Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5695
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5695, 636 aa
1>>>pF1KB5695 636 - 636 aa - 636 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9195+/-0.00148; mu= 0.3663+/- 0.089
mean_var=320.2606+/-64.997, 0's: 0 Z-trim(109.7): 135 B-trim: 717 in 1/50
Lambda= 0.071668
statistics sampled from 10918 (11046) to 10918 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.339), width: 16
Scan time: 3.860
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6289.1 PABPC1 gene_id:26986|Hs108|chr8 ( 636) 4211 449.8 5.4e-126
CCDS9311.1 PABPC3 gene_id:5042|Hs108|chr13 ( 631) 3818 409.1 9.1e-114
CCDS44114.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 ( 631) 3255 350.9 3e-96
CCDS438.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 ( 644) 2648 288.2 2.4e-77
CCDS44115.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 ( 660) 2646 288.0 2.8e-77
CCDS42878.1 PABPC1L gene_id:80336|Hs108|chr20 ( 614) 2427 265.3 1.8e-70
CCDS14460.1 PABPC5 gene_id:140886|Hs108|chrX ( 382) 1606 180.2 4.5e-45
CCDS35334.1 PABPC1L2A gene_id:340529|Hs108|chrX ( 200) 1076 125.1 8.9e-29
CCDS43972.1 PABPC1L2B gene_id:645974|Hs108|chrX ( 200) 1076 125.1 8.9e-29
>>CCDS6289.1 PABPC1 gene_id:26986|Hs108|chr8 (636 aa)
initn: 4211 init1: 4211 opt: 4211 Z-score: 2375.5 bits: 449.8 E(32554): 5.4e-126
Smith-Waterman score: 4211; 100.0% identity (100.0% similar) in 636 aa overlap (1-636:1-636)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
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CCDS62 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQGVNLYVKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQGVNLYVKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LDDGIDDERLRKEFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 LDDGIDDERLRKEFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 KPLYVALAQRKEERQAHLTNQYMQRMASVRAVPNPVINPYQPAPPSGYFMAAIPQTQNRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 KPLYVALAQRKEERQAHLTNQYMQRMASVRAVPNPVINPYQPAPPSGYFMAAIPQTQNRA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 AYYPPSQIAQLRPSPRWTAQGARPHPFQNMPGAIRPAAPRPPFSTMRPASSQVPRVMSTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 AYYPPSQIAQLRPSPRWTAQGARPHPFQNMPGAIRPAAPRPPFSTMRPASSQVPRVMSTQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 RVANTSTQTMGPRPAAAAAAATPAVRTVPQYKYAAGVRNPQQHLNAQPQVTMQQPAVHVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 RVANTSTQTMGPRPAAAAAAATPAVRTVPQYKYAAGVRNPQQHLNAQPQVTMQQPAVHVQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 GQEPLTASMLASAPPQEQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLHMLESP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 GQEPLTASMLASAPPQEQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLHMLESP
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KB5 ESLRSKVDEAVAVLQAHQAKEAAQKAVNSATGVPTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 ESLRSKVDEAVAVLQAHQAKEAAQKAVNSATGVPTV
610 620 630
>>CCDS9311.1 PABPC3 gene_id:5042|Hs108|chr13 (631 aa)
initn: 3248 init1: 2425 opt: 3818 Z-score: 2155.9 bits: 409.1 E(32554): 9.1e-114
Smith-Waterman score: 3818; 92.0% identity (95.9% similar) in 637 aa overlap (1-636:1-631)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
::::.:::: :::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:: : .:::::::
CCDS93 MNPSTPSYPTASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDLITSGSSNYAYVNFQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS
. :::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::.::::::: :
CCDS93 HTKDAEHALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFVKNLDKSINNKALYDTVS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
::::::::.::::::::::::::::::.:::::::.:::::::: ::::::.::::::::
CCDS93 AFGNILSCNVVCDENGSKGYGFVHFETHEAAERAIKKMNGMLLNGRKVFVGQFKSRKERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
:::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 AELGARAKEFPNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQGVNLYVKN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::: :::::::
CCDS93 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRTFEQMKQDRITRYQVVNLYVKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LDDGIDDERLRKEFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
:::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS93 LDDGIDDERLRKAFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 KPLYVALAQRKEERQAHLTNQYMQRMASVRAVPNPVINPYQPAPPSGYFMAAIPQTQNRA
::::::::::::::::.:::.::::::::::::: : ::::::::.:.:::::.:
CCDS93 KPLYVALAQRKEERQAYLTNEYMQRMASVRAVPN------QRAPPSGYFMTAVPQTQNHA
370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 AYYPPSQIAQLRPSPRWTAQGARPHPFQNMPGAIRPAAPRPPFSTMRPASSQVPRVMSTQ
:::::::::.::::::::::::::::::: :.::::.::: :::::::::::::::::::
CCDS93 AYYPPSQIARLRPSPRWTAQGARPHPFQNKPSAIRPGAPRVPFSTMRPASSQVPRVMSTQ
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530
pF1KB5 RVANTSTQTMGPRPAAAAAAA-TPAVRTVPQYKYAAGVRNPQQHLNAQPQVTMQQPAVHV
:::::::::.::::::::::: ::::::::.::::::::::::: :::::::::: ::::
CCDS93 RVANTSTQTVGPRPAAAAAAAATPAVRTVPRYKYAAGVRNPQQHRNAQPQVTMQQLAVHV
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 QGQEPLTASMLASAPPQEQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLHMLES
:::: :::: :::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS93 QGQETLTASRLASAPPQKQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLYMLES
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630
pF1KB5 PESLRSKVDEAVAVLQAHQAKEAAQKAVNSATGVPTV
:::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS93 PESLRSKVDEAVAVLQAHQAKEATQKAVNSATGVPTV
600 610 620 630
>>CCDS44114.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 (631 aa)
initn: 3011 init1: 2487 opt: 3255 Z-score: 1841.3 bits: 350.9 E(32554): 3e-96
Smith-Waterman score: 3255; 78.8% identity (90.8% similar) in 641 aa overlap (1-631:1-630)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
:: .: ::::::::::::: ::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS44 MNAAASSYPMASLYVGDLHSDVTEAMLYEKFSPAGPVLSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS44 QPADAERALDTMNFDVIKGKPIRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLDKSIDNKALYDTFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
::::::::::::::::::::.::::::::::..:::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AFGNILSCKVVCDENGSKGYAFVHFETQEAADKAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
:::::.::::::::::::::..::: ::.::..:: .:::::: : .::::::::::.:.
CCDS44 AELGAKAKEFTNVYIKNFGEEVDDESLKELFSQFGKTLSVKVMRDPNGKSKGFGFVSYEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQGVNLYVKN
::::.:::.::::::..:: :.:::::::::::.::::::::.::.::.::::::::.::
CCDS44 HEDANKAVEEMNGKEISGKIIFVGRAQKKVERQAELKRKFEQLKQERISRYQGVNLYIKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LDDGIDDERLRKEFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
::: ::::.:::::::::.:::::::.: :::::::::::::::::::::::::::::..
CCDS44 LDDTIDDEKLRKEFSPFGSITSAKVMLEDGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVGS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB5 KPLYVALAQRKEERQAHLTNQYMQRMASVRAVP-NPVINPYQPAPPSGYFMAAIPQTQNR
::::::::::::::.::::::::::.:..::.: : ..: .::: .:::. :.::.:.:
CCDS44 KPLYVALAQRKEERKAHLTNQYMQRVAGMRALPANAILNQFQPAA-GGYFVPAVPQAQGR
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 AAYYPPSQIAQLRPSPRWTAQGARPHPFQNMPGAIRPAAPRPPFSTMRP-----ASSQVP
:: :.:.::.::.::: ::.::. ::.::.::: ..::: . . : :: .:
CCDS44 PPYYTPNQLAQMRPNPRWQ-QGGRPQGFQGMPSAIRQSGPRPTLRHLAPTGNAPASRGLP
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 RVMSTQRVA-NTSTQTMGPRPAAAAAAATPAVRTVPQYKYAAGVRNPQQHLNAQPQVTMQ
.::::. :..:...:: ::.:::.: :.: ::::..::.: : :: .
CCDS44 T--TTQRVGVPTAVQNLAPR--AAVAAAAP--RAVAPYKYASSVRSP--HPAIQP-LQAP
480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 QPAVHVQGQEPLTASMLASAPPQEQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSEL
::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::.:: .:::::::::::::::::
CCDS44 QPAVHVQGQEPLTASMLAAAPPQEQKQMLGERLFPLIQTMHSNLAGKITGMLLEIDNSEL
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630
pF1KB5 LHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHQAK-EAAQK--AVNSATGVPTV
::::::::::::::::::::::::.:: ::::: :: .::
CCDS44 LHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHHAKKEAAQKVGAVAAATS
590 600 610 620 630
>>CCDS438.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 (644 aa)
initn: 3011 init1: 2487 opt: 2648 Z-score: 1502.0 bits: 288.2 E(32554): 2.4e-77
Smith-Waterman score: 3232; 77.2% identity (89.2% similar) in 650 aa overlap (1-631:1-643)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
:: .: ::::::::::::: ::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS43 MNAAASSYPMASLYVGDLHSDVTEAMLYEKFSPAGPVLSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS43 QPADAERALDTMNFDVIKGKPIRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLDKSIDNKALYDTFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
::::::::::::::::::::.::::::::::..:::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 AFGNILSCKVVCDENGSKGYAFVHFETQEAADKAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
:::::.::::::::::::::..::: ::.::..:: .:::::: : .::::::::::.:.
CCDS43 AELGAKAKEFTNVYIKNFGEEVDDESLKELFSQFGKTLSVKVMRDPNGKSKGFGFVSYEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQGVNLYVKN
::::.:::.::::::..:: :.:::::::::::.::::::::.::.::.::::::::.::
CCDS43 HEDANKAVEEMNGKEISGKIIFVGRAQKKVERQAELKRKFEQLKQERISRYQGVNLYIKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LDDGIDDERLRKEFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
::: ::::.:::::::::.:::::::.: :::::::::::::::::::::::::::::..
CCDS43 LDDTIDDEKLRKEFSPFGSITSAKVMLEDGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVGS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB5 KPLYVALAQRKEERQAHLTNQYMQRMASVRAVP-NPVINPYQPAPPSGYFMAAIPQTQNR
::::::::::::::.::::::::::.:..::.: : ..: .::: .:::. :.::.:.:
CCDS43 KPLYVALAQRKEERKAHLTNQYMQRVAGMRALPANAILNQFQPAA-GGYFVPAVPQAQGR
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 AAYYPPSQIAQLRPSPRWTAQGARPHPFQNMPGAIRPAAPRPPFSTMRPASSQVPRVMS-
:: :.:.::.::.::: ::.::. ::.::.::: ..::: . . :..:. : ..
CCDS43 PPYYTPNQLAQMRPNPRWQ-QGGRPQGFQGMPSAIRQSGPRPTLRHLAPTGSECPDRLAM
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KB5 -------TQRVANTSTQTMG-PR------PAAAAAAATPAVRTVPQYKYAAGVRNPQQHL
.:. . : :. : : : ::.:::.: :.: ::::..::.: :
CCDS43 DFGGAGAAQQGLTDSCQSGGVPTAVQNLAPRAAVAAAAP--RAVAPYKYASSVRSP--HP
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 NAQPQVTMQQPAVHVQGQEPLTASMLASAPPQEQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGM
:: . ::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::.:: .::::::::
CCDS43 AIQP-LQAPQPAVHVQGQEPLTASMLAAAPPQEQKQMLGERLFPLIQTMHSNLAGKITGM
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630
pF1KB5 LLEIDNSELLHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHQAK-EAAQK--AVNSATGVPTV
:::::::::::::::::::::::::::::::::.:: ::::: :: .::
CCDS43 LLEIDNSELLHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHHAKKEAAQKVGAVAAATS
600 610 620 630 640
>>CCDS44115.1 PABPC4 gene_id:8761|Hs108|chr1 (660 aa)
initn: 3391 init1: 2487 opt: 2646 Z-score: 1500.8 bits: 288.0 E(32554): 2.8e-77
Smith-Waterman score: 3200; 75.4% identity (87.0% similar) in 670 aa overlap (1-631:1-659)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
:: .: ::::::::::::: ::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS44 MNAAASSYPMASLYVGDLHSDVTEAMLYEKFSPAGPVLSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS44 QPADAERALDTMNFDVIKGKPIRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLDKSIDNKALYDTFS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
::::::::::::::::::::.::::::::::..:::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AFGNILSCKVVCDENGSKGYAFVHFETQEAADKAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
:::::.::::::::::::::..::: ::.::..:: .:::::: : .::::::::::.:.
CCDS44 AELGAKAKEFTNVYIKNFGEEVDDESLKELFSQFGKTLSVKVMRDPNGKSKGFGFVSYEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQGVNLYVKN
::::.:::.::::::..:: :.:::::::::::.::::::::.::.::.::::::::.::
CCDS44 HEDANKAVEEMNGKEISGKIIFVGRAQKKVERQAELKRKFEQLKQERISRYQGVNLYIKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LDDGIDDERLRKEFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
::: ::::.:::::::::.:::::::.: :::::::::::::::::::::::::::::..
CCDS44 LDDTIDDEKLRKEFSPFGSITSAKVMLEDGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVGS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB5 KPLYVALAQRKEERQAHLTNQYMQRMASVRAVP-NPVINPYQPAPPSGYFMAAIPQTQNR
::::::::::::::.::::::::::.:..::.: : ..: .::: .:::. :.::.:.:
CCDS44 KPLYVALAQRKEERKAHLTNQYMQRVAGMRALPANAILNQFQPAA-GGYFVPAVPQAQGR
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 AAYYPPSQIAQLRPSPRWTAQGARPHPFQNMPGAIRPAAPRPPFSTMRP-----ASSQVP
:: :.:.::.::.::: ::.::. ::.::.::: ..::: . . : :: .:
CCDS44 PPYYTPNQLAQMRPNPRWQ-QGGRPQGFQGMPSAIRQSGPRPTLRHLAPTGNAPASRGLP
420 430 440 450 460 470
480 490 500
pF1KB5 RVMSTQRVAN------------------------------TSTQTMGPRPAAAAAAATPA
.::::.. :..:...:: ::.:::.:
CCDS44 T--TTQRVGSECPDRLAMDFGGAGAAQQGLTDSCQSGGVPTAVQNLAPR--AAVAAAAP-
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KB5 VRTVPQYKYAAGVRNPQQHLNAQPQVTMQQPAVHVQGQEPLTASMLASAPPQEQKQMLGE
:.: ::::..::.: : :: . ::::::::::::::::::.::::::::::::
CCDS44 -RAVAPYKYASSVRSP--HPAIQP-LQAPQPAVHVQGQEPLTASMLAAAPPQEQKQMLGE
540 550 560 570 580
570 580 590 600 610 620
pF1KB5 RLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHQAK-EAA
:::::::.:: .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::
CCDS44 RLFPLIQTMHSNLAGKITGMLLEIDNSELLHMLESPESLRSKVDEAVAVLQAHHAKKEAA
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630
pF1KB5 QK--AVNSATGVPTV
:: :: .::
CCDS44 QKVGAVAAATS
650 660
>>CCDS42878.1 PABPC1L gene_id:80336|Hs108|chr20 (614 aa)
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10 20 30 40 50 60
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:: :. .::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::. :::::::::.:::
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10 20 30 40 50 60
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pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS
::::::::::::::...::.:.:::::::::.::::::::::::::. ::::::::::::
CCDS42 QPADAERALDTMNFEMLKGQPIRIMWSQRDPGLRKSGVGNIFIKNLEDSIDNKALYDTFS
70 80 90 100 110 120
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pF1KB5 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
.:::::::::.:::.::.:.:::::::.:::..::. ::::::::::::::.::::.:::
CCDS42 TFGNILSCKVACDEHGSRGFGFVHFETHEAAQQAINTMNGMLLNDRKVFVGHFKSRRERE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
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CCDS42 AELGARALEFTNIYVKNLPVDVDEQGLQDLFSQFGKMLSVKVMRDNSGHSRCFGFVNFEK
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pF1KB5 HEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQGVNLYVKN
::.::::: .:::::..:. .:.:::::.::::.::::.::::::::. :::::::::::
CCDS42 HEEAQKAVVHMNGKEVSGRLLYAGRAQKRVERQNELKRRFEQMKQDRLRRYQGVNLYVKN
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pF1KB5 LDDGIDDERLRKEFSPFGTITSAKVMMEGGRSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVAT
:::.:::..:::::::.:.::::::: :::.:::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS42 LDDSIDDDKLRKEFSPYGVITSAKVMTEGGHSKGFGFVCFSSPEEATKAVTEMNGRIVGT
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pF1KB5 KPLYVALAQRKEERQAHLTNQYMQRMASVRAVPNPVINPYQPAPPSGYFMAAIPQTQNRA
::::::::::::::.: ::::::::....:.. ::... .: ::.::. :.:: .:
CCDS42 KPLYVALAQRKEERKAILTNQYMQRLSTMRTLSNPLLGSFQ--QPSSYFLPAMPQPPAQA
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pF1KB5 AYYPPSQIAQLRPSPRWTAQGARPHPFQNMPGAIRP-AAPR-PP--FSTMRPASSQVPR-
::: . .. .:.::::.: :: . . .:: ..:: :: .:..: ::.::::
CCDS42 AYYGCGPVTPTQPAPRWTSQPPRP----SCASMVRPPVVPRRPPAHISSVRQASTQVPRT
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pF1KB5 VMSTQRVANTSTQTMGPRPAAAAAAATPAVRTVPQYKYAAGVRNPQQHLNAQPQVTMQQP
: :::::: .::: :: .... ::. .: .: :. .:.:
CCDS42 VPHTQRVANIGTQTTGP---SGVGCCTPGRPLLPCKCSSA----------AHSTYRVQEP
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pF1KB5 AVHVQGQEPLTASMLASAPPQEQKQMLGERLFPLIQAMHPTLAGKITGMLLEIDNSELLH
:::. :::::::::::.:: .:::::.::::.:::. .: ::::::::::::::::::
CCDS42 AVHIPGQEPLTASMLAAAPLHEQKQMIGERLYPLIHDVHTQLAGKITGMLLEIDNSELLL
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pF1KB5 MLESPESLRSKVDEAVAVLQAHQAKEAAQKAVNSATGVPTV
::::::::..:.:::::::::::: :
CCDS42 MLESPESLHAKIDEAVAVLQAHQAMEQPKAYMH
590 600 610
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10 20 30 40 50
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::.. . : :.:::::: ::::: :::.:: ::::. :.::: .:: ::
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pF1KB5 YAYVNFQQPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNK
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CCDS14 YGYVNFRFPADAEWALNTMNFDLINGKPFRLMWSQPDDRLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNR
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pF1KB5 ALYDTFSAFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRF
::. :::::::::::::::.::::::..:::.. ::.::: .:::. ::.:.:.::::
CCDS14 ALFYLFSAFGNILSCKVVCDDNGSKGYAYVHFDSLAAANRAIWHMNGVRLNNRQVYVGRF
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: .:: ::. .: . ::::..::.:.:.:::.::.:: ..::. ::::. : ::::::
CCDS14 KFPEERAAEVRTRDRATFTNVFVKNIGDDIDDEKLKELFCEYGPTESVKVIRDASGKSKG
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pF1KB5 FGFVSFERHEDAQKAVDEMNGKELNGKQIYVGRAQKKVERQTELKRKFEQMKQDRITRYQ
:::: .: :: ::::: ...:: ..:: .::::::::.:: .::.:.::... . .:
CCDS14 FGFVRYETHEAAQKAVLDLHGKSIDGKVLYVGRAQKKIERLAELRRRFERLRLKEKSRPP
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:: .:.::::. :.::.:..::: ::.:. :::::: :..:::: ::::: ::::::: :
CCDS14 GVPIYIKNLDETINDEKLKEEFSSFGSISRAKVMMEVGQGKGFGVVCFSSFEEATKAVDE
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pF1KB5 MNGRIVATKPLYVALAQRKEERQAHLTNQYMQRMASVRAVPNPVINPYQPAPPSGYFMAA
::::::..:::.:.:.: .
CCDS14 MNGRIVGSKPLHVTLGQARRRC
370 380
>>CCDS35334.1 PABPC1L2A gene_id:340529|Hs108|chrX (200 aa)
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pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS
::.::.:::.:.:::::::.::::::::::::::::::::.::::: :.:::::::. ::
CCDS35 QPVDAKRALETLNFDVIKGRPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLGKTIDNKALYNIFS
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::::::::::.:::.: ::::::::. ::.:::::. ::::.:: ::.:::::::.::::
CCDS35 AFGNILSCKVACDEKGPKGYGFVHFQKQESAERAIDVMNGMFLNYRKIFVGRFKSHKERE
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pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
:: :: :.. :.. .:.: :: :.:
CCDS35 AERGAWARQSTSADVKDFEEDTDEEATLR
180 190 200
>>CCDS43972.1 PABPC1L2B gene_id:645974|Hs108|chrX (200 aa)
initn: 1150 init1: 1076 opt: 1076 Z-score: 630.1 bits: 125.1 E(32554): 8.9e-29
Smith-Waterman score: 1076; 80.1% identity (93.4% similar) in 196 aa overlap (10-205:1-196)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQ
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CCDS43 MASLYVGDLHPEVTEAMLYEKFSPAGPILSIRICRDKITRRSLGYAYVNYQ
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pF1KB5 QPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFS
::.::.:::.:.:::::::.::::::::::::::::::::.::::: :.:::::::. ::
CCDS43 QPVDAKRALETLNFDVIKGRPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNVFIKNLGKTIDNKALYNIFS
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 AFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKERE
::::::::::.:::.: ::::::::. ::.:::::. ::::.:: ::.:::::::.::::
CCDS43 AFGNILSCKVACDEKGPKGYGFVHFQKQESAERAIDVMNGMFLNYRKIFVGRFKSHKERE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AELGARAKEFTNVYIKNFGEDMDDERLKDLFGKFGPALSVKVMTDESGKSKGFGFVSFER
:: :: :.. :.. .:.: :: :.:
CCDS43 AERGAWARQSTSADVKDFEEDTDEEATLR
180 190 200
636 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]