Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5943
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5943, 508 aa
1>>>pF1KB5943 508 - 508 aa - 508 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1749+/-0.000769; mu= 18.8434+/- 0.047
mean_var=65.5997+/-12.462, 0's: 0 Z-trim(107.4): 10 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.158352
statistics sampled from 9525 (9533) to 9525 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.661), E-opt: 0.2 (0.293), width: 16
Scan time: 3.320
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS44465.1 DNTT gene_id:1791|Hs108|chr10 ( 508) 3362 777.0 0
CCDS7447.1 DNTT gene_id:1791|Hs108|chr10 ( 509) 3350 774.2 0
CCDS34625.1 POLM gene_id:27434|Hs108|chr7 ( 494) 1183 279.2 7.5e-75
CCDS64635.1 POLM gene_id:27434|Hs108|chr7 ( 457) 583 142.1 1.3e-33
CCDS64636.1 POLM gene_id:27434|Hs108|chr7 ( 508) 414 103.5 5.9e-22
CCDS7513.1 POLL gene_id:27343|Hs108|chr10 ( 575) 344 87.5 4.3e-17
CCDS76332.1 POLL gene_id:27343|Hs108|chr10 ( 300) 293 75.7 8e-14
CCDS6129.1 POLB gene_id:5423|Hs108|chr8 ( 335) 281 73.0 5.9e-13
>>CCDS44465.1 DNTT gene_id:1791|Hs108|chr10 (508 aa)
initn: 3362 init1: 3362 opt: 3362 Z-score: 4147.4 bits: 777.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3362; 99.8% identity (99.8% similar) in 508 aa overlap (1-508:1-508)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MDPPRASHLSPRKKRPRQTGALMASSPQDIKFQDLVVFILEKKMGTTRRAFLMELARRKG
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CCDS44 MDPPRASHLSPRKKRPRQTGALMASSPQDIKFQDLVVFILEKKMGTTRRAFLMELARRKG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 FRVENELSDSVTHIVAENNSGSDVLEWLQAQKVQVSSQPELLDVSWLIECIGAGKPVEMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::
CCDS44 FRVENELSDSVTHIVAENNSGSDVLEWLQAQKVQVSSQPELLDVSWLIECIRAGKPVEMT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GKHQLVVRRDYSDSTNPGPPKTPPIAVQKISQYACQRRTTLNNCNQIFTDAFDILAENCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GKHQLVVRRDYSDSTNPGPPKTPPIAVQKISQYACQRRTTLNNCNQIFTDAFDILAENCE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 FRENEDSCVTFMRAASVLKSLPFTIISMKDTEGIPCLGSKVKGIIEEIIEDGESSEVKAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FRENEDSCVTFMRAASVLKSLPFTIISMKDTEGIPCLGSKVKGIIEEIIEDGESSEVKAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LNDERYQSFKLFTSVFGVGLKTSEKWFRMGFRTLSKVRSDKSLKFTRMQKAGFLYYEDLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LNDERYQSFKLFTSVFGVGLKTSEKWFRMGFRTLSKVRSDKSLKFTRMQKAGFLYYEDLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SCVTRAEAEAVSVLVKEAVWAFLPDAFVTMTGGFRRGKKMGHDVDFLITSPGSTEDEEQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SCVTRAEAEAVSVLVKEAVWAFLPDAFVTMTGGFRRGKKMGHDVDFLITSPGSTEDEEQL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LQKVMNLWEKKGLLLYYDLVESTFEKLRLPSRKVDALDHFQKCFLIFKLPRQRVDSDQSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LQKVMNLWEKKGLLLYYDLVESTFEKLRLPSRKVDALDHFQKCFLIFKLPRQRVDSDQSS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 WQEGKTWKAIRVDLVLCPYERRAFALLGWTGSRFERDLRRYATHERKMILDNHALYDKTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 WQEGKTWKAIRVDLVLCPYERRAFALLGWTGSRFERDLRRYATHERKMILDNHALYDKTK
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB5 RIFLKAESEEEIFAHLGLDYIEPWERNA
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RIFLKAESEEEIFAHLGLDYIEPWERNA
490 500
>>CCDS7447.1 DNTT gene_id:1791|Hs108|chr10 (509 aa)
initn: 2994 init1: 2994 opt: 3350 Z-score: 4132.6 bits: 774.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3350; 99.6% identity (99.6% similar) in 509 aa overlap (1-508:1-509)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MDPPRASHLSPRKKRPRQTGALMASSPQDIKFQDLVVFILEKKMGTTRRAFLMELARRKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MDPPRASHLSPRKKRPRQTGALMASSPQDIKFQDLVVFILEKKMGTTRRAFLMELARRKG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 FRVENELSDSVTHIVAENNSGSDVLEWLQAQKVQVSSQPELLDVSWLIECIGAGKPVEMT
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CCDS74 FRVENELSDSVTHIVAENNSGSDVLEWLQAQKVQVSSQPELLDVSWLIECIRAGKPVEMT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GKHQLVVRRDYSDSTNPGPPKTPPIAVQKISQYACQRRTTLNNCNQIFTDAFDILAENCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 GKHQLVVRRDYSDSTNPGPPKTPPIAVQKISQYACQRRTTLNNCNQIFTDAFDILAENCE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 FRENEDSCVTFMRAASVLKSLPFTIISMKDTEGIPCLGSKVKGIIEEIIEDGESSEVKAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 FRENEDSCVTFMRAASVLKSLPFTIISMKDTEGIPCLGSKVKGIIEEIIEDGESSEVKAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LNDERYQSFKLFTSVFGVGLKTSEKWFRMGFRTLSKVRSDKSLKFTRMQKAGFLYYEDLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LNDERYQSFKLFTSVFGVGLKTSEKWFRMGFRTLSKVRSDKSLKFTRMQKAGFLYYEDLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SCVTRAEAEAVSVLVKEAVWAFLPDAFVTMTGGFRRGKKMGHDVDFLITSPGSTEDEEQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SCVTRAEAEAVSVLVKEAVWAFLPDAFVTMTGGFRRGKKMGHDVDFLITSPGSTEDEEQL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LQKVMNLWEKKGLLLYYDLVESTFEKLRLPSRKVDALDHFQKCFLIFKLPRQRVDSDQSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LQKVMNLWEKKGLLLYYDLVESTFEKLRLPSRKVDALDHFQKCFLIFKLPRQRVDSDQSS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB5 WQEGKTWKAIRVDLVLCPYERRAFALLGWTGSR-FERDLRRYATHERKMILDNHALYDKT
::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 WQEGKTWKAIRVDLVLCPYERRAFALLGWTGSRQFERDLRRYATHERKMILDNHALYDKT
430 440 450 460 470 480
480 490 500
pF1KB5 KRIFLKAESEEEIFAHLGLDYIEPWERNA
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 KRIFLKAESEEEIFAHLGLDYIEPWERNA
490 500
>>CCDS34625.1 POLM gene_id:27434|Hs108|chr7 (494 aa)
initn: 1013 init1: 375 opt: 1183 Z-score: 1457.3 bits: 279.2 E(32554): 7.5e-75
Smith-Waterman score: 1287; 41.3% identity (69.9% similar) in 508 aa overlap (11-508:3-494)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MDPPRASHLSPRKKRPR---QTGALMASSPQDIKFQDLVVFILEKKMGTTRRAFLMELAR
:...: : .: .:.: . .: ......: .:: .::::: :::
CCDS34 MLPKRRRARVGSPSGDAASSTPPSTRFPGVAIYLVEPRMGRSRRAFLTGLAR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 RKGFRVENELSDSVTHIVAENNSGSDVLEWLQAQKVQVS----SQPELLDVSWLIECIGA
::::: . :. .::.: :..:. ... : : ... .. . : :::.::: : .::
CCDS34 SKGFRVLDACSSEATHVVMEETSAEEAVSW-QERRMAAAPPGCTPPALLDISWLTESLGA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 GKPVEMTGKHQLVVRRDYSDSTNPGPPKTPPIAVQKISQYACQRRTTLNNCNQIFTDAFD
:.:: . .:.: : :: : : .. . ::::: : :.. : ...:..
CCDS34 GQPVPVECRHRLEV---------AGPRKGP-LSPAWMPAYACQRPTPLTHHNTGLSEALE
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 ILAENCEFRENEDSCVTFMRAASVLKSLPFTIISMKDTEGIPCLGSKVKGIIEEIIEDGE
:::: :. .: .:: :::::::.:: . .... .:.: .: . . ...:..: :
CCDS34 ILAEAAGFEGSEGRLLTFCRAASVLKALPSPVTTLSQLQGLPHFGEHSSRVVQELLEHGV
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 SSEVKAVLNDERYQSFKLFTSVFGVGLKTSEKWFRMGFRTLSKVRSDKSLKFTRMQKAGF
::. : .::::..::::..::::.::...:.: :.:::. .: .. :.:..::::.
CCDS34 CEEVERVRRSERYQTMKLFTQIFGVGVKTADRWYREGLRTLDDLR-EQPQKLTQQQKAGL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 LYYEDLVSCVTRAEAEAVSVLVKEAVWAFLPDAFVTMTGGFRRGKKMGHDVDFLITSPGS
...:: . : :....:.. .:.::: :: : ::.:::::::: .::::::::: :
CCDS34 QHHQDLSTPVLRSDVDALQQVVEEAVGQALPGATVTLTGGFRRGKLQGHDVDFLITHPKE
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 TEDEEQLLQKVMNLWEKKGLLLYYDLVESTFEKLRLPSR--KVDALDHFQKCFLIFKLPR
. : :: .:: . .::.::.. .: :. :.: . . .: :.. : ::.::.
CCDS34 GQ-EAGLLPRVMCRLQDQGLILYHQHQHSCCES---PTRLAQQSHMDAFERSFCIFRLPQ
350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 QRVDSDQSSWQEGKTWKAIRVDLVLCPYERRAFALLGWTGSR-FERDLRRYATHERKMIL
. .: . .:::.:::::. : . :::::::::. :.:.:::.. .:. . :
CCDS34 PPGAAVGGSTRPCPSWKAVRVDLVVAPVSQFPFALLGWTGSKLFQRELRRFSRKEKGLWL
400 410 420 430 440 450
480 490 500
pF1KB5 DNHALYDKTKRIFLKAESEEEIFAHLGLDYIEPWERNA
..:.:.: .. :..: :::.:: ::::.:. : .:::
CCDS34 NSHGLFDPEQKTFFQAASEEDIFRHLGLEYLPPEQRNA
460 470 480 490
>>CCDS64635.1 POLM gene_id:27434|Hs108|chr7 (457 aa)
initn: 783 init1: 375 opt: 583 Z-score: 717.0 bits: 142.1 E(32554): 1.3e-33
Smith-Waterman score: 979; 36.2% identity (62.4% similar) in 508 aa overlap (11-508:3-457)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MDPPRASHLSPRKKRPR---QTGALMASSPQDIKFQDLVVFILEKKMGTTRRAFLMELAR
:...: : .: .:.: . .: ......: .:: .::::: :::
CCDS64 MLPKRRRARVGSPSGDAASSTPPSTRFPGVAIYLVEPRMGRSRRAFLTGLAR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 RKGFRVENELSDSVTHIVAENNSGSDVLEWLQAQKVQVS----SQPELLDVSWLIECIGA
::::: . :. .::.: :..:. ... : : ... .. . : :::.::: : .::
CCDS64 SKGFRVLDACSSEATHVVMEETSAEEAVSW-QERRMAAAPPGCTPPALLDISWLTESLGA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 GKPVEMTGKHQLVVRRDYSDSTNPGPPKTPPIAVQKISQYACQRRTTLNNCNQIFTDAFD
:.:: . .:.: : :: : : .. . ::::: : :.. : ...:..
CCDS64 GQPVPVECRHRLEV---------AGPRKGP-LSPAWMPAYACQRPTPLTHHNTGLSEALE
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 ILAENCEFRENEDSCVTFMRAASVLKSLPFTIISMKDTEGIPCLGSKVKGIIEEIIEDGE
:::: :. .: .:: :::::::.:: . .... .:.: .: . . ...:..: :
CCDS64 ILAEAAGFEGSEGRLLTFCRAASVLKALPSPVTTLSQLQGLPHFGEHSSRVVQELLEHGV
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 SSEVKAVLNDERYQSFKLFTSVFGVGLKTSEKWFRMGFRTLSKVRSDKSLKFTRMQKAGF
::. : .::::..::::..::::.::...:.: :.:::. .: .. :.:..:::
CCDS64 CEEVERVRRSERYQTMKLFTQIFGVGVKTADRWYREGLRTLDDLR-EQPQKLTQQQKA--
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 LYYEDLVSCVTRAEAEAVSVLVKEAVWAFLPDAFVTMTGGFRRGKKMGHDVDFLITSPGS
: . :: : : :: : . : . :
CCDS64 --------------APPGPEHPSPAVRCRCPAA-----GG---GGSCGAGPAW-----GH
280 290 300 310
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 TEDEEQLLQKVMNLWEKKGLLLYYDLVESTFEKLRLPSR--KVDALDHFQKCFLIFKLPR
. ...: : ::.::.. .: :. :.: . . .: :.. : ::.::.
CCDS64 RHADRRLPQ---------GLILYHQHQHSCCES---PTRLAQQSHMDAFERSFCIFRLPQ
320 330 340 350
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 QRVDSDQSSWQEGKTWKAIRVDLVLCPYERRAFALLGWTGSR-FERDLRRYATHERKMIL
. .: . .:::.:::::. : . :::::::::. :.:.:::.. .:. . :
CCDS64 PPGAAVGGSTRPCPSWKAVRVDLVVAPVSQFPFALLGWTGSKLFQRELRRFSRKEKGLWL
360 370 380 390 400 410
480 490 500
pF1KB5 DNHALYDKTKRIFLKAESEEEIFAHLGLDYIEPWERNA
..:.:.: .. :..: :::.:: ::::.:. : .:::
CCDS64 NSHGLFDPEQKTFFQAASEEDIFRHLGLEYLPPEQRNA
420 430 440 450
>>CCDS64636.1 POLM gene_id:27434|Hs108|chr7 (508 aa)
initn: 586 init1: 226 opt: 414 Z-score: 507.7 bits: 103.5 E(32554): 5.9e-22
Smith-Waterman score: 616; 29.6% identity (53.0% similar) in 477 aa overlap (11-477:3-383)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MDPPRASHLSPRKKRPR---QTGALMASSPQDIKFQDLVVFILEKKMGTTRRAFLMELAR
:...: : .: .:.: . .: ......: .:: .::::: :::
CCDS64 MLPKRRRARVGSPSGDAASSTPPSTRFPGVAIYLVEPRMGRSRRAFLTGLAR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 RKGFRVENELSDSVTHIVAENNSGSDVLEWLQAQKVQVS----SQPELLDVSWLIECIGA
::::: . :. .::.: :..:. ... : : ... .. . : :::.::: : .::
CCDS64 SKGFRVLDACSSEATHVVMEETSAEEAVSW-QERRMAAAPPGCTPPALLDISWLTESLGA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 GKPVEMTGKHQLVVRRDYSDSTNPGPPKTPPIAVQKISQYACQRRTTLNNCNQIFTDAFD
:.:: . .:.: : . :. :.. . ::::: : :.. : ...:..
CCDS64 GQPVPVECRHRLEV----------AGPRKGPLSPAWMPAYACQRPTPLTHHNTGLSEALE
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 ILAENCEFRENEDSCVTFMRAASVLKSLPFTIISMKDTEGIPCLGSKVKGIIEEIIEDGE
:::: :. .: .:: :::::::.:: . .... .:.: .: . . ...:..: :
CCDS64 ILAEAAGFEGSEGRLLTFCRAASVLKALPSPVTTLSQLQGLPHFGEHSSRVVQELLEHGV
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 SSEVKAVLNDERYQSFKLFTSVFGVGLKTSEKWFRMGFRTLSKVRSDKSLKFTRMQKAGF
::. : .:: . :
CCDS64 CEEVERVRRSERAPA-----------------------------------------PPGP
230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 LYYEDLVSCVTRAEAEAVSVLVKEAVWAFLPDAFVTMTGGFRRGKKMGHDVDFLITSPGS
. : : : : . . :. : ::
CCDS64 EHPSPAVRC--RCPAAGGG-------------------GSCGAGPAWGH-----------
250 260
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 TEDEEQLLQKVMNLWEKKGLLLYYDLVESTFEKLRLPSR--KVDALDHFQKCFLIFKLPR
. ...: : ::.::.. .: :. :.: . . .: :.. : ::.::.
CCDS64 RHADRRLPQ---------GLILYHQHQHSCCES---PTRLAQQSHMDAFERSFCIFRLPQ
270 280 290 300 310
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 QRVDSDQSSWQEGKTWKAIRVDLVLCPYERRAFALLGWTGSR-FERDLRRYATHERKMIL
. .: . .:::.:::::. : . :::::::::. :.:.:::.. .:. . :
CCDS64 PPGAAVGGSTRPCPSWKAVRVDLVVAPVSQFPFALLGWTGSKLFQRELRRFSRKEKGLWL
320 330 340 350 360 370
480 490 500
pF1KB5 DNHALYDKTKRIFLKAESEEEIFAHLGLDYIEPWERNA
..:.:.:
CCDS64 NSHGLFDPEQGSSSGKTPRSRKSCFCCRRHFSKRLQRKTSSDTWALSTFLQSRETPEPAC
380 390 400 410 420 430
>>CCDS7513.1 POLL gene_id:27343|Hs108|chr10 (575 aa)
initn: 318 init1: 123 opt: 344 Z-score: 420.4 bits: 87.5 E(32554): 4.3e-17
Smith-Waterman score: 432; 28.1% identity (58.0% similar) in 381 aa overlap (140-507:229-574)
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 CIGAGKPVEMTGKHQLVVRRDYSDSTNPGPPKTPPIAVQK--ISQYACQRRTTLNNCNQI
:. : ...: .: . :. : : :
CCDS75 SDGEETQVSAADLEALISGHYPTSLEGDCEPSPAPAVLDKWVCAQPSSQKAT---NHNLH
200 210 220 230 240 250
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 FTDAFDILAENCEFRENEDSCVTFMRAASVLKSLPFTIISMKDTEGIPCLGSKVKGIIEE
.:. ...::. . .. . . .: ..:::. . :.... .:: .:... : :
CCDS75 ITEKLEVLAKAYSVQGDKWRALGYAKAINALKSFHKPVTSYQEACSIPGIGKRMAEKIIE
260 270 280 290 300 310
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 IIEDGESSEVKAVLNDERYQSFKLFTSVFGVGLKTSEKWFRMGFRTLSKVRSDKSLKFTR
:.:.:. .. . .: ..::....:.: ::.. :...:::.: .::. :: :
CCDS75 ILESGHLRKLDHI--SESVPVLELFSNIWGAGTKTAQMWYQQGFRSLEDIRSQASL--TT
320 330 340 350 360 370
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 MQKAGFLYYEDLVSCVTRAEAEAVSVLVKEAVWAFLPDAFVTMTGGFRRGKKMGHDVDFL
.: :. .: :.. . : :: . :..:. :: . . :..:::: ::: :
CCDS75 QQAIGLKHYSDFLERMPREEATEIEQTVQKAAQAFNSGLLCVACGSYRRGKATCGDVDVL
380 390 400 410 420 430
350 360 370 380 390 400
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]