pF1KB6 SDKVSRVASPKKKESVEKAAKPTTTPEVKAARGEEKDKETKNAANASASKSAKTATAGPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 SDKVSRVASPKKKESVEKAAKPTTTPEVKAARGEEKDKETKNAANASASKSAKTATAGPG
2290 2300 2310 2320 2330 2340
2350 2360 2370 2380 2390 2400
pF1KB6 TTKTTKSSAVPPGLPVYLDLCYIPNHSNSKNVDVEFFKRVRSSYYVVSGNDPAAEEPSRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 TTKTTKSSAVPPGLPVYLDLCYIPNHSNSKNVDVEFFKRVRSSYYVVSGNDPAAEEPSRA
2350 2360 2370 2380 2390 2400
2410 2420 2430 2440 2450 2460
pF1KB6 VLDALLEGKAQWGSNMQVTLIPTHDSEVMREWYQETHEKQQDLNIMVLASSSTVVMQDES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 VLDALLEGKAQWGSNMQVTLIPTHDSEVMREWYQETHEKQQDLNIMVLASSSTVVMQDES
2410 2420 2430 2440 2450 2460
pF1KB6 FPACKIEL
::::::::
CCDS40 FPACKIEL
>>CCDS42031.1 MAP1A gene_id:4130|Hs108|chr15 (2803 aa)
initn: 2875 init1: 1667 opt: 1896 Z-score: 881.8 bits: 177.5 E(32554): 8.5e-43
Smith-Waterman score: 2402; 30.2% identity (54.3% similar) in 2255 aa overlap (223-2347:1-2028)
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 EGDWKNSNLDRHNLQDFINIKLNSASILPEMEGLSEFTEYLSESVEVPSPFDILEPPTSG
:.:..::.::.::.:.::::::.:::::::
CCDS42 MDGVAEFSEYVSETVDVPSPFDLLEPPTSG
10 20 30
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 GFLKLSKPCCYIFPGGRGDSALFAVNGFNMLINGGSERKSCFWKLIRHLDRVDSILLTHI
:::::::::::::::::::::::::::::.:..:::.::::::::.:::::.::.:::::
CCDS42 GFLKLSKPCCYIFPGGRGDSALFAVNGFNILVDGGSDRKSCFWKLVRHLDRIDSVLLTHI
40 50 60 70 80 90
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 GDDNLPGINSMLQRKIAELEEEQSQGSTTNSDWMKNLISPDLGVVFLNVPENLKNPEPNI
: :::::::..::::.:::::::::::.. :::.::::::.:::::.::::.:. :. .
CCDS42 GADNLPGINGLLQRKVAELEEEQSQGSSSYSDWVKNLISPELGVVFFNVPEKLRLPDASR
100 110 120 130 140 150
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 KMKRSIEEACFTLQYLNKLSMKPEPLFRSVGNTIDPVILFQKMGVGKLEMYVLNPVKSSK
: ::::::::.:::.::.:... :::.: :.:::.:. ::.:::::.:.::::::::.::
CCDS42 KAKRSIEEACLTLQHLNRLGIQAEPLYRVVSNTIEPLTLFHKMGVGRLDMYVLNPVKDSK
160 170 180 190 200 210
440 450 460 470 480 490
pF1KB6 EMQYFMQQWTGTNKDKAEFILPNGQEVDLPISYLTSVSSLIVWHPANPAEKIIRVLFPGN
:::..::.:.:..: :. ..::::.:... . ::::...:.:: ::::.:::.:::::::
CCDS42 EMQFLMQKWAGNSKAKTGIVLPNGKEAEISVPYLTSITALVVWLPANPTEKIVRVLFPGN
220 230 240 250 260 270
500 510 520 530 540 550
pF1KB6 STQYNILEGLEKLKHLDFLKQPLATQKDL-TGQVPTPVVKQTKLKQRADSRESLKPAAKP
. : .::::::::.:::::. :.:::::: .: ::: . : .:.::::::.:::: ..:
CCDS42 APQNKILEGLEKLRHLDFLRYPVATQKDLASGAVPTNL-KPSKIKQRADSKESLKATTKT
280 290 300 310 320
560 570 580 590 600 610
pF1KB6 LPSK-SVRKESKEETPEVTKVNHVEKPPKVESKEKVMVKKDKPIKTETKPSVTEKEVPSK
:: . :.: :: . .. . ... :.:.: : .. :: : :.:
CCDS42 AVSKLAKREEVVEEGAKEARSELAKELAKTEKKAK---------ESSEKPP----EKPAK
330 340 350 360 370
620 630 640 650 660 670
pF1KB6 EEPSPVKAEVAEKQATDVKPKAAKEKTVKKETKVKPEDKKEEKEKPKKEVAKKEDKTPIK
: ::.: .: :: :.: .: :: :.::. : :.
CCDS42 --PERVKTESSEAL------KAEKRKLIK--------DK----------VGKKHLKEKIS
380 390 400 410
680 690 700 710 720 730
pF1KB6 KEEKPKKEEVKKEVKKEIKKEEKKEPKKEVKKETPPKEVKKEVKKEEKKEVKKEEKEPKK
: :. : .: ::::::: .::.::. :: ::..:::::. :. :
CCDS42 KLEEKKDKE-----KKEIKKE-----RKELKKDEGRKEEKKDAKKEEKR------KDTKP
420 430 440 450
740 750 760 770 780 790
pF1KB6 EIKKLPKDAKKSSTPLSEAKKPAALKPKVPKKEESVKKDSVAAGKPKEKGKIKVIKKEGK
:.::. : : :: :..: . : ::: :..:. .. .
CCDS42 ELKKISKPDLKPFTP--EVRK-TLYKAKVP-------------------GRVKIDRS--R
460 470 480 490
800 810 820 830 840 850
pF1KB6 AAEAVAAAVGTGATTAAVMAAAGIAAIGPAKELEAERSLMSSPEDLTKDFEELKAEEVDV
: .. . : : ... . .:. .:: ..:::::::.::::.: ::
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