Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5672
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5672, 536 aa
1>>>pF1KB5672 536 - 536 aa - 536 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1302+/-0.000939; mu= 14.0556+/- 0.056
mean_var=81.6145+/-16.052, 0's: 0 Z-trim(106.3): 46 B-trim: 11 in 1/49
Lambda= 0.141968
statistics sampled from 8860 (8898) to 8860 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.649), E-opt: 0.2 (0.273), width: 16
Scan time: 3.400
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS352.1 KPNA6 gene_id:23633|Hs108|chr1 ( 536) 3505 727.9 6.9e-210
CCDS5111.1 KPNA5 gene_id:3841|Hs108|chr6 ( 539) 3012 627.0 1.7e-179
CCDS3013.1 KPNA1 gene_id:3836|Hs108|chr3 ( 538) 2891 602.2 4.9e-172
CCDS3191.1 KPNA4 gene_id:3840|Hs108|chr3 ( 521) 1597 337.2 2.9e-92
CCDS9421.1 KPNA3 gene_id:3839|Hs108|chr13 ( 521) 1556 328.8 9.8e-90
CCDS32713.1 KPNA2 gene_id:3838|Hs108|chr17 ( 529) 1521 321.6 1.4e-87
CCDS47651.1 KPNA7 gene_id:402569|Hs108|chr7 ( 516) 1266 269.4 7.4e-72
>>CCDS352.1 KPNA6 gene_id:23633|Hs108|chr1 (536 aa)
initn: 3505 init1: 3505 opt: 3505 Z-score: 3881.7 bits: 727.9 E(32554): 6.9e-210
Smith-Waterman score: 3505; 100.0% identity (100.0% similar) in 536 aa overlap (1-536:1-536)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEEA
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CCDS35 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEEA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 AMFDSLLMDSYVSSTTGESVITREMVEMLFSDDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPPIDEVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AMFDSLLMDSYVSSTTGESVITREMVEMLFSDDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPPIDEVI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 NTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTNIASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIELLNSDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 NTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTNIASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIELLNSDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSILNPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALSNLCRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSILNPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALSNLCRG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 KNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGVCRRLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGVCRRLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 ELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEACWTI
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CCDS35 ELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEACWTI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 SNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYLVSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYLVSL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 GCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYGLDKIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYGLDKIE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB5 FLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEDDDSSLAPQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 FLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEDDDSSLAPQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQL
490 500 510 520 530
>>CCDS5111.1 KPNA5 gene_id:3841|Hs108|chr6 (539 aa)
initn: 3016 init1: 2668 opt: 3012 Z-score: 3335.9 bits: 627.0 E(32554): 1.7e-179
Smith-Waterman score: 3012; 84.0% identity (94.6% similar) in 539 aa overlap (1-536:1-539)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEEA
:..::::::::::::::::.::::.:::::::::::::::::::.:::::::: : ..
CCDS51 MDAMASPGKDNYRMKSYKNKALNPQEMRRRREEEGIQLRKQKREEQLFKRRNVYLPRNDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB5 AMFDSLLMDSYVSSTTG---ESVITREMVEMLFSDDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPPID
.:..: ..: .:::. : :.: .::.:.::...: ::..::::::::::::.::::
CCDS51 SMLESPIQDPDISSTVPIPEEEVVTTDMVQMIFSNNADQQLTATQKFRKLLSKEPNPPID
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 EVINTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTNIASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIELLN
.::. : ::.:::.::.:::::::::::::::::::::: .::.:::.:::::::.:::
CCDS51 QVIQKPGVVQRFVKFLERNENCTLQFEAAWALTNIASGTFLHTKVVIETGAVPIFIKLLN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 SDFEDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSILNPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALSNL
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CCDS51 SEHEDVQEQAVWALGNIAGDNAECRDFVLNCEILPPLLELLTNSNRLTTTRNAVWALSNL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 CRGKNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGVCR
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CCDS51 CRGKNPPPNFSKVSPCLNVLSRLLFSSDPDVLADVCWALSYLSDGPNDKIQAVIDSGVCR
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 RLVELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEAC
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CCDS51 RLVELLMHNDYKVVSPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEAC
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 WTISNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYL
::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 WTVSNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYL
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 VSLGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYGLD
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CCDS51 VALGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQESKQNGIGINPYCALIEEAYGLD
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 KIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEDDDSSLAPQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQL
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CCDS51 KIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEEDDPSIVPQVDENQQQFIFQQQEAPMDGFQL
490 500 510 520 530
>>CCDS3013.1 KPNA1 gene_id:3836|Hs108|chr3 (538 aa)
initn: 2892 init1: 2610 opt: 2891 Z-score: 3202.0 bits: 602.2 E(32554): 4.9e-172
Smith-Waterman score: 2891; 81.2% identity (93.3% similar) in 538 aa overlap (4-536:1-538)
10 20 30 40 50
pF1KB5 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNV---ELIN
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CCDS30 MTTPGKENFRLKSYKNKSLNPDEMRRRREEEGLQLRKQKREEQLFKRRNVATAEEET
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EEAAMFDSLLMDSYVSSTTGE--SVITREMVEMLFSDDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPP
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CCDS30 EEEVMSDGGFHEAQISNMEMAPGGVITSDMIEMIFSKSPEQQLSATQKFRKLLSKEPNPP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 IDEVINTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTNIASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIEL
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CCDS30 IDEVISTPGVVARFVEFLKRKENCTLQFESAWVLTNIASGNSLQTRIVIQAGAVPIFIEL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 LNSDFEDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSILNPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALS
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CCDS30 LSSEFEDVQEQAVWALGNIAGDSTMCRDYVLDCNILPPLLQLFSKQNRLTMTRNAVWALS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 NLCRGKNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGV
::::::.:::::::::::: ::: ::: ::.:.::::::::::::::::.:::::::.::
CCDS30 NLCRGKSPPPEFAKVSPCLNVLSWLLFVSDTDVLADACWALSYLSDGPNDKIQAVIDAGV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 CRRLVELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKE
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CCDS30 CRRLVELLMHNDYKVVSPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALQSLLHLLSSPKESIKKE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 ACWTISNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIR
:::::::::::::::::.::::::::.:: ::: ::::::::::::::::::::. :::.
CCDS30 ACWTISNITAGNRAQIQTVIDANIFPALISILQTAEFRTRKEAAWAITNATSGGSAEQIK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 YLVSLGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYG
::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.:.:.::::.:::::::
CCDS30 YLVELGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEAKRNGTGINPYCALIEEAYG
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 LDKIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVEDDDSSLAPQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQ
::::::::::::::::::::::::::::.::.:::.::::: .:::.:::: ::::::::
CCDS30 LDKIEFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGTEDEDSSIAPQVDLNQQQYIFQQCEAPMEGFQ
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 L
:
CCDS30 L
>>CCDS3191.1 KPNA4 gene_id:3840|Hs108|chr3 (521 aa)
initn: 1581 init1: 1221 opt: 1597 Z-score: 1769.9 bits: 337.2 E(32554): 2.9e-92
Smith-Waterman score: 1597; 48.0% identity (77.3% similar) in 537 aa overlap (4-536:1-521)
10 20 30 40 50
pF1KB5 METMASPGK-DNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEE
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CCDS31 MADNEKLDNQRLKNFKNKGRDLETMRRQRNEVVVELRKNKRDEHLLKRRNVP--HED
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 AAMFDSLLMDSYVSSTTGESVITREMVEMLFSDDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPPIDEV
... : :..:. :.. :. ::.. .::...: :::::.. .::::..
CCDS31 ICEDSDIDGDYRVQNTSLEAI-----VQNASSDNQGIQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 INTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTNIASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIELLNSD
:.. .. .:. :.:..: .:::::::::::::::::.::. :....:::.:..::.:
CCDS31 IKSG-ILPILVHCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSEQTQAVVQSNAVPLFLRLLHSP
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 FEDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSILNPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALSNLCR
..: :::::::::: ::. :::::.. ....:::.... : .:. ::..:.. ::::
CCDS31 HQNVCEQAVWALGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVMVNLCR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 GKNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGVCRRL
:.::: . .. ::.: :. .: ..:.:. ::::::.:. ::.:: :::::. .:
CCDS31 HKDPPPPMETIQEILPALCVLIHHTDVNILVDTVWALSYLTDAGNEQIQMVIDSGIVPHL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 VELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEACWT
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CCDS31 VPLLSHQEVKVQTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDALSHFPALLTHPKEKINKEAVWF
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 ISNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYLVS
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CCDS31 LSNITAGNQQQVQAVIDANLVPMIIHLLDKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVAYLIQ
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 LGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYGLDKI
. : :.:.:::: :...:::.:.:: :::...:.:.. :. :::: ::.::
CCDS31 QNVIPPFCNLLTVKDAQVVQVVLDGLSNILKMAEDEAETIGN-------LIEECGGLEKI
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 EFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVED--DDSSLAPQVDETQQQFIFQQP-EAPMEGFQL
: ::.:::..::. :...:...:. .: .: ::.:.. . : :.. ..: ::::.
CCDS31 EQLQNHENEDIYKLAYEIIDQFFSSDDIDEDPSLVPEAIQGGT-FGFNSSANVPTEGFQF
470 480 490 500 510 520
>>CCDS9421.1 KPNA3 gene_id:3839|Hs108|chr13 (521 aa)
initn: 1345 init1: 1197 opt: 1556 Z-score: 1724.5 bits: 328.8 E(32554): 9.8e-90
Smith-Waterman score: 1556; 48.7% identity (76.9% similar) in 515 aa overlap (6-517:4-502)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEEA
.:. .:.:.::.::.. . : :::.:.: ..:::.::...:.:.::: .::.
CCDS94 MAENPSLENHRIKSFKNKGRDVETMRRHRNEVTVELRKNKRDEHLLKKRNVP--QEES
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 AMFDSLLMDSYVSSTTGESVITREMV-EMLFSDDSDLQLATTQKFRKLLSKEPSPPIDEV
: :: :.. . .: : . . ::. .::...: :::::.. .::::..
CCDS94 ------LEDSDVDADFKAQNVTLEAILQNATSDNPVVQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 INTPRVVDRFVEFLKRNENCTLQFEAAWALTNIASGTSQQTKIVIEAGAVPIFIELLNSD
:.. .. .:. :.:..: .::::::::::::::::: ::. :....:::.:..:: :
CCDS94 IKSG-ILPILVKCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSAQTQAVVQSNAVPLFLRLLRSP
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 FEDVQEQAVWALGNIAGDSSVCRDYVLNCSILNPLLTLLTKSTRLTMTRNAVWALSNLCR
..: :::::::::: ::. :::::.. ....:::.... : .:. ::..:.. ::::
CCDS94 HQNVCEQAVWALGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVIVNLCR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 GKNPPPEFAKVSPCLPVLSRLLFSSDSDLLADACWALSYLSDGPNEKIQAVIDSGVCRRL
.:.::: . :. ::.: :.. .: ..:.:. ::::::.:: ::.:: :::::: :
CCDS94 NKDPPPPMETVQEILPALCVLIYHTDINILVDTVWALSYLTDGGNEQIQMVIDSGVVPFL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 VELLMHNDYKVASPALRAVGNIVTGDDIQTQVILNCSALPCLLHLLSSPKESIRKEACWT
: :: :.. :: . ::::::::::: : ::::.:::..: . .::: :::.: ::: :
CCDS94 VPLLSHQEVKVQTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDVLSHFPNLLSHPKEKINKEAVWF
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 ISNITAGNRAQIQAVIDANIFPVLIEILQKAEFRTRKEAAWAITNATSGGTPEQIRYLVS
.:::::::. :.::::::...:..:. : :..: :.:::::::.: : .: .:..:::.
CCDS94 LSNITAGNQQQVQAVIDAGLIPMIIHQLAKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVEYLVQ
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 LGCIKPLCDLLTVMDSKIVQVALNGLENILRLGEQEGKRSGSGVNPYCGLIEEAYGLDKI
. : :.:.::.: ::..:::.:.::.::: . .:. .. .::: ::.::
CCDS94 QNVIPPFCNLLSVKDSQVVQVVLDGLKNILIM-------AGDEASTIAEIIEECGGLEKI
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 EFLQSHENQEIYQKAFDLIEHYFGVED--DDSSLAPQVDETQQQFIFQQPEAPMEGFQL
: ::.:::..::. ::..:..::. .: .: : :.. .
CCDS94 EVLQQHENEDIYKLAFEIIDQYFSGDDIDEDPCLIPEATQGGTYNFDPTANLQTKEFNF
470 480 490 500 510 520
>>CCDS32713.1 KPNA2 gene_id:3838|Hs108|chr17 (529 aa)
initn: 1731 init1: 813 opt: 1521 Z-score: 1685.6 bits: 321.6 E(32554): 1.4e-87
Smith-Waterman score: 1521; 47.0% identity (73.9% similar) in 536 aa overlap (1-530:1-524)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 METMASPGKDNYRMKSYKNNALNPEEMRRRREEEGIQLRKQKREQQLFKRRNVELINEEA
: : . . :.. .::.. . :::::: : ...::: :...:..::::: . ..:
CCDS32 MSTNENANTPAARLHRFKNKGKDSTEMRRRRIEVNVELRKAKKDDQMLKRRNVSSFPDDA
10 20 30 40 50 60
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