Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5452
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5452, 422 aa
1>>>pF1KB5452 422 - 422 aa - 422 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3956+/-0.000865; mu= 16.3527+/- 0.052
mean_var=64.6129+/-12.934, 0's: 0 Z-trim(106.4): 21 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.159557
statistics sampled from 8969 (8987) to 8969 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.664), E-opt: 0.2 (0.276), width: 16
Scan time: 2.410
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1383.1 B3GALT2 gene_id:8707|Hs108|chr1 ( 422) 2925 682.2 2.6e-196
CCDS2227.1 B3GALT1 gene_id:8708|Hs108|chr2 ( 326) 1000 239.0 5.1e-63
CCDS13667.1 B3GALT5 gene_id:10317|Hs108|chr21 ( 310) 749 181.2 1.2e-45
CCDS74795.1 B3GALT5 gene_id:10317|Hs108|chr21 ( 314) 749 181.2 1.2e-45
CCDS3193.1 B3GALNT1 gene_id:8706|Hs108|chr3 ( 331) 649 158.2 1.1e-38
CCDS3244.1 B3GNT5 gene_id:84002|Hs108|chr3 ( 378) 607 148.6 9.8e-36
CCDS1870.1 B3GNT2 gene_id:10678|Hs108|chr2 ( 397) 580 142.4 7.6e-34
CCDS53681.1 B3GNT6 gene_id:192134|Hs108|chr11 ( 384) 574 141.0 1.9e-33
CCDS46540.1 B3GNT7 gene_id:93010|Hs108|chr2 ( 401) 564 138.7 9.9e-33
CCDS81751.1 B3GNT4 gene_id:79369|Hs108|chr12 ( 353) 502 124.4 1.8e-28
CCDS9227.1 B3GNT4 gene_id:79369|Hs108|chr12 ( 378) 502 124.4 1.9e-28
CCDS12582.1 B3GNT8 gene_id:374907|Hs108|chr19 ( 397) 482 119.8 4.7e-27
CCDS12364.1 B3GNT3 gene_id:10331|Hs108|chr19 ( 372) 473 117.7 1.9e-26
CCDS45509.1 B3GNT9 gene_id:84752|Hs108|chr16 ( 402) 400 100.9 2.3e-21
CCDS34425.1 B3GALT4 gene_id:8705|Hs108|chr6 ( 378) 312 80.7 2.7e-15
CCDS1606.1 B3GALNT2 gene_id:148789|Hs108|chr1 ( 500) 267 70.4 4.6e-12
CCDS13.1 B3GALT6 gene_id:126792|Hs108|chr1 ( 329) 251 66.6 4.1e-11
>>CCDS1383.1 B3GALT2 gene_id:8707|Hs108|chr1 (422 aa)
initn: 2925 init1: 2925 opt: 2925 Z-score: 3638.0 bits: 682.2 E(32554): 2.6e-196
Smith-Waterman score: 2925; 100.0% identity (100.0% similar) in 422 aa overlap (1-422:1-422)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MLQWRRRHCCFAKMTWNAKRSLFRTHLIGVLSLVFLFAMFLFFNHHDWLPGRAGFKENPV
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CCDS13 MLQWRRRHCCFAKMTWNAKRSLFRTHLIGVLSLVFLFAMFLFFNHHDWLPGRAGFKENPV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 TYTFRGFRSTKSETNHSSLRNIWKETVPQTLRPQTATNSNNTDLSPQGVTGLENTLSANG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TYTFRGFRSTKSETNHSSLRNIWKETVPQTLRPQTATNSNNTDLSPQGVTGLENTLSANG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SIYNEKGTGHPNSYHFKYIINEPEKCQEKSPFLILLIAAEPGQIEARRAIRQTWGNESLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SIYNEKGTGHPNSYHFKYIINEPEKCQEKSPFLILLIAAEPGQIEARRAIRQTWGNESLA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 PGIQITRIFLLGLSIKLNGYLQRAILEESRQYHDIIQQEYLDTYYNLTIKTLMGMNWVAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PGIQITRIFLLGLSIKLNGYLQRAILEESRQYHDIIQQEYLDTYYNLTIKTLMGMNWVAT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 YCPHIPYVMKTDSDMFVNTEYLINKLLKPDLPPRHNYFTGYLMRGYAPNRNKDSKWYMPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YCPHIPYVMKTDSDMFVNTEYLINKLLKPDLPPRHNYFTGYLMRGYAPNRNKDSKWYMPP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DLYPSERYPVFCSGTGYVFSGDLAEKIFKVSLGIRRLHLEDVYVGICLAKLRIDPVPPPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DLYPSERYPVFCSGTGYVFSGDLAEKIFKVSLGIRRLHLEDVYVGICLAKLRIDPVPPPN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 EFVFNHWRVSYSSCKYSHLITSHQFQPSELIKYWNHLQQNKHNACANAAKEKAGRYRHRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EFVFNHWRVSYSSCKYSHLITSHQFQPSELIKYWNHLQQNKHNACANAAKEKAGRYRHRK
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LH
::
CCDS13 LH
>>CCDS2227.1 B3GALT1 gene_id:8708|Hs108|chr2 (326 aa)
initn: 858 init1: 342 opt: 1000 Z-score: 1244.9 bits: 239.0 E(32554): 5.1e-63
Smith-Waterman score: 1000; 52.2% identity (77.4% similar) in 274 aa overlap (132-405:59-326)
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 TDLSPQGVTGLENTLSANGSIYNEKGTGHPNSYHFKYIINEPEKCQEKSPFLILLIAAEP
: . :...::::.::... :::..::..
CCDS22 TSSYTGSKPFSHLTVARKNFTFGNIRTRPINPHSFEFLINEPNKCEKNIPFLVILISTTH
30 40 50 60 70 80
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 GQIEARRAIRQTWGNESLAPGIQITRIFLLGLSIKLNGYLQRAILEESRQYHDIIQQEYL
...::.:::.:::.:. ::.:. .:::: . . :.. . .::. .:::: ....
CCDS22 KEFDARQAIRETWGDENNFKGIKIATLFLLGKNA--DPVLNQMVEQESQIFHDIIVEDFI
90 100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 DTYYNLTIKTLMGMNWVATYCPHIPYVMKTDSDMFVNTEYLINKLLKPDLPPRHNYFTGY
:.:.:::.:::::: ::::.: . ::::::::.::: . :: :::::. ::. :::::
CCDS22 DSYHNLTLKTLMGMRWVATFCSKAKYVMKTDSDIFVNMDNLIYKLLKPSTKPRRRYFTGY
150 160 170 180 190 200
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 LMRGYAPNRNKDSKWYMPPDLYPSERYPVFCSGTGYVFSGDLAEKIFKVSLGIRRLHLED
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CCDS22 VING-GPIRDVRSKWYMPRDLYPDSNYPPFCSGTGYIFSADVAELIYKTSLHTRLLHLED
210 220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 VYVGICLAKLRIDPVPPPNEFVFNHWRVSYSSCKYSHLITSHQFQPSELIKYWNHLQQNK
::::.:: :: : : . ::::...:: :.: ..:: ::..: :. . :: ....:
CCDS22 VYVGLCLRKLGIHPFQNSG---FNHWKMAYSLCRYRRVITVHQISPEEMHRIWNDMSSKK
270 280 290 300 310 320
410 420
pF1KB5 HNACANAAKEKAGRYRHRKLH
: :
CCDS22 HLRC
>>CCDS13667.1 B3GALT5 gene_id:10317|Hs108|chr21 (310 aa)
initn: 753 init1: 344 opt: 749 Z-score: 933.0 bits: 181.2 E(32554): 1.2e-45
Smith-Waterman score: 749; 41.5% identity (70.8% similar) in 260 aa overlap (146-405:52-307)
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LSANGSIYNEKGTGHPNSYHFKYIINEPEKCQEKSPFLILLIAAEPGQIEARRAIRQTWG
:.. :::.::... :. : :::::::
CCDS13 YFSMYSLNPFKEQSFVYKKDGNFLKLPDTDCRQTPPFLVLLVTSSHKQLAERMAIRQTWG
30 40 50 60 70 80
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 NESLAPGIQITRIFLLGLSIKLNGYLQRAILEESRQYHDIIQQEYLDTYYNLTIKTLMGM
.: .. : :. .:::: . .. . . .::... ::::...::.:::::.::.::.
CCDS13 KERMVKGKQLKTFFLLGTTS--SAAETKEVDQESQRHGDIIQKDFLDVYYNLTLKTMMGI
90 100 110 120 130
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 NWVATYCPHIPYVMKTDSDMFVNTEYLINKLLKPDLPPRHNYFTGYLMRGYAPNRNKDSK
.:: .::. .:::::::::.:..:: . ::: . : .:::.: . : :. ::
CCDS13 EWVHRFCPQAAFVMKTDSDMFINVDYLTELLLKKNRTTR--FFTGFLKLNEFPIRQPFSK
140 150 160 170 180 190
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 WYMPPDLYPSERYPVFCSGTGYVFSGDLAEKIFKVSLGIRRLHLEDVYVGICLAKLRIDP
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CCDS13 WFVSKSEYPWDRYPPFCSGTGYVFSGDVASQVYNVSKSVPYIKLEDVFVGLCLERLNIRL
200 210 220 230 240 250
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VPPPNEFVFNHWRVSYSSCKYSHLITSHQFQPSELIKYWNHLQQNKHNACANAAKEKAGR
.. .: . .: : . .... : ..: :. ::. :.... . :
CCDS13 EELHSQPTFFPGGLRFSVCLFRRIVACHFIKPRTLLDYWQALENSRGEDCPPV
260 270 280 290 300 310
420
pF1KB5 YRHRKLH
>>CCDS74795.1 B3GALT5 gene_id:10317|Hs108|chr21 (314 aa)
initn: 733 init1: 344 opt: 749 Z-score: 932.9 bits: 181.2 E(32554): 1.2e-45
Smith-Waterman score: 749; 41.5% identity (70.8% similar) in 260 aa overlap (146-405:56-311)
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LSANGSIYNEKGTGHPNSYHFKYIINEPEKCQEKSPFLILLIAAEPGQIEARRAIRQTWG
:.. :::.::... :. : :::::::
CCDS74 YFSMYSLNPFKEQSFVYKKDGNFLKLPDTDCRQTPPFLVLLVTSSHKQLAERMAIRQTWG
30 40 50 60 70 80
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 NESLAPGIQITRIFLLGLSIKLNGYLQRAILEESRQYHDIIQQEYLDTYYNLTIKTLMGM
.: .. : :. .:::: . .. . . .::... ::::...::.:::::.::.::.
CCDS74 KERMVKGKQLKTFFLLGTTS--SAAETKEVDQESQRHGDIIQKDFLDVYYNLTLKTMMGI
90 100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 NWVATYCPHIPYVMKTDSDMFVNTEYLINKLLKPDLPPRHNYFTGYLMRGYAPNRNKDSK
.:: .::. .:::::::::.:..:: . ::: . : .:::.: . : :. ::
CCDS74 EWVHRFCPQAAFVMKTDSDMFINVDYLTELLLKKNRTTR--FFTGFLKLNEFPIRQPFSK
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 WYMPPDLYPSERYPVFCSGTGYVFSGDLAEKIFKVSLGIRRLHLEDVYVGICLAKLRIDP
:.. . :: .::: ::::::::::::.: ....:: .. ..::::.::.:: .: :
CCDS74 WFVSKSEYPWDRYPPFCSGTGYVFSGDVASQVYNVSKSVPYIKLEDVFVGLCLERLNIRL
210 220 230 240 250 260
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VPPPNEFVFNHWRVSYSSCKYSHLITSHQFQPSELIKYWNHLQQNKHNACANAAKEKAGR
.. .: . .: : . .... : ..: :. ::. :.... . :
CCDS74 EELHSQPTFFPGGLRFSVCLFRRIVACHFIKPRTLLDYWQALENSRGEDCPPV
270 280 290 300 310
420
pF1KB5 YRHRKLH
>>CCDS3193.1 B3GALNT1 gene_id:8706|Hs108|chr3 (331 aa)
initn: 406 init1: 231 opt: 649 Z-score: 808.1 bits: 158.2 E(32554): 1.1e-38
Smith-Waterman score: 649; 36.7% identity (71.2% similar) in 267 aa overlap (136-400:63-326)
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 PQGVTGLENTLSANGSIYNEKGTGHPNSYHFKYIINEPEKCQEKSPFLILLIAAEPGQIE
:.. . : .:....:::..:....:....
CCDS31 MWYLSLPHYNVIERVNWMYFYEYEPIYRQDFHFTLREHSNCSHQNPFLVILVTSHPSDVK
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 ARRAIRQTWGNESLAPGIQITRIFLLGLSI-KLNGYLQRAILEESRQYHDIIQQEYLDTY
::.::: :::... : .. .:::: : . .: .. .: : :::.:..::::
CCDS31 ARQAIRVTWGEKKSWWGYEVLTFFLLGQEAEKEDKMLALSLEDEHLLYGDIIRQDFLDTY
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 YNLTIKTLMGMNWVATYCPHIPYVMKTDSDMFVNTEYLINKLLKPDLPPRHNYFTGY-LM
:::.::.:.. ::. .::. ::::::.:.:.:: :.. :: .: ...:::: :.
CCDS31 NNLTLKTIMAFRWVTEFCPNAKYVMKTDTDVFINTGNLVKYLL--NLNHSEKFFTGYPLI
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 RGYAPNRNKDSKWYMPPDLYPSERYPVFCSGTGYVFSGDLAEKIFKVSLGIRRLHLEDVY
.:. :. .: .. . :: . .: .::: ::..: ::. .:... .. ...::::
CCDS31 DNYS-YRGFYQKTHISYQEYPFKVFPPYCSGLGYIMSRDLVPRIYEMMGHVKPIKFEDVY
220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 VGICLAKLRIDPVPPPNEFVFNHWRVSYSSCKYSHLITSHQFQPSELIKYWNHLQQNKHN
::::: :... : . .: .:. . :. ..:..: :. .:.: .:. . .:
CCDS31 VGICLNLLKVNIHIPEDTNLFFLYRIHLDVCQLRRVIAAHGFSSKEIITFWQVMLRNTTC
270 280 290 300 310 320
410 420
pF1KB5 ACANAAKEKAGRYRHRKLH
CCDS31 HY
330
>>CCDS3244.1 B3GNT5 gene_id:84002|Hs108|chr3 (378 aa)
initn: 489 init1: 379 opt: 607 Z-score: 755.0 bits: 148.6 E(32554): 9.8e-36
Smith-Waterman score: 607; 35.1% identity (66.8% similar) in 271 aa overlap (136-401:73-340)
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 PQGVTGLENTLSANGSIYNEKGTGHPNSYHFKYIINEPEKCQEKSPFLILLIAAEPGQIE
..:.::. :::: .. .:.:.. . : . .
CCDS32 MKSYSYRYLINSYDFVNDTLSLKHTSAGPRYQYLINHKEKCQAQDVLLLLFVKTAPENYD
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 ARRAIRQTWGNESLAPG---IQITRIFLLGLSIKLNGY-LQRAILEESRQYHDIIQQEYL
: .::.:::::. . . .: .: :: :.: ::: . :...:.:::::...
CCDS32 RRSGIRRTWGNENYVRSQLNANIKTLFALGTPNPLEGEELQRKLAWEDQRYNDIIQQDFV
110 120 130 140 150 160
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 DTYYNLTIKTLMGMNWVATYCPHIPYVMKTDSDMFVNTEYLINKLLKPDLPPRHNYFTGY
:..::::.: :: ..:. ::::: ..: .:.:.:.. ::. : . . .... :
CCDS32 DSFYNLTLKLLMQFSWANTYCPHAKFLMTADDDIFIHMPNLIEYLQSLEQIGVQDFWIGR
170 180 190 200 210 220
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 LMRGYAPNRNKDSKWYMPPDLYPSERYPVFCSGTGYVFSGDLAEKIFKVSLGIRR-LHLE
. :: : :.:.::.:. ..: :: . .:..::.:::.: :....: . :...
CCDS32 VHRGAPPIRDKSSKYYVSYEMYQWPAYPDYTAGAAYVISGDVAAKVYEASQTLNSSLYID
230 240 250 260 270 280
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 DVYVGICLAKLRIDPVPPPNEFVFNHWRVSYSSCKYSHLITSHQFQPSELIKYWNHLQQN
::..:.: :. : :: . : .. .. : : : ...::: .: :.. .
CCDS32 DVFMGLCANKIGI--VPQDHVFFSGEGKTPYHPCIYEKMMTSHGHLE-DLQDLWKNATDP
290 300 310 320 330
410 420
pF1KB5 KHNACANAAKEKAGRYRHRKLH
:
CCDS32 KVKTISKGFFGQIYCRLMKIILLCKISYVDTYPCRAAFI
340 350 360 370
>>CCDS1870.1 B3GNT2 gene_id:10678|Hs108|chr2 (397 aa)
initn: 366 init1: 250 opt: 580 Z-score: 721.1 bits: 142.4 E(32554): 7.6e-34
Smith-Waterman score: 580; 32.8% identity (68.2% similar) in 274 aa overlap (135-405:127-397)
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 SPQGVTGLENTLSANGSIYNEKGTGHPNSYHFKYIINEPEKCQEKSPFLILLIAAEPGQI
... .:..:.:: .: :::.: : . ..
CCDS18 EPDLRVTSVVTGFNNLPDRFKDFLLYLRCRNYSLLIDQPDKCAKK-PFLLLAIKSLTPHF
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 EARRAIRQTWGNESLAPGIQITRIFLLGLSIKLNGY--LQRAILEESRQYHDIIQQEYLD
:.:::..::.:: : . ..:.:::: . ... :. . ::....::.. .: :
CCDS18 ARRQAIRESWGQESNAGNQTVVRVFLLGQTPPEDNHPDLSDMLKFESEKHQDILMWNYRD
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 TYYNLTIKTLMGMNWVATYCPHIPYVMKTDSDMFVNTEYLINKLLKPDLPPRHNYFTGYL
:..::..: .. . ::.: :: .:.: :.:.::::....: : . . .. : : .
CCDS18 TFFNLSLKEVLFLRWVSTSCPDTEFVFKGDDDVFVNTHHILNYLNSLSKTKAKDLFIGDV
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 MRGYAPNRNKDSKWYMPPDLYPSERYPVFCSGTGYVFSGDLAEKIFKVSLGIRRLHLEDV
... .:.:.: :.:.: .: : :: . .: :...:: :: ...... .. ..::
CCDS18 IHNAGPHRDKKLKYYIPEVVY-SGLYPPYAGGGGFLYSGHLALRLYHITDQVHLYPIDDV
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 YVGICLAKLRIDPVPPPNEFVFN-HWRVSYSSCKYSHLITSHQFQPSELIKYWNHLQQNK
:.:.:: :: . : . .:. . . . . :.: :. :. .:.:.: :..:: .
CCDS18 YTGMCLQKLGLVPEKHKGFRTFDIEEKNKNNICSYVDLMLVHSRKPQEMIDIWSQLQ-SA
340 350 360 370 380 390
410 420
pF1KB5 HNACANAAKEKAGRYRHRKLH
: :
CCDS18 HLKC
>>CCDS53681.1 B3GNT6 gene_id:192134|Hs108|chr11 (384 aa)
initn: 460 init1: 234 opt: 574 Z-score: 713.8 bits: 141.0 E(32554): 1.9e-33
Smith-Waterman score: 589; 30.3% identity (59.7% similar) in 340 aa overlap (80-398:35-371)
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