Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5651
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5651, 400 aa
1>>>pF1KB5651 400 - 400 aa - 400 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6707+/-0.000719; mu= 2.3069+/- 0.043
mean_var=165.4965+/-32.851, 0's: 0 Z-trim(115.5): 54 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.099696
statistics sampled from 16052 (16107) to 16052 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.805), E-opt: 0.2 (0.495), width: 16
Scan time: 3.430
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3144.1 WWTR1 gene_id:25937|Hs108|chr3 ( 400) 2750 406.9 1.7e-113
CCDS60945.1 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 ( 454) 881 138.1 1.6e-32
CCDS73374.1 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 ( 470) 862 135.3 1.1e-31
CCDS60944.1 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 ( 492) 616 100.0 5.2e-21
CCDS53700.1 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 ( 326) 488 81.5 1.3e-15
CCDS8314.2 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 ( 450) 487 81.4 1.8e-15
CCDS44716.1 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 ( 504) 440 74.7 2.2e-13
CCDS53699.1 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 ( 488) 420 71.8 1.6e-12
CCDS73373.1 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 ( 508) 419 71.6 1.8e-12
>>CCDS3144.1 WWTR1 gene_id:25937|Hs108|chr3 (400 aa)
initn: 2750 init1: 2750 opt: 2750 Z-score: 2151.0 bits: 406.9 E(32554): 1.7e-113
Smith-Waterman score: 2750; 100.0% identity (100.0% similar) in 400 aa overlap (1-400:1-400)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MNPASAPPPLPPPGQQVIHVTQDLDTDLEALFNSVMNPKPSSWRKKILPESFFKEPDSGS
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CCDS31 MNPASAPPPLPPPGQQVIHVTQDLDTDLEALFNSVMNPKPSSWRKKILPESFFKEPDSGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 HSRQSSTDSSGGHPGPRLAGGAQHVRSHSSPASLQLGTGAGAAGSPAQQHAHLRQQSYDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 HSRQSSTDSSGGHPGPRLAGGAQHVRSHSSPASLQLGTGAGAAGSPAQQHAHLRQQSYDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TDELPLPPGWEMTFTATGQRYFLNHIEKITTWQDPRKAMNQPLNHMNLHPAVSSTPVPQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TDELPLPPGWEMTFTATGQRYFLNHIEKITTWQDPRKAMNQPLNHMNLHPAVSSTPVPQR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SMAVSQPNLVMNHQHQQQMAPSTLSQQNHPTQNPPAGLMSMPNALTTQQQQQQKLRLQRI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 QMERERIRMRQEELMRQEAALCRQLPMEAETLAPVQAAVNPPTMTPDMRSITNNSSDPFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QMERERIRMRQEELMRQEAALCRQLPMEAETLAPVQAAVNPPTMTPDMRSITNNSSDPFL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 NGGPYHSREQSTDSGLGLGCYSVPTTPEDFLSNVDEMDTGENAGQTPMNINPQQTRFPDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NGGPYHSREQSTDSGLGLGCYSVPTTPEDFLSNVDEMDTGENAGQTPMNINPQQTRFPDF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KB5 LDCLPGTNVDLGTLESEDLIPLFNDVESALNKSEPFLTWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LDCLPGTNVDLGTLESEDLIPLFNDVESALNKSEPFLTWL
370 380 390 400
>>CCDS60945.1 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 (454 aa)
initn: 1060 init1: 319 opt: 881 Z-score: 697.3 bits: 138.1 E(32554): 1.6e-32
Smith-Waterman score: 1196; 49.0% identity (69.2% similar) in 441 aa overlap (3-400:38-454)
10 20 30
pF1KB5 MNPAS--APPPLPPPGQQVIHVTQDLDTDLEA
::. : : :: :.:..:: : .:::::
CCDS60 PPQPAPQGQGQPPSQPPQGQGPPSGPGQPAPAATQAAPQAPPAGHQIVHVRGDSETDLEA
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80
pF1KB5 LFNSVMNPK----PSS--WRKKILPESFFKEPDSGSHSRQSSTDSSGGHPGPRLAGGAQH
:::.::::: :.. : . ::.:::: :. :::::.:::. : : : ::
CCDS60 LFNAVMNPKTANVPQTVPMRLRKLPDSFFKPPEPKSHSRQASTDA--GTAG---ALTPQH
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130
pF1KB5 VRSHSSPASLQLG---------TG--AGAAGSPAQQHAHLRQQSYDVTDELPLPPGWEMT
::.:::::::::: :: .: :..:. :: :::.:... :..::: ::::.
CCDS60 VRAHSSPASLQLGAVSPGTLTPTGVVSGPAATPTAQH--LRQSSFEIPDDVPLPAGWEMA
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 FTATGQRYFLNHIEKITTWQDPRKAMNQPLNHMNLHPAVSSTPVPQRSMAVSQPNLVMNH
:..:::::::::.. :::::::::: :..::. : .: :: : : .. .::
CCDS60 KTSSGQRYFLNHIDQTTTWQDPRKAM---LSQMNV-TAPTSPPVQQNMMNSAS---AMN-
190 200 210 220 230
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 QHQQQMAPSTLSQQNHPTQNPPAGLMSMPNALTTQQQQQQKLRLQRIQMERERIRMRQEE
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CCDS60 QRISQSAPVKQPPPLAP-QSPQGGVMGGSNS-----NQQQQMRLQQLQMEKERLRLKQQE
240 250 260 270 280
260 270 280 290 300
pF1KB5 LMRQ----EAALCRQLPMEAETLAPVQAAVNPPTMTPDMRSITNNSSDPFLNGGPYHSRE
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CCDS60 LLRQVRPQELALRSQLPT-LEQDGGTQNPVSSPGMSQELRTMTTNSSDPFLNSGTYHSRD
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QSTDSGLGLGCYSVPTTPEDFLSNVDEMDTGENAGQTPMNINPQQTRFPDFLDCLPGTNV
.::::::... :::: ::.:::..:::::::.. .:. . ::.::::.:. .:::::
CCDS60 ESTDSGLSMSSYSVPRTPDDFLNSVDEMDTGDTINQSTL--PSQQNRFPDYLEAIPGTNV
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400
pF1KB5 DLGTLES-------EDLIP---------LFNDVESALNKS----EPFLTWL
::::::. :.:.: ..::.::.: . : :::::
CCDS60 DLGTLEGDGMNIEGEELMPSLQEALSSDILNDMESVLAATKLDKESFLTWL
410 420 430 440 450
>>CCDS73374.1 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 (470 aa)
initn: 1001 init1: 269 opt: 862 Z-score: 682.3 bits: 135.3 E(32554): 1.1e-31
Smith-Waterman score: 1164; 47.3% identity (66.7% similar) in 457 aa overlap (3-400:38-470)
10 20 30
pF1KB5 MNPAS--APPPLPPPGQQVIHVTQDLDTDLEA
::. : : :: :.:..:: : .:::::
CCDS73 PPQPAPQGQGQPPSQPPQGQGPPSGPGQPAPAATQAAPQAPPAGHQIVHVRGDSETDLEA
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80
pF1KB5 LFNSVMNPK----PSS--WRKKILPESFFKEPDSGSHSRQSSTDSSGGHPGPRLAGGAQH
:::.::::: :.. : . ::.:::: :. :::::.:::. : : : ::
CCDS73 LFNAVMNPKTANVPQTVPMRLRKLPDSFFKPPEPKSHSRQASTDA--GTAG---ALTPQH
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130
pF1KB5 VRSHSSPASLQLG---------TG--AGAAGSPAQQHAHLRQQSYDVTDELPLPPGWEMT
::.:::::::::: :: .: :..:. :: :::.:... :..::: ::::.
CCDS73 VRAHSSPASLQLGAVSPGTLTPTGVVSGPAATPTAQH--LRQSSFEIPDDVPLPAGWEMA
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 FTATGQRYFLNHIEKITTWQDPRKAMNQPLNHMNLHPAVSSTPVPQRSMAVSQPNLVMNH
:..:::::::::.. :::::::::: :..::. : .: :: : : .. .::
CCDS73 KTSSGQRYFLNHIDQTTTWQDPRKAM---LSQMNV-TAPTSPPVQQNMMNSAS---AMN-
190 200 210 220 230
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 QHQQQMAPSTLSQQNHPTQNPPAGLMSMPNALTTQQQQQQKLRLQRIQMERERIRMRQEE
:. .: :: : :.: .:.:. :. .:::..:::..:::.::.:..:.:
CCDS73 QRISQSAPVKQPPPLAP-QSPQGGVMGGSNS-----NQQQQMRLQQLQMEKERLRLKQQE
240 250 260 270 280
260 270 280 290
pF1KB5 LMRQ--------------------EAALCRQLPMEAETLAPVQAAVNPPTMTPDMRSITN
:.:: : :: ::: : . .: :. : :. ..:..:.
CCDS73 LLRQVRPQAMRNINPSTANSPKCQELALRSQLPT-LEQDGGTQNPVSSPGMSQELRTMTT
290 300 310 320 330 340
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 NSSDPFLNGGPYHSREQSTDSGLGLGCYSVPTTPEDFLSNVDEMDTGENAGQTPMNINPQ
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CCDS73 NSSDPFLNSGTYHSRDESTDSGLSMSSYSVPRTPDDFLNSVDEMDTGDTINQSTL--PSQ
350 360 370 380 390 400
360 370 380 390
pF1KB5 QTRFPDFLDCLPGTNVDLGTLES-------EDLIP---------LFNDVESALNKS----
:.::::.:. .:::::::::::. :.:.: ..::.::.: .
CCDS73 QNRFPDYLEAIPGTNVDLGTLEGDGMNIEGEELMPSLQEALSSDILNDMESVLAATKLDK
410 420 430 440 450 460
400
pF1KB5 EPFLTWL
: :::::
CCDS73 ESFLTWL
470
>>CCDS60944.1 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 (492 aa)
initn: 1162 init1: 319 opt: 616 Z-score: 490.8 bits: 100.0 E(32554): 5.2e-21
Smith-Waterman score: 1163; 45.9% identity (67.9% similar) in 464 aa overlap (6-400:43-492)
10 20 30
pF1KB5 MNPASAPPPLPPPGQQVIHVTQDLDTDLEALFNSV
: : :: :.:..:: : .::::::::.:
CCDS60 PQGQGQPPSQPPQGQGPPSGPGQPAPAATQAAPQAPPAGHQIVHVRGDSETDLEALFNAV
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80
pF1KB5 MNPK----PSS--WRKKILPESFFKEPDSGSHSRQSSTDSSGGHPGPRLAGGAQHVRSHS
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CCDS60 MNPKTANVPQTVPMRLRKLPDSFFKPPEPKSHSRQASTDA--GTAG---ALTPQHVRAHS
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90 100 110 120 130
pF1KB5 SPASLQLG---------TG--AGAAGSPAQQHAHLRQQSYDVTDELPLPPGWEMTFTATG
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CCDS60 SPASLQLGAVSPGTLTPTGVVSGPAATPTAQH--LRQSSFEIPDDVPLPAGWEMAKTSSG
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180
pF1KB5 QRYFLNHIEKITTWQDPRKAMNQPLNHMNLHPAVSSTPVPQRSM-------------AVS
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CCDS60 QRYFLNHIDQTTTWQDPRKAM---LSQMNV-TAPTSPPVQQNMMNSASGPLPDGWEQAMT
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230
pF1KB5 QPNLV--MNHQHQQ------QMAPS-TLSQ---QNHPTQNPPAGLMSMPNALT---TQQQ
: . . .::... .. : ...: :. :...:: . :.. . ....
CCDS60 QDGEIYYINHKNKTTSWLDPRLDPRFAMNQRISQSAPVKQPPPLAPQSPQGGVMGGSNSN
250 260 270 280 290 300
240 250 260 270 280
pF1KB5 QQQKLRLQRIQMERERIRMRQEELMRQ----EAALCRQLPMEAETLAPVQAAVNPPTMTP
:::..:::..:::.::.:..:.::.:: : :: ::: : . .: :. : :.
CCDS60 QQQQMRLQQLQMEKERLRLKQQELLRQVRPQELALRSQLPT-LEQDGGTQNPVSSPGMSQ
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pF1KB5 DMRSITNNSSDPFLNGGPYHSREQSTDSGLGLGCYSVPTTPEDFLSNVDEMDTGENAGQT
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CCDS60 ELRTMTTNSSDPFLNSGTYHSRDESTDSGLSMSSYSVPRTPDDFLNSVDEMDTGDTINQS
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350 360 370 380 390
pF1KB5 PMNINPQQTRFPDFLDCLPGTNVDLGTLES-------EDLIP---------LFNDVESAL
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CCDS60 TL--PSQQNRFPDYLEAIPGTNVDLGTLEGDGMNIEGEELMPSLQEALSSDILNDMESVL
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400
pF1KB5 NKS----EPFLTWL
. : :::::
CCDS60 AATKLDKESFLTWL
480 490
>>CCDS53700.1 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 (326 aa)
initn: 713 init1: 260 opt: 488 Z-score: 394.0 bits: 81.5 E(32554): 1.3e-15
Smith-Waterman score: 721; 41.7% identity (65.5% similar) in 333 aa overlap (132-400:1-326)
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 AAGSPAQQHAHLRQQSYDVTDELPLPPGWEMTFTATGQRYFLNHIEKITTWQDPRKAMNQ
:. :..:::::::::.. ::::::::::
CCDS53 MAKTSSGQRYFLNHIDQTTTWQDPRKAM--
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pF1KB5 PLNHMNLHPAVSSTPVPQRSM-------------AVSQPNLV--MNHQHQQ------QMA
:..::. : .: :: : : :..: . . .::... ..
CCDS53 -LSQMNV-TAPTSPPVQQNMMNSASGPLPDGWEQAMTQDGEIYYINHKNKTTSWLDPRLD
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pF1KB5 PS-TLSQ---QNHPTQNPPAGLMSMPNALT---TQQQQQQKLRLQRIQMERERIRMRQEE
: ...: :. :...:: . :.. . ....:::..:::..:::.::.:..:.:
CCDS53 PRFAMNQRISQSAPVKQPPPLAPQSPQGGVMGGSNSNQQQQMRLQQLQMEKERLRLKQQE
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pF1KB5 LMRQ----------------EAALCRQLPMEAETLAPVQAAVNPPTMTPDMRSITNNSSD
:.:: : :: ::: : . .: :. : :. ..:..:.::::
CCDS53 LLRQAMRNINPSTANSPKCQELALRSQLPT-LEQDGGTQNPVSSPGMSQELRTMTTNSSD
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pF1KB5 PFLNGGPYHSREQSTDSGLGLGCYSVPTTPEDFLSNVDEMDTGENAGQTPMNINPQQTRF
::::.: ::::..::::::... :::: ::.:::..:::::::.. .:. . ::.::
CCDS53 PFLNSGTYHSRDESTDSGLSMSSYSVPRTPDDFLNSVDEMDTGDTINQSTLP--SQQNRF
210 220 230 240 250 260
360 370 380 390
pF1KB5 PDFLDCLPGTNVDLGTLES-------EDLIP---------LFNDVESALNKS----EPFL
::.:. .:::::::::::. :.:.: ..::.::.: . : ::
CCDS53 PDYLEAIPGTNVDLGTLEGDGMNIEGEELMPSLQEALSSDILNDMESVLAATKLDKESFL
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400
pF1KB5 TWL
:::
CCDS53 TWL
>>CCDS8314.2 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 (450 aa)
initn: 1053 init1: 264 opt: 487 Z-score: 391.1 bits: 81.4 E(32554): 1.8e-15
Smith-Waterman score: 1214; 49.4% identity (69.8% similar) in 437 aa overlap (3-400:38-450)
10 20 30
pF1KB5 MNPAS--APPPLPPPGQQVIHVTQDLDTDLEA
::. : : :: :.:..:: : .:::::
CCDS83 PPQPAPQGQGQPPSQPPQGQGPPSGPGQPAPAATQAAPQAPPAGHQIVHVRGDSETDLEA
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80
pF1KB5 LFNSVMNPK----PSS--WRKKILPESFFKEPDSGSHSRQSSTDSSGGHPGPRLAGGAQH
:::.::::: :.. : . ::.:::: :. :::::.:::. : : : ::
CCDS83 LFNAVMNPKTANVPQTVPMRLRKLPDSFFKPPEPKSHSRQASTDA--GTAG---ALTPQH
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130
pF1KB5 VRSHSSPASLQLG---------TG--AGAAGSPAQQHAHLRQQSYDVTDELPLPPGWEMT
::.:::::::::: :: .: :..:. :: :::.:... :..::: ::::.
CCDS83 VRAHSSPASLQLGAVSPGTLTPTGVVSGPAATPTAQH--LRQSSFEIPDDVPLPAGWEMA
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 FTATGQRYFLNHIEKITTWQDPRKAMNQPLNHMNLHPAVSSTPVPQRSMAVSQPNLVMNH
:..:::::::::.. :::::::::: :..::. : .: :: : : .. .::
CCDS83 KTSSGQRYFLNHIDQTTTWQDPRKAM---LSQMNV-TAPTSPPVQQNMMNSAS---AMN-
190 200 210 220 230
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pF1KB5 QHQQQMAPSTLSQQNHPTQNPPAGLMSMPNALTTQQQQQQKLRLQRIQMERERIRMRQEE
:. .: :: : :.: .:.:. :. .:::..:::..:::.::.:..:.:
CCDS83 QRISQSAPVKQPPPLAP-QSPQGGVMGGSNS-----NQQQQMRLQQLQMEKERLRLKQQE
240 250 260 270 280
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 LMRQEAALCRQLPMEAETLAPVQAAVNPPTMTPDMRSITNNSSDPFLNGGPYHSREQSTD
:.::: :: ::: : . .: :. : :. ..:..:.::::::::.: ::::..:::
CCDS83 LLRQELALRSQLPT-LEQDGGTQNPVSSPGMSQELRTMTTNSSDPFLNSGTYHSRDESTD
290 300 310 320 330 340
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 SGLGLGCYSVPTTPEDFLSNVDEMDTGENAGQTPMNINPQQTRFPDFLDCLPGTNVDLGT
:::... :::: ::.:::..:::::::.. .:. . ::.::::.:. .:::::::::
CCDS83 SGLSMSSYSVPRTPDDFLNSVDEMDTGDTINQSTL--PSQQNRFPDYLEAIPGTNVDLGT
350 360 370 380 390 400
380 390 400
pF1KB5 LES-------EDLIP---------LFNDVESALNKS----EPFLTWL
::. :.:.: ..::.::.: . : :::::
CCDS83 LEGDGMNIEGEELMPSLQEALSSDILNDMESVLAATKLDKESFLTWL
410 420 430 440 450
>>CCDS44716.1 YAP1 gene_id:10413|Hs108|chr11 (504 aa)
initn: 1142 init1: 269 opt: 440 Z-score: 353.8 bits: 74.7 E(32554): 2.2e-13
Smith-Waterman score: 1112; 45.7% identity (68.0% similar) in 440 aa overlap (3-379:38-463)
10 20 30
pF1KB5 MNPAS--APPPLPPPGQQVIHVTQDLDTDLEA
::. : : :: :.:..:: : .:::::
CCDS44 PPQPAPQGQGQPPSQPPQGQGPPSGPGQPAPAATQAAPQAPPAGHQIVHVRGDSETDLEA
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