Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5561
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5561, 497 aa
1>>>pF1KB5561 497 - 497 aa - 497 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9080+/-0.000857; mu= 11.7877+/- 0.052
mean_var=127.2455+/-25.815, 0's: 0 Z-trim(110.3): 34 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.113698
statistics sampled from 11489 (11519) to 11489 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.707), E-opt: 0.2 (0.354), width: 16
Scan time: 3.140
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8986.2 MDM2 gene_id:4193|Hs108|chr12 ( 497) 3326 556.8 1.9e-158
CCDS61189.1 MDM2 gene_id:4193|Hs108|chr12 ( 321) 1853 315.1 7.3e-86
CCDS1447.1 MDM4 gene_id:4194|Hs108|chr1 ( 490) 886 156.6 5.7e-38
CCDS73009.1 MDM4 gene_id:4194|Hs108|chr1 ( 392) 594 108.6 1.3e-23
CCDS73008.1 MDM4 gene_id:4194|Hs108|chr1 ( 267) 487 91.0 1.8e-18
CCDS55674.1 MDM4 gene_id:4194|Hs108|chr1 ( 440) 369 71.8 1.8e-12
CCDS55675.1 MDM4 gene_id:4194|Hs108|chr1 ( 164) 345 67.5 1.2e-11
CCDS73007.1 MDM4 gene_id:4194|Hs108|chr1 ( 116) 329 64.8 5.9e-11
>>CCDS8986.2 MDM2 gene_id:4193|Hs108|chr12 (497 aa)
initn: 3326 init1: 3326 opt: 3326 Z-score: 2958.1 bits: 556.8 E(32554): 1.9e-158
Smith-Waterman score: 3326; 100.0% identity (100.0% similar) in 497 aa overlap (1-497:1-497)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVRSRQMCNTNMSVPTDGAVTTSQIPASEQETLVRPKPLLLKLLKSVGAQKDTYTMKEVL
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CCDS89 MVRSRQMCNTNMSVPTDGAVTTSQIPASEQETLVRPKPLLLKLLKSVGAQKDTYTMKEVL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 FYLGQYIMTKRLYDEKQQHIVYCSNDLLGDLFGVPSFSVKEHRKIYTMIYRNLVVVNQQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 FYLGQYIMTKRLYDEKQQHIVYCSNDLLGDLFGVPSFSVKEHRKIYTMIYRNLVVVNQQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SSDSGTSVSENRCHLEGGSDQKDLVQELQEEKPSSSHLVSRPSTSSRRRAISETEENSDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SSDSGTSVSENRCHLEGGSDQKDLVQELQEEKPSSSHLVSRPSTSSRRRAISETEENSDE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LSGERQRKRHKSDSISLSFDESLALCVIREICCERSSSSESTGTPSNPDLDAGVSEHSGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 LSGERQRKRHKSDSISLSFDESLALCVIREICCERSSSSESTGTPSNPDLDAGVSEHSGD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 WLDQDSVSDQFSVEFEVESLDSEDYSLSEEGQELSDEDDEVYQVTVYQAGESDTDSFEED
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 PEISLADYWKCTSCNEMNPPLPSHCNRCWALRENWLPEDKGKDKGEISEKAKLENSTQAE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 EGFDVPDCKKTIVNDSRESCVEENDDKITQASQSQESEDYSQPSTSSSIIYSSQEDVKEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 EGFDVPDCKKTIVNDSRESCVEENDDKITQASQSQESEDYSQPSTSSSIIYSSQEDVKEF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 EREETQDKEESVESSLPLNAIEPCVICQGRPKNGCIVHGKTGHLMACFTCAKKLKKRNKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 EREETQDKEESVESSLPLNAIEPCVICQGRPKNGCIVHGKTGHLMACFTCAKKLKKRNKP
430 440 450 460 470 480
490
pF1KB5 CPVCRQPIQMIVLTYFP
:::::::::::::::::
CCDS89 CPVCRQPIQMIVLTYFP
490
>>CCDS61189.1 MDM2 gene_id:4193|Hs108|chr12 (321 aa)
initn: 1853 init1: 1853 opt: 1853 Z-score: 1655.0 bits: 315.1 E(32554): 7.3e-86
Smith-Waterman score: 1853; 100.0% identity (100.0% similar) in 269 aa overlap (229-497:53-321)
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 FDESLALCVIREICCERSSSSESTGTPSNPDLDAGVSEHSGDWLDQDSVSDQFSVEFEVE
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 EQETLVRPKPLLLKLLKSVGAQKDTYTMKEDLDAGVSEHSGDWLDQDSVSDQFSVEFEVE
30 40 50 60 70 80
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 SLDSEDYSLSEEGQELSDEDDEVYQVTVYQAGESDTDSFEEDPEISLADYWKCTSCNEMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 SLDSEDYSLSEEGQELSDEDDEVYQVTVYQAGESDTDSFEEDPEISLADYWKCTSCNEMN
90 100 110 120 130 140
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 PPLPSHCNRCWALRENWLPEDKGKDKGEISEKAKLENSTQAEEGFDVPDCKKTIVNDSRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 PPLPSHCNRCWALRENWLPEDKGKDKGEISEKAKLENSTQAEEGFDVPDCKKTIVNDSRE
150 160 170 180 190 200
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 SCVEENDDKITQASQSQESEDYSQPSTSSSIIYSSQEDVKEFEREETQDKEESVESSLPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 SCVEENDDKITQASQSQESEDYSQPSTSSSIIYSSQEDVKEFEREETQDKEESVESSLPL
210 220 230 240 250 260
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 NAIEPCVICQGRPKNGCIVHGKTGHLMACFTCAKKLKKRNKPCPVCRQPIQMIVLTYFP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 NAIEPCVICQGRPKNGCIVHGKTGHLMACFTCAKKLKKRNKPCPVCRQPIQMIVLTYFP
270 280 290 300 310 320
>>CCDS1447.1 MDM4 gene_id:4194|Hs108|chr1 (490 aa)
initn: 512 init1: 346 opt: 886 Z-score: 795.2 bits: 156.6 E(32554): 5.7e-38
Smith-Waterman score: 886; 34.0% identity (64.3% similar) in 482 aa overlap (30-495:23-488)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVRSRQMCNTNMSVPTDGAVTTSQIPASEQETLVRPKPLLLKLLKSVGAQKDTYTMKEVL
: . :::: :::.:...::: . .:.:::.
CCDS14 MTSFSTSAQCSTSDSACRISPGQINQVRPKLPLLKILHAAGAQGEMFTVKEVM
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 FYLGQYIMTKRLYDEKQQHIVYCSNDLLGDLFGVPSFSVKEHRKIYTMIYRNLVVVNQQE
:::::::.:.:::...::.:::..::::.:.: :::::. .: :. .:::..
CCDS14 HYLGQYIMVKQLYDQQEQHMVYCGGDLLGELLGRQSFSVKDPSPLYDMLRKNLVTLATA-
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB5 SSDSGTSVSENRCHLEGGSDQKDLVQELQEEKPSSSHLVSR--PSTSSRRRAISETEENS
..:.. ... . : .: .: : .: . : .. . :. . .. ...:.
CCDS14 TTDAAQTLALAQDHSMDIPSQDQLKQSAEESSTSRKRTTEDDIPTLPTSEHKCIHSREDE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 DELSGERQRKRHKSDSISLSFDE-SLA------LCVIREICCERSSSSESTGTPSNPDLD
: . . : . . : :.:.: ..: : .: ::.. :: .: :.
CCDS14 DLIENLAQDETSRLD---LGFEEWDVAGLPWWFLGNLRSNYTPRSNG--STDLQTNQDVG
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KB5 -AGVSEHSGD-WLDQDSVSDQFSVEFEVESLDSEDYSLSEEGQELSDEDDEVYQVTVYQA
: ::. . : :. ..:::.:..: ..::. :.: . ::: ..::. .: .: .
CCDS14 TAIVSDTTDDLWFLNESVSEQLGVGIKVEAADTE--QTSEEVGKVSDK--KVIEVGKNDD
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 GESDTDSFEEDP--EISLADYWKCTSCNEMNPPLPSHCNRCWALRENWLPEDKGKDKGEI
: :. :. .: :.. : :.:: :...: : .: ::::::..: : .: .
CCDS14 LE-DSKSLSDDTDVEVTSEDEWQCTECKKFNSPSKRYCFRCWALRKDWYS-DCSKLTHSL
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 SEKAKLENSTQAEEGFDVPDCKKTI---VNDSRESCVEENDDKITQASQSQESEDYSQPS
: . . .:: :::::..:: : ... ......:. . .: : : .. :
CCDS14 STSDITAIPEKENEGNDVPDCRRTISAPVVRPKDAYIKKENSKLFDPCNSVEFLDLAHSS
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 TSSSIIYSSQEDVKEFEREETQDKEESVESSLPLNAIEPCVICQGRPKNGCIVHGKTGHL
:. : : :.. .. ...:. :..:. : ..:: .:. ::..: :.::.::::
CCDS14 ESQETISSMGEQLDNLSEQRTD--TENMEDCQ--NLLKPCSLCEKRPRDGNIIHGRTGHL
410 420 430 440 450
470 480 490
pF1KB5 MACFTCAKKLKKRNKPCPVCRQPIQMIVLTYFP
..:: ::..::: . ::.:.. ::... ..
CCDS14 VTCFHCARRLKKAGASCPICKKEIQLVIKVFIA
460 470 480 490
>>CCDS73009.1 MDM4 gene_id:4194|Hs108|chr1 (392 aa)
initn: 443 init1: 247 opt: 594 Z-score: 537.7 bits: 108.6 E(32554): 1.3e-23
Smith-Waterman score: 594; 30.0% identity (61.5% similar) in 397 aa overlap (118-495:9-390)
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 LGDLFGVPSFSVKEHRKIYTMIYRNLVVVNQQESSDSGTSVSENRCHLEGGSD--QKDLV
: .:::. .: .. . . . : ..: .
CCDS73 MTSFSTSAQCSTSDSACRISPGQINQDHSMDIPSQDQL
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 QELQEEKPSSSHLVSR---PSTSSRRRAISETEENSDELSGERQRKRHKSDSISLSFDE-
.. ::. .: . ... :. . .. ...:. : . . : . . : :.:.:
CCDS73 KQSAEESSTSRKRTTEDDIPTLPTSEHKCIHSREDEDLIENLAQDETSRLD---LGFEEW
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250
pF1KB5 SLA------LCVIREICCERSSSSESTGTPSNPDLD-AGVSEHSGD-WLDQDSVSDQFSV
..: : .: ::..: : .: :. : ::. . : :. ..:::.:..:
CCDS73 DVAGLPWWFLGNLRSNYTPRSNGS--TDLQTNQDVGTAIVSDTTDDLWFLNESVSEQLGV
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 EFEVESLDSEDYSLSEEGQELSDEDDEVYQVTVYQAGESDTDSFEEDP--EISLADYWKC
..::. :.:. ::: ..::. .: .: . : :. :. .: :.. : :.:
CCDS73 GIKVEAADTEQ--TSEEVGKVSDK--KVIEVGKNDDLE-DSKSLSDDTDVEVTSEDEWQC
160 170 180 190 200
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 TSCNEMNPPLPSHCNRCWALRENWLPEDKGKDKGEISEKAKLENSTQAEEGFDVPDCKKT
: :...: : .: ::::::..: : .: .: . . .:: :::::..:
CCDS73 TECKKFNSPSKRYCFRCWALRKDWYS-DCSKLTHSLSTSDITAIPEKENEGNDVPDCRRT
210 220 230 240 250 260
380 390 400 410 420
pF1KB5 I---VNDSRESCVEENDDKITQASQSQESEDYSQPSTSSSIIYSSQEDVKEFEREETQDK
: : ... ......:. . .: : : .. : :. : : :.. .. ...:.
CCDS73 ISAPVVRPKDAYIKKENSKLFDPCNSVEFLDLAHSSESQETISSMGEQLDNLSEQRTDT-
270 280 290 300 310 320
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 EESVESSLPLNAIEPCVICQGRPKNGCIVHGKTGHLMACFTCAKKLKKRNKPCPVCRQPI
:..:. : ..:: .:. ::..: :.::.::::..:: ::..::: . ::.:.. :
CCDS73 -ENMEDCQ--NLLKPCSLCEKRPRDGNIIHGRTGHLVTCFHCARRLKKAGASCPICKKEI
330 340 350 360 370 380
490
pF1KB5 QMIVLTYFP
:... ..
CCDS73 QLVIKVFIA
390
>>CCDS73008.1 MDM4 gene_id:4194|Hs108|chr1 (267 aa)
initn: 521 init1: 247 opt: 487 Z-score: 445.2 bits: 91.0 E(32554): 1.8e-18
Smith-Waterman score: 487; 33.7% identity (65.4% similar) in 208 aa overlap (291-495:63-265)
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 DSEDYSLSEEGQELSDEDDEVYQVTVYQAGESDTDSFEEDPEISLADYWKCTSCNEMNPP
.: . : . : :.. : :.:: :...: :
CCDS73 LLKILHAAGAQGEMFTVKEVIEVGKNDDLEDSKSLSDDTDVEVTSEDEWQCTECKKFNSP
40 50 60 70 80 90
330 340 350 360 370
pF1KB5 LPSHCNRCWALRENWLPEDKGKDKGEISEKAKLENSTQAEEGFDVPDCKKTI---VNDSR
.: ::::::..: : .: .: . . .:: :::::..:: : .
CCDS73 SKRYCFRCWALRKDWYS-DCSKLTHSLSTSDITAIPEKENEGNDVPDCRRTISAPVVRPK
100 110 120 130 140 150
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 ESCVEENDDKITQASQSQESEDYSQPSTSSSIIYSSQEDVKEFEREETQDKEESVESSLP
.. ......:. . .: : : .. : :. : : :.. .. ...:. :..:.
CCDS73 DAYIKKENSKLFDPCNSVEFLDLAHSSESQETISSMGEQLDNLSEQRTD--TENMEDCQ-
160 170 180 190 200
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pF1KB5 LNAIEPCVICQGRPKNGCIVHGKTGHLMACFTCAKKLKKRNKPCPVCRQPIQMIVLTYFP
: ..:: .:. ::..: :.::.::::..:: ::..::: . ::.:.. ::... ..
CCDS73 -NLLKPCSLCEKRPRDGNIIHGRTGHLVTCFHCARRLKKAGASCPICKKEIQLVIKVFIA
210 220 230 240 250 260
>>CCDS55674.1 MDM4 gene_id:4194|Hs108|chr1 (440 aa)
initn: 721 init1: 322 opt: 369 Z-score: 337.5 bits: 71.8 E(32554): 1.8e-12
Smith-Waterman score: 765; 31.8% identity (60.8% similar) in 469 aa overlap (30-495:23-438)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVRSRQMCNTNMSVPTDGAVTTSQIPASEQETLVRPKPLLLKLLKSVGAQKDTYTMKEVL
: . :::: :::.:...::: . .:.:::.
CCDS55 MTSFSTSAQCSTSDSACRISPGQINQVRPKLPLLKILHAAGAQGEMFTVKEVM
10 20 30 40 50
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pF1KB5 FYLGQYIMTKRLYDEKQQHIVYCSNDLLGDLFGVPSFSVKEHRKIYTMIYRNLVVVNQQE
:::::::.:.:::...::.:::..::::.:.: :::::. .: :. .:::..
CCDS55 HYLGQYIMVKQLYDQQEQHMVYCGGDLLGELLGRQSFSVKDPSPLYDMLRKNLVTLATA-
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SSDSGTSVSENRCHLEGGSDQKDLVQELQEEKPSSSHLVSRPSTSSRRRAISETEENSDE
..:.. ... . : .: .: : .: :..::.:. ::..
CCDS55 TTDAAQTLALAQDHSMDIPSQDQLKQSAEE------------SSTSRKRT---TEDDIPT
120 130 140 150
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pF1KB5 LSGERQRKRHKSDSISLSFDESLALCVIREICCERSSSSESTGTPSNPDLDAGVSEHSGD
: ... :. . ::.: :... ...: :: : : .
CCDS55 LPTSEHKCIHSRE------DEDL----IENLAQDETSR-----------LDLGFEEWDVA
160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 WLDQDSVSDQFSVEFEVESLDSEDYSLSEEGQELSDEDDEVYQVTVYQAGESDTDSFEED
: ... : .. .: : : . ... :.. .:: . ..: .: . :
CCDS55 GLPWWFLGNLRS-NYTPRSNGSTDLQ-TNQVIEVGKNDD-------LEDSKSLSD--DTD
200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 PEISLADYWKCTSCNEMNPPLPSHCNRCWALRENWLPEDKGKDKGEISEKAKLENSTQAE
:.. : :.:: :...: : .: ::::::..: : .: .: . . .
CCDS55 VEVTSEDEWQCTECKKFNSPSKRYCFRCWALRKDWYS-DCSKLTHSLSTSDITAIPEKEN
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410
pF1KB5 EGFDVPDCKKTI---VNDSRESCVEENDDKITQASQSQESEDYSQPSTSSSIIYSSQEDV
:: :::::..:: : ... ......:. . .: : : .. : :. : : :..
CCDS55 EGNDVPDCRRTISAPVVRPKDAYIKKENSKLFDPCNSVEFLDLAHSSESQETISSMGEQL
310 320 330 340 350 360
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 KEFEREETQDKEESVESSLPLNAIEPCVICQGRPKNGCIVHGKTGHLMACFTCAKKLKKR
.. ...:. :..:. : ..:: .:. ::..: :.::.::::..:: ::..:::
CCDS55 DNLSEQRTD--TENMEDCQ--NLLKPCSLCEKRPRDGNIIHGRTGHLVTCFHCARRLKKA
370 380 390 400 410 420
480 490
pF1KB5 NKPCPVCRQPIQMIVLTYFP
. ::.:.. ::... ..
CCDS55 GASCPICKKEIQLVIKVFIA
430 440
>>CCDS55675.1 MDM4 gene_id:4194|Hs108|chr1 (164 aa)
initn: 339 init1: 247 opt: 345 Z-score: 322.3 bits: 67.5 E(32554): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 345; 34.8% identity (70.2% similar) in 141 aa overlap (358-495:26-162)
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 CWALRENWLPEDKGKDKGEISEKAKLENSTQAEEGFDVPDCKKTI---VNDSRESCVEEN
: .:: :::::..:: : ... ....
CCDS55 MTSFSTSAQCSTSDSACRISPGQINQENEGNDVPDCRRTISAPVVRPKDAYIKKE
10 20 30 40 50
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 DDKITQASQSQESEDYSQPSTSSSIIYSSQEDVKEFEREETQDKEESVESSLPLNAIEPC
..:. . .: : : .. : :. : : :.. .. ...:. :..:. : ..::
CCDS55 NSKLFDPCNSVEFLDLAHSSESQETISSMGEQLDNLSEQRTD--TENMEDCQ--NLLKPC
60 70 80 90 100 110
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pF1KB5 VICQGRPKNGCIVHGKTGHLMACFTCAKKLKKRNKPCPVCRQPIQMIVLTYFP
.:. ::..: :.::.::::..:: ::..::: . ::.:.. ::... ..
CCDS55 SLCEKRPRDGNIIHGRTGHLVTCFHCARRLKKAGASCPICKKEIQLVIKVFIA
120 130 140 150 160
>>CCDS73007.1 MDM4 gene_id:4194|Hs108|chr1 (116 aa)
initn: 328 init1: 328 opt: 329 Z-score: 310.2 bits: 64.8 E(32554): 5.9e-11
Smith-Waterman score: 329; 52.1% identity (80.9% similar) in 94 aa overlap (30-123:23-116)
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