Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5694
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5694, 646 aa
1>>>pF1KB5694 646 - 646 aa - 646 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7319+/-0.000943; mu= 12.9546+/- 0.056
mean_var=149.5149+/-30.643, 0's: 0 Z-trim(109.0): 132 B-trim: 491 in 1/51
Lambda= 0.104890
statistics sampled from 10405 (10564) to 10405 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.325), width: 16
Scan time: 3.980
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31690.1 MCAM gene_id:4162|Hs108|chr11 ( 646) 4297 662.8 4e-190
CCDS42575.1 BCAM gene_id:4059|Hs108|chr19 ( 588) 635 108.6 2.5e-23
CCDS12644.1 BCAM gene_id:4059|Hs108|chr19 ( 628) 635 108.7 2.6e-23
CCDS58841.1 ALCAM gene_id:214|Hs108|chr3 ( 570) 450 80.6 6.5e-15
CCDS33810.1 ALCAM gene_id:214|Hs108|chr3 ( 583) 450 80.6 6.6e-15
>>CCDS31690.1 MCAM gene_id:4162|Hs108|chr11 (646 aa)
initn: 4297 init1: 4297 opt: 4297 Z-score: 3526.7 bits: 662.8 E(32554): 4e-190
Smith-Waterman score: 4297; 99.8% identity (99.8% similar) in 646 aa overlap (1-646:1-646)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGLPRLVCAFLLAACCCCPRVAGVPGEAEQPAPELVEVEVGSTALLKCGLSQSQGNLSHV
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CCDS31 MGLPRLVCAFLLAACCCCPRVAGVPGEAEQPAPELVEVEVGSTALLKCGLSQSQGNLSHV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DWFSVHKEKRTLIFRVRQGQGQSEPGEYGQRLSLQDRGATLALTQVTPQDERIFLCQGKR
:::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DWFSVHKEKRTLIFRVRQGQGQSEPGEYEQRLSLQDRGATLALTQVTPQDERIFLCQGKR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 PRSQEYRIQLRVYKAPEEPNIQVNPLGIPVNSKEPEEVATCVGRNGYPIPQVIWYKNGRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PRSQEYRIQLRVYKAPEEPNIQVNPLGIPVNSKEPEEVATCVGRNGYPIPQVIWYKNGRP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LKEEKNRVHIQSSQTVESSGLYTLQSILKAQLVKEDKDAQFYCELNYRLPSGNHMKESRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LKEEKNRVHIQSSQTVESSGLYTLQSILKAQLVKEDKDAQFYCELNYRLPSGNHMKESRE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 VTVPVFYPTEKVWLEVEPVGMLKEGDRVEIRCLADGNPPPHFSISKQNPSTREAEEETTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VTVPVFYPTEKVWLEVEPVGMLKEGDRVEIRCLADGNPPPHFSISKQNPSTREAEEETTN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DNGVLVLEPARKEHSGRYECQGLDLDTMISLLSEPQELLVNYVSDVRVSPAAPERQEGSS
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CCDS31 DNGVLVLEPARKEHSGRYECQGLDLDTMISLLSEPQELLVNYVSDVRVSPAAPERQEGSS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LTLTCEAESSQDLEFQWLREETGQVLERGPVLQLHDLKREAGGGYRCVASVPSIPGLNRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LTLTCEAESSQDLEFQWLREETGQVLERGPVLQLHDLKREAGGGYRCVASVPSIPGLNRT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 QLVNVAIFGPPWMAFKERKVWVKENMVLNLSCEASGHPRPTISWNVNGTASEQDQDPQRV
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CCDS31 QLVNVAIFGPPWMAFKERKVWVKENMVLNLSCEASGHPRPTISWNVNGTASEQDQDPQRV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 LSTLNVLVTPELLETGVECTASNDLGKNTSILFLELVNLTTLTPDSNTTTGLSTSTASPH
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CCDS31 LSTLNVLVTPELLETGVECTASNDLGKNTSILFLELVNLTTLTPDSNTTTGLSTSTASPH
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 TRANSTSTERKLPEPESRGVVIVAVIVCILVLAVLGAVLYFLYKKGKLPCRRSGKQEITL
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CCDS31 TRANSTSTERKLPEPESRGVVIVAVIVCILVLAVLGAVLYFLYKKGKLPCRRSGKQEITL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640
pF1KB5 PPSRKSELVVEVKSDKLPEEMGLLQGSSGDKRAPGDQGEKYIDLRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PPSRKSELVVEVKSDKLPEEMGLLQGSSGDKRAPGDQGEKYIDLRH
610 620 630 640
>>CCDS42575.1 BCAM gene_id:4059|Hs108|chr19 (588 aa)
initn: 540 init1: 163 opt: 635 Z-score: 532.4 bits: 108.6 E(32554): 2.5e-23
Smith-Waterman score: 766; 30.0% identity (55.1% similar) in 624 aa overlap (2-597:12-585)
10 20 30 40
pF1KB5 MGLPRLVC-AFLLAACCCCPRVAGVPGEAEQPAPELVEVEVGSTALLKCG
: :::. : :::: : . .:.. .: :::: :....: :
CCDS42 MEPPDAPAQARGAPRLLLLAVLLAAH---P---DAQAEVRLSVPPLVEVMRGKSVILDCT
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 LSQSQGNLSHVDWFSVHKEKRTLIFRVRQGQGQ----SEPGEYGQRLSLQ-DRGATLALT
. .. . ..:: . . . . ::. . :. : : . :.:.
CCDS42 PTGTHDHY-MLEWFLTDRSGARPRLASAEMQGSELQVTMHDTRGRSPPYQLDSQGRLVLA
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 QVTPQDERIFLC--QGKRPRSQEYRIQLRVYKAPEEPNIQVNPLGIPVNSKEPEEVATCV
.. ::: ..: .. . : .: :. :: ... : . : .:.:::
CCDS42 EAQVGDERDYVCVVRAGAAGTAEATARLNVFAKPEATEVSPNKGTLSVMEDSAQEIATCN
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB5 GRNGYPIPQVIWYKNGRPLKE--EKNRVHIQSSQTV-ESSGLYTLQSILKAQLVKEDKDA
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CCDS42 SRNGNPAPKITWYRNGQRLEVPVEMNPEGYMTSRTVREASGLLSLTSTLYLRLRKDDRDA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 QFYCELNYRLPSGNHMK-ESREVTVPVFYPTEKV--WL--EVEPVGMLKEGDRVEIRCLA
.:.: .: :: : : . .: . . ::::.: :. :.: ..::: :.. : .
CCDS42 SFHCAAHYSLPEGRHGRLDSPTFHLTLHYPTEHVQFWVGSPSTPAGWVREGDTVQLLCRG
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 DGNPPPHFSISKQNPSTREAEEETTNDN--GVLVLEPARKEHSGRYECQGLDLDTMISL-
::.: :.... . .. .::. : : : :.:: . . .:: : :. : :. ..
CCDS42 DGSPSPEYTLFR----LQDEQEEVLNVNLEGNLTLEGVTRGQSGTYGCRVEDYDAADDVQ
300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 LSEPQELLVNYVSDVRVSPAAPERQE-GSSLTLTCEAESSQDLEFQWLREETGQVLERGP
::. :: : :.. ...: . .:: ...: ... ..: .. : : ::
CCDS42 LSKTLELRVAYLDPLELSEGKVLSLPLNSSAVVNCSVHGLPTPALRWTKDSTP--LGDGP
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KB5 VLQLHDLKREAGGGYRCVASVPSIPGLNRTQLVNVAIFGPPWM--AFKERKV---WVKEN
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CCDS42 MLSLSSITFDSNGTYVCEASLPTVPVLSRTQNFTLLVQGSPELKTAEIEPKADGSW-REG
410 420 430 440 450 460
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 MVLNLSCEASGHPRPTISWNVNGTASEQDQDPQR---VLSTLNVLVTPELLETGVECTAS
..: : : ::: : .::. : .: . : : : :.:.. :: : . :. : ::
CCDS42 DEVTLICSARGHPDPKLSWSQLG-GSPAEPIPGRQGWVSSSLTLKVTSALSRDGISCEAS
470 480 490 500 510 520
510 520 530 540 550 560
pF1KB5 NDLGKNTSILFLELVNLTTLTPDSNTTTGLSTSTASPHTRANSTSTERKLPEPESRGVVI
: :.. .. . .:.::.: ::..
CCDS42 NPHGNKRHVFHF--------------------GTVSPQTSQA--------------GVAV
530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KB5 VAVIVCILVLAVLGAVLYFLYKKGKLPCRRSGKQEITLPPSRKSELVVEVKSDKLPEEMG
.:: : . .: .. ::.: . .:: :: :. ...
CCDS42 MAVAVSVGLLLLVVAVFYCVRRKGG-PCCRQRREKGAP
560 570 580
630 640
pF1KB5 LLQGSSGDKRAPGDQGEKYIDLRH
>>CCDS12644.1 BCAM gene_id:4059|Hs108|chr19 (628 aa)
initn: 548 init1: 163 opt: 635 Z-score: 532.0 bits: 108.7 E(32554): 2.6e-23
Smith-Waterman score: 809; 29.7% identity (55.6% similar) in 669 aa overlap (2-640:12-627)
10 20 30 40
pF1KB5 MGLPRLVC-AFLLAACCCCPRVAGVPGEAEQPAPELVEVEVGSTALLKCG
: :::. : :::: : . .:.. .: :::: :....: :
CCDS12 MEPPDAPAQARGAPRLLLLAVLLAAH---P---DAQAEVRLSVPPLVEVMRGKSVILDCT
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 LSQSQGNLSHVDWFSVHKEKRTLIFRVRQGQGQ----SEPGEYGQRLSLQ-DRGATLALT
. .. . ..:: . . . . ::. . :. : : . :.:.
CCDS12 PTGTHDHY-MLEWFLTDRSGARPRLASAEMQGSELQVTMHDTRGRSPPYQLDSQGRLVLA
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 QVTPQDERIFLC--QGKRPRSQEYRIQLRVYKAPEEPNIQVNPLGIPVNSKEPEEVATCV
.. ::: ..: .. . : .: :. :: ... : . : .:.:::
CCDS12 EAQVGDERDYVCVVRAGAAGTAEATARLNVFAKPEATEVSPNKGTLSVMEDSAQEIATCN
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB5 GRNGYPIPQVIWYKNGRPLKE--EKNRVHIQSSQTV-ESSGLYTLQSILKAQLVKEDKDA
.::: : :.. ::.::. :. : : ..:.:: :.::: .: : : .: :.:.::
CCDS12 SRNGNPAPKITWYRNGQRLEVPVEMNPEGYMTSRTVREASGLLSLTSTLYLRLRKDDRDA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 QFYCELNYRLPSGNHMK-ESREVTVPVFYPTEKV--WL--EVEPVGMLKEGDRVEIRCLA
.:.: .: :: : : . .: . . ::::.: :. :.: ..::: :.. : .
CCDS12 SFHCAAHYSLPEGRHGRLDSPTFHLTLHYPTEHVQFWVGSPSTPAGWVREGDTVQLLCRG
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 DGNPPPHFSISKQNPSTREAEEETTNDN--GVLVLEPARKEHSGRYECQGLDLDTMISL-
::.: :.... . .. .::. : : : :.:: . . .:: : :. : :. ..
CCDS12 DGSPSPEYTLFR----LQDEQEEVLNVNLEGNLTLEGVTRGQSGTYGCRVEDYDAADDVQ
300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 LSEPQELLVNYVSDVRVSPAAPERQE-GSSLTLTCEAESSQDLEFQWLREETGQVLERGP
::. :: : :.. ...: . .:: ...: ... ..: .. : : ::
CCDS12 LSKTLELRVAYLDPLELSEGKVLSLPLNSSAVVNCSVHGLPTPALRWTKDSTP--LGDGP
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KB5 VLQLHDLKREAGGGYRCVASVPSIPGLNRTQLVNVAIFGPPWM--AFKERKV---WVKEN
.:.: .. ...: : : ::.:..: :.::: .. . : : . : : :. : .:.
CCDS12 MLSLSSITFDSNGTYVCEASLPTVPVLSRTQNFTLLVQGSPELKTAEIEPKADGSW-REG
410 420 430 440 450 460
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 MVLNLSCEASGHPRPTISWNVNGTASEQDQDPQR---VLSTLNVLVTPELLETGVECTAS
..: : : ::: : .::. : .: . : : : :.:.. :: : . :. : ::
CCDS12 DEVTLICSARGHPDPKLSWSQLG-GSPAEPIPGRQGWVSSSLTLKVTSALSRDGISCEAS
470 480 490 500 510 520
510 520 530 540 550 560
pF1KB5 NDLGKNTSILFLELVNLTTLTPDSNTTTGLSTSTASPHTRANSTSTERKLPEPESRGVVI
: :.. .. . .:.::.: ::..
CCDS12 NPHGNKRHVFHF--------------------GTVSPQTSQA--------------GVAV
530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KB5 VAVIVCILVLAVLGAVLYFLYKKGKLPCRRSGKQEITLPPSRKSELVVEVKSDKLPEEMG
.:: : . .: .. ::.: . .:: :: :. ... . ::.. . . .... ::. :
CCDS12 MAVAVSVGLLLLVVAVFYCVRRKGG-PCCRQRREKGAPPPGEPG---LSHSGSEQPEQTG
560 570 580 590 600
630 640
pF1KB5 LLQG--SSGDKRAPGDQGEKYIDLRH
::.: :.: . . : :..
CCDS12 LLMGGASGGARGGSGGFGDEC
610 620
>>CCDS58841.1 ALCAM gene_id:214|Hs108|chr3 (570 aa)
initn: 212 init1: 140 opt: 450 Z-score: 381.3 bits: 80.6 E(32554): 6.5e-15
Smith-Waterman score: 610; 24.6% identity (58.8% similar) in 590 aa overlap (36-607:31-562)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 LVCAFLLAACCCCPRVAGVPGEAEQPAPELVEVEVGSTALLKCGLSQSQGNLSHVDWFSV
:. :.: .. : :. : :: :
CCDS58 MESKGASSCRLLFCLLISATVFRPGLGWYTVNSAYGDTIIIPCRLDVPQ-NLMFGKWKYE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 HKEKRTLIFRVRQGQGQS----EPGEYGQRLSLQDRGATLALTQVTPQDERIFLCQGKRP
. . ... :.. .: . :: .::.:.. . ::..... .::. :.:.
CCDS58 KPDGSPVFIAFRSSTKKSVQYDDVPEYKDRLNLSE-NYTLSISNARISDEKRFVCMLVTE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RSQ-EYRIQLRVYKAPEEPNIQVNPLGIPVNSKEPEEVATCVGRNGYPIPQVIWYKNGRP
. : ..:.: : .:.: . : . .... .... :.....:: .. ::.::.
CCDS58 DNVFEAPTIVKVFKQPSKPEIVSKALFL--ETEQLKKLGDCISEDSYPDGNITWYRNGKV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB5 LKEEKNRVHIQSSQTVES-SGLYTLQSILKAQLVKEDKDAQFYCELNYRLPSGNHMKESR
:. .. : : .. .. . :::. : :. . .: : . : : ..: :::.. .:.
CCDS58 LHPLEGAVVIIFKKEMDPVTQLYTMTSTLEYKTTKADIQMPFTCSVTYYGPSGQKTIHSE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 EVTVPVFYPTEKVWLEV-EPVGMLKEGDRVEIRCLADGNPPPH---FSISKQNPSTREAE
... ..::::.: ..: : . .:::: . ..::..:::::. : . : . : ..
CCDS58 QAVFDIYYPTEQVTIQVLPPKNAIKEGDNITLKCLGNGNPPPEEFLFYLPGQPEGIRSSN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 EETTNDNGVLVLEPARKEHSGRYECQGLDLDTMISLLSEPQELLVNYVSDVRVSPAAP-E
: .: .:.. .: :.:. .: .::. . . :.:. :. ..:..
CCDS58 TYTLTD--------VRRNATGDYKCSLIDKKSMIASTA----ITVHYL-DLSLNPSGEVT
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 RQEGSSLTLTCEAESSQDLEFQWLREETGQVLERGPVLQLHDLKREAGGGYRCVASVPSI
:: :..: ..: .:.. :.... :. .: .. .:. . .:.: : ... .
CCDS58 RQIGDALPVSCTISASRNATVVWMKDNIR--LRSSP--SFSSLHYQDAGNYVCETALQEV
350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 PGLNRTQLVNVAIFGPPWMAFKERKVWVKENMVLNLSCEASGHPRPTISWNVNGTAS---
::.. . ... . : : . : : .. .. :.. : :.:.:.:...:..:
CCDS58 EGLKKRESLTLIVEGKPQI--KMTKKTDPSGLSKTIICHVEGFPKPAIQWTITGSGSVIN
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520
pF1KB5 EQDQDPQ---RVLSTLNVLVTPELLETGVECTASNDLGKNTSILFLELVNLTTLTPDSNT
. ...: : : .....:: .. . ::: :.: . :
CCDS58 QTEESPYINGRYYS--KIIISPEE-NVTLTCTAENQLER--------------------T
460 470 480 490
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 TTGLSTSTASPHTRANSTSTERKLPEPESRGVVIVAVIVCILVLAVLGAVLYFLY-KKGK
...:..:. . ..:. . :: ::...: .:. :....:.:.:: ::.:
CCDS58 VNSLNVSANENREKVNDQA---KL---------IVGIVVGLLLAALVAGVVYWLYMKKSK
500 510 520 530 540
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 LPCRRSGKQEITLPPSRKSELVVEVKSDKLPEEMGLLQGSSGDKRAPGDQGEKYIDLRH
.. .:. .. ..: :
CCDS58 TASKHVNKDLGNMEENKKLEENNHKTEA
550 560 570
>>CCDS33810.1 ALCAM gene_id:214|Hs108|chr3 (583 aa)
initn: 222 init1: 140 opt: 450 Z-score: 381.1 bits: 80.6 E(32554): 6.6e-15
Smith-Waterman score: 642; 24.6% identity (59.8% similar) in 590 aa overlap (36-607:31-575)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 LVCAFLLAACCCCPRVAGVPGEAEQPAPELVEVEVGSTALLKCGLSQSQGNLSHVDWFSV
:. :.: .. : :. : :: :
CCDS33 MESKGASSCRLLFCLLISATVFRPGLGWYTVNSAYGDTIIIPCRLDVPQ-NLMFGKWKYE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 HKEKRTLIFRVRQGQGQS----EPGEYGQRLSLQDRGATLALTQVTPQDERIFLCQGKRP
. . ... :.. .: . :: .::.:.. . ::..... .::. :.:.
CCDS33 KPDGSPVFIAFRSSTKKSVQYDDVPEYKDRLNLSE-NYTLSISNARISDEKRFVCMLVTE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RSQ-EYRIQLRVYKAPEEPNIQVNPLGIPVNSKEPEEVATCVGRNGYPIPQVIWYKNGRP
. : ..:.: : .:.: . : . .... .... :.....:: .. ::.::.
CCDS33 DNVFEAPTIVKVFKQPSKPEIVSKALFL--ETEQLKKLGDCISEDSYPDGNITWYRNGKV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB5 LKEEKNRVHIQSSQTVES-SGLYTLQSILKAQLVKEDKDAQFYCELNYRLPSGNHMKESR
:. .. : : .. .. . :::. : :. . .: : . : : ..: :::.. .:.
CCDS33 LHPLEGAVVIIFKKEMDPVTQLYTMTSTLEYKTTKADIQMPFTCSVTYYGPSGQKTIHSE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 EVTVPVFYPTEKVWLEV-EPVGMLKEGDRVEIRCLADGNPPPH---FSISKQNPSTREAE
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CCDS33 QAVFDIYYPTEQVTIQVLPPKNAIKEGDNITLKCLGNGNPPPEEFLFYLPGQPEGIRSSN
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