FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5551, 680 aa
1>>>pF1KB5551 680 - 680 aa - 680 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3324+/-0.000992; mu= 19.1860+/- 0.060
mean_var=62.1753+/-12.473, 0's: 0 Z-trim(103.3): 21 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.162654
statistics sampled from 7336 (7353) to 7336 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.226), width: 16
Scan time: 3.560
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5579.1 POR gene_id:5447|Hs108|chr7 ( 680) 4524 1070.7 0
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CCDS55890.1 NOS1 gene_id:4842|Hs108|chr12 (1468) 661 164.4 1.1e-39
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CCDS47190.1 MTRR gene_id:4552|Hs108|chr5 ( 698) 279 74.6 5.4e-13
>>CCDS5579.1 POR gene_id:5447|Hs108|chr7 (680 aa)
initn: 4524 init1: 4524 opt: 4524 Z-score: 5730.5 bits: 1070.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4524; 100.0% identity (100.0% similar) in 680 aa overlap (1-680:1-680)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MINMGDSHVDTSSTVSEAVAEEVSLFSMTDMILFSLIVGLLTYWFLFRKKKEEVPEFTKI
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CCDS55 MINMGDSHVDTSSTVSEAVAEEVSLFSMTDMILFSLIVGLLTYWFLFRKKKEEVPEFTKI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EESSIRQYELVVHTDIDAAKVYMGEMGRLKSYENQKPPFDAKNPFLAAVTTNRKLNQGTE
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RHLMHLELDISDSKIRYESGDHVAVYPANDSALVNQLGKILGADLDVVMSLNNLDEESNK
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pF1KB5 KHPFPCPTSYRTALTYYLDITNPPRTNVLYELAQYASEPSEQELLRKMASSSGEGKELYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KHPFPCPTSYRTALTYYLDITNPPRTNVLYELAQYASEPSEQELLRKMASSSGEGKELYL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SWVVEARRHILAILQDCPSLRPPIDHLCELLPRLQARYYSIASSSKVHPNSVHICAVVVE
430 440 450 460 470 480
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pF1KB5 YETKAGRINKGVATNWLRAKEPAGENGGRALVPMFVRKSQFRLPFKATTPVIMVGPGTGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YETKAGRINKGVATNWLRAKEPAGENGGRALVPMFVRKSQFRLPFKATTPVIMVGPGTGV
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pF1KB5 APFIGFIQERAWLRQQGKEVGETLLYYGCRRSDEDYLYREELAQFHRDGALTQLNVAFSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 APFIGFIQERAWLRQQGKEVGETLLYYGCRRSDEDYLYREELAQFHRDGALTQLNVAFSR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 EQSHKVYVQHLLKQDREHLWKLIEGGAHIYVCGDARNMARDVQNTFYDIVAELGAMEHAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EQSHKVYVQHLLKQDREHLWKLIEGGAHIYVCGDARNMARDVQNTFYDIVAELGAMEHAQ
610 620 630 640 650 660
670 680
pF1KB5 AVDYIKKLMTKGRYSLDVWS
::::::::::::::::::::
CCDS55 AVDYIKKLMTKGRYSLDVWS
670 680
>>CCDS48061.1 NDOR1 gene_id:27158|Hs108|chr9 (606 aa)
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Smith-Waterman score: 1021; 32.6% identity (63.1% similar) in 623 aa overlap (83-680:6-606)
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pF1KB5 EVPEFTKIQTLTSSVRESSFVEKMKKTGRNIIVFYGSQTGTAEEFANRLSKDAHRY--GM
..:..:::::::.. ..::...:.: :
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120 130 140 150 160
pF1KB5 RGMSADPEEYDLADLSSLPEIDNALVVFCMATYGEGDPTDNAQDFYDWLQETDVD---LS
: .. : : ...: :.. ::.: :: :.::: :: ..:. .. . .. :
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170 180 190 200 210 220
pF1KB5 GVKFAVFGLGNKTYEHFNAMGKYVDKRLEQLGAQRIFELGLGDDDGNLEEDFIT--WREQ
. :::.:::...: .:: ..: . .:: :::.. .. . ::::. .: : . : ..
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.: : . :. . .. :. .. : .: :. .:.:: .
CCDS48 LWDRVLGLYPPPPGLTEIPPGVPLPSKFTLLF---LQEAPSTGSEGQRVAHPGSQEPPSE
150 160 170 180 190 200
290 300 310 320 330
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.: :::: . .:.... .. . ..: :.:: : : . .:: : . :.:..: :... .
CCDS48 SK-PFLAPMISNQRVTGPSHFQDVRLIEFDILGSGISFAAGDVVLIQPSNSAAHVQRFCQ
210 220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 ILGADLDVVMSLNNLDEESNKKHPFPCPTSYRTALTYYLDITNPPRTNVLYELAQYASEP
.:: : : .. :. . . .. .: : :.: ...::::.. :: . . :: . .
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:.: : . ::..:.: . . . :: :: .: : : : :.: .:.: .. :
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330 340 350 360 370 380
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pF1KB5 YYSIASSSKVHPNSVHICAVVVEYETKAGRINKGVATNWLRAKEPAGENGGRALVPMFVR
.::::: .::. ..: ..::...:. . .:. ..:: . .: :. : . ::..::
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... .: ::::::::::::::: . ::::. : : ..:..::: :.:.
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pF1KB5 YREELAQFHRDGALTQLNVAFSREQS---------HKVYVQHLLKQDREHLWKLIE-GGA
.. : .... :: : :::::: .:::::: :.. .:.:.. ::
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pF1KB5 HIYVCGDARNMARDVQNTFYDIVAELGAMEHAQAVDYIKKLMTKGRYSLDVWS
..:. :.:..: ::......: : :.. .:. :. .:. :.. ..:.
CCDS48 YFYLAGNAKSMPADVSEALMSIFQEEGGLCSPDAAAYLARLQQTRRFQTETWA
560 570 580 590 600
>>CCDS7036.1 NDOR1 gene_id:27158|Hs108|chr9 (597 aa)
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Smith-Waterman score: 1049; 33.1% identity (64.0% similar) in 614 aa overlap (83-680:6-597)
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EVPEFTKIQTLTSSVRESSFVEKMKKTGRNIIVFYGSQTGTAEEFANRLSKDAHRY--GM
..:..:::::::.. ..::...:.: :
CCDS70 MPSPQLLVLFGSQTGTAQDVSERLGREARRRRLGC
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120 130 140 150 160
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: .. : : ...: :.. ::.: :: :.::: :: ..:. .. . .. :
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pF1KB5 GVKFAVFGLGNKTYEHFNAMGKYVDKRLEQLGAQRIFELGLGDDDGNLEEDFIT--WREQ
. :::.:::...: .:: ..: . .:: :::.. .. . ::::. .: : . : ..
CCDS70 QMDFAVLGLGDSSYAKFNFVAKKLHRRLLQLGGSALLPVCLGDDQHELGPDAAVDPWLRD
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pF1KB5 FWPAVCEHF----GVEATGEESSI-RQYELVVHTDIDAAKVYMGEMGRLKSYENQKPPFD
.: : . :. . .. :. .. : .: :. .:.:: .
CCDS70 LWDRVLGLYPPPPGLTEIPPGVPLPSKFTLLF---LQEAPSTGSEGQRVAHPGSQEPPSE
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pF1KB5 AKNPFLAAVTTNRKLNQGTERHLMHL-ELDISDSKIRYESGDHVAVYPANDSALVNQLGK
.: :::: . .:.... .. . ..: :.:: : : . .:: : . :.:..: :... .
CCDS70 SK-PFLAPMISNQRVTGPSHFQDVRLIEFDILGSGISFAAGDVVLIQPSNSAAHVQRFCQ
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.:: : : .. :. . . .. .: : :.: ...::::.. :: . . :: . .
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pF1KB5 SEQELLRKMASSSGEGKELYLSWVVEARRHILAILQDCPSLRP--PIDHLCELLPRLQAR
:.: : . ::..:.: . . . :: :: .: : : : :.: .:.: .. :
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pF1KB5 YYSIASSSKVHPNSVHICAVVVEYETKAGRINKGVATNWLRAKEPAGENGGRALVPMFVR
.::::: .::. ..: ..::...:. . .:. ..:: . .: :. : . ::..::
CCDS70 AFSIASSLLTHPSRLQILVAVVQFQTRLKEPRRGLCSSWLASLDP-GQ--GPVRVPLWVR
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pF1KB5 KSQFRLPFKATTPVIMVGPGTGVAPFIGFIQERAWLRQQGKEVGETLLYYGCRRSDEDYL
... .: ::::::::::::::: . ::::. : : ..:..::: :.:.
CCDS70 PGSLAFPETPDTPVIMVGPGTGVAPFRAAIQERVAQGQTG-----NFLFFGCRWRDQDFY
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pF1KB5 YREELAQFHRDGALTQLNVAFSREQSHKVYVQHLLKQDREHLWKLIE-GGAHIYVCGDAR
.. : .... :: : :::::: .:::::: :.. .:.:.. ::..:. :.:.
CCDS70 WEAEWQELEKRDCLT-LIPAFSREQEQKVYVQHRLRELGSLVWELLDRQGAYFYLAGNAK
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pF1KB5 NMARDVQNTFYDIVAELGAMEHAQAVDYIKKLMTKGRYSLDVWS
.: ::......: : :.. .:. :. .:. :.. ..:.
CCDS70 SMPADVSEALMSIFQEEGGLCSPDAAAYLARLQQTRRFQTETWA
560 570 580 590
>>CCDS11223.1 NOS2 gene_id:4843|Hs108|chr17 (1153 aa)
initn: 716 init1: 182 opt: 925 Z-score: 1162.7 bits: 226.3 E(32554): 1.9e-58
Smith-Waterman score: 941; 31.8% identity (60.1% similar) in 651 aa overlap (48-679:507-1128)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 AVAEEVSLFSMTDMILFSLIVGLLTYWFLFRKKKEEVPEFTKIQTLTSSVRESSFVEKMK
: :..:.: ...:...: . .. .
CCDS11 HQEMLNYVLSPFYYYQVEAWKTHVWQDEKRRPKRREIP----LKVLVKAVLFACMLMRKT
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pF1KB5 KTGR-NIIVFYGSQTGTAEEFANRLSKDAHRYGMRGMSADPEE--YDLADLSSLPEIDNA
..: . ......:: .: .: :. .. . . .:. .: :: : : .
CCDS11 MASRVRVTILFATETGKSEALAWDLG------ALFSCAFNPKVVCMDKYRLSCLEE--ER
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pF1KB5 LVVFCMATYGEGDPTDNAQDFYDWLQETDVDLSGVKFAVFGLGNKTYEHFNAMGKYVDKR
:.. .:.:.:: :.. . : . ..::::::.. : .: :... .:..
CCDS11 LLLVVTSTFGNGDCPGNGEKLKKSLFMLKELNNKFRYAVFGLGSSMYPRFCAFAHDIDQK
590 600 610 620 630 640
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pF1KB5 LEQLGAQRIFELGLGDDDGNLEEDFITWREQFWPAVCEHFGVEATGEESSIRQYELVVHT
: .:::... .: ::. .. :. : .: : . :.:: : :.. . . . : :
CCDS11 LSHLGASQLTPMGEGDELSGQEDAFRSWAVQTFKAACETFDVRGKQHIQIPKLYTSNVTW
650 660 670 680 690 700
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pF1KB5 DIDAAKVYMGEMGRLKSYENQKPPFDAKNPFLAAVTTNRKLNQGTE-RHLMHLELDISDS
: .. . .. . . . ::: : . . ..:.. : : . .::. :.
CCDS11 DPHHYRLVQD--SQPLDLSKALSSMHAKNVFTMRLKSRQNLQSPTSSRATILVELSCEDG
710 720 730 740 750 760
320 330 340 350 360
pF1KB5 K-IRYESGDHVAVYPANDSALVNQ-LGKIL-GADLDVVMSLNNLDEE-----SNKKHPFP
. . : :.:..: :.:. :::. : ... : .. :. ::: :.:. : :
CCDS11 QGLNYLPGEHLGVCPGNQPALVQGILERVVDGPTPHQTVRLEALDESGSYWVSDKRLP-P
770 780 790 800 810 820
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pF1KB5 CPTSYRTALTYYLDITNPPRTNVLYELAQYASEPSEQELLRKMASSSGEGKELYLSWVVE
: : ::::.::::.:: .: .::: :.: :.. :. . . : : .:
CCDS11 CSLSQ--ALTYFLDITTPPTQLLLQKLAQVATEEPERQRLEALCQPS-----EYSKWKFT
830 840 850 860 870
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pF1KB5 ARRHILAILQDCPSLRPPIDHLCELLPRLQARYYSIASSSKVHPNSVHICAVVVEYETKA
.: .:.. :::: : :: :. :.:::.:: :. .:. ..:: :.:.
CCDS11 NSPTFLEVLEEFPSLRVSAGFLLSQLPILKPRFYSISSSRDHTPTEIHLTVAVVTYHTRD
880 890 900 910 920 930
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pF1KB5 GR--INKGVATNWLRAKEPAGENGGRALVPMFVRK-SQFRLPFKATTPVIMVGPGTGVAP
:. ...:: ..:: . .: :: :::. : :.:: . : :..:::::.::
CCDS11 GQGPLHHGVCSTWLNSLKPQDP------VPCFVRNASGFHLPEDPSHPCILIGPGTGIAP
940 950 960 970 980
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pF1KB5 FIGFIQERAWLRQ-QGKEVGETLLYYGCRRSDEDYLYREELAQFHRDGALTQLNVAFSRE
: .: :.: : .: . :. : .:::: :::..:.::. .. . :.: ...:.::
CCDS11 FRSFWQQRLHDSQHKGVRGGRMTLVFGCRRPDEDHIYQEEMLEMAQKGVLHAVHTAYSRL
990 1000 1010 1020 1030 1040
610 620 630 640 650
pF1KB5 QSH-KVYVQHLLKQD--REHLWKLIEGGAHIYVCGDARNMARDVQNTFYDIVAELGAMEH
.. ::::: .:.:. : : : . .:.:::::.: ::::: .:. ..:: ...
CCDS11 PGKPKVYVQDILRQQLASEVLRVLHKEPGHLYVCGDVR-MARDVAHTLKQLVAAKLKLNE
1050 1060 1070 1080 1090 1100
660 670 680
pF1KB5 AQAVDYIKKLMTKGRYSLDVWS
:. ::. .: .. :: :..
CCDS11 EQVEDYFFQLKSQKRYHEDIFGAVFPYEAKKDRVAVQPSSLEMSAL
1110 1120 1130 1140 1150
>>CCDS5912.1 NOS3 gene_id:4846|Hs108|chr7 (1203 aa)
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Smith-Waterman score: 877; 29.6% identity (57.1% similar) in 702 aa overlap (50-679:492-1160)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 AEEVSLFSMTDMILFSLIVGLLTYWFLFRKKKEEVPEFTKIQTLTSSVRESSFVEKMKKT
.:. : .. ...:. . .....: :
CCDS59 QEMVNYFLSPAFRYQPDPWKGSAAKGTGITRKKTFKEVANAVKISASLMGTVMAKRVKAT
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. :: : : . . :.:: : : ::... .. .. . . . ::..
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. : : .. : :.. . ..:... . : . ..:: . .. ..:. :::..:
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..::::.:: ..: :. : :: ::. :. .. . . : : .: .:.
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. ::. : : :: :: ::::..:. ..::. .:. ..:. :.:. : .. ::
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....: . : .::: :. :.:::.:. . .. :.. .. .::::: .. :.:::
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.:. . . : .: : :..::::. .:: .: .: :.: : :: .: : :
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CCDS41 KKDTDEVFSS
1430
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CCDS48 SK-PFLAPMISNQRVTGPSHFQDVRLIEFDILGSGISFAAGDVVLIQPSNSAAHVQRFCQ
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.:: : : .. :. . . .. .: : :.: ...::::.. :: . . :: . .
CCDS48 VLGLDPDQLFMLQPREPDVSSPTRLPQPCSMRHLVSHYLDIASVPRRSFFELLACLSLHE
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CCDS48 LEREKL--LEFSSAQGQEELFEYCNRPRRTILEVLCDFPHTAAAIPPDYLLDLIPVIRPR
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.::::: . : ..::...:. . .:. ..:: . .: :. : . ::..::
CCDS48 AFSIASS-------LLILVAVVQFQTRLKEPRRGLCSSWLASLDP-GQ--GPVRVPLWVR
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... .: ::::::::::::::: . ::::. : : ..:..::: :.:.
CCDS48 PGSLAFPETPDTPVIMVGPGTGVAPFRAAIQERVAQGQTG-----NFLFFGCRWRDQDFY
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pF1KB5 YREELAQFHRDGALTQLNVAFSREQSHKVYVQHLLKQDREHLWKLIE-GGAHIYVCGDAR
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CCDS48 WEAEWQELEKRDCLT-LIPAFSREQEQKVYVQHRLRELGSLVWELLDRQGAYFYLAGNAK
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CCDS48 SMPADVSEALMSIFQEEGGLCSPDAAAYLARLQQTRRFQTETWA
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CCDS48 MPSPQLLVLFGSQTGTAQDVSERLGREARRRRLGC
10 20 30
120 130 140 150 160
pF1KB5 RGMSADPEEYDLADLSSLPEIDNALVVFCMATYGEGDPTDNAQDFYDWLQETDVD---LS
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CCDS48 RVQALD--SYPVVNL-----INEPLVIFVCATTGQGDPPDNMKNFWRFIFRKNLPSTALC
40 50 60 70 80
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CCDS48 QMDFAVLGLGDSSYAKFNFVAKKLHRRLLQLGGSALLPVCLGDDQHELGLPSKFTLLFLQ
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pF1KB5 FWPAVCEHFGVEATGEESSIRQYELVVHTDIDAAKVYMGEMGRLKSYENQKPPFDAKNPF
:. :: :. . :.: .:.:: ..: ::
CCDS48 EAPS---------TGSEG-----QRVAHPG------------------SQEPPSESK-PF
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:: . .:.... .. . ..: :.:: : : . .:: : . :.:..: :... ..:: :
CCDS48 LAPMISNQRVTGPSHFQDVRLIEFDILGSGISFAAGDVVLIQPSNSAAHVQRFCQVLGLD
180 190 200 210 220 230
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pF1KB5 LDVVMSLNNLDEESNKKHPFPCPTSYRTALTYYLDITNPPRTNVLYELAQYASEPSEQEL
: .. :. . . .. .: : :.: ...::::.. :: . . :: . . :.:
CCDS48 PDQLFMLQPREPDVSSPTRLPQPCSMRHLVSHYLDIASVPRRSFFELLACLSLHELEREK
240 250 260 270 280 290
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: . ::..:.: . . . :: :: .: : : : :.: .:.: .. : .:::
CCDS48 L--LEFSSAQGQEELFEYCNRPRRTILEVLCDFPHTAAAIPPDYLLDLIPVIRPRAFSIA
300 310 320 330 340 350
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