Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5462
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5462, 376 aa
1>>>pF1KB5462 376 - 376 aa - 376 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3863+/-0.00104; mu= 16.0001+/- 0.062
mean_var=61.5253+/-11.990, 0's: 0 Z-trim(102.6): 39 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.163511
statistics sampled from 6973 (7012) to 6973 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.588), E-opt: 0.2 (0.215), width: 16
Scan time: 2.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2033.1 ACTR1B gene_id:10120|Hs108|chr2 ( 376) 2486 595.3 2.9e-170
CCDS7536.1 ACTR1A gene_id:10121|Hs108|chr10 ( 376) 2344 561.8 3.5e-160
CCDS10041.1 ACTC1 gene_id:70|Hs108|chr15 ( 377) 1451 351.1 9.2e-97
CCDS11782.1 ACTG1 gene_id:71|Hs108|chr17 ( 375) 1448 350.4 1.5e-96
CCDS5341.1 ACTB gene_id:60|Hs108|chr7 ( 375) 1448 350.4 1.5e-96
CCDS1578.1 ACTA1 gene_id:58|Hs108|chr1 ( 377) 1446 350.0 2.1e-96
CCDS7392.1 ACTA2 gene_id:59|Hs108|chr10 ( 377) 1443 349.2 3.4e-96
CCDS1930.1 ACTG2 gene_id:72|Hs108|chr2 ( 376) 1440 348.5 5.5e-96
CCDS34163.1 ACTBL2 gene_id:345651|Hs108|chr5 ( 376) 1425 345.0 6.4e-95
CCDS46414.1 POTEE gene_id:445582|Hs108|chr2 (1075) 1366 331.3 2.5e-90
CCDS59431.1 POTEI gene_id:653269|Hs108|chr2 (1075) 1364 330.8 3.5e-90
CCDS46409.1 POTEF gene_id:728378|Hs108|chr2 (1075) 1357 329.1 1.1e-89
CCDS59432.1 POTEJ gene_id:653781|Hs108|chr2 (1038) 1344 326.1 8.9e-89
CCDS56124.1 ACTG2 gene_id:72|Hs108|chr2 ( 333) 1119 272.8 3.1e-73
CCDS3206.1 ACTRT3 gene_id:84517|Hs108|chr3 ( 372) 1069 261.0 1.2e-69
CCDS45.1 ACTRT2 gene_id:140625|Hs108|chr1 ( 377) 1046 255.6 5.3e-68
CCDS14611.1 ACTRT1 gene_id:139741|Hs108|chrX ( 376) 1014 248.0 9.8e-66
CCDS1881.1 ACTR2 gene_id:10097|Hs108|chr2 ( 394) 1012 247.6 1.4e-65
CCDS46307.1 ACTR2 gene_id:10097|Hs108|chr2 ( 399) 1001 245.0 8.7e-65
CCDS6771.1 ACTL7B gene_id:10880|Hs108|chr9 ( 415) 940 230.6 1.9e-60
CCDS6772.1 ACTL7A gene_id:10881|Hs108|chr9 ( 435) 930 228.3 1e-59
CCDS12207.1 ACTL9 gene_id:284382|Hs108|chr19 ( 416) 867 213.4 3e-55
CCDS183.1 ACTL8 gene_id:81569|Hs108|chr1 ( 366) 664 165.5 6.9e-41
CCDS33277.1 ACTR3 gene_id:10096|Hs108|chr2 ( 418) 497 126.1 5.6e-29
CCDS34782.1 ACTR3B gene_id:57180|Hs108|chr7 ( 348) 495 125.6 6.6e-29
CCDS5934.1 ACTR3B gene_id:57180|Hs108|chr7 ( 418) 495 125.6 7.7e-29
CCDS33463.1 ACTL10 gene_id:170487|Hs108|chr20 ( 245) 484 122.9 2.9e-28
CCDS63000.1 ACTR3 gene_id:10096|Hs108|chr2 ( 367) 477 121.4 1.3e-27
CCDS5702.1 ACTL6B gene_id:51412|Hs108|chr7 ( 426) 416 107.0 3.2e-23
CCDS43174.1 ACTL6A gene_id:86|Hs108|chr3 ( 387) 342 89.5 5.3e-18
CCDS3231.1 ACTL6A gene_id:86|Hs108|chr3 ( 429) 342 89.5 5.8e-18
CCDS9074.1 ACTR6 gene_id:64431|Hs108|chr12 ( 396) 311 82.2 8.6e-16
CCDS47744.1 ACTR3C gene_id:653857|Hs108|chr7 ( 210) 297 78.8 4.9e-15
CCDS13308.1 ACTR5 gene_id:79913|Hs108|chr20 ( 607) 271 72.9 8.7e-13
>>CCDS2033.1 ACTR1B gene_id:10120|Hs108|chr2 (376 aa)
initn: 2486 init1: 2486 opt: 2486 Z-score: 3170.2 bits: 595.3 E(32554): 2.9e-170
Smith-Waterman score: 2486; 100.0% identity (100.0% similar) in 376 aa overlap (1-376:1-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MESYDIIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHMRVMAGALEGDLFIGP
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CCDS20 MESYDIIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHMRVMAGALEGDLFIGP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KAEEHRGLLTIRYPMEHGVVRDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPSKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 KAEEHRGLLTIRYPMEHGVVRDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPSKN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 REKAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 REKAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 MRVDIAGRDVSRYLRLLLRKEGVDFHTSAEFEVVRTIKERACYLSINPQKDEALETEKVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 MRVDIAGRDVSRYLRLLLRKEGVDFHTSAEFEVVRTIKERACYLSINPQKDEALETEKVQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 YTLPDGSTLDVGPARFRAPELLFQPDLVGDESEGLHEVVAFAIHKSDMDLRRTLFANIVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 YTLPDGSTLDVGPARFRAPELLFQPDLVGDESEGLHEVVAFAIHKSDMDLRRTLFANIVL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDIKIKISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 SGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDIKIKISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSK
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB5 KEYEEDGSRAIHRKTF
::::::::::::::::
CCDS20 KEYEEDGSRAIHRKTF
370
>>CCDS7536.1 ACTR1A gene_id:10121|Hs108|chr10 (376 aa)
initn: 2344 init1: 2344 opt: 2344 Z-score: 2989.2 bits: 561.8 E(32554): 3.5e-160
Smith-Waterman score: 2344; 90.4% identity (98.9% similar) in 376 aa overlap (1-376:1-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MESYDIIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHMRVMAGALEGDLFIGP
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::
CCDS75 MESYDVIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KAEEHRGLLTIRYPMEHGVVRDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPSKN
:::::::::.::::::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS75 KAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 REKAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 MRVDIAGRDVSRYLRLLLRKEGVDFHTSAEFEVVRTIKERACYLSINPQKDEALETEKVQ
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CCDS75 MRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 YTLPDGSTLDVGPARFRAPELLFQPDLVGDESEGLHEVVAFAIHKSDMDLRRTLFANIVL
: ::::::...::.:::::::::.:::.:.::::.:::..:::.:::::::::::.::::
CCDS75 YYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFSNIVL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDIKIKISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSK
:::::::::::::::::::::::::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSK
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB5 KEYEEDGSRAIHRKTF
:::::::.:.::::::
CCDS75 KEYEEDGARSIHRKTF
370
>>CCDS10041.1 ACTC1 gene_id:70|Hs108|chr15 (377 aa)
initn: 1442 init1: 582 opt: 1451 Z-score: 1850.7 bits: 351.1 E(32554): 9.2e-97
Smith-Waterman score: 1451; 54.9% identity (82.2% similar) in 370 aa overlap (12-376:10-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MESYDIIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHMRVMAGALEGDLFIGP
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CCDS10 MCDDEETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KAEEHRGLLTIRYPMEHGVVRDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPSKN
.:. .::.::..::.:::.. .:.:::.::.... ..:.. ::::.:::::::::. :
CCDS10 EAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFY-NELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKAN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 REKAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
::: ....::::::::.....::::::::.:::::.:::::::::: ::::::.:.::.:
CCDS10 REKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB5 MRVDIAGRDVSRYLRLLLRKEGVDFHTSAEFEVVRTIKERACYLSINPQKDEALET----
::.:.::::.. :: .: ..: .: :.:: :.:: :::. ::.... ... : .
CCDS10 MRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 -EKVQYTLPDGSTLDVGPARFRAPELLFQPDLVGDESEGLHEVVAFAIHKSDMDLRRTLF
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CCDS10 LEK-SYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ANIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDIKIKISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKK
:: :::::.:.. :..::. .:. :::. .:::: :: :: ::.::::::::::.::..
CCDS10 ANNVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQ
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KB5 MWVSKKEYEEDGSRAIHRKTF
::.::.::.: : .::: :
CCDS10 MWISKQEYDEAGPSIVHRKCF
360 370
>>CCDS11782.1 ACTG1 gene_id:71|Hs108|chr17 (375 aa)
initn: 1442 init1: 581 opt: 1448 Z-score: 1846.9 bits: 350.4 E(32554): 1.5e-96
Smith-Waterman score: 1448; 54.9% identity (82.7% similar) in 370 aa overlap (12-376:8-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MESYDIIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHMRVMAGALEGDLFIGP
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CCDS11 MEEEIAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KAEEHRGLLTIRYPMEHGVVRDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPSKN
.:. .::.::..::.:::.: .:.:::.::.... ..:.. ::::::::::::::. :
CCDS11 EAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFY-NELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKAN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 REKAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
::: ....:::::.::.....::::::::.:::::.:.::::::::.::::::.:.::.:
CCDS11 REKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB5 MRVDIAGRDVSRYLRLLLRKEGVDFHTSAEFEVVRTIKERACYLSINPQKDEALET----
.:.:.::::.. :: .: ..: .: :.:: :.:: :::. ::.... ... : .
CCDS11 LRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 -EKVQYTLPDGSTLDVGPARFRAPELLFQPDLVGDESEGLHEVVAFAIHKSDMDLRRTLF
:: .: ::::... .: ::: :: ::::...: :: :.::.. .: : :.:.:. :.
CCDS11 LEK-SYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ANIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDIKIKISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKK
:: :::::.:.. :..::. .:. :::. .:::: :: :: ::.::::::::::.::..
CCDS11 ANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQ
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KB5 MWVSKKEYEEDGSRAIHRKTF
::.::.::.:.: .::: :
CCDS11 MWISKQEYDESGPSIVHRKCF
360 370
>>CCDS5341.1 ACTB gene_id:60|Hs108|chr7 (375 aa)
initn: 1432 init1: 581 opt: 1448 Z-score: 1846.9 bits: 350.4 E(32554): 1.5e-96
Smith-Waterman score: 1448; 54.4% identity (82.0% similar) in 377 aa overlap (5-376:4-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MESYDIIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHMRVMAGALEGDLFIGP
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CCDS53 MDDDIAA---LVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KAEEHRGLLTIRYPMEHGVVRDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPSKN
.:. .::.::..::.:::.: .:.:::.::.... ..:.. ::::::::::::::. :
CCDS53 EAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFY-NELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKAN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 REKAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
::: ....:::::.::.....::::::::.:::::.:.::::::::.::::::.:.::.:
CCDS53 REKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB5 MRVDIAGRDVSRYLRLLLRKEGVDFHTSAEFEVVRTIKERACYLSINPQKDEALET----
.:.:.::::.. :: .: ..: .: :.:: :.:: :::. ::.... ... : .
CCDS53 LRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 -EKVQYTLPDGSTLDVGPARFRAPELLFQPDLVGDESEGLHEVVAFAIHKSDMDLRRTLF
:: .: ::::... .: ::: :: ::::...: :: :.::.. .: : :.:.:. :.
CCDS53 LEK-SYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ANIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDIKIKISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKK
:: :::::.:.. :..::. .:. :::. .:::: :: :: ::.::::::::::.::..
CCDS53 ANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQ
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KB5 MWVSKKEYEEDGSRAIHRKTF
::.::.::.:.: .::: :
CCDS53 MWISKQEYDESGPSIVHRKCF
360 370
>>CCDS1578.1 ACTA1 gene_id:58|Hs108|chr1 (377 aa)
initn: 1437 init1: 582 opt: 1446 Z-score: 1844.3 bits: 350.0 E(32554): 2.1e-96
Smith-Waterman score: 1446; 54.3% identity (82.2% similar) in 370 aa overlap (12-376:10-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MESYDIIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHMRVMAGALEGDLFIGP
.: :::::..:::::::. :. ::. ::::.:. ::.: . : ..:
CCDS15 MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 KAEEHRGLLTIRYPMEHGVVRDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPSKN
.:. .::.::..::.:::.. .:.:::.::.... ..:.. ::::.:::::::::. :
CCDS15 EAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFY-NELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKAN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 REKAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
::: ....::::::::.....::::::::.:::::.:::::::::: ::::::.:.::.:
CCDS15 REKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB5 MRVDIAGRDVSRYLRLLLRKEGVDFHTSAEFEVVRTIKERACYLSINPQKDEALET----
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pF1KB5 -EKVQYTLPDGSTLDVGPARFRAPELLFQPDLVGDESEGLHEVVAFAIHKSDMDLRRTLF
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pF1KB5 MWVSKKEYEEDGSRAIHRKTF
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CCDS19 MWISKPEYDEAGPSIVHRKCF
360 370
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CCDS34 WISKQEYDEAGPPIVHRKCF
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]