Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5599
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5599, 932 aa
1>>>pF1KB5599 932 - 932 aa - 932 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8449+/-0.00107; mu= 13.3755+/- 0.064
mean_var=95.6846+/-19.060, 0's: 0 Z-trim(104.8): 35 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.131115
statistics sampled from 8080 (8107) to 8080 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.605), E-opt: 0.2 (0.249), width: 16
Scan time: 4.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1363.2 EDEM3 gene_id:80267|Hs108|chr1 ( 932) 6177 1179.6 0
CCDS13247.1 EDEM2 gene_id:55741|Hs108|chr20 ( 578) 992 198.8 2.6e-50
CCDS46592.1 EDEM2 gene_id:55741|Hs108|chr20 ( 541) 980 196.5 1.2e-49
CCDS33686.1 EDEM1 gene_id:9695|Hs108|chr3 ( 657) 837 169.5 1.9e-41
CCDS5122.1 MAN1A1 gene_id:4121|Hs108|chr6 ( 653) 359 79.0 3.2e-14
CCDS265.1 MAN1C1 gene_id:57134|Hs108|chr1 ( 630) 350 77.3 1e-13
CCDS895.1 MAN1A2 gene_id:10905|Hs108|chr1 ( 641) 345 76.4 2e-13
>>CCDS1363.2 EDEM3 gene_id:80267|Hs108|chr1 (932 aa)
initn: 6177 init1: 6177 opt: 6177 Z-score: 6314.1 bits: 1179.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6177; 100.0% identity (100.0% similar) in 932 aa overlap (1-932:1-932)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSEAGGRGCGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMF
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CCDS13 MSEAGGRGCGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DHAYGNYMEHAYPADELMPLTCRGRVRGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DHAYGNYMEHAYPADELMPLTCRGRVRGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KEFEDAVRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEKGEYMQWYNDELL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KEFEDAVRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEKGEYMQWYNDELL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QMAKQLGYKLLPAFNTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QMAKQLGYKLLPAFNTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RFTGATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYYEYLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RFTGATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYYEYLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 KAYVLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQPPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALLAFFPGLQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KAYVLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQPPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALLAFFPGLQV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQHPLRPEFAESTYFLYKATGDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQHPLRPEFAESTYFLYKATGDP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 YYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLYLLFADKEDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLYLLFADKEDI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 IFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNTQILFPNDPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNTQILFPNDPL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 YAQSIREPLKNVVDKSCPRGIIRVEESFRSGAKPPLRARDFMATNPEHLEILKKMGVSLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YAQSIREPLKNVVDKSCPRGIIRVEESFRSGAKPPLRARDFMATNPEHLEILKKMGVSLI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 HLKDGRVQLVQHAIQAASSIDAEDGLRFMQEMIELSSQQQKEQQLPPRAVQIVSHPFFGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 HLKDGRVQLVQHAIQAASSIDAEDGLRFMQEMIELSSQQQKEQQLPPRAVQIVSHPFFGR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 VVLTAGPAQFGLDLSKHKETRGFVASSKPSNGCSELTNPEAVMGKIALIQRGQCMFAEKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VVLTAGPAQFGLDLSKHKETRGFVASSKPSNGCSELTNPEAVMGKIALIQRGQCMFAEKA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 RNIQNAGAIGGIVIDDNEGSSSDTAPLFQMAGDGKDTDDIKIPMLFLFSKEGSIILDAIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RNIQNAGAIGGIVIDDNEGSSSDTAPLFQMAGDGKDTDDIKIPMLFLFSKEGSIILDAIR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 EYEEVEVLLSDKAKDRDPEMENEEQPSSENDSQNQSGEQISSSSQEVDLVDQESSEENSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EYEEVEVLLSDKAKDRDPEMENEEQPSSENDSQNQSGEQISSSSQEVDLVDQESSEENSL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB5 NSHPESLSLADMDNAASISPSEQTSNPTENHETTNLNGECTDLDNQLQEQSETEEDSNPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NSHPESLSLADMDNAASISPSEQTSNPTENHETTNLNGECTDLDNQLQEQSETEEDSNPN
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KB5 VSWGKKVQPIDSILADWNEDIEAFEMMEKDEL
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VSWGKKVQPIDSILADWNEDIEAFEMMEKDEL
910 920 930
>>CCDS13247.1 EDEM2 gene_id:55741|Hs108|chr20 (578 aa)
initn: 1128 init1: 315 opt: 992 Z-score: 1016.8 bits: 198.8 E(32554): 2.6e-50
Smith-Waterman score: 1083; 39.3% identity (61.7% similar) in 583 aa overlap (19-558:3-559)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSEAGGRGCGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMF
.::. . .: . . : . : . . ..: ::
CCDS13 MPFRLLIPLGLLCALLPQHHGAPGPDG-SAPDPAHYRERVKAMF
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DHAYGNYMEHAYPADELMPLTCRGRVRGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKT
::: .:.:.:.: ::: :::: :. :. :.:::::::.::::..:...
CCDS13 YHAYDSYLENAFPFDELRPLTCDGH------------DTWGSFSLTLIDALDTLLILGNV
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KB5 KEFEDAVRKVLRD-VNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEKGEYMQ--WY-N
.::. .: .::.: :..: :: .:::::::::.::::..: :. :. : .. : .
CCDS13 SEFQRVV-EVLQDSVDFDIDVNASVFETNIRVVGGLLSAHLLS---KKAGVEVEAGWPCS
100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 DELLQMAKQLGYKLLPAFNTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEF
::.::.. . ::::::.: .:.:: .:: :. .: : :::: ::.:.::
CCDS13 GPLLRMAEEAARKLLPAFQTPTGMPYGTVNLLHGV-NP----GETPVTCTAGIGTFIVEF
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 AALSRFTGATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYY
:.:: .:: .::. :: :: :::.:. . .::: :.. :: :: .:.:.:::.:::.
CCDS13 ATLSSLTGDPVFEDVARVALMRLWESRS-DIGLVGNHIDVLTGKWVAQDAGIGAGVDSYF
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 EYLLKAYVLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQPPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALLAFFP
:::.:. .:: : ... : . :: : : :...: .. ... .: :..:
CCDS13 EYLVKGAILLQDKKLMAMFLEYNKAIRNYTRFDDWYLWVQMYKGTVSMPVFQ-SLEAYWP
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 GLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTD--FRVHWAQ-HPLRPEFAESTYFL
::: : ::: :..: : : :. . ::: .. . :. . .:::::. ::...:
CCDS13 GLQSLIGDIDNAMRTFLNYYTVWKQFGGLPEFYNIPQGYTVEKREGYPLRPELIESAMYL
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 YKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLYLL
:.::::: ::.:. .:...: ..: ::::..::.: . ..::.:::::: ::::::
CCDS13 YRATGDPTLLELGRDAVESIEKISKVECGFATIKDLRDHKLDNRMESFFLAETVKYLYLL
390 400 410 420 430 440
480 490 500
pF1KB5 FADKEDII------FDIE------------DYIFTTEAHLL-PLWLSTTN----------
: : ..: :: :::.:::: . : : .
CCDS13 F-DPTNFIHNNGSTFDAVITPYGECILGAGGYIFNTEAHPIDPAALHCCQRLKEEQWEVE
450 460 470 480 490
510 520 530 540 550
pF1KB5 ----QSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNTQ-ILF-PNDPLYAQSIREPLKNVVDK-SC
. : : . :.. . :. : : :: :.. :. :.: :. : ::
CCDS13 DLMREFYSLKRSRSKFQKNTVSSGPWEPPARPGTLFSPENHDQARE-RKPAKQKVPLLSC
500 510 520 530 540 550
560 570 580 590 600 610
pF1KB5 PRGIIRVEESFRSGAKPPLRARDFMATNPEHLEILKKMGVSLIHLKDGRVQLVQHAIQAA
:
CCDS13 PSQPFTSKLALLGQVFLDSS
560 570
>>CCDS46592.1 EDEM2 gene_id:55741|Hs108|chr20 (541 aa)
initn: 1003 init1: 302 opt: 980 Z-score: 1005.0 bits: 196.5 E(32554): 1.2e-49
Smith-Waterman score: 983; 40.5% identity (63.2% similar) in 511 aa overlap (91-558:25-522)
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DHAYGNYMEHAYPADELMPLTCRGRVRGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKT
:. . : : .:::::::.::::..:...
CCDS46 MPFRLLIPLGLLCALLPQHHGAPGPDGSAPDPAHYSFSLTLIDALDTLLILGNV
10 20 30 40 50
130 140 150 160 170
pF1KB5 KEFEDAVRKVLRD-VNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEKGEYMQ--WY-N
.::. .: .::.: :..: :: .:::::::::.::::..: :. :. : .. : .
CCDS46 SEFQRVV-EVLQDSVDFDIDVNASVFETNIRVVGGLLSAHLLS---KKAGVEVEAGWPCS
60 70 80 90 100 110
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 DELLQMAKQLGYKLLPAFNTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEF
::.::.. . ::::::.: .:.:: .:: :. .: : :::: ::.:.::
CCDS46 GPLLRMAEEAARKLLPAFQTPTGMPYGTVNLLHGV-NP----GETPVTCTAGIGTFIVEF
120 130 140 150 160
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 AALSRFTGATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYY
:.:: .:: .::. :: :: :::.:. . .::: :.. :: :: .:.:.:::.:::.
CCDS46 ATLSSLTGDPVFEDVARVALMRLWESRS-DIGLVGNHIDVLTGKWVAQDAGIGAGVDSYF
170 180 190 200 210 220
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 EYLLKAYVLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQPPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALLAFFP
:::.:. .:: : ... : . :: : : :...: .. ... .: :..:
CCDS46 EYLVKGAILLQDKKLMAMFLEYNKAIRNYTRFDDWYLWVQMYKGTVSMPVFQ-SLEAYWP
230 240 250 260 270 280
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 GLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTD--FRVHWAQ-HPLRPEFAESTYFL
::: : ::: :..: : : :. . ::: .. . :. . .:::::. ::...:
CCDS46 GLQSLIGDIDNAMRTFLNYYTVWKQFGGLPEFYNIPQGYTVEKREGYPLRPELIESAMYL
290 300 310 320 330 340
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 YKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLYLL
:.::::: ::.:. .:...: ..: ::::..::.: . ..::.:::::: ::::::
CCDS46 YRATGDPTLLELGRDAVESIEKISKVECGFATIKDLRDHKLDNRMESFFLAETVKYLYLL
350 360 370 380 390 400
480 490 500
pF1KB5 FADKEDII------FDIE------------DYIFTTEAHLL-PLWLSTTN----------
: : ..: :: :::.:::: . : : .
CCDS46 F-DPTNFIHNNGSTFDAVITPYGECILGAGGYIFNTEAHPIDPAALHCCQRLKEEQWEVE
410 420 430 440 450 460
510 520 530 540 550
pF1KB5 ----QSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNTQ-ILF-PNDPLYAQSIREPLKNVVDK-SC
. : : . :.. . :. : : :: :.. :. :.: :. : ::
CCDS46 DLMREFYSLKRSRSKFQKNTVSSGPWEPPARPGTLFSPENHDQARE-RKPAKQKVPLLSC
470 480 490 500 510 520
560 570 580 590 600 610
pF1KB5 PRGIIRVEESFRSGAKPPLRARDFMATNPEHLEILKKMGVSLIHLKDGRVQLVQHAIQAA
:
CCDS46 PSQPFTSKLALLGQVFLDSS
530 540
>>CCDS33686.1 EDEM1 gene_id:9695|Hs108|chr3 (657 aa)
initn: 1247 init1: 366 opt: 837 Z-score: 857.4 bits: 169.5 E(32554): 1.9e-41
Smith-Waterman score: 1303; 44.8% identity (74.5% similar) in 475 aa overlap (39-496:119-584)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 CGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMFDHAYGNYM
.:: : . . .. . . :: .: :::
CCDS33 RPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSGAFP--PQLRAQMRDLARGMFVFGYDNYM
90 100 110 120 130 140
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 EHAYPADELMPLTCRGRV--RGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKTKEFEDA
::.: ::: :. :::: :: .:: ...:.::..::::.:.::::.......::. :
CCDS33 AHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKA
150 160 170 180 190 200
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEK-GEY-MQWYNDELLQMAK
:. :. :..:.: .:.:::..:::::.::..: . :. :.. .. :..::: ::.
CCDS33 VKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAH
210 220 230 240 250 260
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALSRFT
.:. .::::: :: .:.::::.::: :. :. :...:::: ::.:..::. :::.
CCDS33 DLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
270 280 290 300 310 320
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYYEYLLKAY
: . :: ::.:. ::. :. ...:.: ..::.:: :: :.::.:::.::.::::::.:
CCDS33 GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
330 340 350 360 370 380
310 320 330 340 350
pF1KB5 VLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQ-----------PPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALL
.:.:. :: ::. :..:. :. . ::: ..:.. . .: ::.:.:
CCDS33 ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQL-MNTWIDSLQ
390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 AFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQ-HPLRPEFAESTY
::::::::: ::.. :: : . : . :... ::: .. .... . .:::::..::::
CCDS33 AFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTY
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 FLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLY
.::.:: .:.::.:: ....:.::..: ::.:... : : ::::.::::.: ::::
CCDS33 LLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLY
500 510 520 530 540 550
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 LLFADKEDIIFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNT
::: . . . . :.::::.:..
CCDS33 LLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHE
560 570 580 590 600 610
>>CCDS5122.1 MAN1A1 gene_id:4121|Hs108|chr6 (653 aa)
initn: 606 init1: 152 opt: 359 Z-score: 368.8 bits: 79.0 E(32554): 3.2e-14
Smith-Waterman score: 666; 32.8% identity (59.6% similar) in 488 aa overlap (41-498:188-640)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 SPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMFDHAYGNYMEH
:. ::.. : . ::. ::..:: .
CCDS51 AQDQLRDKAPFRGLPPVDFVPPIGVESREPADAAIREKRAK----IKEMMKHAWNNYKGY
160 170 180 190 200 210
80 90 100 110 120
pF1KB5 AYPADELMPLTCRGRVRGQEPSR-GDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKTKEFEDAVRK
:. .:: :.. .: :. : :.. : :..:.:::: ... .:::.:
CCDS51 AWGLNELKPIS-KG---GHSSSLFGNIKGA------TIVDALDTLFIMEMKHEFEEAKSW
220 230 240 250 260
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEKGEYMQWYNDELLQMAKQLGYK
: ...... .. .::::.::: .::::... :. :: . . . : .:: :
CCDS51 VEENLDFNVNAEISVFEVNIRFVGGLLSAYYLS------GEEI------FRKKAVELGVK
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