Result of FASTA (omim) for
pF1KB5751
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5751, 808 aa
1>>>pF1KB5751 808 - 808 aa - 808 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1156+/-0.000349; mu= 17.9932+/- 0.022
mean_var=109.7691+/-22.782, 0's: 0 Z-trim(117.1): 282 B-trim: 470 in 1/53
Lambda= 0.122415
statistics sampled from 28497 (28803) to 28497 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.682), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 14.360
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000584 (OMIM: 170260,604571) antigen peptide tr ( 808) 5316 950.2 0
NP_001278951 (OMIM: 170260,604571) antigen peptide ( 547) 3519 632.6 1.4e-180
NP_062571 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette sub- ( 766) 1537 282.7 4.1e-75
XP_011536398 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 766) 1537 282.7 4.1e-75
XP_016874592 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 766) 1537 282.7 4.1e-75
XP_011536397 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 766) 1537 282.7 4.1e-75
XP_005253615 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 548) 1422 262.3 4.1e-69
XP_011536400 (OMIM: 605453) PREDICTED: ATP-binding ( 548) 1422 262.3 4.1e-69
NP_000535 (OMIM: 170261,604571) antigen peptide tr ( 703) 1415 261.2 1.2e-68
NP_001229943 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette s ( 681) 1411 260.4 1.9e-68
NP_982269 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette sub- ( 683) 1410 260.3 2.1e-68
NP_001276972 (OMIM: 170261,604571) antigen peptide ( 686) 1404 259.2 4.4e-68
NP_061313 (OMIM: 170261,604571) antigen peptide tr ( 653) 1336 247.2 1.8e-64
NP_036221 (OMIM: 605454) ATP-binding cassette sub- ( 738) 1147 213.8 2.2e-54
XP_011542437 (OMIM: 605454) PREDICTED: ATP-binding ( 559) 1071 200.3 1.9e-50
NP_001269220 (OMIM: 605464) ATP-binding cassette s ( 735) 1049 196.5 3.5e-49
NP_001269222 (OMIM: 605464) ATP-binding cassette s ( 630) 1039 194.7 1.1e-48
NP_009119 (OMIM: 605464) ATP-binding cassette sub- ( 718) 1039 194.8 1.2e-48
NP_001269221 (OMIM: 605464) ATP-binding cassette s ( 693) 931 175.7 6.3e-43
NP_062570 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette sub- ( 723) 903 170.7 2e-41
XP_011542438 (OMIM: 605454) PREDICTED: ATP-binding ( 442) 887 167.7 9.8e-41
NP_000918 (OMIM: 120080,171050,612244) multidrug r (1280) 893 169.2 1e-40
NP_001157413 (OMIM: 611785) ATP-binding cassette s (1257) 883 167.4 3.5e-40
XP_011510382 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE ( 936) 870 165.0 1.4e-39
XP_016860654 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1314) 870 165.1 1.8e-39
NP_003733 (OMIM: 601847,603201,605479) bile salt e (1321) 870 165.1 1.8e-39
XP_006712880 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1335) 870 165.1 1.8e-39
XP_011510379 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1355) 870 165.1 1.8e-39
XP_011510380 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1355) 870 165.1 1.8e-39
XP_011514614 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1247) 868 164.8 2.2e-39
XP_011514613 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1251) 868 164.8 2.2e-39
XP_011514612 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1259) 868 164.8 2.2e-39
NP_061337 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) phos (1286) 868 164.8 2.2e-39
XP_011514610 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1294) 868 164.8 2.2e-39
XP_016867812 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1294) 868 164.8 2.2e-39
XP_011513669 (OMIM: 611785) PREDICTED: ATP-binding ( 812) 847 160.9 2.1e-38
NP_848654 (OMIM: 611785) ATP-binding cassette sub- ( 812) 847 160.9 2.1e-38
NP_000434 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) phos (1279) 835 158.9 1.3e-37
XP_011514611 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1287) 830 158.1 2.3e-37
XP_016860655 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE (1098) 777 148.6 1.4e-34
XP_011510383 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE ( 763) 760 145.5 8.3e-34
XP_011514617 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1074) 762 146.0 8.4e-34
NP_061338 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) phos (1232) 720 138.6 1.6e-31
XP_011514615 (OMIM: 171060,600803,602347,614972) P (1232) 720 138.6 1.6e-31
XP_016860656 (OMIM: 601847,603201,605479) PREDICTE ( 916) 690 133.2 5e-30
NP_005680 (OMIM: 111600,605452,609153,614497,61540 ( 842) 664 128.6 1.1e-28
NP_001229942 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette s ( 703) 654 126.8 3.4e-28
NP_001258627 (OMIM: 300135,301310) ATP-binding cas ( 726) 650 126.1 5.6e-28
NP_001258625 (OMIM: 300135,301310) ATP-binding cas ( 752) 650 126.1 5.8e-28
NP_004290 (OMIM: 300135,301310) ATP-binding casset ( 753) 650 126.1 5.8e-28
>>NP_000584 (OMIM: 170260,604571) antigen peptide transp (808 aa)
initn: 5316 init1: 5316 opt: 5316 Z-score: 5076.1 bits: 950.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5316; 100.0% identity (100.0% similar) in 808 aa overlap (1-808:1-808)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAELLASAGSACSWDFPRAPPSFPPPAASRGGLGGTRSFRPHRGAESPRPGRDRDGVRVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MAELLASAGSACSWDFPRAPPSFPPPAASRGGLGGTRSFRPHRGAESPRPGRDRDGVRVP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 MASSRCPAPRGCRCLPGASLAWLGTVLLLLADWVLLRTALPRIFSLLVPTALPLLRVWAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MASSRCPAPRGCRCLPGASLAWLGTVLLLLADWVLLRTALPRIFSLLVPTALPLLRVWAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GLSRWAVLWLGACGVLRATVGSKSENAGAQGWLAALKPLAAALGLALPGLALFRELISWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GLSRWAVLWLGACGVLRATVGSKSENAGAQGWLAALKPLAAALGLALPGLALFRELISWG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 APGSADSTRLLHWGSHPTAFVVSYAAALPAAALWHKLGSLWVPGGQGGSGNPVRRLLGCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 APGSADSTRLLHWGSHPTAFVVSYAAALPAAALWHKLGSLWVPGGQGGSGNPVRRLLGCL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GSETRRLSLFLVLVVLSSLGEMAIPFFTGRLTDWILQDGSADTFTRNLTLMSILTIASAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GSETRRLSLFLVLVVLSSLGEMAIPFFTGRLTDWILQDGSADTFTRNLTLMSILTIASAV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LEFVGDGIYNNTMGHVHSHLQGEVFGAVLRQETEFFQQNQTGNIMSRVTEDTSTLSDSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LEFVGDGIYNNTMGHVHSHLQGEVFGAVLRQETEFFQQNQTGNIMSRVTEDTSTLSDSLS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ENLSLFLWYLVRGLCLLGIMLWGSVSLTMVTLITLPLLFLLPKKVGKWYQLLEVQVRESL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ENLSLFLWYLVRGLCLLGIMLWGSVSLTMVTLITLPLLFLLPKKVGKWYQLLEVQVRESL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 AKSSQVAIEALSAMPTVRSFANEEGEAQKFREKLQEIKTLNQKEAVAYAVNSWTTSISGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AKSSQVAIEALSAMPTVRSFANEEGEAQKFREKLQEIKTLNQKEAVAYAVNSWTTSISGM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 LLKVGILYIGGQLVTSGAVSSGNLVTFVLYQMQFTQAVEVLLSIYPRVQKAVGSSEKIFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LLKVGILYIGGQLVTSGAVSSGNLVTFVLYQMQFTQAVEVLLSIYPRVQKAVGSSEKIFE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 YLDRTPRCPPSGLLTPLHLEGLVQFQDVSFAYPNRPDVLVLQGLTFTLRPGEVTALVGPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YLDRTPRCPPSGLLTPLHLEGLVQFQDVSFAYPNRPDVLVLQGLTFTLRPGEVTALVGPN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 GSGKSTVAALLQNLYQPTGGQLLLDGKPLPQYEHRYLHRQVAAVGQEPQVFGRSLQENIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GSGKSTVAALLQNLYQPTGGQLLLDGKPLPQYEHRYLHRQVAAVGQEPQVFGRSLQENIA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 YGLTQKPTMEEITAAAVKSGAHSFISGLPQGYDTEVDEAGSQLSGGQRQAVALARALIRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YGLTQKPTMEEITAAAVKSGAHSFISGLPQGYDTEVDEAGSQLSGGQRQAVALARALIRK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 PCVLILDDATSALDANSQLQVEQLLYESPERYSRSVLLITQHLSLVEQADHILFLEGGAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PCVLILDDATSALDANSQLQVEQLLYESPERYSRSVLLITQHLSLVEQADHILFLEGGAI
730 740 750 760 770 780
790 800
pF1KB5 REGGTHQQLMEKKGCYWAMVQAPADAPE
::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 REGGTHQQLMEKKGCYWAMVQAPADAPE
790 800
>>NP_001278951 (OMIM: 170260,604571) antigen peptide tra (547 aa)
initn: 3519 init1: 3519 opt: 3519 Z-score: 3363.3 bits: 632.6 E(85289): 1.4e-180
Smith-Waterman score: 3519; 100.0% identity (100.0% similar) in 547 aa overlap (262-808:1-547)
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 PVRRLLGCLGSETRRLSLFLVLVVLSSLGEMAIPFFTGRLTDWILQDGSADTFTRNLTLM
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAIPFFTGRLTDWILQDGSADTFTRNLTLM
10 20 30
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 SILTIASAVLEFVGDGIYNNTMGHVHSHLQGEVFGAVLRQETEFFQQNQTGNIMSRVTED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SILTIASAVLEFVGDGIYNNTMGHVHSHLQGEVFGAVLRQETEFFQQNQTGNIMSRVTED
40 50 60 70 80 90
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 TSTLSDSLSENLSLFLWYLVRGLCLLGIMLWGSVSLTMVTLITLPLLFLLPKKVGKWYQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TSTLSDSLSENLSLFLWYLVRGLCLLGIMLWGSVSLTMVTLITLPLLFLLPKKVGKWYQL
100 110 120 130 140 150
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 LEVQVRESLAKSSQVAIEALSAMPTVRSFANEEGEAQKFREKLQEIKTLNQKEAVAYAVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LEVQVRESLAKSSQVAIEALSAMPTVRSFANEEGEAQKFREKLQEIKTLNQKEAVAYAVN
160 170 180 190 200 210
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 SWTTSISGMLLKVGILYIGGQLVTSGAVSSGNLVTFVLYQMQFTQAVEVLLSIYPRVQKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SWTTSISGMLLKVGILYIGGQLVTSGAVSSGNLVTFVLYQMQFTQAVEVLLSIYPRVQKA
220 230 240 250 260 270
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 VGSSEKIFEYLDRTPRCPPSGLLTPLHLEGLVQFQDVSFAYPNRPDVLVLQGLTFTLRPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VGSSEKIFEYLDRTPRCPPSGLLTPLHLEGLVQFQDVSFAYPNRPDVLVLQGLTFTLRPG
280 290 300 310 320 330
600 610 620 630 640 650
pF1KB5 EVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQLLLDGKPLPQYEHRYLHRQVAAVGQEPQVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQLLLDGKPLPQYEHRYLHRQVAAVGQEPQVF
340 350 360 370 380 390
660 670 680 690 700 710
pF1KB5 GRSLQENIAYGLTQKPTMEEITAAAVKSGAHSFISGLPQGYDTEVDEAGSQLSGGQRQAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GRSLQENIAYGLTQKPTMEEITAAAVKSGAHSFISGLPQGYDTEVDEAGSQLSGGQRQAV
400 410 420 430 440 450
720 730 740 750 760 770
pF1KB5 ALARALIRKPCVLILDDATSALDANSQLQVEQLLYESPERYSRSVLLITQHLSLVEQADH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALARALIRKPCVLILDDATSALDANSQLQVEQLLYESPERYSRSVLLITQHLSLVEQADH
460 470 480 490 500 510
780 790 800
pF1KB5 ILFLEGGAIREGGTHQQLMEKKGCYWAMVQAPADAPE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ILFLEGGAIREGGTHQQLMEKKGCYWAMVQAPADAPE
520 530 540
>>NP_062571 (OMIM: 605453) ATP-binding cassette sub-fami (766 aa)
initn: 1531 init1: 1163 opt: 1537 Z-score: 1469.5 bits: 282.7 E(85289): 4.1e-75
Smith-Waterman score: 1557; 37.9% identity (69.2% similar) in 746 aa overlap (82-801:4-739)
60 70 80 90 100
pF1KB5 RDRDGVRVPMASSRCPAPRGCRCLPGASLAWLGTVLLL--LADWVLLRTALPRIFSLLVP
: ..:. : .. . . ::. .:: :
NP_062 MRLWKAVVVTLAFMSVDICVTTAI-YVFSHLDR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 TALPLLR---VWAVGLSRWAVLWLGACGVLRATVG-SKSENAGAQ----GWLAALKPLAA
. : .: .. :. ::. .: .: ::.: .:. : . .::. . .
NP_062 SLLEDIRHFNIFDSVLDLWAACLYRSCLLLGATIGVAKNSALGPRRLRASWLV-ITLVCL
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200
pF1KB5 ALGL-ALPGLALFRE------------LISWGAPGSADSTRLLHW---GSHPTAFVVSYA
.:. :. : :: : :. : : .. :: : .: . .. .
NP_062 FVGIYAMVKLLLFSEVRRPIRDPWFWALFVWTYI-SLGASFLLWWLLSTVRPGTQALEPG
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 AALPAAALWHKLGSLWVPGGQGGSGNPVRRLLGCLGSETRRLSLFLVLVVLSSLGEMAIP
:: : .. :: : :. :: ...::. .. : ......::: .:
NP_062 AATEAEGF---PGSGRPPPEQA-SGATLQKLLSYTKPDVAFLVAASFFLIVAALGETFLP
160 170 180 190 200
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 FFTGRLTDWILQDGSADTFTRNLTLMSILTIASAVLEFVGDGIYNNTMGHVHSHLQGEVF
..::: : :. . : : :. .... .:.:.:. . ::.. ..... .:.. .:
NP_062 YYTGRAIDGIVIQKSMDQFSTAVVIVCLLAIGSSFAAGIRGGIFTLIFARLNIRLRNCLF
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 GAVLRQETEFFQQNQTGNIMSRVTEDTSTLSDSLSENLSLFLWYLVRGLCLLGIMLWGSV
... ::: ::..:.::...::.: ::. .:: .:.:...:: :. .. .:. :
NP_062 RSLVSQETSFFDENRTGDLISRLTSDTTMVSDLVSQNINVFLRNTVKVTGVVVFMFSLSW
270 280 290 300 310 320
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 SLTMVTLITLPLLFLLPKKVGKWYQLLEVQVRESLAKSSQVAIEALSAMPTVRSFANEEG
.:..::.. .:..... . ::.:. : .:...::..:..: :..::: :::::::::
NP_062 QLSLVTFMGFPIIMMVSNIYGKYYKRLSKEVQNALARASNTAEETISAMKTVRSFANEEE
330 340 350 360 370 380
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 EAQKFREKLQEIKTLNQKEAVAYAVNSWTTSISGMLLKVGILYIGGQLVTSGAVSSGNLV
::. . .:::.. ::.:::.:: : .... ....:.::: ::.:: :: ..::::.
NP_062 EAEVYLRKLQQVYKLNRKEAAAYMYYVWGSGLTLLVVQVSILYYGGHLVISGQMTSGNLI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]