Result of FASTA (omim) for
pF1KB5782
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5782, 769 aa
1>>>pF1KB5782 769 - 769 aa - 769 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5111+/-0.000527; mu= 16.2544+/- 0.032
mean_var=200.2540+/-38.716, 0's: 0 Z-trim(114.9): 293 B-trim: 41 in 1/52
Lambda= 0.090632
statistics sampled from 24701 (25035) to 24701 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.642), E-opt: 0.2 (0.294), width: 16
Scan time: 10.510
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001120963 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 ( 769) 5450 726.6 9.4e-209
NP_000202 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 is ( 769) 5450 726.6 9.4e-209
NP_001290167 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 ( 700) 4949 661.0 4.7e-189
XP_016883830 (OMIM: 116920,600065) PREDICTED: inte ( 700) 4949 661.0 4.7e-189
XP_006724064 (OMIM: 116920,600065) PREDICTED: inte ( 700) 4949 661.0 4.7e-189
XP_005268909 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 798) 2524 344.0 1.4e-93
XP_005268908 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 798) 2524 344.0 1.4e-93
NP_000880 (OMIM: 147559) integrin beta-7 precursor ( 798) 2524 344.0 1.4e-93
XP_006719439 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 782) 2441 333.2 2.6e-90
NP_000203 (OMIM: 173470,187800,273800,608446) inte ( 788) 2018 277.9 1.2e-73
NP_596867 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 798) 2009 276.7 2.7e-73
NP_002202 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 798) 2009 276.7 2.7e-73
NP_391988 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 801) 2009 276.7 2.7e-73
NP_000879 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 is ( 788) 1925 265.7 5.3e-70
NP_001269282 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 788) 1925 265.7 5.3e-70
NP_001269317 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 746) 1854 256.4 3.2e-67
NP_001269318 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 715) 1806 250.1 2.4e-65
NP_002204 (OMIM: 147561) integrin beta-5 precursor ( 799) 1803 249.8 3.4e-65
NP_001269283 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 693) 1799 249.2 4.5e-65
XP_016861840 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 1729 240.0 2.6e-62
XP_016861842 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 1729 240.0 2.6e-62
XP_016861841 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 1729 240.0 2.6e-62
NP_001269319 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 650) 1722 239.1 4.7e-62
NP_001005731 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1752) 1461 205.5 1.6e-51
NP_001308052 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1752) 1461 205.5 1.6e-51
XP_006721933 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1787) 1461 205.5 1.6e-51
NP_001005619 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1805) 1461 205.5 1.6e-51
XP_011523053 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1807) 1461 205.5 1.6e-51
NP_000204 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) inte (1822) 1461 205.5 1.6e-51
XP_006721931 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1840) 1461 205.5 1.6e-51
XP_006721930 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1857) 1461 205.5 1.6e-51
XP_005257368 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1875) 1461 205.6 1.6e-51
XP_005257366 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1875) 1461 205.6 1.6e-51
XP_006721929 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1910) 1461 205.6 1.6e-51
NP_001269284 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 681) 1436 201.7 8.6e-51
XP_016867667 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 769) 1419 199.5 4.3e-50
XP_016867668 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 769) 1419 199.5 4.3e-50
NP_002205 (OMIM: 604160) integrin beta-8 precursor ( 769) 1419 199.5 4.3e-50
XP_011513696 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 758) 1410 198.3 9.7e-50
XP_011513695 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 761) 1410 198.4 9.7e-50
XP_006713693 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 754) 1243 176.5 3.6e-43
XP_016867669 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1208 171.8 7.8e-42
XP_016867670 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1208 171.8 7.8e-42
XP_011513698 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1208 171.8 7.8e-42
XP_016867671 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1208 171.8 7.8e-42
XP_016867672 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1208 171.8 7.8e-42
XP_005247493 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 769) 908 132.7 5.6e-30
XP_016861844 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 661) 834 123.0 4.2e-27
XP_016861843 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 683) 610 93.7 2.8e-18
XP_005254157 (OMIM: 604234) PREDICTED: integrin be ( 494) 499 79.0 5.4e-14
>>NP_001120963 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 iso (769 aa)
initn: 5450 init1: 5450 opt: 5450 Z-score: 3868.8 bits: 726.6 E(85289): 9.4e-209
Smith-Waterman score: 5450; 100.0% identity (100.0% similar) in 769 aa overlap (1-769:1-769)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MLGLRPPLLALVGLLSLGCVLSQECTKFKVSSCRECIESGPGCTWCQKLNFTGPGDPDSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLGLRPPLLALVGLLSLGCVLSQECTKFKVSSCRECIESGPGCTWCQKLNFTGPGDPDSI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 RCDTRPQLLMRGCAADDIMDPTSLAETQEDHNGGQKQLSPQKVTLYLRPGQAAAFNVTFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RCDTRPQLLMRGCAADDIMDPTSLAETQEDHNGGQKQLSPQKVTLYLRPGQAAAFNVTFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RAKGYPIDLYYLMDLSYSMLDDLRNVKKLGGDLLRALNEITESGRIGFGSFVDKTVLPFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RAKGYPIDLYYLMDLSYSMLDDLRNVKKLGGDLLRALNEITESGRIGFGSFVDKTVLPFV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 NTHPDKLRNPCPNKEKECQPPFAFRHVLKLTNNSNQFQTEVGKQLISGNLDAPEGGLDAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NTHPDKLRNPCPNKEKECQPPFAFRHVLKLTNNSNQFQTEVGKQLISGNLDAPEGGLDAM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 MQVAACPEEIGWRNVTRLLVFATDDGFHFAGDGKLGAILTPNDGRCHLEDNLYKRSNEFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MQVAACPEEIGWRNVTRLLVFATDDGFHFAGDGKLGAILTPNDGRCHLEDNLYKRSNEFD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 YPSVGQLAHKLAENNIQPIFAVTSRMVKTYEKLTEIIPKSAVGELSEDSSNVVHLIKNAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YPSVGQLAHKLAENNIQPIFAVTSRMVKTYEKLTEIIPKSAVGELSEDSSNVVHLIKNAY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 NKLSSRVFLDHNALPDTLKVTYDSFCSNGVTHRNQPRGDCDGVQINVPITFQVKVTATEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NKLSSRVFLDHNALPDTLKVTYDSFCSNGVTHRNQPRGDCDGVQINVPITFQVKVTATEC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 IQEQSFVIRALGFTDIVTVQVLPQCECRCRDQSRDRSLCHGKGFLECGICRCDTGYIGKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IQEQSFVIRALGFTDIVTVQVLPQCECRCRDQSRDRSLCHGKGFLECGICRCDTGYIGKN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 CECQTQGRSSQELEGSCRKDNNSIICSGLGDCVCGQCLCHTSDVPGKLIYGQYCECDTIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CECQTQGRSSQELEGSCRKDNNSIICSGLGDCVCGQCLCHTSDVPGKLIYGQYCECDTIN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 CERYNGQVCGGPGRGLCFCGKCRCHPGFEGSACQCERTTEGCLNPRRVECSGRGRCRCNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CERYNGQVCGGPGRGLCFCGKCRCHPGFEGSACQCERTTEGCLNPRRVECSGRGRCRCNV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 CECHSGYQLPLCQECPGCPSPCGKYISCAECLKFEKGPFGKNCSAACPGLQLSNNPVKGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CECHSGYQLPLCQECPGCPSPCGKYISCAECLKFEKGPFGKNCSAACPGLQLSNNPVKGR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 TCKERDSEGCWVAYTLEQQDGMDRYLIYVDESRECVAGPNIAAIVGGTVAGIVLIGILLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TCKERDSEGCWVAYTLEQQDGMDRYLIYVDESRECVAGPNIAAIVGGTVAGIVLIGILLL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KB5 VIWKALIHLSDLREYRRFEKEKLKSQWNNDNPLFKSATTTVMNPKFAES
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VIWKALIHLSDLREYRRFEKEKLKSQWNNDNPLFKSATTTVMNPKFAES
730 740 750 760
>>NP_000202 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 isofor (769 aa)
initn: 5450 init1: 5450 opt: 5450 Z-score: 3868.8 bits: 726.6 E(85289): 9.4e-209
Smith-Waterman score: 5450; 100.0% identity (100.0% similar) in 769 aa overlap (1-769:1-769)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MLGLRPPLLALVGLLSLGCVLSQECTKFKVSSCRECIESGPGCTWCQKLNFTGPGDPDSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MLGLRPPLLALVGLLSLGCVLSQECTKFKVSSCRECIESGPGCTWCQKLNFTGPGDPDSI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 RCDTRPQLLMRGCAADDIMDPTSLAETQEDHNGGQKQLSPQKVTLYLRPGQAAAFNVTFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RCDTRPQLLMRGCAADDIMDPTSLAETQEDHNGGQKQLSPQKVTLYLRPGQAAAFNVTFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RAKGYPIDLYYLMDLSYSMLDDLRNVKKLGGDLLRALNEITESGRIGFGSFVDKTVLPFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RAKGYPIDLYYLMDLSYSMLDDLRNVKKLGGDLLRALNEITESGRIGFGSFVDKTVLPFV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 NTHPDKLRNPCPNKEKECQPPFAFRHVLKLTNNSNQFQTEVGKQLISGNLDAPEGGLDAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NTHPDKLRNPCPNKEKECQPPFAFRHVLKLTNNSNQFQTEVGKQLISGNLDAPEGGLDAM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 MQVAACPEEIGWRNVTRLLVFATDDGFHFAGDGKLGAILTPNDGRCHLEDNLYKRSNEFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MQVAACPEEIGWRNVTRLLVFATDDGFHFAGDGKLGAILTPNDGRCHLEDNLYKRSNEFD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 YPSVGQLAHKLAENNIQPIFAVTSRMVKTYEKLTEIIPKSAVGELSEDSSNVVHLIKNAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YPSVGQLAHKLAENNIQPIFAVTSRMVKTYEKLTEIIPKSAVGELSEDSSNVVHLIKNAY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 NKLSSRVFLDHNALPDTLKVTYDSFCSNGVTHRNQPRGDCDGVQINVPITFQVKVTATEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NKLSSRVFLDHNALPDTLKVTYDSFCSNGVTHRNQPRGDCDGVQINVPITFQVKVTATEC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 IQEQSFVIRALGFTDIVTVQVLPQCECRCRDQSRDRSLCHGKGFLECGICRCDTGYIGKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 IQEQSFVIRALGFTDIVTVQVLPQCECRCRDQSRDRSLCHGKGFLECGICRCDTGYIGKN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 CECQTQGRSSQELEGSCRKDNNSIICSGLGDCVCGQCLCHTSDVPGKLIYGQYCECDTIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CECQTQGRSSQELEGSCRKDNNSIICSGLGDCVCGQCLCHTSDVPGKLIYGQYCECDTIN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 CERYNGQVCGGPGRGLCFCGKCRCHPGFEGSACQCERTTEGCLNPRRVECSGRGRCRCNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CERYNGQVCGGPGRGLCFCGKCRCHPGFEGSACQCERTTEGCLNPRRVECSGRGRCRCNV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 CECHSGYQLPLCQECPGCPSPCGKYISCAECLKFEKGPFGKNCSAACPGLQLSNNPVKGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CECHSGYQLPLCQECPGCPSPCGKYISCAECLKFEKGPFGKNCSAACPGLQLSNNPVKGR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 TCKERDSEGCWVAYTLEQQDGMDRYLIYVDESRECVAGPNIAAIVGGTVAGIVLIGILLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TCKERDSEGCWVAYTLEQQDGMDRYLIYVDESRECVAGPNIAAIVGGTVAGIVLIGILLL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KB5 VIWKALIHLSDLREYRRFEKEKLKSQWNNDNPLFKSATTTVMNPKFAES
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VIWKALIHLSDLREYRRFEKEKLKSQWNNDNPLFKSATTTVMNPKFAES
730 740 750 760
>>NP_001290167 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 iso (700 aa)
initn: 4949 init1: 4949 opt: 4949 Z-score: 3515.2 bits: 661.0 E(85289): 4.7e-189
Smith-Waterman score: 4949; 100.0% identity (100.0% similar) in 700 aa overlap (70-769:1-700)
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 GPGCTWCQKLNFTGPGDPDSIRCDTRPQLLMRGCAADDIMDPTSLAETQEDHNGGQKQLS
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MRGCAADDIMDPTSLAETQEDHNGGQKQLS
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 PQKVTLYLRPGQAAAFNVTFRRAKGYPIDLYYLMDLSYSMLDDLRNVKKLGGDLLRALNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PQKVTLYLRPGQAAAFNVTFRRAKGYPIDLYYLMDLSYSMLDDLRNVKKLGGDLLRALNE
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 ITESGRIGFGSFVDKTVLPFVNTHPDKLRNPCPNKEKECQPPFAFRHVLKLTNNSNQFQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ITESGRIGFGSFVDKTVLPFVNTHPDKLRNPCPNKEKECQPPFAFRHVLKLTNNSNQFQT
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 EVGKQLISGNLDAPEGGLDAMMQVAACPEEIGWRNVTRLLVFATDDGFHFAGDGKLGAIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EVGKQLISGNLDAPEGGLDAMMQVAACPEEIGWRNVTRLLVFATDDGFHFAGDGKLGAIL
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 TPNDGRCHLEDNLYKRSNEFDYPSVGQLAHKLAENNIQPIFAVTSRMVKTYEKLTEIIPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TPNDGRCHLEDNLYKRSNEFDYPSVGQLAHKLAENNIQPIFAVTSRMVKTYEKLTEIIPK
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 SAVGELSEDSSNVVHLIKNAYNKLSSRVFLDHNALPDTLKVTYDSFCSNGVTHRNQPRGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAVGELSEDSSNVVHLIKNAYNKLSSRVFLDHNALPDTLKVTYDSFCSNGVTHRNQPRGD
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:::.:::.:: :.: .:: ::..:::: .:: .. .:::: :. ::.. :::.::
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.. :. :. :::: .. . . : ..:. .. : ... .. . ::
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: : :.::: .:. :.. .. ... : ::: :::::. . .:..: :::.::: ::..:
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.:: .:::.::: : :.:..:: ....:.: : .: .:. . ::.:. :.:: .:
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60827320 residues in 85289 library sequences
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start: Sat Nov 5 15:27:45 2016 done: Sat Nov 5 15:27:47 2016
Total Scan time: 10.510 Total Display time: 0.190
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]