Result of FASTA (omim) for
pF1KB5481
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5481, 453 aa
1>>>pF1KB5481 453 - 453 aa - 453 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0680+/-0.000395; mu= 19.4312+/- 0.025
mean_var=64.5406+/-13.165, 0's: 0 Z-trim(111.7): 20 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.159646
statistics sampled from 20416 (20430) to 20416 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.605), E-opt: 0.2 (0.24), width: 16
Scan time: 6.480
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003357 (OMIM: 191329,615160) cytochrome b-c1 co ( 453) 2887 673.9 2.5e-193
NP_004270 (OMIM: 603131) mitochondrial-processing ( 489) 443 111.0 7.4e-24
XP_006716244 (OMIM: 603131) PREDICTED: mitochondri ( 506) 437 109.6 2e-23
XP_005250774 (OMIM: 603131) PREDICTED: mitochondri ( 508) 437 109.6 2e-23
NP_003356 (OMIM: 191328) cytochrome b-c1 complex s ( 480) 370 94.2 8.4e-19
NP_055975 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-proc ( 525) 311 80.6 1.1e-14
XP_005266116 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mito ( 563) 311 80.6 1.2e-14
NP_001269875 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-p ( 425) 203 55.7 2.9e-07
NP_001269873 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-p ( 394) 178 49.9 1.5e-05
XP_016870032 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mito ( 343) 172 48.5 3.4e-05
XP_011516719 (OMIM: 213200,613036) PREDICTED: mito ( 381) 172 48.5 3.7e-05
>>NP_003357 (OMIM: 191329,615160) cytochrome b-c1 comple (453 aa)
initn: 2887 init1: 2887 opt: 2887 Z-score: 3592.0 bits: 673.9 E(85289): 2.5e-193
Smith-Waterman score: 2887; 100.0% identity (100.0% similar) in 453 aa overlap (1-453:1-453)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSR
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NP_003 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 IGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 YTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 YTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AYRNALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFLNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 AYRNALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFLNM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGDSLVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGDSLVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 RGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 IAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 IAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVA
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB5 NADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL
430 440 450
>>NP_004270 (OMIM: 603131) mitochondrial-processing pept (489 aa)
initn: 267 init1: 190 opt: 443 Z-score: 549.3 bits: 111.0 E(85289): 7.4e-24
Smith-Waterman score: 443; 24.7% identity (60.4% similar) in 437 aa overlap (21-448:41-475)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIA
....: : . . . . . : : .:: .:
NP_004 SSAARRRLWGFSESLLIRGAAGRSLYFGENRLRSTQAATQVVLNVPETRVTCLESGLRVA
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKL
: .. . .::.: ::::::. .: ::.:.:. . :: :.. . :: .:..:
NP_004 SEDSGLSTCTVGLWIDAGSRYENEKNNGTAHFLEHMAFKGTKKRSQLDLELEIENMGAHL
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 SVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQ
.. ..::. .: .. . :. .:.: .. . . :. . . . . : :
NP_004 NAYTSREQTVYYAKAFSKDLPRAVEILADIIQNSTLGEAEIERERGVILREMQEVETNLQ
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220
pF1KB5 THVIENLHAAAYRN-ALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLG-VSHP
:.. :::.::.: ::. . : : ... ..: .. .:. . :..: . : :::
NP_004 EVVFDYLHATAYQNTALGRTILGPTENIKSISRKDLVDYITTHYKGPRIVLAAAGGVSHD
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 VLKQVAE-QF---LNMRGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGD-SLVHAAFVAESAVAGSAEA
: ..:. .: : . : . .. :.::: .. :.: :...:.. . ..
NP_004 ELLDLAKFHFGDSLCTHKGEIPALPPCKFTGSEIRVRDDKMPLAHLAIAVEAVGWAHPDT
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 NAFSVLQHVLGAGPH-VKRGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTIS
. : . ..: . : : .:.: : . ... . ..::.::.:.::.:.: .
NP_004 ICLMVANTLIGNWDRSFGGGMNLSSKLAQLTCHGNLC-HSFQSFNTSYTDTGLWGLYMVC
320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 QATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALV
......:..... .. . ......: :.: ::...:.....: . :..: : :
NP_004 ESSTVADMLHVVQKEWMRLCT-SVTESEVARARNLLKTNMLLQLDGSTPICEDIGRQMLC
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450
pF1KB5 AGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQK-SMAASGNLGHTPFVDEL
. .: . .::.: : .. :.. ... ..:: : . . :
NP_004 YNRRIPIPELEARIDAVNAETIREVCTKYIYNRSPAIAAVGPIKQLPDFKQIRSNMCWLR
430 440 450 460 470 480
NP_004 D
>>XP_006716244 (OMIM: 603131) PREDICTED: mitochondrial-p (506 aa)
initn: 267 init1: 190 opt: 437 Z-score: 541.6 bits: 109.6 E(85289): 2e-23
Smith-Waterman score: 437; 24.3% identity (59.8% similar) in 440 aa overlap (21-452:41-478)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIA
....: : . . . . . : : .:: .:
XP_006 SSAARRRLWGFSESLLIRGAAGRSLYFGENRLRSTQAATQVVLNVPETRVTCLESGLRVA
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKL
: .. . .::.: ::::::. .: ::.:.:. . :: :.. . :: .:..:
XP_006 SEDSGLSTCTVGLWIDAGSRYENEKNNGTAHFLEHMAFKGTKKRSQLDLELEIENMGAHL
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 SVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQ
.. ..::. .: .. . :. .:.: .. . . :. . . . . : :
XP_006 NAYTSREQTVYYAKAFSKDLPRAVEILADIIQNSTLGEAEIERERGVILREMQEVETNLQ
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220
pF1KB5 THVIENLHAAAYRN-ALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLG-VSHP
:.. :::.::.: ::. . : : ... ..: .. .:. . :..: . : :::
XP_006 EVVFDYLHATAYQNTALGRTILGPTENIKSISRKDLVDYITTHYKGPRIVLAAAGGVSHD
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 VLKQVAE-QF---LNMRGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGD-SLVHAAFVAESAVAGSAEA
: ..:. .: : . : . .. :.::: .. :.: :...:.. . ..
XP_006 ELLDLAKFHFGDSLCTHKGEIPALPPCKFTGSEIRVRDDKMPLAHLAIAVEAVGWAHPDT
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 NAFSVLQHVLGAGPH-VKRGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTIS
. : . ..: . : : .:.: : . ... . ..::.::.:.::.:.: .
XP_006 ICLMVANTLIGNWDRSFGGGMNLSSKLAQLTCHGNLC-HSFQSFNTSYTDTGLWGLYMVC
320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 QATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALV
......:..... .. . ......: :.: ::...:.....: . :..: : :
XP_006 ESSTVADMLHVVQKEWMRLCT-SVTESEVARARNLLKTNMLLQLDGSTPICEDIGRQMLC
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450
pF1KB5 AGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL
. .: . .::.: : .. :.. ... :. . .: . :
XP_006 YNRRIPIPELEARIDAVNAETIREVCTKYIYNRSPAIAAVGYNHRSELHEWKWNKLFSKR
430 440 450 460 470 480
XP_006 QTISYSYVNILLPQPQPQ
490 500
>>XP_005250774 (OMIM: 603131) PREDICTED: mitochondrial-p (508 aa)
initn: 267 init1: 190 opt: 437 Z-score: 541.6 bits: 109.6 E(85289): 2e-23
Smith-Waterman score: 437; 24.3% identity (59.8% similar) in 440 aa overlap (21-452:41-478)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIA
....: : . . . . . : : .:: .:
XP_005 SSAARRRLWGFSESLLIRGAAGRSLYFGENRLRSTQAATQVVLNVPETRVTCLESGLRVA
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKL
: .. . .::.: ::::::. .: ::.:.:. . :: :.. . :: .:..:
XP_005 SEDSGLSTCTVGLWIDAGSRYENEKNNGTAHFLEHMAFKGTKKRSQLDLELEIENMGAHL
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 SVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQ
.. ..::. .: .. . :. .:.: .. . . :. . . . . : :
XP_005 NAYTSREQTVYYAKAFSKDLPRAVEILADIIQNSTLGEAEIERERGVILREMQEVETNLQ
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220
pF1KB5 THVIENLHAAAYRN-ALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLG-VSHP
:.. :::.::.: ::. . : : ... ..: .. .:. . :..: . : :::
XP_005 EVVFDYLHATAYQNTALGRTILGPTENIKSISRKDLVDYITTHYKGPRIVLAAAGGVSHD
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 VLKQVAE-QF---LNMRGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGD-SLVHAAFVAESAVAGSAEA
: ..:. .: : . : . .. :.::: .. :.: :...:.. . ..
XP_005 ELLDLAKFHFGDSLCTHKGEIPALPPCKFTGSEIRVRDDKMPLAHLAIAVEAVGWAHPDT
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 NAFSVLQHVLGAGPH-VKRGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTIS
. : . ..: . : : .:.: : . ... . ..::.::.:.::.:.: .
XP_005 ICLMVANTLIGNWDRSFGGGMNLSSKLAQLTCHGNLC-HSFQSFNTSYTDTGLWGLYMVC
320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 QATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALV
......:..... .. . ......: :.: ::...:.....: . :..: : :
XP_005 ESSTVADMLHVVQKEWMRLCT-SVTESEVARARNLLKTNMLLQLDGSTPICEDIGRQMLC
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450
pF1KB5 AGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL
. .: . .::.: : .. :.. ... :. . .: . :
XP_005 YNRRIPIPELEARIDAVNAETIREVCTKYIYNRSPAIAAVGYNHRSELHEWKWNKLFSKR
430 440 450 460 470 480
XP_005 QTISYSYVNILLPQPQPQYV
490 500
>>NP_003356 (OMIM: 191328) cytochrome b-c1 complex subun (480 aa)
initn: 190 init1: 190 opt: 370 Z-score: 458.6 bits: 94.2 E(85289): 8.4e-19
Smith-Waterman score: 379; 23.7% identity (57.6% similar) in 469 aa overlap (2-448:15-466)
10 20 30 40
pF1KB5 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGL
..: :: : .: .: ...::. : : . . . : :::
NP_003 MAASVVCRAATAGAQVLLRA---RRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGL
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 VIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVG
.:: .. .:. .:..: .:::.: .: :. ..:. . ::. . . . .:..:
NP_003 RVASEQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMG
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 GKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQ
..:.. .:::. :: .. : :. .:.: ... .. . :.. .. : ..
NP_003 AHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLE-------DSQIEKERDVILR
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB5 NPQTH------VIEN-LHAAAYRNA-LANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMA
. : . :. : :::.:.... ::. . :. . :.. .: ....:. . ::.
NP_003 EMQENDASMRDVVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMV
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB5 LIGLG-VSHPVLKQVAEQFLNMRGGLGLSGAK--------ANYRGGEIREQNGDSL--VH
: . : : : : ..:.. : ::. . :. . :.:::... :.: .:
NP_003 LAAAGGVEHQQLLDLAQKHL---GGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRD-DALPFAH
240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 AAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGS-NTTSHLHQ-AVAKATQQPFDVSAF
.:...:. .: . :..: . ..: . :. . .: : . :::. : :.. :
NP_003 VAIAVEGPGWASPDNVALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQT--F
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 NASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSV
. :...::.: . . . :.. . .: . . ....: .:: :. . . .
NP_003 SICYAETGLLGAHFVCDRMKIDDMMFVLQGQWMRLCT-SATESEVARGKNILRNALVSHL
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 ESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQ-KSMAASGNLG
... :..: . :. : .: . ..: : . . . .:.. : ..:. : .
NP_003 DGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIE
410 420 430 440 450 460
450
pF1KB5 HTPFVDEL
. :
NP_003 QLPDYNRIRSGMFWLRF
470 480
>>NP_055975 (OMIM: 213200,613036) mitochondrial-processi (525 aa)
initn: 215 init1: 128 opt: 311 Z-score: 384.6 bits: 80.6 E(85289): 1.1e-14
Smith-Waterman score: 485; 25.1% identity (56.6% similar) in 479 aa overlap (9-453:29-506)
10 20 30
pF1KB5 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAP-P------
.. :: : . :.. .. :.: :
NP_055 MAAVVLAATRLLRGSGSWGCSRLRFGPPAYRRFSSGGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVD
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 -QPQ-DLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLL-RLTSSLT
: . . . : : ::: .:: .... .:..:..::::: : .:.: .:. : :
NP_055 GQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILINSGSRYEAKYLSGIAHFLEKLAFSST
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 TKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWE
.. :. .: .: :: . ..:.. :.: .: .. .: .:. :.. :
NP_055 ARFDSKDEILLTLEKHGGICDCQTSRDTTMYAVSADSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEE
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KB5 V--ADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAAAYR-NALANPLYCPDYRIGKVTSEELHY
: . . :.... .:. . : .: :::: :... .:: ..:.. : ::
NP_055 VEMTRMAVQFELEDLNLRPDPEPLLTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHS
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
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...:..: ::.: :.:: : : . :...: ... . : . : :.: :: .
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. : :.: :: . :.::. ..:.: . :. .
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:.:. : . . ....... :: :.::. :.. .. . .... .. .. :..
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...... ::..: . .:..:: ..:.:: :.:.. : : . : .: :.
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.:.:.. :. ..:: :.: : ...
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XP_016 SRKLPHELCTLIRNVKPEDVKRVASKMLRGKPAVAALGDLTDLPTYEHIQTALSSKDGRL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]