FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5545, 624 aa
  1>>>pF1KB5545 624 - 624 aa - 624 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6200+/-0.00099; mu= 1.8486+/- 0.060
 mean_var=278.5478+/-58.045, 0's: 0 Z-trim(113.4): 64  B-trim: 614 in 1/52
 Lambda= 0.076847
 statistics sampled from 13970 (14027) to 13970 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.733), E-opt: 0.2 (0.431), width:  16
 Scan time:  3.710

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS14427.1 RLIM gene_id:51132|Hs108|chrX          ( 624) 4068 464.6 1.8e-130
CCDS9316.1 RNF6 gene_id:6049|Hs108|chr13           ( 685)  544 73.9 7.9e-13


>>CCDS14427.1 RLIM gene_id:51132|Hs108|chrX               (624 aa)
 initn: 4068 init1: 4068 opt: 4068  Z-score: 2455.8  bits: 464.6 E(32554): 1.8e-130
Smith-Waterman score: 4068; 100.0% identity (100.0% similar) in 624 aa overlap (1-624:1-624)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MENSDSNDKGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGEST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MENSDSNDKGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGEST
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 EEELLRRLQQIKEGPPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EEELLRRLQQIKEGPPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQ
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 SWRAVSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SWRAVSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 SESTSARPSRSERNSTEALTEVPPTRGQRRARSRSPDHRRTRARAERSRSPLHPMSEIPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SESTSARPSRSERNSTEALTEVPPTRGQRRARSRSPDHRRTRARAERSRSPLHPMSEIPR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 RSHHSISSQTFEHPLVNETEGSSRTRHHVTLRQQISGPELLSRGLFAASGTRNASQGAGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RSHHSISSQTFEHPLVNETEGSSRTRHHVTLRQQISGPELLSRGLFAASGTRNASQGAGS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 SDTAASGESTGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNTVTYESER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SDTAASGESTGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNTVTYESER
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 GGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGFGELSYFM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGFGELSYFM
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 YSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSPSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSPSSS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 SGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRHRAPVTFDESGSLPFLSLAQFFLLNED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRHRAPVTFDESGSLPFLSLAQFFLLNED
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB5 DDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGENDALKTCSVCITEYTEGNKLRKLPCSHEYHVHCIDRW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGENDALKTCSVCITEYTEGNKLRKLPCSHEYHVHCIDRW
              550       560       570       580       590       600

              610       620    
pF1KB5 LSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
       ::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
              610       620    

>>CCDS9316.1 RNF6 gene_id:6049|Hs108|chr13                (685 aa)
 initn: 1280 init1: 482 opt: 544  Z-score: 343.8  bits: 73.9 E(32554): 7.9e-13
Smith-Waterman score: 1333; 41.7% identity (63.2% similar) in 660 aa overlap (39-617:47-679)

       10        20        30        40        50        60        
pF1KB5 KGSGDQSAAQRRSQMDRLDREEAFYQFVNNLSEEDYRLMRDNNLLGTPGESTEEELLRRL
                                     :..::::::::.:::::::: : ::: .::
CCDS93 PQDHNHHENERRWQQERLHREEAYYQFINELNDEDYRLMRDHNLLGTPGEITSEELQQRL
         20        30        40        50        60        70      

       70            80        90       100       110       120    
pF1KB5 QQIKEG----PPPQNSDENRGGDSSDDVSNGDSIIDWLNSVRQTGNTTRSGQRGNQSWRA
       . .::     :  ... . : ..   . :. ::...:::. :.:::.::::: :::.:::
CCDS93 DGVKEQLASQPDLRDGTNYRDSEVPRESSHEDSLLEWLNTFRRTGNATRSGQNGNQTWRA
         80        90       100       110       120       130      

          130       140       150       160       170       180    
pF1KB5 VSRTNPNSGDFRFSLEINVNRNNGSQNSENENEPSARRSSGENVENNSQRQVENPRSEST
       :::::::.:.:::::::.::..: . . ..:.  .   :.. : .....::    :: : 
CCDS93 VSRTNPNNGEFRFSLEIHVNHENRGFEIHGEDYTDIPLSDS-NRDHTANRQ---QRSTSP
        140       150       160       170        180          190  

          190         200           210       220                  
pF1KB5 SARPSRSER--NSTEALTEVPPTR----GQRRARSRSPDHRRTRA---------RAERSR
        :: .::.   : . . ...: ::    ::  :..      : :          ::. ::
CCDS93 VARRTRSQTSVNFNGSSSNIPRTRLASRGQNPAEGSFSTLGRLRNGIGGAAGIPRANASR
            200       210       220       230       240       250  

     230                             240         250       260     
pF1KB5 SPLHPMS----------------------EIPRRSHHSI--SSQTFEHPLVNETEGSSRT
       . .   .                      :   ::. ..  ..: .: :.  .. ..::.
CCDS93 TNFSSHTNQSGGSELRQREGQRFGAAHVWENGARSNVTVRNTNQRLE-PIRLRSTSNSRS
            260       270       280       290        300       310 

                   270            280          290                 
pF1KB5 R----------HHVTLR-----QQISGPELLSRG---LFAASGTRNASQGAG--------
       :          .: . :     :: .   .  ::   .:  .  .   .:..        
CCDS93 RSPIQRQSGTVYHNSQRESRPVQQTTRRSVRRRGRTRVFLEQDRERERRGTAYTPFSNSR
             320       330       340       350       360       370 

       300           310       320       330       340       350   
pF1KB5 --SSDTAASGE----STGSGQRPPTIVLDLQVRRVRPGEYRQRDSIASRTRSRSQTPNNT
         :  :.  ::    :. . .: :::.:::::::.:::: :.:::::.:::::    .::
CCDS93 LVSRITVEEGEESSRSSTAVRRHPTITLDLQVRRIRPGENRDRDSIANRTRSRVGLAENT
             380       390       400       410       420       430 

           360       370       380       390       400       410   
pF1KB5 VTYESERGGFRRTFSRSERAGVRTYVSTIRIPIRRILNTGLSETTSVAIQTMLRQIMTGF
       :: ::. ::::::.:: ::.:.::::::: .:.::: .. : : .:::....::::::::
CCDS93 VTIESNSGGFRRTISRLERSGIRTYVSTITVPLRRISENELVEPSSVALRSILRQIMTGF
             440       450       460       470       480       490 

           420       430       440       450       460       470   
pF1KB5 GELSYFMYSDSDSEPTGSVSNRNMERAESRSGRGGSGGGSSSGSSSSSSSSSSSSSSSSS
       :::: .: .::.::      .:: ..  .              :  :. ..... :.   
CCDS93 GELSSLMEADSESE-----LQRNGQHLPDMH------------SELSNLGTDNNRSQHRE
             500            510                   520       530    

           480       490       500       510        520       530  
pF1KB5 SSSPSSSSGGESSETSSDLFEGSNEGSSSSGSSGARREGRH-RAPVTFDESGSLPFLSLA
       .:: . .. :.:.:     ..: :: ..    ..  : ::. : : .. :.:.::.: ::
CCDS93 GSSQDRQAQGDSTE-----MHGENETTQPHTRNSDSRGGRQLRNPNNLVETGTLPILRLA
          540            550       560       570       580         

             540       550       560           570       580       
pF1KB5 QFFLLNE-DDDDQPRGLTKEQIDNLAMRSFGEN--DAL--KTCSVCITEYTEGNKLRKLP
       .:::::: ::::. :::::::::::. : . .:  :.   : :::::..:. :::::.::
CCDS93 HFFLLNESDDDDRIRGLTKEQIDNLSTRHYEHNSIDSELGKICSVCISDYVTGNKLRQLP
     590       600       610       620       630       640         

       590       600       610       620    
pF1KB5 CSHEYHVHCIDRWLSENSTCPICRRAVLASGNRESVV
       : ::.:.:::::::::: ::::::. ::.:       
CCDS93 CMHEFHIHCIDRWLSENCTCPICRQPVLGSNIANNG 
     650       660       670       680      




624 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 21:37:59 2016 done: Sat Nov  5 21:38:00 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]