Result of FASTA (omim) for
pF1KB5676
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5676, 806 aa
1>>>pF1KB5676 806 - 806 aa - 806 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4376+/-0.000419; mu= 15.4680+/- 0.026
mean_var=98.5555+/-19.370, 0's: 0 Z-trim(113.6): 187 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.129191
statistics sampled from 22788 (22985) to 22788 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.62), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 12.220
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_009057 (OMIM: 167320,601023,613954,616687) tran ( 806) 5315 1001.8 0
XP_016863317 (OMIM: 613940,616577) PREDICTED: sper ( 819) 1812 348.9 5.4e-95
NP_001332785 (OMIM: 613940,616577) spermatogenesis ( 892) 1812 348.9 5.8e-95
NP_660208 (OMIM: 613940,616577) spermatogenesis-as ( 893) 1812 348.9 5.8e-95
XP_011529981 (OMIM: 613940,616577) PREDICTED: sper ( 790) 1575 304.7 1e-81
NP_001304728 (OMIM: 613940,616577) spermatogenesis ( 695) 1253 244.6 1.1e-63
NP_001303242 (OMIM: 601498,614862,614863,616617) p ( 892) 1045 205.9 6.3e-52
XP_011512963 (OMIM: 601498,614862,614863,616617) P ( 952) 1045 205.9 6.7e-52
NP_000278 (OMIM: 601498,614862,614863,616617) pero ( 980) 1045 205.9 6.8e-52
XP_016863318 (OMIM: 613940,616577) PREDICTED: sper ( 765) 857 170.8 2e-41
XP_016863319 (OMIM: 613940,616577) PREDICTED: sper ( 593) 855 170.4 2.1e-41
XP_016863316 (OMIM: 613940,616577) PREDICTED: sper ( 823) 857 170.9 2.1e-41
XP_016863315 (OMIM: 613940,616577) PREDICTED: sper ( 859) 857 170.9 2.2e-41
XP_011529980 (OMIM: 613940,616577) PREDICTED: sper ( 916) 857 170.9 2.3e-41
XP_016863314 (OMIM: 613940,616577) PREDICTED: sper ( 917) 857 170.9 2.3e-41
XP_011515297 (OMIM: 611941) PREDICTED: ATPase fami ( 953) 759 152.6 7.4e-36
XP_011515296 (OMIM: 611941) PREDICTED: ATPase fami (1260) 759 152.7 9.4e-36
NP_054828 (OMIM: 611941) ATPase family AAA domain- (1390) 759 152.7 1e-35
XP_011531234 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami ( 791) 745 150.0 3.9e-35
XP_011531233 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami ( 837) 745 150.0 4.1e-35
XP_011531232 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami ( 841) 745 150.0 4.1e-35
XP_011531231 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami ( 843) 745 150.0 4.1e-35
XP_011531230 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami ( 849) 745 150.0 4.1e-35
XP_006712094 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami (1067) 745 150.0 5e-35
XP_011531227 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami (1079) 745 150.0 5e-35
XP_011531226 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami (1083) 745 150.0 5e-35
NP_001229267 (OMIM: 615347) ATPase family AAA doma (1453) 745 150.1 6.4e-35
NP_060022 (OMIM: 615347) ATPase family AAA domain- (1458) 745 150.1 6.5e-35
XP_006712093 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami (1460) 745 150.1 6.5e-35
XP_011531223 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami (1467) 745 150.1 6.5e-35
XP_005264429 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami (1472) 745 150.1 6.5e-35
XP_016859864 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami (1492) 745 150.1 6.6e-35
XP_011531222 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami (1497) 745 150.1 6.6e-35
XP_011531221 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami (1506) 745 150.1 6.6e-35
XP_011531220 (OMIM: 615347) PREDICTED: ATPase fami (1511) 745 150.1 6.7e-35
NP_002794 (OMIM: 154365) 26S protease regulatory s ( 433) 703 142.0 5.3e-33
NP_001186092 (OMIM: 601681) 26S protease regulator ( 398) 689 139.4 3e-32
NP_002796 (OMIM: 601681) 26S protease regulatory s ( 406) 689 139.4 3.1e-32
NP_001317141 (OMIM: 602706) 26S protease regulator ( 367) 681 137.9 8e-32
XP_016876959 (OMIM: 602706) PREDICTED: 26S proteas ( 367) 681 137.9 8e-32
NP_002793 (OMIM: 602706) 26S protease regulatory s ( 440) 681 137.9 9.3e-32
XP_016856873 (OMIM: 602426) PREDICTED: nuclear val ( 789) 684 138.6 1e-31
NP_002797 (OMIM: 602708) 26S protease regulatory s ( 403) 678 137.3 1.3e-31
XP_011523903 (OMIM: 604581,610246,614487) PREDICTE ( 730) 674 136.7 3.5e-31
XP_016876961 (OMIM: 602708) PREDICTED: 26S proteas ( 288) 668 135.4 3.5e-31
NP_006787 (OMIM: 604581,610246,614487) AFG3-like p ( 797) 674 136.7 3.8e-31
NP_001230075 (OMIM: 602426) nuclear valosin-contai ( 667) 665 135.0 1e-30
XP_016856875 (OMIM: 602426) PREDICTED: nuclear val ( 738) 665 135.0 1.1e-30
NP_996671 (OMIM: 602426) nuclear valosin-containin ( 750) 665 135.0 1.1e-30
XP_011542502 (OMIM: 602426) PREDICTED: nuclear val ( 765) 665 135.1 1.2e-30
>>NP_009057 (OMIM: 167320,601023,613954,616687) transiti (806 aa)
initn: 5315 init1: 5315 opt: 5315 Z-score: 5355.1 bits: 1001.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5315; 100.0% identity (100.0% similar) in 806 aa overlap (1-806:1-806)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASGADSKGDDLSTAILKQKNRPNRLIVDEAINEDNSVVSLSQPKMDELQLFRGDTVLLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 MASGADSKGDDLSTAILKQKNRPNRLIVDEAINEDNSVVSLSQPKMDELQLFRGDTVLLK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GKKRREAVCIVLSDDTCSDEKIRMNRVVRNNLRVRLGDVISIQPCPDVKYGKRIHVLPID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 GKKRREAVCIVLSDDTCSDEKIRMNRVVRNNLRVRLGDVISIQPCPDVKYGKRIHVLPID
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 DTVEGITGNLFEVYLKPYFLEAYRPIRKGDIFLVRGGMRAVEFKVVETDPSPYCIVAPDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 DTVEGITGNLFEVYLKPYFLEAYRPIRKGDIFLVRGGMRAVEFKVVETDPSPYCIVAPDT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 VIHCEGEPIKREDEEESLNEVGYDDIGGCRKQLAQIKEMVELPLRHPALFKAIGVKPPRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 VIHCEGEPIKREDEEESLNEVGYDDIGGCRKQLAQIKEMVELPLRHPALFKAIGVKPPRG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 ILLYGPPGTGKTLIARAVANETGAFFFLINGPEIMSKLAGESESNLRKAFEEAEKNAPAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 ILLYGPPGTGKTLIARAVANETGAFFFLINGPEIMSKLAGESESNLRKAFEEAEKNAPAI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 IFIDELDAIAPKREKTHGEVERRIVSQLLTLMDGLKQRAHVIVMAATNRPNSIDPALRRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 IFIDELDAIAPKREKTHGEVERRIVSQLLTLMDGLKQRAHVIVMAATNRPNSIDPALRRF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GRFDREVDIGIPDATGRLEILQIHTKNMKLADDVDLEQVANETHGHVGADLAALCSEAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 GRFDREVDIGIPDATGRLEILQIHTKNMKLADDVDLEQVANETHGHVGADLAALCSEAAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 QAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 QAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 GLEDVKRELQELVQYPVEHPDKFLKFGMTPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 GLEDVKRELQELVQYPVEHPDKFLKFGMTPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 SIKGPELLTMWFGESEANVREIFDKARQAAPCVLFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 SIKGPELLTMWFGESEANVREIFDKARQAAPCVLFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADRV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 INQILTEMDGMSTKKNVFIIGATNRPDIIDPAILRPGRLDQLIYIPLPDEKSRVAILKAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 INQILTEMDGMSTKKNVFIIGATNRPDIIDPAILRPGRLDQLIYIPLPDEKSRVAILKAN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 LRKSPVAKDVDLEFLAKMTNGFSGADLTEICQRACKLAIRESIESEIRRERERQTNPSAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 LRKSPVAKDVDLEFLAKMTNGFSGADLTEICQRACKLAIRESIESEIRRERERQTNPSAM
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 EVEEDDPVPEIRRDHFEEAMRFARRSVSDNDIRKYEMFAQTLQQSRGFGSFRFPSGNQGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 EVEEDDPVPEIRRDHFEEAMRFARRSVSDNDIRKYEMFAQTLQQSRGFGSFRFPSGNQGG
730 740 750 760 770 780
790 800
pF1KB5 AGPSQGSGGGTGGSVYTEDNDDDLYG
::::::::::::::::::::::::::
NP_009 AGPSQGSGGGTGGSVYTEDNDDDLYG
790 800
>>XP_016863317 (OMIM: 613940,616577) PREDICTED: spermato (819 aa)
initn: 1747 init1: 707 opt: 1812 Z-score: 1826.4 bits: 348.9 E(85289): 5.4e-95
Smith-Waterman score: 1816; 44.9% identity (75.3% similar) in 639 aa overlap (118-738:181-809)
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 VRNNLRVRLGDVISIQPCPDVKYGKRIHVLPIDDTVEGITGN-LFEVYLKP-----YFLE
:::: . . ... :..: .: .::
XP_016 ETSSLELSLQLSQLDLEDTQIPTSRSTPYKPIDDRITNKASDVLLDVTQSPGDGSGLMLE
160 170 180 190 200 210
150 160 170 180 190
pF1KB5 A-------YRPIRKGDIFLVRGGMRAVEFKV-VETDPSPYCIVAPDTVIHCEGEPIKRED
.. :.:. :.. : ..:.. .. . . . ... : .. : :
XP_016 EVTGLKCNFESAREGNEQLTEE-ERLLKFSIGAKCNTDTFYFISSTTRVNFT-EIDKNSK
220 230 240 250 260
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 EEESLNEVGYDDIGGCRKQLAQIKEMVELPLRHPALFKAIGVKPPRGILLYGPPGTGKTL
:... .: :: ::: .:: :.:..::::..: :::. :. :::.:::::::::::.
XP_016 EQDNQFKVTYDMIGGLSSQLKAIREIIELPLKQPELFKSYGIPAPRGVLLYGPPGTGKTM
270 280 290 300 310 320
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 IARAVANETGAFFFLINGPEIMSKLAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDELDAIAPKR
::::::::.::. .::::::.::. ::.:..::. : :: :.:::::::::. :::
XP_016 IARAVANEVGAYVSVINGPEIISKFYGETEAKLRQIFAEATLRHPSIIFIDELDALCPKR
330 340 350 360 370 380
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 EKTHGEVERRIVSQLLTLMDGLKQRA---HVIVMAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIG
: ...:::.:.:..:::::::. ... .:.:..:::::...: :::: ::::.:..::
XP_016 EGAQNEVEKRVVASLLTLMDGIGSEVSEGQVLVLGATNRPHALDAALRRPGRFDKEIEIG
390 400 410 420 430 440
380 390 400 410 420
pF1KB5 IPDATGRLEILQIHTKNM-KLADDVDLEQVANETHGHVGADLAALCSEAALQAIRKKMDL
.:.: ::.::: . . .: ...: :.:: .::.::::: .::.::.: :.:. .
XP_016 VPNAQDRLDILQKLLRRVPHLLTEAELLQLANSAHGYVGADLKVLCNEAGLCALRR---I
450 460 470 480 490 500
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 IDLEDETIDAEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIGGLEDVKREL
. . . :..: . . .:. :: :... :::.:: ...::.:.: ::::::..: .:
XP_016 LKKQPNLPDVKVAGLVKITLKDFLQAMNDIRPSAMREIAIDVPNVSWSDIGGLESIKLKL
510 520 530 540 550 560
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 QELVQYPVEHPDKFLKFGMTPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFISIKGPELLT
.. :..:..::..:...:. : ::::.::::::.::..:::.::: ::..::::::..
XP_016 EQAVEWPLKHPESFIRMGIQPPKGVLLYGPPGCSKTMIAKALANESGLNFLAIKGPELMN
570 580 590 600 610 620
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 MWFGESEANVREIFDKARQAAPCVLFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADRVINQILTEMD
. :::: ::: : ::: .:: ..::::::..: ::...: .:..::::. :.:::::
XP_016 KYVGESERAVRETFRKARAVAPSIIFFDELDALAVERGSSLG-AGNVADRVLAQLLTEMD
630 640 650 660 670 680
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 GMSTKKNVFIIGATNRPDIIDPAILRPGRLDQLIYIPLPDEKSRVAILKANLRKSPVAKD
:. :.: :..:::::: :: :..::::.:..::.:::: .: :.: .... ::...
XP_016 GIEQLKDVTILAATNRPDRIDKALMRPGRIDRIIYVPLPDAATRREIFKLQFHSMPVSNE
690 700 710 720 730 740
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 VDLEFLAKMTNGFSGADLTEICQRACKLAIRESIESEIRRERERQTNPSAMEVEEDDPVP
:::. : .:...:::... .:..: ::..:.:.... .:. :.. . .:
XP_016 VDLDELILQTDAYSGAEIVAVCREAALLALEEDIQANLIMKRHFTQALSTVTPR----IP
750 760 770 780 790 800
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 EIRRDHFEEAMRFARRSVSDNDIRKYEMFAQTLQQSRGFGSFRFPSGNQGGAGPSQGSGG
: : .:.
XP_016 ESLRRFYEDYQEKSGLHTL
810
>>NP_001332785 (OMIM: 613940,616577) spermatogenesis-ass (892 aa)
initn: 1762 init1: 707 opt: 1812 Z-score: 1825.8 bits: 348.9 E(85289): 5.8e-95
Smith-Waterman score: 1816; 44.9% identity (75.3% similar) in 639 aa overlap (118-738:254-882)
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 VRNNLRVRLGDVISIQPCPDVKYGKRIHVLPIDDTVEGITGN-LFEVYLKP-----YFLE
:::: . . ... :..: .: .::
NP_001 ETSSLELSLQLSQLDLEDTQIPTSRSTPYKPIDDRITNKASDVLLDVTQSPGDGSGLMLE
230 240 250 260 270 280
150 160 170 180 190
pF1KB5 A-------YRPIRKGDIFLVRGGMRAVEFKV-VETDPSPYCIVAPDTVIHCEGEPIKRED
.. :.:. :.. : ..:.. .. . . . ... : .. : :
NP_001 EVTGLKCNFESAREGNEQLTEE-ERLLKFSIGAKCNTDTFYFISSTTRVNFT-EIDKNSK
290 300 310 320 330 340
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 EEESLNEVGYDDIGGCRKQLAQIKEMVELPLRHPALFKAIGVKPPRGILLYGPPGTGKTL
:... .: :: ::: .:: :.:..::::..: :::. :. :::.:::::::::::.
NP_001 EQDNQFKVTYDMIGGLSSQLKAIREIIELPLKQPELFKSYGIPAPRGVLLYGPPGTGKTM
350 360 370 380 390 400
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 IARAVANETGAFFFLINGPEIMSKLAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDELDAIAPKR
::::::::.::. .::::::.::. ::.:..::. : :: :.:::::::::. :::
NP_001 IARAVANEVGAYVSVINGPEIISKFYGETEAKLRQIFAEATLRHPSIIFIDELDALCPKR
410 420 430 440 450 460
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 EKTHGEVERRIVSQLLTLMDGLKQRA---HVIVMAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIG
: ...:::.:.:..:::::::. ... .:.:..:::::...: :::: ::::.:..::
NP_001 EGAQNEVEKRVVASLLTLMDGIGSEVSEGQVLVLGATNRPHALDAALRRPGRFDKEIEIG
470 480 490 500 510 520
380 390 400 410 420
pF1KB5 IPDATGRLEILQIHTKNM-KLADDVDLEQVANETHGHVGADLAALCSEAALQAIRKKMDL
.:.: ::.::: . . .: ...: :.:: .::.::::: .::.::.: :.:. .
NP_001 VPNAQDRLDILQKLLRRVPHLLTEAELLQLANSAHGYVGADLKVLCNEAGLCALRR---I
530 540 550 560 570
430 440 450 460 470 480
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NP_660 ESLRRFYEDYQEKSGLHTL
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pF1KB5 MWFGESEANVREIFDKARQAAPCVLFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADRVINQILTEMD
>>NP_001303242 (OMIM: 601498,614862,614863,616617) perox (892 aa)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]