Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5463
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5463, 288 aa
1>>>pF1KB5463 288 - 288 aa - 288 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6321+/-0.00124; mu= 5.7165+/- 0.074
mean_var=152.8822+/-29.847, 0's: 0 Z-trim(105.6): 35 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.103728
statistics sampled from 8504 (8529) to 8504 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.622), E-opt: 0.2 (0.262), width: 16
Scan time: 1.800
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34655.1 STX1A gene_id:6804|Hs108|chr7 ( 288) 1803 281.6 4.6e-76
CCDS10699.1 STX1B gene_id:112755|Hs108|chr16 ( 288) 1543 242.7 2.4e-64
CCDS55120.1 STX1A gene_id:6804|Hs108|chr7 ( 251) 1413 223.2 1.5e-58
CCDS9269.1 STX2 gene_id:2054|Hs108|chr12 ( 287) 1200 191.4 6.7e-49
CCDS9270.1 STX2 gene_id:2054|Hs108|chr12 ( 288) 1188 189.6 2.3e-48
CCDS7975.1 STX3 gene_id:6809|Hs108|chr11 ( 289) 1141 182.5 3.1e-46
CCDS53637.1 STX3 gene_id:6809|Hs108|chr11 ( 277) 1103 176.8 1.5e-44
CCDS10700.1 STX4 gene_id:6810|Hs108|chr16 ( 297) 785 129.3 3.4e-30
CCDS61916.1 STX4 gene_id:6810|Hs108|chr16 ( 295) 715 118.8 4.8e-27
CCDS5205.1 STX11 gene_id:8676|Hs108|chr6 ( 287) 500 86.6 2.3e-17
CCDS33793.1 STX19 gene_id:415117|Hs108|chr3 ( 294) 467 81.7 7.1e-16
>>CCDS34655.1 STX1A gene_id:6804|Hs108|chr7 (288 aa)
initn: 1803 init1: 1803 opt: 1803 Z-score: 1479.1 bits: 281.6 E(32554): 4.6e-76
Smith-Waterman score: 1803; 100.0% identity (100.0% similar) in 288 aa overlap (1-288:1-288)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKDRTQELRTAKDSDDDDDVAVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSA
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CCDS34 MKDRTQELRTAKDSDDDDDVAVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQH
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CCDS34 ILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 STLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTSEELEDMLESGNPAIFASG
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CCDS34 STLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTSEELEDMLESGNPAIFASG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 IIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHA
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CCDS34 IIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KB5 VDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVILGIVIASTVGGIFA
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CCDS34 VDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVILGIVIASTVGGIFA
250 260 270 280
>>CCDS10699.1 STX1B gene_id:112755|Hs108|chr16 (288 aa)
initn: 1461 init1: 1461 opt: 1543 Z-score: 1268.8 bits: 242.7 E(32554): 2.4e-64
Smith-Waterman score: 1543; 84.2% identity (96.8% similar) in 285 aa overlap (1-285:1-284)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKDRTQELRTAKDSDDDDDVAVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSA
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CCDS10 MKDRTQELRSAKDSDDEEEV-VHVDRDHFMDEFFEQVEEIRGCIEKLSEDVEQVKKQHSA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQH
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CCDS10 ILAAPNPDEKTKQELEDLTADIKKTANKVRSKLKAIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 STLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTSEELEDMLESGNPAIFASG
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CCDS10 STLSRKFVEVMTEYNATQSKYRDRCKDRIQRQLEITGRTTTNEELEDMLESGKLAIFTDD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 IIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHA
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CCDS10 IKMDSQMTKQALNEIETRHNEIIKLETSIRELHDMFVDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHS
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280
pF1KB5 VDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVILGIVIASTVGGIFA
:::::::::::::::::::::::::::::::::.::.:.::..::
CCDS10 VDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVVLGVVLASSIGGTLGL
240 250 260 270 280
>>CCDS55120.1 STX1A gene_id:6804|Hs108|chr7 (251 aa)
initn: 1413 init1: 1413 opt: 1413 Z-score: 1164.5 bits: 223.2 E(32554): 1.5e-58
Smith-Waterman score: 1413; 100.0% identity (100.0% similar) in 226 aa overlap (1-226:1-226)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKDRTQELRTAKDSDDDDDVAVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSA
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CCDS55 MKDRTQELRTAKDSDDDDDVAVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 STLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTSEELEDMLESGNPAIFASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 STLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTSEELEDMLESGNPAIFASG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 IIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHA
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CCDS55 IIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQTMWRGPCLTPRRPS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KB5 VDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVILGIVIASTVGGIFA
CCDS55 STRARRAGRKS
250
>>CCDS9269.1 STX2 gene_id:2054|Hs108|chr12 (287 aa)
initn: 1348 init1: 1172 opt: 1200 Z-score: 991.4 bits: 191.4 E(32554): 6.7e-49
Smith-Waterman score: 1200; 65.9% identity (89.9% similar) in 287 aa overlap (1-283:1-286)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKDRTQELRTAKDSDDDDDVAVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSA
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CCDS92 MRDRLPDL-TACRKNDDGDTVVVVEKDHFMDDFFHQVEEIRNSIDKITQYVEEVKKNHSI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQH
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CCDS92 ILSAPNPEGKIKEELEDLNKEIKKTANKIRAKLKAIEQSFDQDESGNRTSVDLRIRRTQH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 STLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTSEELEDMLESGNPAIFASG
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CCDS92 SVLSRKFVEAMAEYNEAQTLFRERSKGRIQRQLEITGRTTTDDELEEMLESGKPSIFTSD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 IIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHA
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CCDS92 IISDSQITRQALNEIESRHKDIMKLETSIRELHEMFMDMAMFVETQGEMINNIERNVMNA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280
pF1KB5 VDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICC----VILGIVIASTVGGIFA
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CCDS92 TDYVEHAKEETKKAIKYQSKARRKLMFIIICVIVLLVILGIILATTLS
240 250 260 270 280
>>CCDS9270.1 STX2 gene_id:2054|Hs108|chr12 (288 aa)
initn: 1286 init1: 1170 opt: 1188 Z-score: 981.7 bits: 189.6 E(32554): 2.3e-48
Smith-Waterman score: 1188; 65.5% identity (89.1% similar) in 284 aa overlap (1-284:1-283)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKDRTQELRTAKDSDDDDDVAVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSA
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CCDS92 MRDRLPDL-TACRKNDDGDTVVVVEKDHFMDDFFHQVEEIRNSIDKITQYVEEVKKNHSI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQH
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CCDS92 ILSAPNPEGKIKEELEDLNKEIKKTANKIRAKLKAIEQSFDQDESGNRTSVDLRIRRTQH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 STLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTSEELEDMLESGNPAIFASG
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CCDS92 SVLSRKFVEAMAEYNEAQTLFRERSKGRIQRQLEITGRTTTDDELEEMLESGKPSIFTSD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 IIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHA
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CCDS92 IISDSQITRQALNEIESRHKDIMKLETSIRELHEMFMDMAMFVETQGEMINNIERNVMNA
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280
pF1KB5 VDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVILGIVIASTVGGIFA
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CCDS92 TDYVEHAKEETKKAIKYQSKARRKKWIIIAVSVVLVAIIALIIGLSVGK
240 250 260 270 280
>>CCDS7975.1 STX3 gene_id:6809|Hs108|chr11 (289 aa)
initn: 832 init1: 417 opt: 1141 Z-score: 943.6 bits: 182.5 E(32554): 3.1e-46
Smith-Waterman score: 1141; 63.3% identity (85.7% similar) in 286 aa overlap (1-284:1-283)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKDRTQELRTAKDSDDDDD--VAVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKH
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CCDS79 MKDRLEQLKAKQLTQDDDTDAVEIAIDNTAFMDEFFSEIEETRLNIDKISEHVEEAKKLY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SAILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKT
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CCDS79 SIILSAPIPEPKTKDDLEQLTTEIKKRANNVRNKLKSMEKHIEEDE--VRSSADLRIRKS
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 QHSTLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTSEELEDMLESGNPAIFA
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CCDS79 QHSVLSRKFVEVMTKYNEAQVDFRERSKGRIQRQLEITGKKTTDEELEEMLESGNPAIFT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 SGIIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVE
:::: ::.:::::::::: ::..:..::.::.::::::::.:::::.::::.: :: ::
CCDS79 SGII-DSQISKQALSEIEGRHKDIVRLESSIKELHDMFMDIAMLVENQGEMLDNIELNVM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB5 HAVDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVILGIVIASTVGGIFA
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CCDS79 HTVDHVEKARDETKKAVKYQSQARKKLIIIIVLVVVLLGILALIIGLSVGLN
240 250 260 270 280
>>CCDS53637.1 STX3 gene_id:6809|Hs108|chr11 (277 aa)
initn: 774 init1: 398 opt: 1103 Z-score: 913.2 bits: 176.8 E(32554): 1.5e-44
Smith-Waterman score: 1103; 65.3% identity (86.9% similar) in 268 aa overlap (1-266:1-265)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKDRTQELRTAKDSDDDDD--VAVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKH
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CCDS53 MKDRLEQLKAKQLTQDDDTDAVEIAIDNTAFMDEFFSEIEETRLNIDKISEHVEEAKKLY
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SAILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKT
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CCDS53 SIILSAPIPEPKTKDDLEQLTTEIKKRANNVRNKLKSMEKHIEEDE--VRSSADLRIRKS
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 QHSTLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTSEELEDMLESGNPAIFA
:::.:::::::::..:: .: :.::: ::::::::::::. ::.::::.::::::::::.
CCDS53 QHSVLSRKFVEVMTKYNEAQVDFRERSKGRIQRQLEITGKKTTDEELEEMLESGNPAIFT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 SGIIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVE
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CCDS53 SGII-DSQISKQALSEIEGRHKDIVRLESSIKELHDMFMDIAMLVENQGEMLDNIELNVM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB5 HAVDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVILGIVIASTVGGIFA
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CCDS53 HTVDHVEKARDETKKAVKYQSQARKKLISLQTGVATLVFR
240 250 260 270
>>CCDS10700.1 STX4 gene_id:6810|Hs108|chr16 (297 aa)
initn: 769 init1: 507 opt: 785 Z-score: 655.6 bits: 129.3 E(32554): 3.4e-30
Smith-Waterman score: 785; 45.7% identity (76.8% similar) in 293 aa overlap (1-284:1-292)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKDRTQELRTAKDSDDDDD---VAVTVD--RDRFM---DEFFEQVEEIRGFIDKIAENVE
:.:::.::: . ::.:..: ::..: :. .:::..:. :: : :....:.
CCDS10 MRDRTHELRQGDDSSDEEDKERVALVVHPGTARLGSPDEEFFHKVRTIRQTIVKLGNKVQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EVKRKHSAILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSAD
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CCDS10 ELEKQQVTILATPLPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQKE-EADENYNSVN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LRIRKTQHSTLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTS-EELEDMLES
:.:::::..::..:::.... :. ::.:::. ::.:::.::. .: ::::.::.:
CCDS10 TRMRKTQHGVLSQQFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLDS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 GNPAIFASGIIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMID
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CCDS10 GQSEVFVSNILKDTQVTRQALNEISARHSEIQQLERSIRELHDIFTFLATEVEMQGEMIN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB5 RIEYNVEHAVDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIMIIICCVILGIVIASTVGGIFA
::: :. ..:::::. .: :.. :.:::.::..: :: : ...: .:
CCDS10 RIEKNILSSADYVERGQEHVKTALENQKKARKKKVLIAICVSITVVLLAVIIGVTVVG
240 250 260 270 280 290
>>CCDS61916.1 STX4 gene_id:6810|Hs108|chr16 (295 aa)
initn: 655 init1: 490 opt: 715 Z-score: 599.0 bits: 118.8 E(32554): 4.8e-27
Smith-Waterman score: 715; 46.4% identity (78.8% similar) in 250 aa overlap (36-284:42-290)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 QELRTAKDSDDDDDVAVTVDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSAILASP
::. :: : :....:.:..... .:::.:
CCDS61 SGSRWWCTRARHGWGARTRSSSTSPLGHPPQVRTIRQTIVKLGNKVQELEKQQVTILATP
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 NPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQHSTLSR
:.:. :.::..: ..::. . ..: .::.:: . ..: : .:.. :.:::::..::.
CCDS61 LPEESMKQELQNLRDEIKQLGREIRLQLKAIEPQ-KEEADENYNSVNTRMRKTQHGVLSQ
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 KFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTS-EELEDMLESGNPAIFASGIIMD
.:::.... :. ::.:::. ::.:::.::. .: ::::.::.::. .:.:.:. :
CCDS61 QFVELINKCNSMQSEYREKNVERIRRQLKITNAGMVSDEELEQMLDSGQSEVFVSNILKD
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHAVDYV
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