Result of FASTA (omim) for
pF1KB5711
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5711, 785 aa
1>>>pF1KB5711 785 - 785 aa - 785 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
64236559 residues in 92054 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1060+/-0.000431; mu= 15.8928+/- 0.027
mean_var=80.5001+/-16.649, 0's: 0 Z-trim(111.1): 399 B-trim: 853 in 2/51
Lambda= 0.142947
statistics sampled from 19922 (20355) to 19922 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.569), E-opt: 0.2 (0.221), width: 16
Scan time: 5.460
The best scores are: opt bits E(92054)
NP_001349367 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 p ( 785) 5105 1063.4 0
NP_387450 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 5105 1063.4 0
NP_004352 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 5105 1063.4 0
NP_001304143 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 2 p ( 630) 4023 840.2 0
NP_114097 (OMIM: 605807) cadherin-20 preproprotein ( 801) 3250 680.8 6.5e-195
XP_024306933 (OMIM: 605807) cadherin-20 isoform X1 ( 801) 3250 680.8 6.5e-195
NP_001787 (OMIM: 603008) cadherin-8 preproprotein ( 799) 3211 672.8 1.7e-192
NP_006718 (OMIM: 604555) cadherin-10 isoform 1 pre ( 788) 3185 667.4 7e-191
XP_011512225 (OMIM: 604555) cadherin-10 isoform X1 ( 788) 3185 667.4 7e-191
XP_011512223 (OMIM: 603007) cadherin-6 isoform X1 ( 790) 3180 666.4 1.4e-190
NP_004923 (OMIM: 603007) cadherin-6 isoform 1 prep ( 790) 3180 666.4 1.4e-190
XP_016864399 (OMIM: 603007) cadherin-6 isoform X1 ( 790) 3180 666.4 1.4e-190
XP_016864419 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform X1 ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
NP_001336487 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
NP_001336488 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
XP_016864413 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform X1 ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
XP_016864418 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform X1 ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
XP_005248285 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform X1 ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
XP_016864417 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform X1 ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
XP_016864415 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform X1 ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
NP_004925 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 pre ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
NP_001336485 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
XP_006714498 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform X1 ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
NP_001278885 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 1 ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
XP_016864416 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform X1 ( 790) 3179 666.2 1.7e-190
NP_001304153 (OMIM: 604555) cadherin-10 isoform 3 ( 786) 3174 665.1 3.4e-190
NP_057363 (OMIM: 609974) cadherin-9 preproprotein ( 789) 3122 654.4 5.7e-187
NP_001351035 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 ( 794) 3088 647.4 7.4e-185
NP_001351037 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 ( 794) 3088 647.4 7.4e-185
NP_004052 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 pre ( 794) 3088 647.4 7.4e-185
NP_001304156 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 ( 794) 3088 647.4 7.4e-185
NP_001351036 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 ( 794) 3088 647.4 7.4e-185
NP_001351034 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 ( 794) 3088 647.4 7.4e-185
NP_001351033 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 ( 794) 3088 647.4 7.4e-185
NP_001788 (OMIM: 211380,600023) cadherin-11 isofor ( 796) 3063 642.3 2.6e-183
XP_024305902 (OMIM: 211380,600023) cadherin-11 iso ( 796) 3063 642.3 2.6e-183
XP_005255819 (OMIM: 211380,600023) cadherin-11 iso ( 796) 3063 642.3 2.6e-183
XP_011521105 (OMIM: 211380,600023) cadherin-11 iso ( 796) 3063 642.3 2.6e-183
XP_005255820 (OMIM: 211380,600023) cadherin-11 iso ( 796) 3063 642.3 2.6e-183
XP_011512230 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform X2 ( 724) 3010 631.3 4.7e-180
XP_005255817 (OMIM: 603008) cadherin-8 isoform X1 ( 711) 2800 588.0 5.1e-167
XP_011527296 (OMIM: 609920) cadherin-22 isoform X1 ( 828) 2667 560.6 1e-158
NP_067071 (OMIM: 609920) cadherin-22 precursor [Ho ( 828) 2667 560.6 1e-158
NP_001317505 (OMIM: 211380,600023) cadherin-11 iso ( 670) 2654 557.9 5.6e-158
NP_066976 (OMIM: 603016) cadherin-19 isoform 1 pre ( 772) 2607 548.2 5.2e-155
XP_011512231 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform X3 ( 622) 2526 531.5 4.6e-150
NP_001349364 (OMIM: 603007) cadherin-6 isoform 2 p ( 663) 2525 531.3 5.7e-150
NP_001295321 (OMIM: 211380,600023) cadherin-11 iso ( 693) 2409 507.4 9.3e-143
XP_024307734 (OMIM: 609920) cadherin-22 isoform X2 ( 707) 2316 488.2 5.6e-137
NP_001336491 (OMIM: 603019) cadherin-18 isoform 4 ( 567) 2229 470.2 1.2e-131
>>NP_001349367 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prepr (785 aa)
initn: 5105 init1: 5105 opt: 5105 Z-score: 5688.5 bits: 1063.4 E(92054): 0
Smith-Waterman score: 5105; 99.7% identity (100.0% similar) in 785 aa overlap (1-785:1-785)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKLGKVEFCHFLQLIALFLCFSGMSQAELSRSRSKPYFQSGRSRTKRSWVWNQFFVLEEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKLGKVEFCHFLQLIALFLCFSGMSQAELSRSRSKPYFQSGRSRTKRSWVWNQFFVLEEY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 MGSDPLYVGKLHSDVDKGDGSIKYILSGEGASSIFIIDENTGDIHATKRLDREEQAYYTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MGSDPLYVGKLHSDVDKGDGSIKYILSGEGASSIFIIDENTGDIHATKRLDREEQAYYTL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RAQALDRLTNEPVEPESEFVIKIQDINDNEPKFLDGPYTAGVPEMSPVGTSVVQVTATDA
::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RAQALDRLTNKPVEPESEFVIKIQDINDNEPKFLDGPYTAGVPEMSPVGTSVVQVTATDA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 DDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVEPKTGVIKTALPNMDREAKDQYLLVIQAKDMVGQNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVEPKTGVIKTALPNMDREAKDQYLLVIQAKDMVGQNG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GLSGTTSVTVTLTDVNDNPPRFPRRSYQYNVPESLPVASVVARIKAADADIGANAEMEYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLSGTTSVTVTLTDVNDNPPRFPRRSYQYNVPESLPVASVVARIKAADADIGANAEMEYK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IVDGDGLGIFKISVDKETQEGIITIQKELDFEAKTSYTLRIEAANKDADPRFLSLGPFSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IVDGDGLGIFKISVDKETQEGIITIQKELDFEAKTSYTLRIEAANKDADPRFLSLGPFSD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 TTTVKIIVEDVDEPPVFSSPLYPMEVSEATQVGNIIGTVAAHDPDSSNSPVRYSIDRNTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TTTVKIIVEDVDEPPVFSSPLYPMEVSEATQVGNIIGTVAAHDPDSSNSPVRYSIDRNTD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 LERYFNIDANSGVITTAKSLDRETNAIHNITVLAMESQNPSQVGRGYVAITILDINDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LERYFNIDANSGVITTAKSLDRETNAIHNITVLAMESQNPSQVGRGYVAITILDINDNAP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 EFAMDYETTVCENAQPGQVIQKISAVDKDEPSNGHQFYFSLTTDATNNHNFSLKDNKDNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EFAMDYETTVCENAQPGQVIQKISAVDKDEPSNGHQFYFSLTTDATNNHNFSLKDNKDNT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 ASILTRRNGFRRQEQSVYYLPIFIVDSGSPSLSSTSTLTIRVCDCDADGVAQTCNAEAYV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASILTRRNGFRRQEQSVYYLPIFIVDSGSPSLSSTNTLTIRVCDCDADGVAQTCNAEAYV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 LPAGLSTGALIAILACVLTLLVLILLIVTMRRRKKEPLIFDEERDIRENIVRYDDEGGGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPAGLSTGALIAILACVLTLLVLILLIVTMRRRKKEPLIFDEERDIRENIVRYDDEGGGE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 EDTEAFDMAALRNLNVIRDTKTRRDVTPEIQFLSRPAFKSIPDNVIFREFIWERLKEADV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EDTEAFDMAALRNLNVIRDTKTRRDVTPEIQFLSRPAFKSIPDNVIFREFIWERLKEADV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 DPGAPPYDSLQTYAFEGNGSVAESLSSLDSISSNSDQNYDYLSDWGPRFKRLADMYGTGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DPGAPPYDSLQTYAFEGNGSVAESLSSLDSISSNSDQNYDYLSDWGPRFKRLADMYGTGQ
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 ESLYS
:::::
NP_001 ESLYS
>>NP_387450 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prepropr (785 aa)
initn: 5105 init1: 5105 opt: 5105 Z-score: 5688.5 bits: 1063.4 E(92054): 0
Smith-Waterman score: 5105; 99.7% identity (100.0% similar) in 785 aa overlap (1-785:1-785)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKLGKVEFCHFLQLIALFLCFSGMSQAELSRSRSKPYFQSGRSRTKRSWVWNQFFVLEEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 MKLGKVEFCHFLQLIALFLCFSGMSQAELSRSRSKPYFQSGRSRTKRSWVWNQFFVLEEY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 MGSDPLYVGKLHSDVDKGDGSIKYILSGEGASSIFIIDENTGDIHATKRLDREEQAYYTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 MGSDPLYVGKLHSDVDKGDGSIKYILSGEGASSIFIIDENTGDIHATKRLDREEQAYYTL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RAQALDRLTNEPVEPESEFVIKIQDINDNEPKFLDGPYTAGVPEMSPVGTSVVQVTATDA
::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 RAQALDRLTNKPVEPESEFVIKIQDINDNEPKFLDGPYTAGVPEMSPVGTSVVQVTATDA
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190 200 210 220 230 240
pF1KB5 DDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVEPKTGVIKTALPNMDREAKDQYLLVIQAKDMVGQNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 DDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVEPKTGVIKTALPNMDREAKDQYLLVIQAKDMVGQNG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GLSGTTSVTVTLTDVNDNPPRFPRRSYQYNVPESLPVASVVARIKAADADIGANAEMEYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 GLSGTTSVTVTLTDVNDNPPRFPRRSYQYNVPESLPVASVVARIKAADADIGANAEMEYK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IVDGDGLGIFKISVDKETQEGIITIQKELDFEAKTSYTLRIEAANKDADPRFLSLGPFSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 IVDGDGLGIFKISVDKETQEGIITIQKELDFEAKTSYTLRIEAANKDADPRFLSLGPFSD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 TTTVKIIVEDVDEPPVFSSPLYPMEVSEATQVGNIIGTVAAHDPDSSNSPVRYSIDRNTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 TTTVKIIVEDVDEPPVFSSPLYPMEVSEATQVGNIIGTVAAHDPDSSNSPVRYSIDRNTD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 LERYFNIDANSGVITTAKSLDRETNAIHNITVLAMESQNPSQVGRGYVAITILDINDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 LERYFNIDANSGVITTAKSLDRETNAIHNITVLAMESQNPSQVGRGYVAITILDINDNAP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 EFAMDYETTVCENAQPGQVIQKISAVDKDEPSNGHQFYFSLTTDATNNHNFSLKDNKDNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 EFAMDYETTVCENAQPGQVIQKISAVDKDEPSNGHQFYFSLTTDATNNHNFSLKDNKDNT
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pF1KB5 ASILTRRNGFRRQEQSVYYLPIFIVDSGSPSLSSTSTLTIRVCDCDADGVAQTCNAEAYV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
NP_387 ASILTRRNGFRRQEQSVYYLPIFIVDSGSPSLSSTNTLTIRVCDCDADGVAQTCNAEAYV
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610 620 630 640 650 660
pF1KB5 LPAGLSTGALIAILACVLTLLVLILLIVTMRRRKKEPLIFDEERDIRENIVRYDDEGGGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 LPAGLSTGALIAILACVLTLLVLILLIVTMRRRKKEPLIFDEERDIRENIVRYDDEGGGE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 EDTEAFDMAALRNLNVIRDTKTRRDVTPEIQFLSRPAFKSIPDNVIFREFIWERLKEADV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 EDTEAFDMAALRNLNVIRDTKTRRDVTPEIQFLSRPAFKSIPDNVIFREFIWERLKEADV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 DPGAPPYDSLQTYAFEGNGSVAESLSSLDSISSNSDQNYDYLSDWGPRFKRLADMYGTGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 DPGAPPYDSLQTYAFEGNGSVAESLSSLDSISSNSDQNYDYLSDWGPRFKRLADMYGTGQ
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 ESLYS
:::::
NP_387 ESLYS
>>NP_004352 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prepropr (785 aa)
initn: 5105 init1: 5105 opt: 5105 Z-score: 5688.5 bits: 1063.4 E(92054): 0
Smith-Waterman score: 5105; 99.7% identity (100.0% similar) in 785 aa overlap (1-785:1-785)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKLGKVEFCHFLQLIALFLCFSGMSQAELSRSRSKPYFQSGRSRTKRSWVWNQFFVLEEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MKLGKVEFCHFLQLIALFLCFSGMSQAELSRSRSKPYFQSGRSRTKRSWVWNQFFVLEEY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 MGSDPLYVGKLHSDVDKGDGSIKYILSGEGASSIFIIDENTGDIHATKRLDREEQAYYTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MGSDPLYVGKLHSDVDKGDGSIKYILSGEGASSIFIIDENTGDIHATKRLDREEQAYYTL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RAQALDRLTNEPVEPESEFVIKIQDINDNEPKFLDGPYTAGVPEMSPVGTSVVQVTATDA
::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RAQALDRLTNKPVEPESEFVIKIQDINDNEPKFLDGPYTAGVPEMSPVGTSVVQVTATDA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 DDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVEPKTGVIKTALPNMDREAKDQYLLVIQAKDMVGQNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVEPKTGVIKTALPNMDREAKDQYLLVIQAKDMVGQNG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GLSGTTSVTVTLTDVNDNPPRFPRRSYQYNVPESLPVASVVARIKAADADIGANAEMEYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GLSGTTSVTVTLTDVNDNPPRFPRRSYQYNVPESLPVASVVARIKAADADIGANAEMEYK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IVDGDGLGIFKISVDKETQEGIITIQKELDFEAKTSYTLRIEAANKDADPRFLSLGPFSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 IVDGDGLGIFKISVDKETQEGIITIQKELDFEAKTSYTLRIEAANKDADPRFLSLGPFSD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 TTTVKIIVEDVDEPPVFSSPLYPMEVSEATQVGNIIGTVAAHDPDSSNSPVRYSIDRNTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TTTVKIIVEDVDEPPVFSSPLYPMEVSEATQVGNIIGTVAAHDPDSSNSPVRYSIDRNTD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 LERYFNIDANSGVITTAKSLDRETNAIHNITVLAMESQNPSQVGRGYVAITILDINDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LERYFNIDANSGVITTAKSLDRETNAIHNITVLAMESQNPSQVGRGYVAITILDINDNAP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 EFAMDYETTVCENAQPGQVIQKISAVDKDEPSNGHQFYFSLTTDATNNHNFSLKDNKDNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EFAMDYETTVCENAQPGQVIQKISAVDKDEPSNGHQFYFSLTTDATNNHNFSLKDNKDNT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 ASILTRRNGFRRQEQSVYYLPIFIVDSGSPSLSSTSTLTIRVCDCDADGVAQTCNAEAYV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
NP_004 ASILTRRNGFRRQEQSVYYLPIFIVDSGSPSLSSTNTLTIRVCDCDADGVAQTCNAEAYV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 LPAGLSTGALIAILACVLTLLVLILLIVTMRRRKKEPLIFDEERDIRENIVRYDDEGGGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LPAGLSTGALIAILACVLTLLVLILLIVTMRRRKKEPLIFDEERDIRENIVRYDDEGGGE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 EDTEAFDMAALRNLNVIRDTKTRRDVTPEIQFLSRPAFKSIPDNVIFREFIWERLKEADV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EDTEAFDMAALRNLNVIRDTKTRRDVTPEIQFLSRPAFKSIPDNVIFREFIWERLKEADV
670 680 690 700 710 720
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pF1KB5 DPGAPPYDSLQTYAFEGNGSVAESLSSLDSISSNSDQNYDYLSDWGPRFKRLADMYGTGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DPGAPPYDSLQTYAFEGNGSVAESLSSLDSISSNSDQNYDYLSDWGPRFKRLADMYGTGQ
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 ESLYS
:::::
NP_004 ESLYS
>>NP_001304143 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 2 precu (630 aa)
initn: 4023 init1: 4023 opt: 4023 Z-score: 4484.0 bits: 840.2 E(92054): 0
Smith-Waterman score: 4023; 99.7% identity (100.0% similar) in 621 aa overlap (1-621:1-621)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKLGKVEFCHFLQLIALFLCFSGMSQAELSRSRSKPYFQSGRSRTKRSWVWNQFFVLEEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKLGKVEFCHFLQLIALFLCFSGMSQAELSRSRSKPYFQSGRSRTKRSWVWNQFFVLEEY
10 20 30 40 50 60
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pF1KB5 MGSDPLYVGKLHSDVDKGDGSIKYILSGEGASSIFIIDENTGDIHATKRLDREEQAYYTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MGSDPLYVGKLHSDVDKGDGSIKYILSGEGASSIFIIDENTGDIHATKRLDREEQAYYTL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RAQALDRLTNEPVEPESEFVIKIQDINDNEPKFLDGPYTAGVPEMSPVGTSVVQVTATDA
::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RAQALDRLTNKPVEPESEFVIKIQDINDNEPKFLDGPYTAGVPEMSPVGTSVVQVTATDA
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190 200 210 220 230 240
pF1KB5 DDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVEPKTGVIKTALPNMDREAKDQYLLVIQAKDMVGQNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVEPKTGVIKTALPNMDREAKDQYLLVIQAKDMVGQNG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GLSGTTSVTVTLTDVNDNPPRFPRRSYQYNVPESLPVASVVARIKAADADIGANAEMEYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLSGTTSVTVTLTDVNDNPPRFPRRSYQYNVPESLPVASVVARIKAADADIGANAEMEYK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IVDGDGLGIFKISVDKETQEGIITIQKELDFEAKTSYTLRIEAANKDADPRFLSLGPFSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IVDGDGLGIFKISVDKETQEGIITIQKELDFEAKTSYTLRIEAANKDADPRFLSLGPFSD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 TTTVKIIVEDVDEPPVFSSPLYPMEVSEATQVGNIIGTVAAHDPDSSNSPVRYSIDRNTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TTTVKIIVEDVDEPPVFSSPLYPMEVSEATQVGNIIGTVAAHDPDSSNSPVRYSIDRNTD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 LERYFNIDANSGVITTAKSLDRETNAIHNITVLAMESQNPSQVGRGYVAITILDINDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LERYFNIDANSGVITTAKSLDRETNAIHNITVLAMESQNPSQVGRGYVAITILDINDNAP
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pF1KB5 EFAMDYETTVCENAQPGQVIQKISAVDKDEPSNGHQFYFSLTTDATNNHNFSLKDNKDNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EFAMDYETTVCENAQPGQVIQKISAVDKDEPSNGHQFYFSLTTDATNNHNFSLKDNKDNT
490 500 510 520 530 540
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pF1KB5 ASILTRRNGFRRQEQSVYYLPIFIVDSGSPSLSSTSTLTIRVCDCDADGVAQTCNAEAYV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASILTRRNGFRRQEQSVYYLPIFIVDSGSPSLSSTNTLTIRVCDCDADGVAQTCNAEAYV
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610 620 630 640 650 660
pF1KB5 LPAGLSTGALIAILACVLTLLVLILLIVTMRRRKKEPLIFDEERDIRENIVRYDDEGGGE
:::::::::::::::::::::
NP_001 LPAGLSTGALIAILACVLTLLGRYCFQGLL
610 620 630
>>NP_114097 (OMIM: 605807) cadherin-20 preproprotein [Ho (801 aa)
initn: 3251 init1: 2896 opt: 3250 Z-score: 3620.9 bits: 680.8 E(92054): 6.5e-195
Smith-Waterman score: 3250; 63.1% identity (83.9% similar) in 785 aa overlap (1-780:14-795)
10 20 30 40
pF1KB5 MKLG-KVEFCHFLQLIALFLCFSGMSQAELSRSRS-KPYFQSGRSRT
. :: .. : ...: . : . :.:: : :: :: ..::
NP_114 MWTSGRMSNAKNWLGLGMSLYFWGLMDLTTTVLSDTPTPQGELEALLSDKP--QS-HQRT
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 KRSWVWNQFFVLEEYMGSDPLYVGKLHSDVDKGDGSIKYILSGEGASSIFIIDENTGDIH
::::::::::::::: :.:::::::::::.:.::::::::::::::. .: ::..:::::
NP_114 KRSWVWNQFFVLEEYTGTDPLYVGKLHSDMDRGDGSIKYILSGEGAGIVFTIDDTTGDIH
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110 120 130 140 150 160
pF1KB5 ATKRLDREEQAYYTLRAQALDRLTNEPVEPESEFVIKIQDINDNEPKFLDGPYTAGVPEM
: .::::::.: :::::::::: :..:.::::::.::::::::::::::::::.: ::::
NP_114 AIQRLDREERAQYTLRAQALDRRTGRPMEPESEFIIKIQDINDNEPKFLDGPYVATVPEM
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 SPVGTSVVQVTATDADDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVEPKTGVIKTALPNMDREAKDQ
:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::. :::::.::: :::::::.
NP_114 SPVGTSVIQVTATDADDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVDSKTGVIRTALMNMDREAKEY
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 YLLVIQAKDMVGQNGGLSGTTSVTVTLTDVNDNPPRFPRRSYQYNVPESLPVASVVARIK
: ..:::::: :: :::.:::.:..::.::::::::::.. ::..: :: :..:.:.:.
NP_114 YEVIIQAKDMGGQLGGLAGTTTVNITLSDVNDNPPRFPQKHYQMSVLESAPISSTVGRVF
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 AADADIGANAEMEYKIVDGDGLGIFKISVDKETQEGIITIQKELDFEAKTSYTLRIEAAN
: : : : ::::.: :::::: : ::.: . : ::::..: :.::.: ::::..:.::
NP_114 AKDLDEGINAEMKYTIVDGDGADAFDISTDPNFQVGIITVKKPLSFESKKSYTLKVEGAN
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 KDADPRFLSLGPFSDTTTVKIIVEDVDEPPVFSSPLYPMEVSEATQVGNIIGTVAAHDPD
. :::.::::.:::::.: :::::::::: .: .:: : . .:. : ..:.:::
NP_114 PHLEMRFLNLGPFQDTTTVHISVEDVDEPPVFEPGFYFVEVPEDVAIGTTIQIISAKDPD
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 SSNSPVRYSIDRNTDLERYFNIDANSGVITTAKSLDRETNAIHNITVLAMESQNPSQVGR
.:. .::::::..: :.: .: ..:.. ::. :::: . ::::::::: .::::::
NP_114 VTNNSIRYSIDRSSDPGRFFYVDITTGALMTARPLDREEFSWHNITVLAMEMNNPSQVGS
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 GYVAITILDINDNAPEFAMDYETTVCENAQPGQVIQKISAVDKDEPSNGHQFYFSLTTDA
:.: .::.::::::: ::. :::::. ::.:: .::::.:.: ::..::.::. .:
NP_114 VPVTIKVLDVNDNAPEFPRFYEAFVCENAKAGQLIQTVSAVDQDDPRNGQHFYYSLAPEA
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 TNNHNFSLKDNKDNTASILTRRNGFRRQEQSVYYLPIFIVDSGSPSLSSTSTLTIRVCDC
.:: ::...::.:::: :::::.:::.:::::..:::.:.:::.: ::::.::::.::.:
NP_114 ANNPNFTIRDNQDNTARILTRRSGFRQQEQSVFHLPILIADSGQPVLSSTGTLTIQVCSC
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 DADGVAQTCNAEAYVLPAGLSTGALIAILACVLTLLVLILLIVTMRRRKKEPLIFDEERD
: :: ...:. :::.::..:: :::::::::...::::.:::..:::..:.: :.:.:..
NP_114 DDDGHVMSCSPEAYMLPVSLSRGALIAILACIFVLLVLVLLILSMRRHRKQPYIIDDEEN
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KB5 IRENIVRYDDEGGGEEDTEAFDMAAL---RNLNVIRDTKTRRDVTPEIQFLSRPAFKSIP
:.::::::::::::::::::::.::. :. .. :::.:. :::. ::: . ..
NP_114 IHENIVRYDDEGGGEEDTEAFDIAAMWNPREAQAGAAPKTRQDMLPEIESLSRYVPQTCA
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KB5 DNVIFREFIWERLKEADVDPGAPPYDSLQTYAFEGNGSVAESLSSLDSISSNSDQNYDYL
: . .. .: :::.: :::.:::::: :::.:::: :::::.: .:.:.:..:.:
NP_114 VNSTVHSYVLAKLYEADMDLWAPPFDSLQTYMFEGDGSVAGSLSSLQSATSDSEQSFDFL
720 730 740 750 760 770
770 780
pF1KB5 SDWGPRFKRLADMYGTGQESLYS
.::::::..::..::...
NP_114 TDWGPRFRKLAELYGASEGPAPLW
780 790 800
>>XP_024306933 (OMIM: 605807) cadherin-20 isoform X1 [Ho (801 aa)
initn: 3251 init1: 2896 opt: 3250 Z-score: 3620.9 bits: 680.8 E(92054): 6.5e-195
Smith-Waterman score: 3250; 63.1% identity (83.9% similar) in 785 aa overlap (1-780:14-795)
10 20 30 40
pF1KB5 MKLG-KVEFCHFLQLIALFLCFSGMSQAELSRSRS-KPYFQSGRSRT
. :: .. : ...: . : . :.:: : :: :: ..::
XP_024 MWTSGRMSNAKNWLGLGMSLYFWGLMDLTTTVLSDTPTPQGELEALLSDKP--QS-HQRT
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 KRSWVWNQFFVLEEYMGSDPLYVGKLHSDVDKGDGSIKYILSGEGASSIFIIDENTGDIH
::::::::::::::: :.:::::::::::.:.::::::::::::::. .: ::..:::::
XP_024 KRSWVWNQFFVLEEYTGTDPLYVGKLHSDMDRGDGSIKYILSGEGAGIVFTIDDTTGDIH
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 ATKRLDREEQAYYTLRAQALDRLTNEPVEPESEFVIKIQDINDNEPKFLDGPYTAGVPEM
: .::::::.: :::::::::: :..:.::::::.::::::::::::::::::.: ::::
XP_024 AIQRLDREERAQYTLRAQALDRRTGRPMEPESEFIIKIQDINDNEPKFLDGPYVATVPEM
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 SPVGTSVVQVTATDADDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVEPKTGVIKTALPNMDREAKDQ
:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::. :::::.::: :::::::.
XP_024 SPVGTSVIQVTATDADDPTYGNSARVVYSILQGQPYFSVDSKTGVIRTALMNMDREAKEY
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 YLLVIQAKDMVGQNGGLSGTTSVTVTLTDVNDNPPRFPRRSYQYNVPESLPVASVVARIK
: ..:::::: :: :::.:::.:..::.::::::::::.. ::..: :: :..:.:.:.
XP_024 YEVIIQAKDMGGQLGGLAGTTTVNITLSDVNDNPPRFPQKHYQMSVLESAPISSTVGRVF
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 AADADIGANAEMEYKIVDGDGLGIFKISVDKETQEGIITIQKELDFEAKTSYTLRIEAAN
: : : : ::::.: :::::: : ::.: . : ::::..: :.::.: ::::..:.::
XP_024 AKDLDEGINAEMKYTIVDGDGADAFDISTDPNFQVGIITVKKPLSFESKKSYTLKVEGAN
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 KDADPRFLSLGPFSDTTTVKIIVEDVDEPPVFSSPLYPMEVSEATQVGNIIGTVAAHDPD
. :::.::::.:::::.: :::::::::: .: .:: : . .:. : ..:.:::
XP_024 PHLEMRFLNLGPFQDTTTVHISVEDVDEPPVFEPGFYFVEVPEDVAIGTTIQIISAKDPD
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 SSNSPVRYSIDRNTDLERYFNIDANSGVITTAKSLDRETNAIHNITVLAMESQNPSQVGR
.:. .::::::..: :.: .: ..:.. ::. :::: . ::::::::: .::::::
XP_024 VTNNSIRYSIDRSSDPGRFFYVDITTGALMTARPLDREEFSWHNITVLAMEMNNPSQVGS
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 GYVAITILDINDNAPEFAMDYETTVCENAQPGQVIQKISAVDKDEPSNGHQFYFSLTTDA
:.: .::.::::::: ::. :::::. ::.:: .::::.:.: ::..::.::. .:
XP_024 VPVTIKVLDVNDNAPEFPRFYEAFVCENAKAGQLIQTVSAVDQDDPRNGQHFYYSLAPEA
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 TNNHNFSLKDNKDNTASILTRRNGFRRQEQSVYYLPIFIVDSGSPSLSSTSTLTIRVCDC
.:: ::...::.:::: :::::.:::.:::::..:::.:.:::.: ::::.::::.::.:
XP_024 ANNPNFTIRDNQDNTARILTRRSGFRQQEQSVFHLPILIADSGQPVLSSTGTLTIQVCSC
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 DADGVAQTCNAEAYVLPAGLSTGALIAILACVLTLLVLILLIVTMRRRKKEPLIFDEERD
: :: ...:. :::.::..:: :::::::::...::::.:::..:::..:.: :.:.:..
XP_024 DDDGHVMSCSPEAYMLPVSLSRGALIAILACIFVLLVLVLLILSMRRHRKQPYIIDDEEN
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KB5 IRENIVRYDDEGGGEEDTEAFDMAAL---RNLNVIRDTKTRRDVTPEIQFLSRPAFKSIP
:.::::::::::::::::::::.::. :. .. :::.:. :::. ::: . ..
XP_024 IHENIVRYDDEGGGEEDTEAFDIAAMWNPREAQAGAAPKTRQDMLPEIESLSRYVPQTCA
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KB5 DNVIFREFIWERLKEADVDPGAPPYDSLQTYAFEGNGSVAESLSSLDSISSNSDQNYDYL
: . .. .: :::.: :::.:::::: :::.:::: :::::.: .:.:.:..:.:
XP_024 VNSTVHSYVLAKLYEADMDLWAPPFDSLQTYMFEGDGSVAGSLSSLQSATSDSEQSFDFL
720 730 740 750 760 770
770 780
pF1KB5 SDWGPRFKRLADMYGTGQESLYS
.::::::..::..::...
XP_024 TDWGPRFRKLAELYGASEGPAPLW
780 790 800
>>NP_001787 (OMIM: 603008) cadherin-8 preproprotein [Hom (799 aa)
initn: 3367 init1: 3201 opt: 3211 Z-score: 3577.4 bits: 672.8 E(92054): 1.7e-192
Smith-Waterman score: 3211; 62.7% identity (85.9% similar) in 738 aa overlap (43-780:57-794)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 QLIALFLCFSGMSQAELSRSRSKPYFQSGRSRTKRSWVWNQFFVLEEYMGSDPLYVGKLH
.:.::.:::::.:::::. : .:. ::.::
NP_001 IYMAPMNQSQVLMSGSPLELNSLGEEQRILNRSKRGWVWNQMFVLEEFSGPEPILVGRLH
30 40 50 60 70 80
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 SDVDKGDGSIKYILSGEGASSIFIIDENTGDIHATKRLDREEQAYYTLRAQALDRLTNEP
.:.: :. .:::::::.::..:: :.. :::::: :::::::.: ::: :::.: :..:
NP_001 TDLDPGSKKIKYILSGDGAGTIFQINDVTGDIHAIKRLDREEKAEYTLTAQAVDWETSKP
90 100 110 120 130 140
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 VEPESEFVIKIQDINDNEPKFLDGPYTAGVPEMSPVGTSVVQVTATDADDPTYGNSARVV
.:: :::.::.:::::: :.::.::: : ::::: .::::..:::::::::.:::::..:
NP_001 LEPPSEFIIKVQDINDNAPEFLNGPYHATVPEMSILGTSVTNVTATDADDPVYGNSAKLV
150 160 170 180 190 200
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 YSILQGQPYFSVEPKTGVIKTALPNMDREAKDQYLLVIQAKDMVGQNGGLSGTTSVTVTL
::::.::::::.::.:..:::::::::::::..::.::::::: :..:::::::..::::
NP_001 YSILEGQPYFSIEPETAIIKTALPNMDREAKEEYLVVIQAKDMGGHSGGLSGTTTLTVTL
210 220 230 240 250 260
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 TDVNDNPPRFPRRSYQYNVPESLPVASVVARIKAADADIGANAEMEYKIVDGDGLGIFKI
::::::::.: . :...:::.. ......:.:: : ::: ::. : :.:::: ..:.:
NP_001 TDVNDNPPKFAQSLYHFSVPEDVVLGTAIGRVKANDQDIGENAQSSYDIIDGDGTALFEI
270 280 290 300 310 320
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 SVDKETQEGIITIQKELDFEAKTSYTLRIEAANKDADPRFLSLGPFSDTTTVKIIVEDVD
. : ..:.::: ..: ::::.: ::::..:::: :::: . :::.::.::::.:::.:
NP_001 TSDAQAQDGIIRLRKPLDFETKKSYTLKVEAANVHIDPRFSGRGPFKDTATVKIVVEDAD
330 340 350 360 370 380
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 EPPVFSSPLYPMEVSEATQVGNIIGTVAAHDPDSSNSPVRYSIDRNTDLERYFNIDANSG
:::::::: : .:: : . ....:: :.:.::: ..::.:.::::.::::: :::.:..:
NP_001 EPPVFSSPTYLLEVHENAALNSVIGQVTARDPDITSSPIRFSIDRHTDLERQFNINADDG
390 400 410 420 430 440
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 VITTAKSLDRETNAIHNITVLAMESQNPSQVGRGYVAITILDINDNAPEFAMDYETTVCE
:: : :::: .. ::::..: : .: ::..: ::: .::.:::::::: .::. .::
NP_001 KITLATPLDRELSVWHNITIIATEIRNHSQISRVPVAIKVLDVNDNAPEFASEYEAFLCE
450 460 470 480 490 500
500 510 520 530 540 550
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]