Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5824
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5824, 476 aa
1>>>pF1KB5824 476 - 476 aa - 476 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1591+/-0.00138; mu= 3.7085+/- 0.079
mean_var=246.0020+/-58.149, 0's: 0 Z-trim(107.7): 685 B-trim: 270 in 2/50
Lambda= 0.081772
statistics sampled from 8942 (9747) to 8942 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.299), width: 16
Scan time: 3.000
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8459.1 CHEK1 gene_id:1111|Hs108|chr11 ( 476) 3238 396.0 4.6e-110
CCDS58191.1 CHEK1 gene_id:1111|Hs108|chr11 ( 442) 2825 347.2 2e-95
CCDS81644.1 CHEK1 gene_id:1111|Hs108|chr11 ( 492) 2593 319.9 3.8e-87
CCDS81645.1 CHEK1 gene_id:1111|Hs108|chr11 ( 382) 2588 319.2 4.8e-87
CCDS53651.1 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 709) 589 83.7 7.2e-16
CCDS53650.1 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 719) 589 83.7 7.2e-16
CCDS8051.2 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 724) 589 83.7 7.3e-16
CCDS41665.1 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 745) 589 83.7 7.4e-16
CCDS53649.1 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 788) 589 83.7 7.7e-16
CCDS8347.1 SIK2 gene_id:23235|Hs108|chr11 ( 926) 579 82.6 1.9e-15
CCDS55947.1 MARK3 gene_id:4140|Hs108|chr14 ( 713) 575 82.0 2.3e-15
CCDS41993.1 MARK3 gene_id:4140|Hs108|chr14 ( 729) 575 82.0 2.3e-15
CCDS45166.1 MARK3 gene_id:4140|Hs108|chr14 ( 744) 575 82.0 2.3e-15
CCDS45165.1 MARK3 gene_id:4140|Hs108|chr14 ( 753) 575 82.0 2.3e-15
CCDS73034.1 MARK1 gene_id:4139|Hs108|chr1 ( 780) 573 81.8 2.8e-15
CCDS31029.2 MARK1 gene_id:4139|Hs108|chr1 ( 795) 573 81.8 2.9e-15
CCDS73033.1 MARK1 gene_id:4139|Hs108|chr1 ( 796) 573 81.8 2.9e-15
CCDS12658.1 MARK4 gene_id:57787|Hs108|chr19 ( 688) 560 80.2 7.5e-15
CCDS56097.1 MARK4 gene_id:57787|Hs108|chr19 ( 752) 560 80.3 8e-15
CCDS82645.1 LOC102724428 gene_id:102724428|Hs108|c ( 783) 554 79.6 1.3e-14
CCDS33575.1 SIK1 gene_id:150094|Hs108|chr21 ( 783) 554 79.6 1.3e-14
CCDS59123.1 MELK gene_id:9833|Hs108|chr9 ( 610) 551 79.1 1.4e-14
CCDS6606.1 MELK gene_id:9833|Hs108|chr9 ( 651) 551 79.1 1.5e-14
CCDS12921.1 BRSK1 gene_id:84446|Hs108|chr19 ( 778) 546 78.6 2.6e-14
CCDS41590.1 BRSK2 gene_id:9024|Hs108|chr11 ( 668) 541 78.0 3.5e-14
CCDS58106.1 BRSK2 gene_id:9024|Hs108|chr11 ( 674) 541 78.0 3.5e-14
CCDS58107.1 BRSK2 gene_id:9024|Hs108|chr11 ( 736) 541 78.0 3.7e-14
CCDS3932.2 PRKAA1 gene_id:5562|Hs108|chr5 ( 559) 535 77.2 5.1e-14
CCDS60974.1 SIK3 gene_id:23387|Hs108|chr11 (1261) 531 77.1 1.2e-13
CCDS605.1 PRKAA2 gene_id:5563|Hs108|chr1 ( 552) 524 75.9 1.2e-13
CCDS8379.2 SIK3 gene_id:23387|Hs108|chr11 (1321) 531 77.1 1.2e-13
CCDS13610.1 HUNK gene_id:30811|Hs108|chr21 ( 714) 522 75.8 1.7e-13
CCDS58108.1 BRSK2 gene_id:9024|Hs108|chr11 ( 766) 510 74.4 4.8e-13
CCDS7092.1 CAMK1D gene_id:57118|Hs108|chr10 ( 357) 487 71.3 1.9e-12
CCDS7091.1 CAMK1D gene_id:57118|Hs108|chr10 ( 385) 487 71.3 2e-12
CCDS31892.1 NUAK1 gene_id:9891|Hs108|chr12 ( 661) 491 72.1 2.1e-12
CCDS2582.1 CAMK1 gene_id:8536|Hs108|chr3 ( 370) 486 71.2 2.1e-12
CCDS7336.1 CAMK2G gene_id:818|Hs108|chr10 ( 495) 487 71.5 2.4e-12
CCDS7337.1 CAMK2G gene_id:818|Hs108|chr10 ( 527) 487 71.5 2.5e-12
CCDS73153.1 CAMK2G gene_id:818|Hs108|chr10 ( 539) 487 71.5 2.5e-12
CCDS7338.1 CAMK2G gene_id:818|Hs108|chr10 ( 556) 487 71.5 2.5e-12
CCDS43064.1 DCLK3 gene_id:85443|Hs108|chr3 ( 648) 486 71.5 3.1e-12
CCDS43386.1 CAMK2A gene_id:815|Hs108|chr5 ( 478) 483 71.0 3.2e-12
CCDS43387.1 CAMK2A gene_id:815|Hs108|chr5 ( 489) 483 71.0 3.2e-12
CCDS5489.1 CAMK2B gene_id:816|Hs108|chr7 ( 449) 480 70.6 3.9e-12
CCDS5488.1 CAMK2B gene_id:816|Hs108|chr7 ( 479) 480 70.6 4.1e-12
CCDS5487.1 CAMK2B gene_id:816|Hs108|chr7 ( 492) 480 70.6 4.2e-12
CCDS5486.1 CAMK2B gene_id:816|Hs108|chr7 ( 503) 480 70.6 4.2e-12
CCDS43573.1 CAMK2B gene_id:816|Hs108|chr7 ( 517) 480 70.7 4.3e-12
CCDS5485.1 CAMK2B gene_id:816|Hs108|chr7 ( 518) 480 70.7 4.3e-12
>>CCDS8459.1 CHEK1 gene_id:1111|Hs108|chr11 (476 aa)
initn: 3238 init1: 3238 opt: 3238 Z-score: 2089.4 bits: 396.0 E(32554): 4.6e-110
Smith-Waterman score: 3238; 100.0% identity (100.0% similar) in 476 aa overlap (1-476:1-476)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAVPFVEDWDLVQTLGEGAYGEVQLAVNRVTEEAVAVKIVDMKRAVDCPENIKKEICINK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 MAVPFVEDWDLVQTLGEGAYGEVQLAVNRVTEEAVAVKIVDMKRAVDCPENIKKEICINK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 MLNHENVVKFYGHRREGNIQYLFLEYCSGGELFDRIEPDIGMPEPDAQRFFHQLMAGVVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 MLNHENVVKFYGHRREGNIQYLFLEYCSGGELFDRIEPDIGMPEPDAQRFFHQLMAGVVY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LHGIGITHRDIKPENLLLDERDNLKISDFGLATVFRYNNRERLLNKMCGTLPYVAPELLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LHGIGITHRDIKPENLLLDERDNLKISDFGLATVFRYNNRERLLNKMCGTLPYVAPELLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 RREFHAEPVDVWSCGIVLTAMLAGELPWDQPSDSCQEYSDWKEKKTYLNPWKKIDSAPLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 RREFHAEPVDVWSCGIVLTAMLAGELPWDQPSDSCQEYSDWKEKKTYLNPWKKIDSAPLA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LLHKILVENPSARITIPDIKKDRWYNKPLKKGAKRPRVTSGGVSESPSGFSKHIQSNLDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LLHKILVENPSARITIPDIKKDRWYNKPLKKGAKRPRVTSGGVSESPSGFSKHIQSNLDF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SPVNSASSEENVKYSSSQPEPRTGLSLWDTSPSYIDKLVQGISFSQPTCPDHMLLNSQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 SPVNSASSEENVKYSSSQPEPRTGLSLWDTSPSYIDKLVQGISFSQPTCPDHMLLNSQLL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GTPGSSQNPWQRLVKRMTRFFTKLDADKSYQCLKETCEKLGYQWKKSCMNQVTISTTDRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 GTPGSSQNPWQRLVKRMTRFFTKLDADKSYQCLKETCEKLGYQWKKSCMNQVTISTTDRR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB5 NNKLIFKVNLLEMDDKILVDFRLSKGDGLEFKRHFLKIKGKLIDIVSSQKIWLPAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 NNKLIFKVNLLEMDDKILVDFRLSKGDGLEFKRHFLKIKGKLIDIVSSQKIWLPAT
430 440 450 460 470
>>CCDS58191.1 CHEK1 gene_id:1111|Hs108|chr11 (442 aa)
initn: 2825 init1: 2825 opt: 2825 Z-score: 1826.5 bits: 347.2 E(32554): 2e-95
Smith-Waterman score: 2953; 92.9% identity (92.9% similar) in 476 aa overlap (1-476:1-442)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAVPFVEDWDLVQTLGEGAYGEVQLAVNRVTEEAVAVKIVDMKRAVDCPENIKKEICINK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MAVPFVEDWDLVQTLGEGAYGEVQLAVNRVTEEAVAVKIVDMKRAVDCPENIKKEICINK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 MLNHENVVKFYGHRREGNIQYLFLEYCSGGELFDRIEPDIGMPEPDAQRFFHQLMAGVVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MLNHENVVKFYGHRREGNIQYLFLEYCSGGELFDRIEPDIGMPEPDAQRFFHQLMAGVVY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LHGIGITHRDIKPENLLLDERDNLKISDFGLATVFRYNNRERLLNKMCGTLPYVAPELLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LHGIGITHRDIKPENLLLDERDNLKISDFGLATVFRYNNRERLLNKMCGTLPYVAPELLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 RREFHAEPVDVWSCGIVLTAMLAGELPWDQPSDSCQEYSDWKEKKTYLNPWKKIDSAPLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RREFHAEPVDVWSCGIVLTAMLAGELPWDQPSDSCQEYSDWKEKKTYLNPWKKIDSAPLA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LLHKILVENPSARITIPDIKKDRWYNKPLKKGAKRPRVTSGGVSESPSGFSKHIQSNLDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LLHKILVENPSARITIPDIKKDRWYNKPLKKGAKRPRVTSGGVSESPSGFSKHIQSNLDF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SPVNSASSEENVKYSSSQPEPRTGLSLWDTSPSYIDKLVQGISFSQPTCPDHMLLNSQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SPVNSASSEENVKYSSSQPEPRTGLSLWDTSPSYIDKLVQGISFSQPTCPDHMLLNSQLL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GTPGSSQNPWQRLVKRMTRFFTKLDADKSYQCLKETCEKLGYQWKKSCMNQVTISTTDRR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GTPGSSQNPWQRLVKRMTRFFTKLDADKSYQCLKETCEKLGYQWKKSCMNQ---------
370 380 390 400 410
430 440 450 460 470
pF1KB5 NNKLIFKVNLLEMDDKILVDFRLSKGDGLEFKRHFLKIKGKLIDIVSSQKIWLPAT
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 -------------------------GDGLEFKRHFLKIKGKLIDIVSSQKIWLPAT
420 430 440
>>CCDS81644.1 CHEK1 gene_id:1111|Hs108|chr11 (492 aa)
initn: 2588 init1: 2588 opt: 2593 Z-score: 1678.0 bits: 319.9 E(32554): 3.8e-87
Smith-Waterman score: 2593; 97.4% identity (98.2% similar) in 391 aa overlap (86-476:102-492)
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 ICINKMLNHENVVKFYGHRREGNIQYLFLEYCSGGELFDRIEPDIGMPEPDAQRFFHQLM
.:. : .::::::::::::::::::
CCDS81 AFGFLQWWAKDSPPRCSVESWQCPLWKTGTWCKPWEKVPMEKPDIGMPEPDAQRFFHQLM
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 AGVVYLHGIGITHRDIKPENLLLDERDNLKISDFGLATVFRYNNRERLLNKMCGTLPYVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 AGVVYLHGIGITHRDIKPENLLLDERDNLKISDFGLATVFRYNNRERLLNKMCGTLPYVA
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 PELLKRREFHAEPVDVWSCGIVLTAMLAGELPWDQPSDSCQEYSDWKEKKTYLNPWKKID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 PELLKRREFHAEPVDVWSCGIVLTAMLAGELPWDQPSDSCQEYSDWKEKKTYLNPWKKID
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 SAPLALLHKILVENPSARITIPDIKKDRWYNKPLKKGAKRPRVTSGGVSESPSGFSKHIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 SAPLALLHKILVENPSARITIPDIKKDRWYNKPLKKGAKRPRVTSGGVSESPSGFSKHIQ
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 SNLDFSPVNSASSEENVKYSSSQPEPRTGLSLWDTSPSYIDKLVQGISFSQPTCPDHMLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 SNLDFSPVNSASSEENVKYSSSQPEPRTGLSLWDTSPSYIDKLVQGISFSQPTCPDHMLL
320 330 340 350 360 370
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 NSQLLGTPGSSQNPWQRLVKRMTRFFTKLDADKSYQCLKETCEKLGYQWKKSCMNQVTIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NSQLLGTPGSSQNPWQRLVKRMTRFFTKLDADKSYQCLKETCEKLGYQWKKSCMNQVTIS
380 390 400 410 420 430
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 TTDRRNNKLIFKVNLLEMDDKILVDFRLSKGDGLEFKRHFLKIKGKLIDIVSSQKIWLPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 TTDRRNNKLIFKVNLLEMDDKILVDFRLSKGDGLEFKRHFLKIKGKLIDIVSSQKIWLPA
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 T
:
CCDS81 T
>>CCDS81645.1 CHEK1 gene_id:1111|Hs108|chr11 (382 aa)
initn: 2588 init1: 2588 opt: 2588 Z-score: 1676.2 bits: 319.2 E(32554): 4.8e-87
Smith-Waterman score: 2588; 99.7% identity (100.0% similar) in 380 aa overlap (97-476:3-382)
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 VVKFYGHRREGNIQYLFLEYCSGGELFDRIEPDIGMPEPDAQRFFHQLMAGVVYLHGIGI
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MEKPDIGMPEPDAQRFFHQLMAGVVYLHGIGI
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 THRDIKPENLLLDERDNLKISDFGLATVFRYNNRERLLNKMCGTLPYVAPELLKRREFHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 THRDIKPENLLLDERDNLKISDFGLATVFRYNNRERLLNKMCGTLPYVAPELLKRREFHA
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EPVDVWSCGIVLTAMLAGELPWDQPSDSCQEYSDWKEKKTYLNPWKKIDSAPLALLHKIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 EPVDVWSCGIVLTAMLAGELPWDQPSDSCQEYSDWKEKKTYLNPWKKIDSAPLALLHKIL
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VENPSARITIPDIKKDRWYNKPLKKGAKRPRVTSGGVSESPSGFSKHIQSNLDFSPVNSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VENPSARITIPDIKKDRWYNKPLKKGAKRPRVTSGGVSESPSGFSKHIQSNLDFSPVNSA
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SSEENVKYSSSQPEPRTGLSLWDTSPSYIDKLVQGISFSQPTCPDHMLLNSQLLGTPGSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 SSEENVKYSSSQPEPRTGLSLWDTSPSYIDKLVQGISFSQPTCPDHMLLNSQLLGTPGSS
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 QNPWQRLVKRMTRFFTKLDADKSYQCLKETCEKLGYQWKKSCMNQVTISTTDRRNNKLIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 QNPWQRLVKRMTRFFTKLDADKSYQCLKETCEKLGYQWKKSCMNQVTISTTDRRNNKLIF
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470
pF1KB5 KVNLLEMDDKILVDFRLSKGDGLEFKRHFLKIKGKLIDIVSSQKIWLPAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KVNLLEMDDKILVDFRLSKGDGLEFKRHFLKIKGKLIDIVSSQKIWLPAT
340 350 360 370 380
>>CCDS53651.1 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 (709 aa)
initn: 529 init1: 263 opt: 589 Z-score: 398.4 bits: 83.7 E(32554): 7.2e-16
Smith-Waterman score: 594; 30.8% identity (59.4% similar) in 461 aa overlap (4-430:48-493)
10 20 30
pF1KB5 MAVPFVEDWDLVQTLGEGAYGEVQLAVNRVTEE
: . .. :..:.:.: ...:.:: . .: .
CCDS53 QPTLGHLDSKPSSKSNMIRGRNSATSADEQPHIGNYRLLKTIGKGNFAKVKLARHILTGK
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 AVAVKIVDMKRAVDCP--ENIKKEICINKMLNHENVVKFYGHRREGNIQYLFLEYCSGGE
:::::.: : .. ... .:. : :.::: :.::.. . . :: .:: ::::
CCDS53 EVAVKIID-KTQLNSSSLQKLFREVRIMKVLNHPNIVKLFEVIETEKTLYLVMEYASGGE
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 LFDRIEPDIGMPEPDAQRFFHQLMAGVVYLHGIGITHRDIKPENLLLDERDNLKISDFGL
.:: . : : .:. :.:....: : : :.:::.: :::::: :.::.:::.
CCDS53 VFDYLVAHGRMKEKEARAKFRQIVSAVQYCHQKFIVHRDLKAENLLLDADMNIKIADFGF
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]