Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5623
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5623, 979 aa
1>>>pF1KB5623 979 - 979 aa - 979 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9754+/-0.00115; mu= 17.7573+/- 0.069
mean_var=86.1224+/-17.016, 0's: 0 Z-trim(103.4): 52 B-trim: 49 in 2/49
Lambda= 0.138203
statistics sampled from 7365 (7406) to 7365 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.586), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16
Scan time: 4.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3928.1 OSMR gene_id:9180|Hs108|chr5 ( 979) 6656 1338.2 0
CCDS54847.1 OSMR gene_id:9180|Hs108|chr5 ( 342) 2247 458.8 8.1e-129
CCDS3927.1 LIFR gene_id:3977|Hs108|chr5 (1097) 1200 250.4 1.5e-65
CCDS638.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 862) 433 97.4 1.3e-19
CCDS72805.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 635) 430 96.7 1.6e-19
CCDS58006.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 659) 430 96.7 1.6e-19
CCDS58007.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 ( 776) 368 84.4 9.6e-16
CCDS56367.1 IL31RA gene_id:133396|Hs108|chr5 ( 622) 340 78.8 3.8e-14
>>CCDS3928.1 OSMR gene_id:9180|Hs108|chr5 (979 aa)
initn: 6656 init1: 6656 opt: 6656 Z-score: 7170.3 bits: 1338.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6656; 100.0% identity (100.0% similar) in 979 aa overlap (1-979:1-979)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MALFAVFQTTFFLTLLSLRTYQSEVLAERLPLTPVSLKVSTNSTRQSLHLQWTVHNLPYH
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CCDS39 MALFAVFQTTFFLTLLSLRTYQSEVLAERLPLTPVSLKVSTNSTRQSLHLQWTVHNLPYH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QELKMVFQIQISRIETSNVIWVGNYSTTVKWNQVLHWSWESELPLECATHFVRIKSLVDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 QELKMVFQIQISRIETSNVIWVGNYSTTVKWNQVLHWSWESELPLECATHFVRIKSLVDD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 AKFPEPNFWSNWSSWEEVSVQDSTGQDILFVFPKDKLVEEGTNVTICYVSRNIQNNVSCY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 AKFPEPNFWSNWSSWEEVSVQDSTGQDILFVFPKDKLVEEGTNVTICYVSRNIQNNVSCY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LEGKQIHGEQLDPHVTAFNLNSVPFIRNKGTNIYCEASQGNVSEGMKGIVLFVSKVLEEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 LEGKQIHGEQLDPHVTAFNLNSVPFIRNKGTNIYCEASQGNVSEGMKGIVLFVSKVLEEP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 KDFSCETEDFKTLHCTWDPGTDTALGWSKQPSQSYTLFESFSGEKKLCTHKNWCNWQITQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 KDFSCETEDFKTLHCTWDPGTDTALGWSKQPSQSYTLFESFSGEKKLCTHKNWCNWQITQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DSQETYNFTLIAENYLRKRSVNILFNLTHRVYLMNPFSVNFENVNATNAIMTWKVHSIRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 DSQETYNFTLIAENYLRKRSVNILFNLTHRVYLMNPFSVNFENVNATNAIMTWKVHSIRN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 NFTYLCQIELHGEGKMMQYNVSIKVNGEYFLSELEPATEYMARVRCADASHFWKWSEWSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 NFTYLCQIELHGEGKMMQYNVSIKVNGEYFLSELEPATEYMARVRCADASHFWKWSEWSG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 QNFTTLEAAPSEAPDVWRIVSLEPGNHTVTLFWKPLSKLHANGKILFYNVVVENLDKPSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 QNFTTLEAAPSEAPDVWRIVSLEPGNHTVTLFWKPLSKLHANGKILFYNVVVENLDKPSS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 SELHSIPAPANSTKLILDRCSYQICVIANNSVGASPASVIVISADPENKEVEEERIAGTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 SELHSIPAPANSTKLILDRCSYQICVIANNSVGASPASVIVISADPENKEVEEERIAGTE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 GGFSLSWKPQPGDVIGYVVDWCDHTQDVLGDFQWKNVGPNTTSTVISTDAFRPGVRYDFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 GGFSLSWKPQPGDVIGYVVDWCDHTQDVLGDFQWKNVGPNTTSTVISTDAFRPGVRYDFR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 IYGLSTKRIACLLEKKTGYSQELAPSDNPHVLVDTLTSHSFTLSWKDYSTESQPGFIQGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 IYGLSTKRIACLLEKKTGYSQELAPSDNPHVLVDTLTSHSFTLSWKDYSTESQPGFIQGY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 HVYLKSKARQCHPRFEKAVLSDGSECCKYKIDNPEEKALIVDNLKPESFYEFFITPFTSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 HVYLKSKARQCHPRFEKAVLSDGSECCKYKIDNPEEKALIVDNLKPESFYEFFITPFTSA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 GEGPSATFTKVTTPDEHSSMLIHILLPMVFCVLLIMVMCYLKSQWIKETCYPDIPDPYKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 GEGPSATFTKVTTPDEHSSMLIHILLPMVFCVLLIMVMCYLKSQWIKETCYPDIPDPYKS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 SILSLIKFKENPHLIIMNVSDCIPDAIEVVSKPEGTKIQFLGTRKSLTETELTKPNYLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 SILSLIKFKENPHLIIMNVSDCIPDAIEVVSKPEGTKIQFLGTRKSLTETELTKPNYLYL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB5 LPTEKNHSGPGPCICFENLTYNQAASDSGSCGHVPVSPKAPSMLGLMTSPENVLKALEKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 LPTEKNHSGPGPCICFENLTYNQAASDSGSCGHVPVSPKAPSMLGLMTSPENVLKALEKN
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB5 YMNSLGEIPAGETSLNYVSQLASPMFGDKDSLPTNPVEAPHCSEYKMQMAVSLRLALPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS39 YMNSLGEIPAGETSLNYVSQLASPMFGDKDSLPTNPVEAPHCSEYKMQMAVSLRLALPPP
910 920 930 940 950 960
970
pF1KB5 TENSSLSSITLLDPGEHYC
:::::::::::::::::::
CCDS39 TENSSLSSITLLDPGEHYC
970
>>CCDS54847.1 OSMR gene_id:9180|Hs108|chr5 (342 aa)
initn: 2247 init1: 2247 opt: 2247 Z-score: 2426.1 bits: 458.8 E(32554): 8.1e-129
Smith-Waterman score: 2247; 100.0% identity (100.0% similar) in 330 aa overlap (1-330:1-330)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MALFAVFQTTFFLTLLSLRTYQSEVLAERLPLTPVSLKVSTNSTRQSLHLQWTVHNLPYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MALFAVFQTTFFLTLLSLRTYQSEVLAERLPLTPVSLKVSTNSTRQSLHLQWTVHNLPYH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 QELKMVFQIQISRIETSNVIWVGNYSTTVKWNQVLHWSWESELPLECATHFVRIKSLVDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QELKMVFQIQISRIETSNVIWVGNYSTTVKWNQVLHWSWESELPLECATHFVRIKSLVDD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 AKFPEPNFWSNWSSWEEVSVQDSTGQDILFVFPKDKLVEEGTNVTICYVSRNIQNNVSCY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AKFPEPNFWSNWSSWEEVSVQDSTGQDILFVFPKDKLVEEGTNVTICYVSRNIQNNVSCY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LEGKQIHGEQLDPHVTAFNLNSVPFIRNKGTNIYCEASQGNVSEGMKGIVLFVSKVLEEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LEGKQIHGEQLDPHVTAFNLNSVPFIRNKGTNIYCEASQGNVSEGMKGIVLFVSKVLEEP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 KDFSCETEDFKTLHCTWDPGTDTALGWSKQPSQSYTLFESFSGEKKLCTHKNWCNWQITQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KDFSCETEDFKTLHCTWDPGTDTALGWSKQPSQSYTLFESFSGEKKLCTHKNWCNWQITQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DSQETYNFTLIAENYLRKRSVNILFNLTHRVYLMNPFSVNFENVNATNAIMTWKVHSIRN
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DSQETYNFTLIAENYLRKRSVNILFNLTHRGETRVVTAHRGH
310 320 330 340
>>CCDS3927.1 LIFR gene_id:3977|Hs108|chr5 (1097 aa)
initn: 921 init1: 178 opt: 1200 Z-score: 1290.4 bits: 250.4 E(32554): 1.5e-65
Smith-Waterman score: 1492; 31.8% identity (63.4% similar) in 916 aa overlap (30-916:135-1010)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MALFAVFQTTFFLTLLSLRTYQSEVLAERLPLTPVSLKVSTNSTRQSLHLQWTVHNLPY
.: :: :..:.. . ..:.:.:. .. .
CCDS39 HGDYEITINSLHDFGSSTSKFTLNEQNVSLIPDTPEILNLSADFSTSTLYLKWNDRGSVF
110 120 130 140 150 160
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 HQELKMVFQIQISRIETSNVIWVGNYSTTVKWNQVLH-WSWESELPLECATHFVRIKSLV
.. .....:.. : :. ... . ...::.. ...:: ::: :..::::: :::.:. .
CCDS39 PHRSNVIWEIKVLRKESMELVKLVTHNTTLNGKDTLHHWSWASDMPLECAIHFVEIRCYI
170 180 190 200 210 220
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 DDAKFPEPNFWSNWSSWEEVS-VQDSTGQDILFVFPKDKLVEEGTNVTICYVSRN-IQNN
:. .: . ::.:: ...: . :: . :::.::.. :...:.: ::.. . .
CCDS39 DNLHFSGLEEWSDWSPVKNISWIPDSQTK----VFPQDKVILVGSDITFCCVSQEKVLSA
230 240 250 260 270 280
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 VSCYLEGKQIHGEQLDPHVTAFNLNSVPFIRNKGTNIYCEASQGNVSEGMKGIVLFVSKV
. . . :: :: . .:... .. ..:::. ... :. : :.:..
CCDS39 LIGHTNCPLIH---LDGENVAIKIRNISVSASSGTNVVF-TTEDNIF----GTVIFAGYP
290 300 310 320 330
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 LEEPKDFSCETEDFKTLHCTWDPGTDTALGWSKQPSQSYTLFESFSGE----KKLCTHKN
. :....:::.:.: . :.:.:: ::: . . :::: :::::. :. . :
CCDS39 PDTPQQLNCETHDLKEIICSWNPGRVTALVGPR--ATSYTLVESFSGKYVRLKRAEAPTN
340 350 360 370 380 390
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 WCNWQITQ--DSQETYNFTLIAENYLRKRSVNILFNLTHRVYLMNPFSVNFENVNATNAI
. : .:: ::::: :.: : . . .:: :.:..:: .: : . ...:.: .
CCDS39 ESYQLLFQMLPNQEIYNFTLNAHNPLGRSQSTILVNITEKVYPHTPTSFKVKDINSTAVK
400 410 420 430 440 450
360 370 380 390 400
pF1KB5 MTWKVHSIRNNFTYLCQIELHGEGKMM-QYNVSIK--VNGEYF--LSELEPATEYMARVR
..:.. . ....::.::.. .... : ::.:: :. :. :..:.: : : :.:
CCDS39 LSWHLPGNFAKINFLCEIEIKKSNSVQEQRNVTIKGVENSSYLVALDKLNPYTLYTFRIR
460 470 480 490 500 510
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 CADASHFWKWSEWSG--QNFTTLEAAPSEAPDVWRIVSLEPGNHTVTLFWKPLSKLHANG
:. . :::::.::. :..:: ::.::..::.:: : . : . ..:::: .:::
CCDS39 CSTET-FWKWSKWSNKKQHLTT-EASPSKGPDTWREWSSDGKN--LIIYWKPLPINEANG
520 530 540 550 560
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 KILFYNVVVENLDKPSSSELHSIPAPANSTKLILDRCSYQICVIANNSVGASPASVIVIS
::: ::: . :. ..: : :: : ..... ::. .: : :.:.::::.:: : :. :
CCDS39 KILSYNVSCSS-DEETQS-LSEIPDPQHKAEIRLDKNDYIISVVAKNSVGSSPPSKIA-S
570 580 590 600 610 620
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 ADPENKEVEEERIAGTEGGFSLSWKPQPGDVIGYVVDWCDHTQDVLGDFQWKNVGPNTTS
. : ... :...: :. :.:. .:. . ::. ::. ... ..:..: :.:
CCDS39 MEIPNDDLKIEQVVGMGKGILLTWHYDPNMTCDYVIKWCNSSRSEPCLMDWRKVPSNSTE
630 640 650 660 670 680
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 TVISTDAFRPGVRYDFRIYGLSTKRIACLLEKKTGYSQELAPSDNPHVLVDTLTSHSFTL
::: .: ::::.::.: .:: .. ::.. :: .:::: :. :. .. :. .
CCDS39 TVIESDEFRPGIRYNFFLYGCRNQGYQ-LLRSMIGYIEELAPIVAPNFTVEDTSADSILV
690 700 710 720 730 740
650 660 670 680 690 700
pF1KB5 SWKDYSTESQPGFIQGYHVYLKSKARQCHPRFEKAVLSDGSECCKYK-IDNPEEKALIVD
.:.: .: ::..:: :. . :. . :: .: : : : . .:.: .
CCDS39 KWEDIPVEELRGFLRGYLFYFGKGERDTS---KMRVLESGRSDIKVKNITDISQKTLRIA
750 760 770 780 790
710 720 730 740 750
pF1KB5 NLKPESFYEFFITPFTSAGEGPSATFTKVTTPDEHSSMLIHILLPMVFCVLLIMV---MC
.:. .. :.. . .:..: :: .. :.: .. ...: ::.:.. :.. .: .:
CCDS39 DLQGKTSYHLVLRAYTDGGVGPEKSMY-VVTKENSVGLIIAILIPVAVAVIVGVVTSILC
800 810 820 830 840 850
760 770 780 790 800 810
pF1KB5 YLKSQWIKETCYPDIPDPYKSSILSLIK--FKENPHLIIMNVSDCIPDAIEVVSKPEGTK
: : .::::: :::::.: . . :.. : . . : .... : :. .::. :.
CCDS39 YRKREWIKETFYPDIPNPENCKALQFQKSVCEGSSALKTLEMNPCTPNNVEVLE----TR
860 870 880 890 900 910
820 830 840 850 860 870
pF1KB5 IQFLGTRKSLTETELTKPNYLYLLPTEKNHSGPGPCI----C---FENLTYNQAASDSGS
: .. .::. .: . : ... . : . : .:. : ::...:.
CCDS39 SAF----PKIEDTEIISP--VAERPEDRSDAEPENHVVVSYCPPIIEEEIPNPAADEAGG
920 930 940 950 960
880 890 900 910 920 930
pF1KB5 CGHVPVSPKAPSMLGLMTSPENVLKALEKNYMNSLGEIPAGETSLNYVSQLASPMFGDKD
..: . . :: ...:: . :.. ... : : . .:
CCDS39 TAQV-IYIDVQSMYQPQAKPE---EEQENDPVGGAGYKPQMHLPINSTVEDIAAEEDLDK
970 980 990 1000 1010 1020
940 950 960 970
pF1KB5 SLPTNPVEAPHCSEYKMQMAVSLRLALPPPTENSSLSSITLLDPGEHYC
CCDS39 TAGYRPQANVNTWNLVSPDSPRSIDSNSEIVSFGSPCSINSRQFLIPPKDEDSPKSNGGG
1030 1040 1050 1060 1070 1080
>>CCDS638.1 IL12RB2 gene_id:3595|Hs108|chr1 (862 aa)
initn: 298 init1: 95 opt: 433 Z-score: 465.5 bits: 97.4 E(32554): 1.3e-19
Smith-Waterman score: 546; 25.0% identity (56.3% similar) in 641 aa overlap (187-781:81-673)
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 LVEEGTNVTICYVSRNIQNNVSCYLEGKQIHGEQLDPHVTAFNLNSVPFIRNKGTNIYCE
::..:. .::.. :... :. :.
CCDS63 CSLKPRQGCFHYSRRNKLILYKFDRRINFHHGHSLNSQVTGLPLGTTLFV--------CK
60 70 80 90 100
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 ASQGNVSE-GMKGIVLFVSKVLEEPKDFSCETEDFK-TLHCTWDPGTDTALGWSKQPSQS
. : .: . : .::. . :.:...:: . . :. :::. : :: :
CCDS63 LACINSDEIQICGAEIFVGVAPEQPQNLSCIQKGEQGTVACTWERGRDTHL------YTE
110 120 130 140 150
280 290 300 310 320
pF1KB5 YTLFESFSGEKKLCTHKN----WCNW-----QITQDSQETYNFT--LIAENYL-RKRSVN
::: ..:: :.: .:. .:.. ..: .: :. ::: . : : : . :.
CCDS63 YTL--QLSGPKNLTWQKQCKDIYCDYLDFGINLTPESPES-NFTAKVTAVNSLGSSSSLP
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 ILFNLTHRVYLMNPFSV--NFENVNATNAIMTWKVHSIRNNFTYLCQIELHGEGKMMQYN
:.. : . :... .:...... . :. .... : ... . .. .
CCDS63 STFTFLDIVRPLPPWDIRIKFQKASVSRCTLYWR----DEGLVLLNRLRYRPSNSRLWNM
220 230 240 250 260
390 400 410 420 430
pF1KB5 VSI-KVNGEYFLSELEPATEYMARVRCADASHFWK--WSEWS-GQNFTTLEAAPSEAPDV
:.. :..:.. : .:.: ::: .. .. :..: ::.:: . : : :. ::
CCDS63 VNVTKAKGRHDLLDLKPFTEYEFQI--SSKLHLYKGSWSDWSESLRAQTPEEEPTGMLDV
270 280 290 300 310 320
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 WRIVS-LEPGNHTVTLFWKPLSKLHANGKILFYNVVVENLDKPSSSELHSIPAPANSTKL
: . .. . . ..:::: :: .: :::: :.:....: ... ..: . .. : .
CCDS63 WYMKRHIDYSRQQISLFWKNLSVSEARGKILHYQVTLQELTG-GKAMTQNITGHTSWTTV
330 340 350 360 370 380
500 510 520 530 540
pF1KB5 ILDRCSYQICVIANNSVGAS-PASVIVISADPENKEVEEERIAGTEG--GFSLSWKP---
: .. . : : :: :.: :. . ... . . .. :..:: .. ..:.:
CCDS63 IPRTGNWAVAVSAANSKGSSLPTRINIMNLCEAGLLAPRQVSANSEGMDNILVTWQPPRK
390 400 410 420 430 440
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 QPGDVIGYVVDWCD-HTQ-DVLGDFQWKNVGPNTTSTVISTDAFRPGVRYDFRIYGLSTK
.:. : :::.: . : :. ..: : ..:..:: . .. . :..:.:.::
CCDS63 DPSAVQEYVVEWRELHPGGDTQVPLNWLRSRPYNVSALISEN-IKSYICYEIRVYALSGD
450 460 470 480 490 500
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 RIACLLEKKTGYSQELAPSDNPHVLVDTLTSHSFTLSWKDYSTESQPGFIQGYHVYLKSK
. .: . : :.. :: ..::. . : . :. .::.. .. : : . :..: : .
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]