Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5992
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5992, 609 aa
1>>>pF1KB5992 609 - 609 aa - 609 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3591+/-0.00101; mu= 19.4417+/- 0.061
mean_var=74.5687+/-14.504, 0's: 0 Z-trim(104.6): 25 B-trim: 12 in 1/49
Lambda= 0.148524
statistics sampled from 7959 (7964) to 7959 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.597), E-opt: 0.2 (0.245), width: 16
Scan time: 3.220
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3556.1 AFP gene_id:174|Hs108|chr4 ( 609) 4083 884.7 0
CCDS3555.1 ALB gene_id:213|Hs108|chr4 ( 609) 1727 379.9 5.3e-105
CCDS3557.1 AFM gene_id:173|Hs108|chr4 ( 599) 1660 365.5 1.1e-100
>>CCDS3556.1 AFP gene_id:174|Hs108|chr4 (609 aa)
initn: 4083 init1: 4083 opt: 4083 Z-score: 4726.9 bits: 884.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4083; 100.0% identity (100.0% similar) in 609 aa overlap (1-609:1-609)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQFVQEATY
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CCDS35 MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQFVQEATY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSSGCLENQLPAFLEELCHEKEILEKYGHSDCCSQSEEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSSGCLENQLPAFLEELCHEKEILEKYGHSDCCSQSEEG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RHNCFLAHKKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLYAPTILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RHNCFLAHKKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLYAPTILL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 WAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRTFQAITV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 WAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRTFQAITV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 TKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDTLSNKIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDTLSNKIT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 ECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNRFLGDRDFNQFSSGEKNIFLASFVHEYSR
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CCDS35 ECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNRFLGDRDFNQFSSGEKNIFLASFVHEYSR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 RHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKRSCGLFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKRSCGLFQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 KLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGEGAADII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGEGAADII
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 IGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFHKDLCQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 IGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFHKDLCQA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 QGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFSGLLEKCCQGQEQEVCFAEEGQKLI
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CCDS35 QGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFSGLLEKCCQGQEQEVCFAEEGQKLI
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 SKTRAALGV
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CCDS35 SKTRAALGV
>>CCDS3555.1 ALB gene_id:213|Hs108|chr4 (609 aa)
initn: 2022 init1: 1666 opt: 1727 Z-score: 1998.6 bits: 379.9 E(32554): 5.3e-105
Smith-Waterman score: 1727; 40.3% identity (71.4% similar) in 611 aa overlap (1-609:1-609)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQFVQEATY
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CCDS35 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHKSEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQCPF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB5 KEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSSGCLENQLPAFLEELCHEKEILEKYGH-SDCCSQSEE
.. :.:... . ..::.. .: .. : ..:: . : ::. .:::...:
CCDS35 EDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAENCDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMADCCAKQEP
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 GRHNCFLAHKKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLYAPTIL
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CCDS35 ERNECFLQHKDDNP-NLPRLVRPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIARRHPYFYAPELL
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 LWAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRTFQAIT
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CCDS35 FFAKRYKAAFTECCQAADKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQRLKCASLQKFGERAFKAWA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 VTKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDTLSNKI
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CCDS35 VARLSQRFPKAEFAEVSKLVTDLTKVHTECCHGDLLECADDRADLAKYICENQDSISSKL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 TECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNR-FLGDRDFNQFSSGEKNIFLASFVHEY
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CCDS35 KECCEKPLLEKSHCIAEVENDEMPADL-PSLAADFVESKDVCKNYAEAKDVFLGMFLYEY
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 SRRHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKRSCGL
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CCDS35 ARRHPDYSVVLLLRLAKTYETTLEKCCAAADPHECYAKVFDEFKPLVEEPQNLIKQNCEL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 FQKLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGEGAAD
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CCDS35 FEQLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKVGSKCCKHPEAKRMPCAEDYLS
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 IIIGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFHKDLC
.....::. :: :::. : .::: : .:::::::.: ::::::: :. . : :: :.:
CCDS35 VVLNQLCVLHEKTPVSDRVTKCCTESLVNRRPCFSALEVDETYVPKEFNAETFTFHADIC
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 QAQGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFSGLLEKCCQGQEQEVCFAEEGQK
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CCDS35 TLSEKERQIKKQTALVELVKHKPKATKEQLKAVMDDFAAFVEKCCKADDKETCFAEEGKK
540 550 560 570 580 590
600
pF1KB5 LISKTRAALGV
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CCDS35 LVAASQAALGL
600
>>CCDS3557.1 AFM gene_id:173|Hs108|chr4 (599 aa)
initn: 1808 init1: 1178 opt: 1660 Z-score: 1921.1 bits: 365.5 E(32554): 1.1e-100
Smith-Waterman score: 1660; 39.7% identity (73.7% similar) in 594 aa overlap (8-599:9-597)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKWVESIFLIFLLNFTESRTLHRNEYGIASILDSYQCTAEISLADLATIFFAQFVQEAT
:..::. .::: :: . : . ..: : : .. .. : :::.:::::
CCDS35 MKLLKLTGFIFFLFFLTESLTLPTQPRDIEN-FNSTQKFIEDNIEYITIIAFAQYVQEAT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 YKEVSKMVKDALTAIEKPTGDEQSSGCLENQLP--AFLEELCHEKEILEKYGHSDCCSQS
..:. :.::: . .. .:. : ..:: .. :..: . . .:.. : :::.
CCDS35 FEEMEKLVKDMVEYKDRCMADKTLPEC--SKLPNNVLQEKICAMEGLPQKHNFSHCCSKV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 EEGRHNCFLAHKKPTPASIPLFQVPEPVTSCEAYEEDRETFMNKFIYEIARRHPFLYAPT
. :. ::. .:: . .: : . .: .:.::: .::...:.:.::.:::.::..:::
CCDS35 DAQRRLCFFYNKKSDVGFLPPFPTLDPEEKCQAYESNRESLLNHFLYEVARRNPFVFAPT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 ILLWAARYDKIIPSCCKAENAVECFQTKAATVTKELRESSLLNQHACAVMKNFGTRTFQA
.: :...... :::. .: :.:.::.: ::. :. : ..:.:... .:::.. .
CCDS35 LLTVAVHFEEVAKSCCEEQNKVNCLQTRAIPVTQYLKAFSSYQKHVCGALLKFGTKVVHF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 ITVTKLSQKFTKVNFTEIQKLVLDVAHVHEHCCRGDVLDCLQDGEKIMSYICSQQDTLSN
: .. ::::: :..: :. .:: ::. .. ::.:::..:..: :.:..:::.::..:.
CCDS35 IYIAILSQKFPKIEFKELISLVEDVSSNYDGCCEGDVVQCIRDTSKVMNHICSKQDSISS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 KITECCKLTTLERGQCIIHAENDEKPEGLSPNLNRFLGDRDFNQFSSGEKNIFLASFVHE
:: :::. :::::::....:..:. :: ..: ... : ... . :.:.:. :
CCDS35 KIKECCEKKIPERGQCIINSNKDDRPKDLSLREGKFTDSENVCQERDADPDTFFAKFTFE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 YSRRHPQLAVSVILRVAKGYQELLEKCFQTENPLECQDKGEEELQKYIQESQALAKRSCG
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CCDS35 YSRRHPDLSIPELLRIVQIYKDLLRNCCNTENPPGCYRYAEDKFNETTEKSLKMVQQECK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 LFQKLGEYYLQNAFLVAYTKKAPQLTSSELMAITRKMAATAATCCQLSEDKLLACGEGAA
::.::. :. .:. :: ::::.. ::... .::... .::: :::. .:: .. :
CCDS35 HFQNLGKDGLKYHYLIRLTKIAPQLSTEELVSLGEKMVTAFTTCCTLSEE--FACVDNLA
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 DIIIGHLCIRHEMTPVNPGVGQCCTSSYANRRPCFSSLVVDETYVPPAFSDDKFIFHKDL
:...:.:: .: .::.: .:: ...: ::::: :: .:.::::: ::.: : :: :.
CCDS35 DLVFGELCGVNENRTINPAVDHCCKTNFAFRRPCFESLKADKTYVPPPFSQDLFTFHADM
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 CQAQGVALQTMKQEFLINLVKQKPQITEEQLEAVIADFSGLLEKCCQGQEQEVCFAEEGQ
::.:. :: ..::.:::: : ..:.:.:......:.....:::... :::: ::.
CCDS35 CQSQNEELQRKTDRFLVNLVKLKHELTDEELQSLFTNFANVVDKCCKAESPEVCFNEESP
540 550 560 570 580 590
600
pF1KB5 KLISKTRAALGV
:.
CCDS35 KIGN
609 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 19:32:17 2016 done: Mon Nov 7 19:32:18 2016
Total Scan time: 3.220 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]