Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5542
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5542, 358 aa
1>>>pF1KB5542 358 - 358 aa - 358 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8648+/-0.00083; mu= 19.0977+/- 0.050
mean_var=74.0987+/-15.054, 0's: 0 Z-trim(108.1): 78 B-trim: 367 in 1/49
Lambda= 0.148994
statistics sampled from 9909 (9990) to 9909 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.687), E-opt: 0.2 (0.307), width: 16
Scan time: 2.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34379.1 E gene_id:3133|Hs108|chr6 ( 358) 2453 536.5 1.3e-152
CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 ( 365) 1925 423.0 1.9e-118
CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6 ( 362) 1894 416.4 1.9e-116
CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6 ( 366) 1840 404.8 6e-113
CCDS4668.1 G gene_id:3135|Hs108|chr6 ( 338) 1812 398.7 3.7e-111
CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 346) 1725 380.0 1.6e-105
CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 442) 1726 380.3 1.6e-105
CCDS43439.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 ( 254) 899 202.4 3.6e-52
CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 341) 793 179.7 3.2e-45
CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 348) 723 164.7 1.1e-40
CCDS75412.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 337) 701 159.9 2.9e-39
CCDS47387.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 325) 680 155.4 6.4e-38
CCDS5680.1 AZGP1 gene_id:563|Hs108|chr7 ( 298) 618 142.0 6.2e-34
CCDS4580.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 260) 551 127.6 1.2e-29
CCDS53440.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 249) 516 120.0 2.2e-27
CCDS53441.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 214) 514 119.5 2.6e-27
CCDS43449.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 383) 508 118.5 9.7e-27
CCDS56412.1 MICA gene_id:100507436|Hs108|chr6 ( 332) 505 117.8 1.4e-26
CCDS75423.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 351) 472 110.7 1.9e-24
CCDS12770.1 FCGRT gene_id:2217|Hs108|chr19 ( 365) 455 107.1 2.5e-23
CCDS53442.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 ( 296) 408 96.9 2.4e-20
CCDS4581.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 168) 379 90.4 1.2e-18
CCDS75421.1 MICA gene_id:100507436|Hs108|chr6 ( 235) 379 90.6 1.5e-18
CCDS4579.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 256) 377 90.2 2.2e-18
CCDS54975.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 246) 344 83.0 2.9e-16
CCDS54974.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 334) 344 83.2 3.6e-16
CCDS47386.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 ( 242) 340 82.2 5.2e-16
CCDS1174.1 CD1A gene_id:909|Hs108|chr1 ( 327) 322 78.4 9.4e-15
CCDS75422.1 MICB gene_id:4277|Hs108|chr6 ( 340) 303 74.4 1.6e-13
CCDS1176.1 CD1B gene_id:910|Hs108|chr1 ( 333) 263 65.8 6.2e-11
CCDS1173.1 CD1D gene_id:912|Hs108|chr1 ( 335) 260 65.1 9.8e-11
>>CCDS34379.1 E gene_id:3133|Hs108|chr6 (358 aa)
initn: 2453 init1: 2453 opt: 2453 Z-score: 2853.4 bits: 536.5 E(32554): 1.3e-152
Smith-Waterman score: 2453; 100.0% identity (100.0% similar) in 358 aa overlap (1-358:1-358)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVDGTLLLLLSEALALTQTWAGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDND
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CCDS34 MVDGTLLLLLSEALALTQTWAGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDND
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 AASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQRAY
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CCDS34 GCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQRAY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 DGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKPASQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKPASQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB5 PTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESHSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESHSL
310 320 330 340 350
>>CCDS34373.1 A gene_id:3105|Hs108|chr6 (365 aa)
initn: 1944 init1: 1922 opt: 1925 Z-score: 2240.0 bits: 423.0 E(32554): 1.9e-118
Smith-Waterman score: 1925; 78.8% identity (91.8% similar) in 354 aa overlap (1-354:4-357)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MVDGTLLLLLSEALALTQTWAGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRF
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CCDS34 MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 DNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQ
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CCDS34 DSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNVKAQSQTDRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTIQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 WMHGCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQ
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CCDS34 IMYGCDVGSDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAAHEAEQL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
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CCDS34 RAYLDGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 WQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKP
::.::: .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::.
CCDS34 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEL
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ASQPTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESHS
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CCDS34 SSQPTIPIVGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYTQAASSDSAQGSDVSL
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 L
CCDS34 TACKV
>>CCDS34394.1 B gene_id:3106|Hs108|chr6 (362 aa)
initn: 1909 init1: 1885 opt: 1894 Z-score: 2204.0 bits: 416.4 E(32554): 1.9e-116
Smith-Waterman score: 1894; 77.4% identity (91.5% similar) in 354 aa overlap (1-354:4-357)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MVDGTLLLLLSEALALTQTWAGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRF
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CCDS34 MLVMAPRTVLLLLSAALALTETWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 DNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQ
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CCDS34 DSDAASPREEPRAPWIEQEGPEYWDRNTQIYKAQAQTDRESLRNLRGYYNQSEAGSHTLQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 WMHGCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQ
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CCDS34 SMYGCDVGPDGRLLRGHDQYAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKWEAAREAEQR
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
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CCDS34 RAYLEGECVEWLRRYLENGKDKLERADPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 WQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKP
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CCDS34 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDRTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ASQPTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESHS
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CCDS34 SSQSTVPIVGIVAGLAVLAVVVIGAVVAAVMCRRKSSGGKGGSYSQAACSDSAQGSDVSL
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 L
CCDS34 TA
>>CCDS34393.1 C gene_id:3107|Hs108|chr6 (366 aa)
initn: 1858 init1: 1729 opt: 1840 Z-score: 2141.2 bits: 404.8 E(32554): 6e-113
Smith-Waterman score: 1840; 76.3% identity (89.9% similar) in 355 aa overlap (1-354:4-358)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MVDGTLLLLLSEALALTQTWAGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRF
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CCDS34 MRVMAPRALLLLLSGGLALTETWACSHSMRYFDTAVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 DNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQ
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CCDS34 DSDAASPRGEPRAPWVEQEGPEYWDRETQKYKRQAQADRVSLRNLRGYYNQSEDGSHTLQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 WMHGCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQ
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CCDS34 RMSGCDLGPDGRLLRGYDQSAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKLEAARAAEQL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
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CCDS34 RAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRAEPPKTHVTHHPLSDHEATLRCWALGFYPAEITLT
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 WQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKP
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CCDS34 WQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHMQHEGLQEPLTLSWEP
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ASQPTIPIVGIIAGL-VLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESH
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CCDS34 SSQPTIPIMGIVAGLAVLVVLAVLGAVVTAMMCRRKSSGGKGGSCSQAACSNSAQGSDES
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SL
CCDS34 LITCKA
>>CCDS4668.1 G gene_id:3135|Hs108|chr6 (338 aa)
initn: 1812 init1: 1812 opt: 1812 Z-score: 2109.1 bits: 398.7 E(32554): 3.7e-111
Smith-Waterman score: 1812; 76.9% identity (92.2% similar) in 334 aa overlap (1-334:4-337)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MVDGTLLLLLSEALALTQTWAGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRF
:. ::.:::: ::.::.:::::::..:: ..::::::::::::..:::::::::::
CCDS46 MVVMAPRTLFLLLSGALTLTETWAGSHSMRYFSAAVSRPGRGEPRFIAMGYVDDTQFVRF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 DNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQ
:.:.: ::: :::::.:::: :::..:::... :: :.::.:::::::::::.:::::
CCDS46 DSDSACPRMEPRAPWVEQEGPEYWEEETRNTKAHAQTDRMNLQTLRGYYNQSEASSHTLQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 WMHGCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQ
:: ::.:: :::.::::::.::::::::.::::::::::.:::::::..: . :. ::..
CCDS46 WMIGCDLGSDGRLLRGYEQYAYDGKDYLALNEDLRSWTAADTAAQISKRKCEAANVAEQR
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 RAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
::::: :::::::.:::.::: : . .::::::::::. :.:::::::::::::::: ::
CCDS46 RAYLEGTCVEWLHRYLENGKEMLQRADPPKTHVTHHPVFDYEATLRCWALGFYPAEIILT
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 WQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKP
::.::: .:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::::
CCDS46 WQRDGEDQTQDVELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPLMLRWKQ
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ASQPTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESHS
.: :::::.::.::::.:..::.::.::::.::::::
CCDS46 SSLPTIPIMGIVAGLVVLAAVVTGAAVAAVLWRKKSSD
310 320 330
pF1KB5 L
>>CCDS43438.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (346 aa)
initn: 1783 init1: 1718 opt: 1725 Z-score: 2007.9 bits: 380.0 E(32554): 1.6e-105
Smith-Waterman score: 1725; 73.6% identity (88.1% similar) in 345 aa overlap (1-344:1-344)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVDGTLLLLLSEALALTQTWAGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDND
:. .:::::: :::::.::::::::.:: :.::::::::::.:.: :::::::.:::.:
CCDS43 MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDTQFLRFDSD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 AASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMH
:: ::: :: ::.:::: .::. : :. .:: :: ::.: :::::::::::: :.
CCDS43 AAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAGSHTLQGMN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB5 GCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASE-AEHQRA
::..:::::.::::.: :::::::..::::::::::.::.:::. :. .: : ::. :.
CCDS43 GCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQIT-QRFYEAEEYAEEFRT
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 YLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQ
::: :.: :..:::.::::: . .:::.::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YLEGECLELLRRYLENGKETLQRADPPKAHVAHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 QDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKPAS
.::: .:::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::.:. :::. .
CCDS43 RDGEEQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPPGEEQRYTCHVQHEGLPQPLILRWEQSP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 QPTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESHSL
:::::::::.::::.::.::.:::::::.:::::: . ::::.:
CCDS43 QPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAV
300 310 320 330 340
>>CCDS43437.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (442 aa)
initn: 1763 init1: 1718 opt: 1726 Z-score: 2007.7 bits: 380.3 E(32554): 1.6e-105
Smith-Waterman score: 1726; 72.0% identity (87.3% similar) in 354 aa overlap (1-353:1-353)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MVDGTLLLLLSEALALTQTWAGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDND
:. .:::::: :::::.::::::::.:: :.::::::::::.:.: :::::::.:::.:
CCDS43 MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDTQFLRFDSD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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:: ::: :: ::.:::: .::. : :. .:: :: ::.: :::::::::::: :.
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70 80 90 100 110 120
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::..:::::.::::.: :::::::..::::::::::.::.:::. :. .: : ::. :.
CCDS43 GCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQIT-QRFYEAEEYAEEFRT
130 140 150 160 170
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::: :.: :..:::.::::: . .:::.::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YLEGECLELLRRYLENGKETLQRADPPKAHVAHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 QDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKPAS
.::: .:::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::.:. :::. .
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CCDS43 QPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAAYSVVSGNLMITWW
300 310 320 330 340 350
CCDS43 SSLFLLGVLFQGYLGCLRSHSVLGRRKVGDMWILFFLWLWTSFNTAFLALQSLRFGFGFR
360 370 380 390 400 410
>>CCDS43439.1 F gene_id:3134|Hs108|chr6 (254 aa)
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Smith-Waterman score: 930; 50.4% identity (62.6% similar) in 345 aa overlap (1-344:1-252)
10 20 30 40 50 60
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:. .:::::: :::::.::::::::.:: :.::::::::::.:.: :::::::.:::.:
CCDS43 MAPRSLLLLLSGALALTDTWAGSHSLRYFSTAVSRPGRGEPRYIAVEYVDDTQFLRFDSD
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:: ::: :: ::.:::: .::. : :. .:: :: ::.: :::::::::::: :.
CCDS43 AAIPRMEPREPWVEQEGPQYWEWTTGYAKANAQTDRVALRNLLRRYNQSEAGSHTLQGMN
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::..:::::.::::.: :::::::..::::::::::.::.:::. :. .: : ::. :.
CCDS43 GCDMGPDGRLLRGYHQHAYDGKDYISLNEDLRSWTAADTVAQIT-QRFYEAEEYAEEFRT
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::: :.: :..:::.:::::
CCDS43 YLEGECLELLRRYLENGKETL---------------------------------------
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. .: :
CCDS43 ----------QRAEQSP-------------------------------------------
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pF1KB5 QPTIPIVGIIAGLVLLGSVVSGAVVAAVIWRKKSSGGKGGSYSKAEWSDSAQGSESHSL
:::::::::.::::.::.::.:::::::.:::::: . ::::.:
CCDS43 QPTIPIVGIVAGLVVLGAVVTGAVVAAVMWRKKSSDRNRGSYSQAAV
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>>CCDS1342.1 MR1 gene_id:3140|Hs108|chr1 (341 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB5 MVDGTLLLLLSEALALTQTWAGSHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDN
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pF1KB5 DAASPRMVPRAPWM-EQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQW
.. . :::::: :. . ..:.: :. : :.:.:.:. :. .::.: :::: :
CCDS13 --VTRQKEPRAPWMAENLAPDHWERYTQLLRGWQQMFKVELKRLQRHYNHS--GSHTYQR
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pF1KB5 MHGCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQK-SNDASEAEHQ
: :::: :: :. :.::::.:.: .:.: :: :::..:. .: . : .:
CCDS13 MIGCELLEDGS-TTGFLQYAYDGQDFLIFNKDTLSWLAVDNVAHTIKQAWEANQHELLYQ
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pF1KB5 RAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLT
. .::. :. ::...:: ::.:: . ::: ..:... ..: : : :::: :: .:
CCDS13 KNWLEEECIAWLKRFLEYGKDTLQRTEPPLVRVNRKETFPGVTALFCKAHGFYPPEIYMT
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pF1KB5 WQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRWKP
:...:: .:. . . :.::::.: ::.. . . :.:::.: :. . . :
CCDS13 WMKNGEEIVQEIDYGDILPSGDGTYQAWASIELDPQSSNLYSCHVEHCGVHMVLQV---P
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CCDS13 QESETIPLVMKAVSGSIVLVIVLAG--VGVLVWRRRPREQNGAIYLPTPDR
300 310 320 330 340
pF1KB5 SL
>>CCDS4578.1 HFE gene_id:3077|Hs108|chr6 (348 aa)
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Smith-Waterman score: 723; 35.0% identity (66.5% similar) in 343 aa overlap (6-345:10-346)
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CCDS45 MGPRARPALLLLMLLQTAVLQGRLLRSHSLHYLFMGASEQDLGLSLFEALGYVDDQLFVF
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pF1KB5 FDNDAASPRMVPRAPWMEQE-GSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHT
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CCDS45 YDHE--SRRVEPRTPWVSSRISSQMWLQLSQSLKGWDHMFTVDFWTIMENHNHSKE-SHT
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:: . :::. :. .:: ...:::.:.: . : .: :.. : .. . .:
CCDS45 LQVILGCEMQEDNS-TEGYWKYGYDGQDHLEFCPDTLDWRAAEPRAWPTKLEWERHKIRA
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CCDS45 RQNRAYLERDCPAQLQQLLELGRGVLDQQVPPLVKVTHH-VTSSVTTLRCRALNYYPQNI
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:. : .: . ... : .. : ::::.: : ...:: ::::::::.:.: :: .:. .
CCDS45 TMKWLKDKQPMDAKEFEPKDVLPNGDGTYQGWITLAVPPGEEQRYTCQVEHPGLDQPLIV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]