Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5751
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5751, 808 aa
1>>>pF1KB5751 808 - 808 aa - 808 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5485+/-0.000879; mu= 15.6217+/- 0.053
mean_var=106.2559+/-21.712, 0's: 0 Z-trim(110.3): 79 B-trim: 657 in 1/50
Lambda= 0.124422
statistics sampled from 11395 (11475) to 11395 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.352), width: 16
Scan time: 4.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4758.1 TAP1 gene_id:6890|Hs108|chr6 ( 808) 5316 965.2 0
CCDS9241.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 766) 1537 286.9 8.9e-77
CCDS58287.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 681) 1411 264.2 5.2e-70
CCDS58288.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 683) 1410 264.0 5.9e-70
CCDS78129.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 686) 1404 263.0 1.3e-69
CCDS4755.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 653) 1336 250.7 5.7e-66
CCDS1580.1 ABCB10 gene_id:23456|Hs108|chr1 ( 738) 1147 216.8 1e-55
CCDS64799.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 735) 1049 199.3 2e-50
CCDS64798.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 630) 1039 197.4 6.2e-50
CCDS5913.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 718) 1039 197.5 6.9e-50
CCDS64800.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 693) 931 178.1 4.6e-44
CCDS5608.1 ABCB1 gene_id:5243|Hs108|chr7 (1280) 893 171.4 8.5e-42
CCDS55090.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 (1257) 883 169.6 2.9e-41
CCDS46444.1 ABCB11 gene_id:8647|Hs108|chr2 (1321) 870 167.3 1.5e-40
CCDS5606.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1286) 868 166.9 1.9e-40
CCDS5371.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 812) 847 163.0 1.8e-39
CCDS5605.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1279) 835 161.0 1.2e-38
CCDS5607.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1232) 720 140.3 1.8e-32
CCDS2436.1 ABCB6 gene_id:10058|Hs108|chr2 ( 842) 664 130.2 1.4e-29
CCDS58286.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 703) 654 128.3 4.3e-29
CCDS65291.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 752) 650 127.6 7.5e-29
CCDS14428.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 753) 650 127.6 7.5e-29
CCDS65290.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 712) 647 127.1 1e-28
CCDS75994.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 713) 647 127.1 1e-28
CCDS7484.1 ABCC2 gene_id:1244|Hs108|chr10 (1545) 592 117.4 1.8e-25
CCDS10568.1 ABCC6 gene_id:368|Hs108|chr16 (1503) 583 115.8 5.5e-25
CCDS4896.1 ABCC10 gene_id:89845|Hs108|chr6 (1464) 575 114.4 1.5e-24
CCDS56430.1 ABCC10 gene_id:89845|Hs108|chr6 (1492) 575 114.4 1.5e-24
CCDS42122.1 ABCC1 gene_id:4363|Hs108|chr16 (1531) 541 108.3 1e-22
CCDS9474.1 ABCC4 gene_id:10257|Hs108|chr13 (1325) 506 101.9 7.2e-21
CCDS8693.1 ABCC9 gene_id:10060|Hs108|chr12 (1549) 465 94.6 1.3e-18
CCDS8694.1 ABCC9 gene_id:10060|Hs108|chr12 (1549) 450 91.9 8.6e-18
CCDS55091.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 131) 327 69.2 5.1e-12
CCDS55092.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 126) 310 66.1 4.1e-11
>>CCDS4758.1 TAP1 gene_id:6890|Hs108|chr6 (808 aa)
initn: 5316 init1: 5316 opt: 5316 Z-score: 5157.6 bits: 965.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5316; 100.0% identity (100.0% similar) in 808 aa overlap (1-808:1-808)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAELLASAGSACSWDFPRAPPSFPPPAASRGGLGGTRSFRPHRGAESPRPGRDRDGVRVP
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CCDS47 MAELLASAGSACSWDFPRAPPSFPPPAASRGGLGGTRSFRPHRGAESPRPGRDRDGVRVP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 MASSRCPAPRGCRCLPGASLAWLGTVLLLLADWVLLRTALPRIFSLLVPTALPLLRVWAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MASSRCPAPRGCRCLPGASLAWLGTVLLLLADWVLLRTALPRIFSLLVPTALPLLRVWAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GLSRWAVLWLGACGVLRATVGSKSENAGAQGWLAALKPLAAALGLALPGLALFRELISWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GLSRWAVLWLGACGVLRATVGSKSENAGAQGWLAALKPLAAALGLALPGLALFRELISWG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 APGSADSTRLLHWGSHPTAFVVSYAAALPAAALWHKLGSLWVPGGQGGSGNPVRRLLGCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 APGSADSTRLLHWGSHPTAFVVSYAAALPAAALWHKLGSLWVPGGQGGSGNPVRRLLGCL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GSETRRLSLFLVLVVLSSLGEMAIPFFTGRLTDWILQDGSADTFTRNLTLMSILTIASAV
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CCDS47 GSETRRLSLFLVLVVLSSLGEMAIPFFTGRLTDWILQDGSADTFTRNLTLMSILTIASAV
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310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LEFVGDGIYNNTMGHVHSHLQGEVFGAVLRQETEFFQQNQTGNIMSRVTEDTSTLSDSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LEFVGDGIYNNTMGHVHSHLQGEVFGAVLRQETEFFQQNQTGNIMSRVTEDTSTLSDSLS
310 320 330 340 350 360
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pF1KB5 ENLSLFLWYLVRGLCLLGIMLWGSVSLTMVTLITLPLLFLLPKKVGKWYQLLEVQVRESL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ENLSLFLWYLVRGLCLLGIMLWGSVSLTMVTLITLPLLFLLPKKVGKWYQLLEVQVRESL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 AKSSQVAIEALSAMPTVRSFANEEGEAQKFREKLQEIKTLNQKEAVAYAVNSWTTSISGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AKSSQVAIEALSAMPTVRSFANEEGEAQKFREKLQEIKTLNQKEAVAYAVNSWTTSISGM
430 440 450 460 470 480
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pF1KB5 LLKVGILYIGGQLVTSGAVSSGNLVTFVLYQMQFTQAVEVLLSIYPRVQKAVGSSEKIFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LLKVGILYIGGQLVTSGAVSSGNLVTFVLYQMQFTQAVEVLLSIYPRVQKAVGSSEKIFE
490 500 510 520 530 540
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pF1KB5 YLDRTPRCPPSGLLTPLHLEGLVQFQDVSFAYPNRPDVLVLQGLTFTLRPGEVTALVGPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YLDRTPRCPPSGLLTPLHLEGLVQFQDVSFAYPNRPDVLVLQGLTFTLRPGEVTALVGPN
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610 620 630 640 650 660
pF1KB5 GSGKSTVAALLQNLYQPTGGQLLLDGKPLPQYEHRYLHRQVAAVGQEPQVFGRSLQENIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GSGKSTVAALLQNLYQPTGGQLLLDGKPLPQYEHRYLHRQVAAVGQEPQVFGRSLQENIA
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pF1KB5 YGLTQKPTMEEITAAAVKSGAHSFISGLPQGYDTEVDEAGSQLSGGQRQAVALARALIRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YGLTQKPTMEEITAAAVKSGAHSFISGLPQGYDTEVDEAGSQLSGGQRQAVALARALIRK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 PCVLILDDATSALDANSQLQVEQLLYESPERYSRSVLLITQHLSLVEQADHILFLEGGAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PCVLILDDATSALDANSQLQVEQLLYESPERYSRSVLLITQHLSLVEQADHILFLEGGAI
730 740 750 760 770 780
790 800
pF1KB5 REGGTHQQLMEKKGCYWAMVQAPADAPE
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 REGGTHQQLMEKKGCYWAMVQAPADAPE
790 800
>>CCDS9241.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 (766 aa)
initn: 1531 init1: 1163 opt: 1537 Z-score: 1491.9 bits: 286.9 E(32554): 8.9e-77
Smith-Waterman score: 1557; 37.9% identity (69.2% similar) in 746 aa overlap (82-801:4-739)
60 70 80 90 100
pF1KB5 RDRDGVRVPMASSRCPAPRGCRCLPGASLAWLGTVLLL--LADWVLLRTALPRIFSLLVP
: ..:. : .. . . ::. .:: :
CCDS92 MRLWKAVVVTLAFMSVDICVTTAI-YVFSHLDR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
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. : .: .. :. ::. .: .: ::.: .:. : . .::. . .
CCDS92 SLLEDIRHFNIFDSVLDLWAACLYRSCLLLGATIGVAKNSALGPRRLRASWLV-ITLVCL
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170 180 190 200
pF1KB5 ALGL-ALPGLALFRE------------LISWGAPGSADSTRLLHW---GSHPTAFVVSYA
.:. :. : :: : :. : : .. :: : .: . .. .
CCDS92 FVGIYAMVKLLLFSEVRRPIRDPWFWALFVWTYI-SLGASFLLWWLLSTVRPGTQALEPG
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210 220 230 240 250 260
pF1KB5 AALPAAALWHKLGSLWVPGGQGGSGNPVRRLLGCLGSETRRLSLFLVLVVLSSLGEMAIP
:: : .. :: : :. :: ...::. .. : ......::: .:
CCDS92 AATEAEGF---PGSGRPPPEQA-SGATLQKLLSYTKPDVAFLVAASFFLIVAALGETFLP
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270 280 290 300 310 320
pF1KB5 FFTGRLTDWILQDGSADTFTRNLTLMSILTIASAVLEFVGDGIYNNTMGHVHSHLQGEVF
..::: : :. . : : :. .... .:.:.:. . ::.. ..... .:.. .:
CCDS92 YYTGRAIDGIVIQKSMDQFSTAVVIVCLLAIGSSFAAGIRGGIFTLIFARLNIRLRNCLF
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 GAVLRQETEFFQQNQTGNIMSRVTEDTSTLSDSLSENLSLFLWYLVRGLCLLGIMLWGSV
... ::: ::..:.::...::.: ::. .:: .:.:...:: :. .. .:. :
CCDS92 RSLVSQETSFFDENRTGDLISRLTSDTTMVSDLVSQNINVFLRNTVKVTGVVVFMFSLSW
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pF1KB5 SLTMVTLITLPLLFLLPKKVGKWYQLLEVQVRESLAKSSQVAIEALSAMPTVRSFANEEG
.:..::.. .:..... . ::.:. : .:...::..:..: :..::: :::::::::
CCDS92 QLSLVTFMGFPIIMMVSNIYGKYYKRLSKEVQNALARASNTAEETISAMKTVRSFANEEE
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pF1KB5 EAQKFREKLQEIKTLNQKEAVAYAVNSWTTSISGMLLKVGILYIGGQLVTSGAVSSGNLV
::. . .:::.. ::.:::.:: : .... ....:.::: ::.:: :: ..::::.
CCDS92 EAEVYLRKLQQVYKLNRKEAAAYMYYVWGSGLTLLVVQVSILYYGGHLVISGQMTSGNLI
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pF1KB5 TFVLYQMQFTQAVEVLLSIYPRVQKAVGSSEKIFEYLDRTPRCPPSGLLTPLHLEGLVQF
.:..:.. . . .: . :.: ....::..::.::..:: : .: :.: :::: :.:
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pF1KB5 QDVSFAYPNRPDVLVLQGLTFTLRPGEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQLLLD
..:.:.: .:: . :::...:.: ::.:::::::.:::::. . .:.:.: ::..:::
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pF1KB5 GKPLPQYEHRYLHRQVAAVGQEPQVFGRSLQENIAYGLTQKPTMEEITAAAVKSGAHSFI
:::. :.:.:::: .. :.::: .:.::. .::.::: : .: .. :: :..::.::
CCDS92 GKPISAYDHKYLHRVISLVSQEPVLFARSITDNISYGLPTVP-FEMVVEAAQKANAHGFI
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pF1KB5 SGLPQGYDTEVDEAGSQLSGGQRQAVALARALIRKPCVLILDDATSALDANSQLQVEQLL
: .::.::. : :.::::::.: ::.::::.:.: :::::.:::::::.:. ..: .
CCDS92 MELQDGYSTETGEKGAQLSGGQKQRVAMARALVRNPPVLILDEATSALDAESEYLIQQAI
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pF1KB5 YESPERYSRSVLLITQHLSLVEQADHILFLEGGAIREGGTHQQLMEKKGCYWAMVQAPAD
. . .... ::.:...:: ::.: :. :. : . . ::::::. . : : .::
CCDS92 HGNLQKHT--VLIIAHRLSTVEHAHLIVVLDKGRVVQQGTHQQLLAQGGLYAKLVQRQML
690 700 710 720 730 740
pF1KB5 APE
CCDS92 GLQPAADFTAGHNEPVANGSHKA
750 760
>>CCDS58287.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 (681 aa)
initn: 1406 init1: 1163 opt: 1411 Z-score: 1370.4 bits: 264.2 E(32554): 5.2e-70
Smith-Waterman score: 1431; 38.0% identity (69.2% similar) in 686 aa overlap (82-741:4-681)
60 70 80 90 100
pF1KB5 RDRDGVRVPMASSRCPAPRGCRCLPGASLAWLGTVLLL--LADWVLLRTALPRIFSLLVP
: ..:. : .. . . ::. .:: :
CCDS58 MRLWKAVVVTLAFMSVDICVTTAI-YVFSHLDR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 TALPLLR---VWAVGLSRWAVLWLGACGVLRATVG-SKSENAGAQ----GWLAALKPLAA
. : .: .. :. ::. .: .: ::.: .:. : . .::. . .
CCDS58 SLLEDIRHFNIFDSVLDLWAACLYRSCLLLGATIGVAKNSALGPRRLRASWLV-ITLVCL
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200
pF1KB5 ALGL-ALPGLALFRE------------LISWGAPGSADSTRLLHW---GSHPTAFVVSYA
.:. :. : :: : :. : . : .. :: : .: . .. .
CCDS58 FVGIYAMVKLLLFSEVRRPIRDPWFWALFVW-TYISLGASFLLWWLLSTVRPGTQALEPG
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 AALPAAALWHKLGSLWVPGGQGGSGNPVRRLLGCLGSETRRLSLFLVLVVLSSLGEMAIP
:: : .. :: : :. :: ...::. .. : ......::: .:
CCDS58 AATEAEGFP---GSGRPPPEQA-SGATLQKLLSYTKPDVAFLVAASFFLIVAALGETFLP
160 170 180 190 200
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 FFTGRLTDWILQDGSADTFTRNLTLMSILTIASAVLEFVGDGIYNNTMGHVHSHLQGEVF
..::: : :. . : : :. .... .:.:.:. . ::.. ..... .:.. .:
CCDS58 YYTGRAIDGIVIQKSMDQFSTAVVIVCLLAIGSSFAAGIRGGIFTLIFARLNIRLRNCLF
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 GAVLRQETEFFQQNQTGNIMSRVTEDTSTLSDSLSENLSLFLWYLVRGLCLLGIMLWGSV
... ::: ::..:.::...::.: ::. .:: .:.:...:: :. .. .:. :
CCDS58 RSLVSQETSFFDENRTGDLISRLTSDTTMVSDLVSQNINVFLRNTVKVTGVVVFMFSLSW
270 280 290 300 310 320
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 SLTMVTLITLPLLFLLPKKVGKWYQLLEVQVRESLAKSSQVAIEALSAMPTVRSFANEEG
.:..::.. .:..... . ::.:. : .:...::..:..: :..::: :::::::::
CCDS58 QLSLVTFMGFPIIMMVSNIYGKYYKRLSKEVQNALARASNTAEETISAMKTVRSFANEEE
330 340 350 360 370 380
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pF1KB5 EAQKFREKLQEIKTLNQKEAVAYAVNSWTTSISGMLLKVGILYIGGQLVTSGAVSSGNLV
::. . .:::.. ::.:::.:: : .... ....:.::: ::.:: :: ..::::.
CCDS58 EAEVYLRKLQQVYKLNRKEAAAYMYYVWGSGLTLLVVQVSILYYGGHLVISGQMTSGNLI
390 400 410 420 430 440
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pF1KB5 TFVLYQMQFTQAVEVLLSIYPRVQKAVGSSEKIFEYLDRTPRCPPSGLLTPLHLEGLVQF
.:..:.. . . .: . :.: ....::..::.::..:: : .: :.: :::: :.:
CCDS58 AFIIYEFVLGDCMESVGSVYSGLMQGVGAAEKVFEFIDRQPTMVHDGSLAPDHLEGRVDF
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pF1KB5 QDVSFAYPNRPDVLVLQGLTFTLRPGEVTALVGPNGSGKSTVAALLQNLYQPTGGQLLLD
..:.:.: .:: . :::...:.: ::.:::::::.:::::. . .:.:.: ::..:::
CCDS58 ENVTFTYRTRPHTQVLQNVSFSLSPGKVTALVGPSGSGKSSCVNILENFYPLEGGRVLLD
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pF1KB5 GKPLPQYEHRYLHRQVAAVGQEPQVFGRSLQENIAYGLTQKPTMEEITAAAVKSGAHSFI
:::. :.:.:::: .. :.::: .:.::. .::.::: : .: .. :: :..::.::
CCDS58 GKPISAYDHKYLHRVISLVSQEPVLFARSITDNISYGLPTVP-FEMVVEAAQKANAHGFI
570 580 590 600 610 620
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pF1KB5 SGLPQGYDTEVDEAGSQLSGGQRQAVALARALIRKPCVLILDDATSALDANSQLQVEQLL
: .::.::. : :.::::::.: ::.::::.:.: :::::.:::::::.:. .
CCDS58 MELQDGYSTETGEKGAQLSGGQKQRVAMARALVRNPPVLILDEATSALDAESEYLI
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CCDS15 VANAVAFIRNFPQGFNTVVGEKGVLLSGGQKQRIAIARALLKNPKILLLDEATSALDAEN
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]