Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5396
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5396, 633 aa
1>>>pF1KB5396 633 - 633 aa - 633 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8753+/-0.00113; mu= 12.7407+/- 0.069
mean_var=367.2428+/-76.212, 0's: 0 Z-trim(113.7): 68 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.066926
statistics sampled from 14213 (14267) to 14213 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.738), E-opt: 0.2 (0.438), width: 16
Scan time: 4.120
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS232.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 633) 4363 435.8 8.6e-122
CCDS44085.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 636) 4347 434.2 2.5e-121
CCDS60020.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 535) 3706 372.2 9.9e-103
CCDS5005.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 ( 623) 3551 357.4 3.4e-98
CCDS72727.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 595) 3295 332.6 9.2e-91
CCDS72726.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 494) 3293 332.3 9.6e-91
CCDS55041.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 ( 562) 3085 312.3 1.1e-84
CCDS75491.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 ( 464) 2634 268.6 1.3e-71
CCDS3460.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 ( 524) 1178 128.1 2.9e-29
CCDS43223.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 ( 593) 1178 128.2 3.1e-29
CCDS64086.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 ( 470) 1156 125.9 1.2e-28
CCDS64085.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 ( 485) 1156 125.9 1.2e-28
CCDS3790.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 ( 533) 1156 126.0 1.3e-28
CCDS7241.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 586) 1116 122.2 2e-27
CCDS7242.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 594) 1116 122.2 2e-27
CCDS7243.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 594) 1063 117.1 6.9e-26
CCDS73133.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 602) 1063 117.1 7e-26
>>CCDS232.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 (633 aa)
initn: 4363 init1: 4363 opt: 4363 Z-score: 2300.0 bits: 435.8 E(32554): 8.6e-122
Smith-Waterman score: 4363; 100.0% identity (100.0% similar) in 633 aa overlap (1-633:1-633)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MANQVNGNAVQLKEEEEPMDTSSVTHTEHYKTLIEAGLPQKVAERLDEIFQTGLVAYVDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 MANQVNGNAVQLKEEEEPMDTSSVTHTEHYKTLIEAGLPQKVAERLDEIFQTGLVAYVDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DERAIDALREFNEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQESTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 DERAIDALREFNEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQESTK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 GPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 LVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 ISVANNRLFVGSIPKNKTKENILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 ISVANNRLFVGSIPKNKTKENILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SAAQARRRLMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 SAAQARRRLMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 FSEFGKLERVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 FSEFGKLERVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 AARQASRSTAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYDYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 AARQASRSTAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYDYH
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 DYRGGYEDPYYGYDDGYAVRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 DYRGGYEDPYYGYDDGYAVRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 GSRGGRGGPAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 GSRGGRGGPAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIA
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KB5 QQPLQQGGDYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 QQPLQQGGDYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
610 620 630
>>CCDS44085.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 (636 aa)
initn: 2597 init1: 2597 opt: 4347 Z-score: 2291.6 bits: 434.2 E(32554): 2.5e-121
Smith-Waterman score: 4347; 99.5% identity (99.5% similar) in 636 aa overlap (1-633:1-636)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MANQVNGNAVQLKEEEEPMDTSSVTHTEHYKTLIEAGLPQKVAERLDEIFQTGLVAYVDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MANQVNGNAVQLKEEEEPMDTSSVTHTEHYKTLIEAGLPQKVAERLDEIFQTGLVAYVDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DERAIDALREFNEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQESTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DERAIDALREFNEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQESTK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KB5 ISVANNRLFVGSIPKNKTKENILEEFSKVT---EGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYE
:::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ISVANNRLFVGSIPKNKTKENILEEFSKVTGLTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 DHKSAAQARRRLMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DHKSAAQARRRLMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEIL
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 EKSFSEFGKLERVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 EKSFSEFGKLERVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRK
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 ERQAARQASRSTAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ERQAARQASRSTAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGY
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 DYHDYRGGYEDPYYGYDDGYAVRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DYHDYRGGYEDPYYGYDDGYAVRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLG
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 PPRGSRGGRGGPAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PPRGSRGGRGGPAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQ
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630
pF1KB5 PIAQQPLQQGGDYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PIAQQPLQQGGDYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
610 620 630
>>CCDS60020.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 (535 aa)
initn: 2597 init1: 2597 opt: 3706 Z-score: 1957.8 bits: 372.2 E(32554): 9.9e-103
Smith-Waterman score: 3706; 99.4% identity (99.4% similar) in 535 aa overlap (102-633:1-535)
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 NEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQESTKGPDEAKIKALL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 MKTYRQREKQGSKVQESTKGPDEAKIKALL
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 ERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDELVPLFEKAGPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 ERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDELVPLFEKAGPI
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 WDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVCISVANNRLFVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 WDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVCISVANNRLFVG
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300
pF1KB5 SIPKNKTKENILEEFSKVT---EGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKSAAQARRR
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 SIPKNKTKENILEEFSKVTGLTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKSAAQARRR
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKSFSEFGKLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKSFSEFGKLE
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 RVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQAARQASRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 RVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQAARQASRS
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 TAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYDYHDYRGGYED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 TAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYDYHDYRGGYED
340 350 360 370 380 390
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 PYYGYDDGYAVRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPRGSRGGRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 PYYGYDDGYAVRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPRGSRGGRGG
400 410 420 430 440 450
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 PAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIAQQPLQQGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 PAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIAQQPLQQGG
460 470 480 490 500 510
610 620 630
pF1KB5 DYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
:::::::::::::::::::::::::
CCDS60 DYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
520 530
>>CCDS5005.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 (623 aa)
initn: 2899 init1: 2505 opt: 3551 Z-score: 1876.3 bits: 357.4 E(32554): 3.4e-98
Smith-Waterman score: 3551; 82.1% identity (93.6% similar) in 636 aa overlap (1-633:1-623)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MANQ-VNGNAVQLKEEEEPMDTSS-VTHTEHYKTLIEAGLPQKVAERLDEIFQTGLVAYV
::.. ::::.. ::::::.: : :.:...::..:::::::::.::::. .::::.
CCDS50 MATEHVNGNGT-----EEPMDTTSAVIHSENFQTLLDAGLPQKVAEKLDEIYVAGLVAHS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 DLDERAIDALREFNEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQES
:::::::.::.::::.:::.::::::.:::::::::::::::::::::::::::.:: .:
CCDS50 DLDERAIEALKEFNEDGALAVLQQFKDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 TKGPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYE
.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::..:::.:::::::::.:
CCDS50 SKGPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 DELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLG
:::::::::::::::::::::::.: ::::::.::: :::::::::: ...::: :::.:
CCDS50 DELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLTGLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 VCISVANNRLFVGSIPKNKTKENILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYED
:::::::::::::::::.::::.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS50 VCISVANNRLFVGSIPKSKTKEQILEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYED
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 HKSAAQARRRLMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILE
::.::::::::::::::::::: :::::::.:.::::::::::::::::::.::::::::
CCDS50 HKTAAQARRRLMSGKVKVWGNVGTVEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 KSFSEFGKLERVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKE
:.::.:::::::::::::::.::..: .:::::.:::::..:::.::::.:::::.::::
CCDS50 KAFSQFGKLERVKKLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKE
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 RQAARQASRSTAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYD
:.: :::... :.::::. ::.:::: ::::::: :::::::::::::::::: :::::
CCDS50 RKAQRQAAKNQMYDDYYYYGPPHMPPPTRGRGRGG-RGGYGYPPDYYGYEDYYD-YYGYD
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 YHDYRGGYEDPYYGYDDGYAVRGRG-GGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLG
::.::::::::::::.: . : .:: ::::.::: : ::::: ::::::::::::.: :
CCDS50 YHNYRGGYEDPYYGYED-FQVGARGRGGRGARGAAPS-RGRGAAPPRGRAGYSQRGGP-G
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 PPRGSRGGRGGPAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQ
:: ::.::: :::::::: ::.::.::::::::::::::::::::::::::: :::::
CCDS50 SARGVRGARGG-AQQQRGRGVRGARGGRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQ-NWGSQ
540 550 560 570 580
600 610 620 630
pF1KB5 PIAQQPLQQGGDYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
:::::::: :::.::::::...::::::::.:::::
CCDS50 PIAQQPLQ-GGDHSGNYGYKSENQEFYQDTFGQQWK
590 600 610 620
>>CCDS72727.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 (595 aa)
initn: 3293 init1: 3293 opt: 3295 Z-score: 1742.9 bits: 332.6 E(32554): 9.2e-91
Smith-Waterman score: 4020; 94.0% identity (94.0% similar) in 633 aa overlap (1-633:1-595)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MANQVNGNAVQLKEEEEPMDTSSVTHTEHYKTLIEAGLPQKVAERLDEIFQTGLVAYVDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MANQVNGNAVQLKEEEEPMDTSSVTHTEHYKTLIEAGLPQKVAERLDEIFQTGLVAYVDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DERAIDALREFNEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQESTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 DERAIDALREFNEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQESTK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 GPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDE
:::::::: ::::::::::::::
CCDS72 GPDEAKIK--------------------------------------VFVGKIPRDLYEDE
130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVC
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 ISVANNRLFVGSIPKNKTKENILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 ISVANNRLFVGSIPKNKTKENILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHK
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 SAAQARRRLMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 SAAQARRRLMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKS
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 FSEFGKLERVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 FSEFGKLERVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQ
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 AARQASRSTAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYDYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 AARQASRSTAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYDYH
390 400 410 420 430 440
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pF1KB5 DYRGGYEDPYYGYDDGYAVRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 DYRGGYEDPYYGYDDGYAVRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPR
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 GSRGGRGGPAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GSRGGRGGPAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIA
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610 620 630
pF1KB5 QQPLQQGGDYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 QQPLQQGGDYSGNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
570 580 590
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80 90 100 110 120 130
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:::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MKTYRQREKQGSKVQESTKGPDEAKIK---
10 20
140 150 160 170 180 190
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:::::::::::::::::::::::::
CCDS72 -----------------------------------VFVGKIPRDLYEDELVPLFEKAGPI
30 40 50
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 WDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVCISVANNRLFVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 WDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVCISVANNRLFVG
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260 270 280 290 300 310
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 SIPKNKTKENILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKSAAQARRRLMS
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320 330 340 350 360 370
pF1KB5 GKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKSFSEFGKLERVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKSFSEFGKLERVK
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pF1KB5 KLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQAARQASRSTAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 KLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQAARQASRSTAY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 EDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYDYHDYRGGYEDPYY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GYDDGYAVRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPRGSRGGRGGPAQ
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pF1KB5 QQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIAQQPLQQGGDYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 QQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIAQQPLQQGGDYS
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620 630
pF1KB5 GNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
::::::::::::::::::::::
CCDS72 GNYGYNNDNQEFYQDTYGQQWK
480 490
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10 20 30 40 50
pF1KB5 MANQ-VNGNAVQLKEEEEPMDTSS-VTHTEHYKTLIEAGLPQKVAERLDEIFQTGLVAYV
::.. ::::.. ::::::.: : :.:...::..:::::::::.::::. .::::.
CCDS55 MATEHVNGNGT-----EEPMDTTSAVIHSENFQTLLDAGLPQKVAEKLDEIYVAGLVAHS
10 20 30 40 50
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pF1KB5 DLDERAIDALREFNEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQES
:::::::.::.::::.:::.::::::.:::::::::::::::::::::::::::.:: .:
CCDS55 DLDERAIEALKEFNEDGALAVLQQFKDSDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGTKVADS
60 70 80 90 100 110
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pF1KB5 TKGPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYE
.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::..:::.:::::::::.:
CCDS55 SKGPDEAKIKALLERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFE
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pF1KB5 DELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLG
:::::::::::::::::::::::.: ::::::.::: :::::::::: ...::: :::.:
CCDS55 DELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPLTGLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 VCISVANNRLFVGSIPKNKTKENILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYED
:::::::::::::::::.::::.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VCISVANNRLFVGSIPKSKTKEQILEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYED
240 250 260 270 280 290
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pF1KB5 HKSAAQARRRLMSGKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILE
::.::::::::::::::::::: :::::::.:.::::::::::::::::::.::::::::
CCDS55 HKTAAQARRRLMSGKVKVWGNVGTVEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILE
300 310 320 330 340 350
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pF1KB5 KSFSEFGKLERVKKLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKE
:.::.:::::::::::::::.::..: .:::::.:::::..:::.::::.:::::.::::
CCDS55 KAFSQFGKLERVKKLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKE
360 370 380 390 400 410
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pF1KB5 RQAARQASRSTAYEDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYD
:.: :::... :.::::. ::.:::: ::::::: :::::::::::::::::: :::::
CCDS55 RKAQRQAAKNQMYDDYYYYGPPHMPPPTRGRGRGG-RGGYGYPPDYYGYEDYYD-YYGYD
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 YHDYRGGYEDPYYGYDDGYAVRGRG-GGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLG
::.::::::::::::.: . : .:: ::::.::: : ::::: ::::::::::::.: :
CCDS55 YHNYRGGYEDPYYGYED-FQVGARGRGGRGARGAAPS-RGRGAAPPRGRAGYSQRGGP-G
480 490 500 510 520 530
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pF1KB5 PPRGSRGGRGGPAQQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQ
:: ::.::: ::::::::. ..: ..:
CCDS55 SARGVRGARGG-AQQQRGRGQ--GKGVEAGPDLLQ
540 550 560
>>CCDS75491.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 (464 aa)
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80 90 100 110 120 130
pF1KB5 NEEGALSVLQQFKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQESTKGPDEAKIKALL
:::::::::::.:: .:.::::::::::::
CCDS75 MKTYRQREKQGTKVADSSKGPDEAKIKALL
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 ERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDELVPLFEKAGPI
::::::::::::::::::::::::::: ::..:::.:::::::::.::::::::::::::
CCDS75 ERTGYTLDVTTGQRKYGGPPPDSVYSGQQPSVGTEIFVGKIPRDLFEDELVPLFEKAGPI
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 WDLRLMMDPLSGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVCISVANNRLFVG
::::::::::.: ::::::.::: :::::::::: ...::: :::.::::::::::::::
CCDS75 WDLRLMMDPLTGLNRGYAFVTFCTKEAAQEAVKLYNNHEIRSGKHIGVCISVANNRLFVG
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pF1KB5 SIPKNKTKENILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKSAAQARRRLMS
::::.::::.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS75 SIPKSKTKEQILEEFSKVTEGLTDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKTAAQARRRLMS
160 170 180 190 200 210
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pF1KB5 GKVKVWGNVVTVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKSFSEFGKLERVK
::::::::: :::::::.:.::::::::::::::::::.:::::::::.::.::::::::
CCDS75 GKVKVWGNVGTVEWADPIEDPDPEVMAKVKVLFVRNLANTVTEEILEKAFSQFGKLERVK
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 KLKDYAFVHFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQAARQASRSTAY
:::::::.::..: .:::::.:::::..:::.::::.:::::.:::::.: :::... :
CCDS75 KLKDYAFIHFDERDGAVKAMEEMNGKDLEGENIEIVFAKPPDQKRKERKAQRQAAKNQMY
280 290 300 310 320 330
440 450 460 470 480 490
pF1KB5 EDYYYHPPPRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDYYGYEDYYDDYYGYDYHDYRGGYEDPYY
.::::. ::.:::: ::::::: :::::::::::::::::: :::::::.::::::::::
CCDS75 DDYYYYGPPHMPPPTRGRGRGG-RGGYGYPPDYYGYEDYYD-YYGYDYHNYRGGYEDPYY
340 350 360 370 380
500 510 520 530 540 550
pF1KB5 GYDDGYAVRGRG-GGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPRGSRGGRGGPA
::.: . : .:: ::::.::: : ::::: ::::::::::::.: : :: ::.::: :
CCDS75 GYED-FQVGARGRGGRGARGAAPS-RGRGAAPPRGRAGYSQRGGP-GSARGVRGARGG-A
390 400 410 420 430 440
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pF1KB5 QQQRGRGSRGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIAQQPLQQGGDY
:::::::. ..: ..:
CCDS75 QQQRGRGQ--GKGVEAGPDLLQ
450 460
>>CCDS3460.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 (524 aa)
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pF1KB5 FKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQESTKG-PDEAKIKALLERTGYTLDVT
.:: :.. : :.:: . ::.:::::..
CCDS34 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQE
10 20 30 40
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 TGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPL
.:::::::::: . : .: : ::::::::::.:::::::.:: .: :..:::::: .
CCDS34 NGQRKYGGPPPG--WEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMD-F
50 60 70 80 90 100
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 SGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVCISVANNRLFVGSIPKNKTKEN
.:.::::::. .: :. :..::. ..::::::. :::: :: : :::.:.::: : .:.
CCDS34 DGKNRGYAFVMYCHKHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREE
110 120 130 140 150 160
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pF1KB5 ILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKSAAQARRRLMSGKVKVWGNVV
::::..:::::..:::.: . :: ::::: :.:::.:..::.:::.:: :....::. .
CCDS34 ILEEIAKVTEGVLDVIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQI
170 180 190 200 210 220
330 340 350 360 370
pF1KB5 TVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKSFSEF--GKLERVKKLKDYAFV
.:.::.: . : .:: ::.:.:::: .::. ..:::..: : .:::::..:::::
CCDS34 AVDWAEPEIDVDEDVMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFV
230 240 250 260 270 280
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pF1KB5 HFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQAARQASRSTAYEDYYYHPP
:: .: ::.::...:: :.:: .:..:::: ::. : :: :.
CCDS34 HFTSREDAVHAMNNLNGTELEGSCLEVTLAKPVDKE--------QYSR---YQKA-----
290 300 310 320 330
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pF1KB5 PRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDY-YGYEDYYDDYYGYDYHDYRGGYEDPYYGYDDGYA
.:::: . . :.: :. . : :::: :. : : : :
CCDS34 ----------ARGGGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYPYNALIG----PNRDYFVKVA
340 350 360 370
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pF1KB5 VRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPRGSRGGRGGPAQQQRGRGS
. . :. . : : :.
CCDS34 IPAIGAQYSMFPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMISPIAVQPDPASAAAAAAAAAAAAAAVIP
380 390 400 410 420 430
>>CCDS43223.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 (593 aa)
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Smith-Waterman score: 1246; 47.0% identity (68.6% similar) in 455 aa overlap (113-563:20-422)
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pF1KB5 FKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQESTKG-PDEAKIKALLERTGYTLDVT
.:: :.. : :.:: . ::.:::::..
CCDS43 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQE
10 20 30 40
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 TGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPL
.:::::::::: . : .: : ::::::::::.:::::::.:: .: :..:::::: .
CCDS43 NGQRKYGGPPPG--WEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMD-F
50 60 70 80 90 100
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 SGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVCISVANNRLFVGSIPKNKTKEN
.:.::::::. .: :. :..::. ..::::::. :::: :: : :::.:.::: : .:.
CCDS43 DGKNRGYAFVMYCHKHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREE
110 120 130 140 150 160
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 ILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKSAAQARRRLMSGKVKVWGNVV
::::..:::::..:::.: . :: ::::: :.:::.:..::.:::.:: :....::. .
CCDS43 ILEEIAKVTEGVLDVIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQI
170 180 190 200 210 220
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pF1KB5 TVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKSFSEF--GKLERVKKLKDYAFV
.:.::.: . : .:: ::.:.:::: .::. ..:::..: : .:::::..:::::
CCDS43 AVDWAEPEIDVDEDVMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFV
230 240 250 260 270 280
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pF1KB5 HFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQAARQASRSTAYEDYYYHPP
:: .: ::.::...:: :.:: .:..:::: ::. : :: :.
CCDS43 HFTSREDAVHAMNNLNGTELEGSCLEVTLAKPVDKE--------QYSR--------YQKA
290 300 310 320 330
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pF1KB5 PRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDY-YGYEDYYDDYYGYDYHDYRGGYEDPYYGYDDGYA
.:::: . . :.: :. . : :::: :. : .: : : .
CCDS43 ----------ARGGGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYPYNALIGPNRD--YFVKAG-S
340 350 360 370
500 510 520 530 540 550
pF1KB5 VRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPRGSRGGRGGPAQQQRGRGS
.:::: : .: :: : ::. :: : .::: .. ..:.:.
CCDS43 IRGRGRGAAGNRAPGP-----------------RGSYLG---GYSAGRGIYSRYHEGKGK
380 390 400 410
560 570 580 590 600 610
pF1KB5 RGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIAQQPLQQGGDYSGNYGYNN
. .:
CCDS43 QQEKGYELVPNLEIPTVNPVAIKPGTVAIPAIGAQYSMFPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMI
420 430 440 450 460 470
633 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 17:18:02 2016 done: Thu Nov 3 17:18:03 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]