Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5481
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5481, 453 aa
1>>>pF1KB5481 453 - 453 aa - 453 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3872+/-0.000915; mu= 17.2901+/- 0.055
mean_var=60.2955+/-11.970, 0's: 0 Z-trim(104.9): 10 B-trim: 6 in 1/49
Lambda= 0.165170
statistics sampled from 8121 (8128) to 8121 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.613), E-opt: 0.2 (0.25), width: 16
Scan time: 2.810
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10601.1 UQCRC2 gene_id:7385|Hs108|chr16 ( 453) 2887 696.5 1.5e-200
CCDS5730.1 PMPCB gene_id:9512|Hs108|chr7 ( 489) 443 114.1 3.3e-25
CCDS2774.1 UQCRC1 gene_id:7384|Hs108|chr3 ( 480) 370 96.7 5.6e-20
CCDS35180.1 PMPCA gene_id:23203|Hs108|chr9 ( 525) 311 82.6 1e-15
>>CCDS10601.1 UQCRC2 gene_id:7385|Hs108|chr16 (453 aa)
initn: 2887 init1: 2887 opt: 2887 Z-score: 3714.1 bits: 696.5 E(32554): 1.5e-200
Smith-Waterman score: 2887; 100.0% identity (100.0% similar) in 453 aa overlap (1-453:1-453)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSR
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CCDS10 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 IGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 YTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AYRNALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFLNM
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CCDS10 AYRNALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFLNM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGDSLVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVK
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CCDS10 RGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGDSLVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 RGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKT
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CCDS10 RGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 IAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVA
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CCDS10 IAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVA
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB5 NADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL
430 440 450
>>CCDS5730.1 PMPCB gene_id:9512|Hs108|chr7 (489 aa)
initn: 267 init1: 190 opt: 443 Z-score: 566.1 bits: 114.1 E(32554): 3.3e-25
Smith-Waterman score: 443; 24.7% identity (60.4% similar) in 437 aa overlap (21-448:41-475)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIA
....: : . . . . . : : .:: .:
CCDS57 SSAARRRLWGFSESLLIRGAAGRSLYFGENRLRSTQAATQVVLNVPETRVTCLESGLRVA
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKL
: .. . .::.: ::::::. .: ::.:.:. . :: :.. . :: .:..:
CCDS57 SEDSGLSTCTVGLWIDAGSRYENEKNNGTAHFLEHMAFKGTKKRSQLDLELEIENMGAHL
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 SVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQ
.. ..::. .: .. . :. .:.: .. . . :. . . . . : :
CCDS57 NAYTSREQTVYYAKAFSKDLPRAVEILADIIQNSTLGEAEIERERGVILREMQEVETNLQ
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220
pF1KB5 THVIENLHAAAYRN-ALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLG-VSHP
:.. :::.::.: ::. . : : ... ..: .. .:. . :..: . : :::
CCDS57 EVVFDYLHATAYQNTALGRTILGPTENIKSISRKDLVDYITTHYKGPRIVLAAAGGVSHD
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 VLKQVAE-QF---LNMRGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGD-SLVHAAFVAESAVAGSAEA
: ..:. .: : . : . .. :.::: .. :.: :...:.. . ..
CCDS57 ELLDLAKFHFGDSLCTHKGEIPALPPCKFTGSEIRVRDDKMPLAHLAIAVEAVGWAHPDT
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 NAFSVLQHVLGAGPH-VKRGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTIS
. : . ..: . : : .:.: : . ... . ..::.::.:.::.:.: .
CCDS57 ICLMVANTLIGNWDRSFGGGMNLSSKLAQLTCHGNLC-HSFQSFNTSYTDTGLWGLYMVC
320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 QATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALV
......:..... .. . ......: :.: ::...:.....: . :..: : :
CCDS57 ESSTVADMLHVVQKEWMRLCT-SVTESEVARARNLLKTNMLLQLDGSTPICEDIGRQMLC
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450
pF1KB5 AGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQK-SMAASGNLGHTPFVDEL
. .: . .::.: : .. :.. ... ..:: : . . :
CCDS57 YNRRIPIPELEARIDAVNAETIREVCTKYIYNRSPAIAAVGPIKQLPDFKQIRSNMCWLR
430 440 450 460 470 480
CCDS57 D
>>CCDS2774.1 UQCRC1 gene_id:7384|Hs108|chr3 (480 aa)
initn: 190 init1: 190 opt: 370 Z-score: 472.2 bits: 96.7 E(32554): 5.6e-20
Smith-Waterman score: 379; 23.7% identity (57.6% similar) in 469 aa overlap (2-448:15-466)
10 20 30 40
pF1KB5 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGL
..: :: : .: .: ...::. : : . . . : :::
CCDS27 MAASVVCRAATAGAQVLLRA---RRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGL
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 VIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVG
.:: .. .:. .:..: .:::.: .: :. ..:. . ::. . . . .:..:
CCDS27 RVASEQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMG
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 GKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQ
..:.. .:::. :: .. : :. .:.: ... .. . :.. .. : ..
CCDS27 AHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLE-------DSQIEKERDVILR
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB5 NPQTH------VIEN-LHAAAYRNA-LANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMA
. : . :. : :::.:.... ::. . :. . :.. .: ....:. . ::.
CCDS27 EMQENDASMRDVVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMV
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB5 LIGLG-VSHPVLKQVAEQFLNMRGGLGLSGAK--------ANYRGGEIREQNGDSL--VH
: . : : : : ..:.. : ::. . :. . :.:::... :.: .:
CCDS27 LAAAGGVEHQQLLDLAQKHL---GGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRD-DALPFAH
240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 AAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGS-NTTSHLHQ-AVAKATQQPFDVSAF
.:...:. .: . :..: . ..: . :. . .: : . :::. : :.. :
CCDS27 VAIAVEGPGWASPDNVALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQT--F
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 NASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSV
. :...::.: . . . :.. . .: . . ....: .:: :. . . .
CCDS27 SICYAETGLLGAHFVCDRMKIDDMMFVLQGQWMRLCT-SATESEVARGKNILRNALVSHL
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 ESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQ-KSMAASGNLG
... :..: . :. : .: . ..: : . . . .:.. : ..:. : .
CCDS27 DGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIE
410 420 430 440 450 460
450
pF1KB5 HTPFVDEL
. :
CCDS27 QLPDYNRIRSGMFWLRF
470 480
>>CCDS35180.1 PMPCA gene_id:23203|Hs108|chr9 (525 aa)
initn: 215 init1: 128 opt: 311 Z-score: 395.6 bits: 82.6 E(32554): 1e-15
Smith-Waterman score: 485; 25.1% identity (56.6% similar) in 479 aa overlap (9-453:29-506)
10 20 30
pF1KB5 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAP-P------
.. :: : . :.. .. :.: :
CCDS35 MAAVVLAATRLLRGSGSWGCSRLRFGPPAYRRFSSGGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVD
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB5 -QPQ-DLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLL-RLTSSLT
: . . . : : ::: .:: .... .:..:..::::: : .:.: .:. : :
CCDS35 GQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILINSGSRYEAKYLSGIAHFLEKLAFSST
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 TKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWE
.. :. .: .: :: . ..:.. :.: .: .. .: .:. :.. :
CCDS35 ARFDSKDEILLTLEKHGGICDCQTSRDTTMYAVSADSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEE
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KB5 V--ADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAAAYR-NALANPLYCPDYRIGKVTSEELHY
: . . :.... .:. . : .: :::: :... .:: ..:.. : ::
CCDS35 VEMTRMAVQFELEDLNLRPDPEPLLTEMIHEAAYRENTVGLHRFCPTENVAKINREVLHS
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 FVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFL-NMRGGLGLSGAK------ANYRGGEIRE
...:..: ::.: :.:: : : . :...: ... . : . : :.: :: .
CCDS35 YLRNYYTPDRMVLAGVGVEHEHLVDCARKYLLGVQPAWGSAEAVDIDRSVAQYTGGIAKL
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300
pF1KB5 QNGDS-----------LVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGS---NTT
. : :.: :: . :.::. ..:.: . :. .
CCDS35 ERDMSNVSLGPTPIPELTHIMVGLESCSFLEEDFIPFAVLNMMMGGGGSFSAGGPGKGMF
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNL
:.:. : . . ....... :: :.::. :.. .. . .... .. .. :..
CCDS35 SRLYLNVLNRHHWMYNATSYHHSYEDTGLLCIHASADPRQVREMVEIITKEFILMG-GTV
370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 SNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVANADIIN
...... ::..: . .:..:: ..:.:: :.:.. : : . : .: :.
CCDS35 DTVELERAKTQLTSMLMMNLESRPVIFEDVGRQVLATRSRKLPHELCTLIRNVKPEDVKR
420 430 440 450 460 470
430 440 450
pF1KB5 AAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL
.:.:.. :. ..:: :.: : ...
CCDS35 VASKMLRGKPAVAALGDLTDLPTYEHIQTALSSKDGRLPRTYRLFR
480 490 500 510 520
453 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 21:10:29 2016 done: Sat Nov 5 21:10:30 2016
Total Scan time: 2.810 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]