Result of FASTA (omim) for
pF1KB5956
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5956, 548 aa
1>>>pF1KB5956 548 - 548 aa - 548 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6798+/-0.000397; mu= 16.0465+/- 0.025
mean_var=72.6522+/-14.891, 0's: 0 Z-trim(111.6): 195 B-trim: 56 in 1/51
Lambda= 0.150470
statistics sampled from 20083 (20297) to 20083 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.601), E-opt: 0.2 (0.238), width: 16
Scan time: 9.490
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_689940 (OMIM: 604206) copine-2 [Homo sapiens] ( 548) 3717 816.7 0
XP_005251150 (OMIM: 604207) PREDICTED: copine-3 is ( 537) 2446 540.8 4e-153
XP_016869434 (OMIM: 604207) PREDICTED: copine-3 is ( 537) 2446 540.8 4e-153
NP_003900 (OMIM: 604207) copine-3 [Homo sapiens] ( 537) 2446 540.8 4e-153
NP_003906 (OMIM: 604205) copine-1 isoform b [Homo ( 542) 2235 495.0 2.4e-139
NP_690903 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo ( 537) 2234 494.8 2.8e-139
NP_690905 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo ( 537) 2234 494.8 2.8e-139
NP_690902 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo ( 537) 2234 494.8 2.8e-139
NP_690904 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo ( 537) 2234 494.8 2.8e-139
NP_001185792 (OMIM: 604205) copine-1 isoform c [Ho ( 536) 2215 490.7 4.9e-138
NP_705900 (OMIM: 605689) copine-7 isoform a [Homo ( 558) 2015 447.3 6e-125
NP_570720 (OMIM: 604208) copine-4 isoform 2 [Homo ( 557) 1956 434.5 4.3e-121
NP_001276041 (OMIM: 604208) copine-4 isoform 1 [Ho ( 575) 1956 434.5 4.4e-121
NP_702907 (OMIM: 604208) copine-4 isoform 1 [Homo ( 575) 1956 434.5 4.4e-121
XP_016861182 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 575) 1956 434.5 4.4e-121
XP_011521302 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 595) 1893 420.8 5.9e-117
XP_016878629 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 599) 1875 416.9 8.9e-116
XP_005268273 (OMIM: 605688) PREDICTED: copine-6 is ( 557) 1847 410.8 5.7e-114
NP_006023 (OMIM: 605688) copine-6 isoform 2 [Homo ( 557) 1847 410.8 5.7e-114
NP_001267487 (OMIM: 605688) copine-6 isoform 1 [Ho ( 612) 1847 410.8 6.1e-114
XP_011510709 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 444) 1677 373.8 6e-103
XP_011510708 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 444) 1677 373.8 6e-103
XP_011510710 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 444) 1677 373.8 6e-103
NP_055242 (OMIM: 605689) copine-7 isoform b [Homo ( 633) 1677 373.9 8.1e-103
XP_016878628 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 637) 1677 373.9 8.2e-103
XP_011521303 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 527) 1555 347.4 6.5e-95
XP_016878627 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 670) 1555 347.4 8e-95
XP_016861183 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 434) 1488 332.8 1.3e-90
NP_065990 (OMIM: 604209) copine-5 isoform a [Homo ( 593) 1444 323.3 1.3e-87
XP_005249304 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 610) 1438 322.0 3.3e-87
XP_005268274 (OMIM: 605688) PREDICTED: copine-6 is ( 382) 1404 314.5 3.7e-85
XP_011513071 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 653) 1354 303.8 1.1e-81
XP_016866628 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 522) 1348 302.5 2.2e-81
XP_011513073 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 632) 1348 302.5 2.6e-81
XP_011513072 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 632) 1348 302.5 2.6e-81
XP_011513070 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 670) 1348 302.5 2.7e-81
XP_016861184 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 417) 1343 301.3 3.8e-81
XP_011513075 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 473) 1305 293.1 1.3e-78
XP_016861185 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 306) 1248 280.6 4.7e-75
XP_011513074 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 543) 1188 267.7 6.4e-71
XP_016878630 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 344) 1108 250.3 7.4e-66
NP_001300947 (OMIM: 604209) copine-5 isoform c [Ho ( 301) 980 222.5 1.5e-57
XP_011513077 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 361) 890 203.0 1.4e-51
NP_001300949 (OMIM: 604209) copine-5 isoform d [Ho ( 243) 762 175.1 2.2e-43
NP_001300948 (OMIM: 604209) copine-5 isoform d [Ho ( 243) 762 175.1 2.2e-43
NP_001300946 (OMIM: 604209) copine-5 isoform b [Ho ( 140) 382 92.5 9.5e-19
XP_016877714 (OMIM: 614568) PREDICTED: protein unc (1180) 160 44.7 0.0019
XP_016877712 (OMIM: 614568) PREDICTED: protein unc (2212) 160 44.9 0.0032
NP_001316848 (OMIM: 614568) protein unc-13 homolog (2212) 160 44.9 0.0032
XP_016877711 (OMIM: 614568) PREDICTED: protein unc (2214) 160 44.9 0.0032
>>NP_689940 (OMIM: 604206) copine-2 [Homo sapiens] (548 aa)
initn: 3717 init1: 3717 opt: 3717 Z-score: 4361.2 bits: 816.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3717; 100.0% identity (100.0% similar) in 548 aa overlap (1-548:1-548)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAHIPSGGAPAAGAAPMGPQYCVCKVELSVSGQNLLDRDVTSKSDPFCVLFTENNGRWIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 MAHIPSGGAPAAGAAPMGPQYCVCKVELSVSGQNLLDRDVTSKSDPFCVLFTENNGRWIE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 YDRTETAINNLNPAFSKKFVLDYHFEEVQKLKFALFDQDKSSMRLDEHDFLGQFSCSLGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 YDRTETAINNLNPAFSKKFVLDYHFEEVQKLKFALFDQDKSSMRLDEHDFLGQFSCSLGT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 IVSSKKITRPLLLLNDKPAGKGLITIAAQELSDNRVITLSLAGRRLDKKDLFGKSDPFLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 IVSSKKITRPLLLLNDKPAGKGLITIAAQELSDNRVITLSLAGRRLDKKDLFGKSDPFLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 FYKPGDDGKWMLVHRTEVIKYTLDPVWKPFTVPLVSLCDGDMEKPIQVMCYDYDNDGGHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 FYKPGDDGKWMLVHRTEVIKYTLDPVWKPFTVPLVSLCDGDMEKPIQVMCYDYDNDGGHD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 FIGEFQTSVSQMCEARDSVPLEFECINPKKQRKKKNYKNSGIIILRSCKINRDYSFLDYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 FIGEFQTSVSQMCEARDSVPLEFECINPKKQRKKKNYKNSGIIILRSCKINRDYSFLDYI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LGGCQLMFTVGIDFTASNGNPLDPSSLHYINPMGTNEYLSAIWAVGQIIQDYDSDKMFPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 LGGCQLMFTVGIDFTASNGNPLDPSSLHYINPMGTNEYLSAIWAVGQIIQDYDSDKMFPA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LGFGAQLPPDWKVSHEFAINFNPTNPFCSGVDGIAQAYSACLPHIRFYGPTNFSPIVNHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 LGFGAQLPPDWKVSHEFAINFNPTNPFCSGVDGIAQAYSACLPHIRFYGPTNFSPIVNHV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 ARFAAQATQQRTATQYFILLIITDGVISDMEETRHAVVQASKLPMSIIIVGVGNADFAAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 ARFAAQATQQRTATQYFILLIITDGVISDMEETRHAVVQASKLPMSIIIVGVGNADFAAM
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490 500 510 520 530 540
pF1KB5 EFLDGDSRMLRSHTGEEAARDIVQFVPFREFRNAAKETLAKAVLAELPQQVVQYFKHKNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 EFLDGDSRMLRSHTGEEAARDIVQFVPFREFRNAAKETLAKAVLAELPQQVVQYFKHKNL
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 PPTNSEPA
::::::::
NP_689 PPTNSEPA
>>XP_005251150 (OMIM: 604207) PREDICTED: copine-3 isofor (537 aa)
initn: 2513 init1: 2267 opt: 2446 Z-score: 2870.1 bits: 540.8 E(85289): 4e-153
Smith-Waterman score: 2446; 64.4% identity (87.3% similar) in 534 aa overlap (17-548:1-531)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAHIPSGGAPAAGAAPMGPQYCVCKVELSVSGQNLLDRDVTSKSDPFCVLFTENNGR-WI
:. : :: :: :.:: ::::.:. :::::.:::: ...:. :
XP_005 MAAQ-CVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWY
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EYDRTETAINNLNPAFSKKFVLDYHFEEVQKLKFALFDQDKSSMRLDEHDFLGQFSCSLG
: .::: : ::: ::: :..::.:: ::::::...: :.....:.. ::::. :.::
XP_005 EVERTERIKNCLNPQFSKTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLG
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 TIVSSKKITRPLLLLNDKPAGKGLITIAAQELSDNRVITLSLAGRRLDKKDLFGKSDPFL
::::::.::::.. . .::::: :::.:.:..::::. . . .:.::.:::::::::.:
XP_005 QIVSSKKLTRPLVMKTGRPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYL
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 EFYKPGDDGKWMLVHRTEVIKYTLDPVWKPFTVPLVSLCDGDMEKPIQVMCYDYDNDGGH
::.: .::.:..::::::.: .:.:::.:: . : ::: :::.: :.: ::::::::.:
XP_005 EFHKQTSDGNWLMVHRTEVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSH
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 DFIGEFQTSVSQMCEARDSVPLEFECINPKKQRKKKNYKNSGIIILRSCKINRDYSFLDY
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XP_005 DLIGTFQTTMTKLKEASRSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDY
230 240 250 260 270 280
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pF1KB5 ILGGCQLMFTVGIDFTASNGNPLDPSSLHYINPMGTNEYLSAIWAVGQIIQDYDSDKMFP
:.::::: ::::.:::.:::.: .:.:::::.: :.::::.:.:.:: .:::::.:::::
XP_005 IMGGCQLNFTVGVDFTGSNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFP
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pF1KB5 ALGFGAQLPPDWKVSHEFAINFNPTNPFCSGVDGIAQAYSACLPHIRFYGPTNFSPIVNH
:.:::::.::.:.::::: .::::.::.:.:..::..:: .:::.:..:::::::::.::
XP_005 AFGFGAQIPPQWQVSHEFPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINH
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pF1KB5 VARFAAQATQQRTATQYFILLIITDGVISDMEETRHAVVQASKLPMSIIIVGVGNADFAA
:::::: ::::.::.:::.:::::::::.:..:::.:.:.::.:::::::::::.:::.:
XP_005 VARFAAAATQQQTASQYFVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSA
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pF1KB5 MEFLDGDSRMLRSHTGEEAARDIVQFVPFREFRNAAKETLAKAVLAELPQQVVQYFK-HK
:::::::. ::: :: : ::::::::::.:.:: ::.::. ::::.::::: ::. .:
XP_005 MEFLDGDGGSLRSPLGEVAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYK
470 480 490 500 510 520
540
pF1KB5 NLPPTNSEPA
::: : ::
XP_005 LLPPKN--PATKQQKQ
530
>>XP_016869434 (OMIM: 604207) PREDICTED: copine-3 isofor (537 aa)
initn: 2513 init1: 2267 opt: 2446 Z-score: 2870.1 bits: 540.8 E(85289): 4e-153
Smith-Waterman score: 2446; 64.4% identity (87.3% similar) in 534 aa overlap (17-548:1-531)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAHIPSGGAPAAGAAPMGPQYCVCKVELSVSGQNLLDRDVTSKSDPFCVLFTENNGR-WI
:. : :: :: :.:: ::::.:. :::::.:::: ...:. :
XP_016 MAAQ-CVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWY
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EYDRTETAINNLNPAFSKKFVLDYHFEEVQKLKFALFDQDKSSMRLDEHDFLGQFSCSLG
: .::: : ::: ::: :..::.:: ::::::...: :.....:.. ::::. :.::
XP_016 EVERTERIKNCLNPQFSKTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLG
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 TIVSSKKITRPLLLLNDKPAGKGLITIAAQELSDNRVITLSLAGRRLDKKDLFGKSDPFL
::::::.::::.. . .::::: :::.:.:..::::. . . .:.::.:::::::::.:
XP_016 QIVSSKKLTRPLVMKTGRPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYL
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 EFYKPGDDGKWMLVHRTEVIKYTLDPVWKPFTVPLVSLCDGDMEKPIQVMCYDYDNDGGH
::.: .::.:..::::::.: .:.:::.:: . : ::: :::.: :.: ::::::::.:
XP_016 EFHKQTSDGNWLMVHRTEVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSH
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 DFIGEFQTSVSQMCEARDSVPLEFECINPKKQRKKKNYKNSGIIILRSCKINRDYSFLDY
:.:: :::..... :: : :.:::::: ::..:::.:::::.: ...:.:. . .::::
XP_016 DLIGTFQTTMTKLKEASRSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDY
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ILGGCQLMFTVGIDFTASNGNPLDPSSLHYINPMGTNEYLSAIWAVGQIIQDYDSDKMFP
:.::::: ::::.:::.:::.: .:.:::::.: :.::::.:.:.:: .:::::.:::::
XP_016 IMGGCQLNFTVGVDFTGSNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFP
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 ALGFGAQLPPDWKVSHEFAINFNPTNPFCSGVDGIAQAYSACLPHIRFYGPTNFSPIVNH
:.:::::.::.:.::::: .::::.::.:.:..::..:: .:::.:..:::::::::.::
XP_016 AFGFGAQIPPQWQVSHEFPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINH
350 360 370 380 390 400
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pF1KB5 VARFAAQATQQRTATQYFILLIITDGVISDMEETRHAVVQASKLPMSIIIVGVGNADFAA
:::::: ::::.::.:::.:::::::::.:..:::.:.:.::.:::::::::::.:::.:
XP_016 VARFAAAATQQQTASQYFVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSA
410 420 430 440 450 460
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pF1KB5 MEFLDGDSRMLRSHTGEEAARDIVQFVPFREFRNAAKETLAKAVLAELPQQVVQYFK-HK
:::::::. ::: :: : ::::::::::.:.:: ::.::. ::::.::::: ::. .:
XP_016 MEFLDGDGGSLRSPLGEVAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYK
470 480 490 500 510 520
540
pF1KB5 NLPPTNSEPA
::: : ::
XP_016 LLPPKN--PATKQQKQ
530
>>NP_003900 (OMIM: 604207) copine-3 [Homo sapiens] (537 aa)
initn: 2513 init1: 2267 opt: 2446 Z-score: 2870.1 bits: 540.8 E(85289): 4e-153
Smith-Waterman score: 2446; 64.4% identity (87.3% similar) in 534 aa overlap (17-548:1-531)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAHIPSGGAPAAGAAPMGPQYCVCKVELSVSGQNLLDRDVTSKSDPFCVLFTENNGR-WI
:. : :: :: :.:: ::::.:. :::::.:::: ...:. :
NP_003 MAAQ-CVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWY
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EYDRTETAINNLNPAFSKKFVLDYHFEEVQKLKFALFDQDKSSMRLDEHDFLGQFSCSLG
: .::: : ::: ::: :..::.:: ::::::...: :.....:.. ::::. :.::
NP_003 EVERTERIKNCLNPQFSKTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLG
50 60 70 80 90 100
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pF1KB5 TIVSSKKITRPLLLLNDKPAGKGLITIAAQELSDNRVITLSLAGRRLDKKDLFGKSDPFL
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