Result of FASTA (omim) for
pF1KB5657
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5657, 1144 aa
1>>>pF1KB5657 1144 - 1144 aa - 1144 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7089+/-0.000461; mu= 25.7000+/- 0.029
mean_var=66.5018+/-13.756, 0's: 0 Z-trim(108.9): 51 B-trim: 546 in 2/51
Lambda= 0.157274
statistics sampled from 16980 (17005) to 16980 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.548), E-opt: 0.2 (0.199), width: 16
Scan time: 8.060
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002363 (OMIM: 154582) alpha-mannosidase 2 [Homo (1144) 7660 1748.2 0
XP_016864961 (OMIM: 154582) PREDICTED: alpha-manno (1095) 7324 1671.9 0
XP_011541697 (OMIM: 154582) PREDICTED: alpha-manno ( 884) 5836 1334.2 0
XP_016877674 (OMIM: 600988) PREDICTED: alpha-manno (1150) 4227 969.2 0
NP_006113 (OMIM: 600988) alpha-mannosidase 2x isof (1150) 4227 969.2 0
NP_001307906 (OMIM: 600988) alpha-mannosidase 2x i (1175) 3813 875.3 0
XP_005254967 (OMIM: 600988) PREDICTED: alpha-manno (1175) 3813 875.3 0
XP_016877673 (OMIM: 600988) PREDICTED: alpha-manno (1175) 3813 875.3 0
XP_011519868 (OMIM: 600988) PREDICTED: alpha-manno ( 729) 1861 432.2 5.5e-120
XP_011519867 (OMIM: 600988) PREDICTED: alpha-manno ( 754) 1445 337.8 1.5e-91
NP_001166969 (OMIM: 248500,609458) lysosomal alpha (1010) 458 114.0 4.8e-24
NP_000519 (OMIM: 248500,609458) lysosomal alpha-ma (1011) 458 114.0 4.8e-24
XP_005259970 (OMIM: 248500,609458) PREDICTED: lyso (1012) 458 114.0 4.8e-24
XP_016882307 (OMIM: 248500,609458) PREDICTED: lyso ( 644) 334 85.7 1e-15
NP_001243424 (OMIM: 154580) alpha-mannosidase 2C1 (1017) 193 53.9 6e-06
NP_006706 (OMIM: 154580) alpha-mannosidase 2C1 iso (1040) 193 53.9 6.1e-06
XP_005254441 (OMIM: 154580) PREDICTED: alpha-manno (1048) 193 53.9 6.2e-06
NP_001243423 (OMIM: 154580) alpha-mannosidase 2C1 (1057) 193 53.9 6.2e-06
XP_016877677 (OMIM: 154580) PREDICTED: alpha-manno ( 918) 167 47.9 0.00033
NP_001243425 (OMIM: 154580) alpha-mannosidase 2C1 ( 941) 167 47.9 0.00034
>>NP_002363 (OMIM: 154582) alpha-mannosidase 2 [Homo sap (1144 aa)
initn: 7660 init1: 7660 opt: 7660 Z-score: 9383.6 bits: 1748.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7660; 100.0% identity (100.0% similar) in 1144 aa overlap (1-1144:1-1144)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKLSRQFTVFGSAIFCVVIFSLYLMLDRGHLDYPRNPRREGSFPQGQLSMLQEKIDHLER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MKLSRQFTVFGSAIFCVVIFSLYLMLDRGHLDYPRNPRREGSFPQGQLSMLQEKIDHLER
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LLAENNEIISNIRDSVINLSESVEDGPKSSQSNFSQGAGSHLLPSQLSLSVDTADCLFAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LLAENNEIISNIRDSVINLSESVEDGPKSSQSNFSQGAGSHLLPSQLSLSVDTADCLFAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 QSGSHNSDVQMLDVYSLISFDNPDGGVWKQGFDITYESNEWDTEPLQVFVVPHSHNDPGW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QSGSHNSDVQMLDVYSLISFDNPDGGVWKQGFDITYESNEWDTEPLQVFVVPHSHNDPGW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LKTFNDYFRDKTQYIFNNMVLKLKEDSRRKFIWSEISYLSKWWDIIDIQKKDAVKSLIEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LKTFNDYFRDKTQYIFNNMVLKLKEDSRRKFIWSEISYLSKWWDIIDIQKKDAVKSLIEN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GQLEIVTGGWVMPDEATPHYFALIDQLIEGHQWLENNIGVKPRSGWAIDPFGHSPTMAYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GQLEIVTGGWVMPDEATPHYFALIDQLIEGHQWLENNIGVKPRSGWAIDPFGHSPTMAYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LNRAGLSHMLIQRVHYAVKKHFALHKTLEFFWRQNWDLGSVTDILCHMMPFYSYDIPHTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LNRAGLSHMLIQRVHYAVKKHFALHKTLEFFWRQNWDLGSVTDILCHMMPFYSYDIPHTC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GPDPKICCQFDFKRLPGGRFGCPWGVPPETIHPGNVQSRARMLLDQYRKKSKLFRTKVLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GPDPKICCQFDFKRLPGGRFGCPWGVPPETIHPGNVQSRARMLLDQYRKKSKLFRTKVLL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 APLGDDFRYCEYTEWDLQFKNYQQLFDYMNSQSKFKVKIQFGTLSDFFDALDKADETQRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 APLGDDFRYCEYTEWDLQFKNYQQLFDYMNSQSKFKVKIQFGTLSDFFDALDKADETQRD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 KGQSMFPVLSGDFFTYADRDDHYWSGYFTSRPFYKRMDRIMESHLRAAEILYYFALRQAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KGQSMFPVLSGDFFTYADRDDHYWSGYFTSRPFYKRMDRIMESHLRAAEILYYFALRQAH
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 KYKINKFLSSSLYTALTEARRNLGLFQHHDAITGTAKDWVVVDYGTRLFHSLMVLEKIIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KYKINKFLSSSLYTALTEARRNLGLFQHHDAITGTAKDWVVVDYGTRLFHSLMVLEKIIG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 NSAFLLILKDKLTYDSYSPDTFLEMDLKQKSQDSLPQKNIIRLSAEPRYLVVYNPLEQDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NSAFLLILKDKLTYDSYSPDTFLEMDLKQKSQDSLPQKNIIRLSAEPRYLVVYNPLEQDR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 ISLVSVYVSSPTVQVFSASGKPVEVQVSAVWDTANTISETAYEISFRAHIPPLGLKVYKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ISLVSVYVSSPTVQVFSASGKPVEVQVSAVWDTANTISETAYEISFRAHIPPLGLKVYKI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 LESASSNSHLADYVLYKNKVEDSGIFTIKNMINTEEGITLENSFVLLRFDQTGLMKQMMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LESASSNSHLADYVLYKNKVEDSGIFTIKNMINTEEGITLENSFVLLRFDQTGLMKQMMT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 KEDGKHHEVNVQFSWYGTTIKRDKSGAYLFLPDGNAKPYVYTTPPFVRVTHGRIYSEVTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KEDGKHHEVNVQFSWYGTTIKRDKSGAYLFLPDGNAKPYVYTTPPFVRVTHGRIYSEVTC
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB5 FFDHVTHRVRLYHIQGIEGQSVEVSNIVDIRKVYNREIAMKISSDIKSQNRFYTDLNGYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FFDHVTHRVRLYHIQGIEGQSVEVSNIVDIRKVYNREIAMKISSDIKSQNRFYTDLNGYQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB5 IQPRMTLSKLPLQANVYPMTTMAYIQDAKHRLTLLSAQSLGVSSLNSGQIEVIMDRRLMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IQPRMTLSKLPLQANVYPMTTMAYIQDAKHRLTLLSAQSLGVSSLNSGQIEVIMDRRLMQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB5 DDNRGLEQGIQDNKITANLFRILLEKRSAVNTEEEKKSVSYPSLLSHITSSLMNHPVIPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DDNRGLEQGIQDNKITANLFRILLEKRSAVNTEEEKKSVSYPSLLSHITSSLMNHPVIPM
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB5 ANKFSSPTLELQGEFSPLQSSLPCDIHLVNLRTIQSKVGNGHSNEAALILHRKGFDCRFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ANKFSSPTLELQGEFSPLQSSLPCDIHLVNLRTIQSKVGNGHSNEAALILHRKGFDCRFS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB5 SKGTGLFCSTTQGKILVQKLLNKFIVESLTPSSLSLMHSPPGTQNISEINLSPMEISTFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SKGTGLFCSTTQGKILVQKLLNKFIVESLTPSSLSLMHSPPGTQNISEINLSPMEISTFR
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB5 IQLR
::::
NP_002 IQLR
>>XP_016864961 (OMIM: 154582) PREDICTED: alpha-mannosida (1095 aa)
initn: 7324 init1: 7324 opt: 7324 Z-score: 8971.8 bits: 1671.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7324; 100.0% identity (100.0% similar) in 1095 aa overlap (50-1144:1-1095)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 FSLYLMLDRGHLDYPRNPRREGSFPQGQLSMLQEKIDHLERLLAENNEIISNIRDSVINL
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MLQEKIDHLERLLAENNEIISNIRDSVINL
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 SESVEDGPKSSQSNFSQGAGSHLLPSQLSLSVDTADCLFASQSGSHNSDVQMLDVYSLIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SESVEDGPKSSQSNFSQGAGSHLLPSQLSLSVDTADCLFASQSGSHNSDVQMLDVYSLIS
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 FDNPDGGVWKQGFDITYESNEWDTEPLQVFVVPHSHNDPGWLKTFNDYFRDKTQYIFNNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FDNPDGGVWKQGFDITYESNEWDTEPLQVFVVPHSHNDPGWLKTFNDYFRDKTQYIFNNM
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 VLKLKEDSRRKFIWSEISYLSKWWDIIDIQKKDAVKSLIENGQLEIVTGGWVMPDEATPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VLKLKEDSRRKFIWSEISYLSKWWDIIDIQKKDAVKSLIENGQLEIVTGGWVMPDEATPH
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 YFALIDQLIEGHQWLENNIGVKPRSGWAIDPFGHSPTMAYLLNRAGLSHMLIQRVHYAVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YFALIDQLIEGHQWLENNIGVKPRSGWAIDPFGHSPTMAYLLNRAGLSHMLIQRVHYAVK
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 KHFALHKTLEFFWRQNWDLGSVTDILCHMMPFYSYDIPHTCGPDPKICCQFDFKRLPGGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KHFALHKTLEFFWRQNWDLGSVTDILCHMMPFYSYDIPHTCGPDPKICCQFDFKRLPGGR
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 FGCPWGVPPETIHPGNVQSRARMLLDQYRKKSKLFRTKVLLAPLGDDFRYCEYTEWDLQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FGCPWGVPPETIHPGNVQSRARMLLDQYRKKSKLFRTKVLLAPLGDDFRYCEYTEWDLQF
340 350 360 370 380 390
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 KNYQQLFDYMNSQSKFKVKIQFGTLSDFFDALDKADETQRDKGQSMFPVLSGDFFTYADR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KNYQQLFDYMNSQSKFKVKIQFGTLSDFFDALDKADETQRDKGQSMFPVLSGDFFTYADR
400 410 420 430 440 450
500 510 520 530 540 550
pF1KB5 DDHYWSGYFTSRPFYKRMDRIMESHLRAAEILYYFALRQAHKYKINKFLSSSLYTALTEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DDHYWSGYFTSRPFYKRMDRIMESHLRAAEILYYFALRQAHKYKINKFLSSSLYTALTEA
460 470 480 490 500 510
560 570 580 590 600 610
pF1KB5 RRNLGLFQHHDAITGTAKDWVVVDYGTRLFHSLMVLEKIIGNSAFLLILKDKLTYDSYSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RRNLGLFQHHDAITGTAKDWVVVDYGTRLFHSLMVLEKIIGNSAFLLILKDKLTYDSYSP
520 530 540 550 560 570
620 630 640 650 660 670
pF1KB5 DTFLEMDLKQKSQDSLPQKNIIRLSAEPRYLVVYNPLEQDRISLVSVYVSSPTVQVFSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DTFLEMDLKQKSQDSLPQKNIIRLSAEPRYLVVYNPLEQDRISLVSVYVSSPTVQVFSAS
580 590 600 610 620 630
680 690 700 710 720 730
pF1KB5 GKPVEVQVSAVWDTANTISETAYEISFRAHIPPLGLKVYKILESASSNSHLADYVLYKNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GKPVEVQVSAVWDTANTISETAYEISFRAHIPPLGLKVYKILESASSNSHLADYVLYKNK
640 650 660 670 680 690
740 750 760 770 780 790
pF1KB5 VEDSGIFTIKNMINTEEGITLENSFVLLRFDQTGLMKQMMTKEDGKHHEVNVQFSWYGTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VEDSGIFTIKNMINTEEGITLENSFVLLRFDQTGLMKQMMTKEDGKHHEVNVQFSWYGTT
700 710 720 730 740 750
800 810 820 830 840 850
pF1KB5 IKRDKSGAYLFLPDGNAKPYVYTTPPFVRVTHGRIYSEVTCFFDHVTHRVRLYHIQGIEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IKRDKSGAYLFLPDGNAKPYVYTTPPFVRVTHGRIYSEVTCFFDHVTHRVRLYHIQGIEG
760 770 780 790 800 810
860 870 880 890 900 910
pF1KB5 QSVEVSNIVDIRKVYNREIAMKISSDIKSQNRFYTDLNGYQIQPRMTLSKLPLQANVYPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QSVEVSNIVDIRKVYNREIAMKISSDIKSQNRFYTDLNGYQIQPRMTLSKLPLQANVYPM
820 830 840 850 860 870
920 930 940 950 960 970
pF1KB5 TTMAYIQDAKHRLTLLSAQSLGVSSLNSGQIEVIMDRRLMQDDNRGLEQGIQDNKITANL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TTMAYIQDAKHRLTLLSAQSLGVSSLNSGQIEVIMDRRLMQDDNRGLEQGIQDNKITANL
880 890 900 910 920 930
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KB5 FRILLEKRSAVNTEEEKKSVSYPSLLSHITSSLMNHPVIPMANKFSSPTLELQGEFSPLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FRILLEKRSAVNTEEEKKSVSYPSLLSHITSSLMNHPVIPMANKFSSPTLELQGEFSPLQ
940 950 960 970 980 990
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KB5 SSLPCDIHLVNLRTIQSKVGNGHSNEAALILHRKGFDCRFSSKGTGLFCSTTQGKILVQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSLPCDIHLVNLRTIQSKVGNGHSNEAALILHRKGFDCRFSSKGTGLFCSTTQGKILVQK
1000 1010 1020 1030 1040 1050
1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB5 LLNKFIVESLTPSSLSLMHSPPGTQNISEINLSPMEISTFRIQLR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LLNKFIVESLTPSSLSLMHSPPGTQNISEINLSPMEISTFRIQLR
1060 1070 1080 1090
>>XP_011541697 (OMIM: 154582) PREDICTED: alpha-mannosida (884 aa)
initn: 5830 init1: 5830 opt: 5836 Z-score: 7148.3 bits: 1334.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5836; 97.6% identity (99.0% similar) in 880 aa overlap (1-878:1-879)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKLSRQFTVFGSAIFCVVIFSLYLMLDRGHLDYPRNPRREGSFPQGQLSMLQEKIDHLER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MKLSRQFTVFGSAIFCVVIFSLYLMLDRGHLDYPRNPRREGSFPQGQLSMLQEKIDHLER
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LLAENNEIISNIRDSVINLSESVEDGPKSSQSNFSQGAGSHLLPSQLSLSVDTADCLFAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LLAENNEIISNIRDSVINLSESVEDGPKSSQSNFSQGAGSHLLPSQLSLSVDTADCLFAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 QSGSHNSDVQMLDVYSLISFDNPDGGVWKQGFDITYESNEWDTEPLQVFVVPHSHNDPGW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QSGSHNSDVQMLDVYSLISFDNPDGGVWKQGFDITYESNEWDTEPLQVFVVPHSHNDPGW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LKTFNDYFRDKTQYIFNNMVLKLKEDSRRKFIWSEISYLSKWWDIIDIQKKDAVKSLIEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LKTFNDYFRDKTQYIFNNMVLKLKEDSRRKFIWSEISYLSKWWDIIDIQKKDAVKSLIEN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GQLEIVTGGWVMPDEATPHYFALIDQLIEGHQWLENNIGVKPRSGWAIDPFGHSPTMAYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GQLEIVTGGWVMPDEATPHYFALIDQLIEGHQWLENNIGVKPRSGWAIDPFGHSPTMAYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LNRAGLSHMLIQRVHYAVKKHFALHKTLEFFWRQNWDLGSVTDILCHMMPFYSYDIPHTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LNRAGLSHMLIQRVHYAVKKHFALHKTLEFFWRQNWDLGSVTDILCHMMPFYSYDIPHTC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GPDPKICCQFDFKRLPGGRFGCPWGVPPETIHPGNVQSRARMLLDQYRKKSKLFRTKVLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GPDPKICCQFDFKRLPGGRFGCPWGVPPETIHPGNVQSRARMLLDQYRKKSKLFRTKVLL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 APLGDDFRYCEYTEWDLQFKNYQQLFDYMNSQSKFKVKIQFGTLSDFFDALDKADETQRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 APLGDDFRYCEYTEWDLQFKNYQQLFDYMNSQSKFKVKIQFGTLSDFFDALDKADETQRD
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