Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5378
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5378, 739 aa
1>>>pF1KB5378 739 - 739 aa - 739 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1973+/-0.00108; mu= 15.1230+/- 0.064
mean_var=71.3605+/-14.370, 0's: 0 Z-trim(103.7): 37 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.151826
statistics sampled from 7488 (7515) to 7488 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.6), E-opt: 0.2 (0.231), width: 16
Scan time: 3.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS865.1 AP4B1 gene_id:10717|Hs108|chr1 ( 739) 4916 1086.5 0
CCDS76192.1 AP4B1 gene_id:10717|Hs108|chr1 ( 571) 3556 788.6 0
CCDS32622.1 AP2B1 gene_id:163|Hs108|chr17 ( 937) 1026 234.5 5.8e-61
CCDS32621.1 AP2B1 gene_id:163|Hs108|chr17 ( 951) 1026 234.5 5.9e-61
CCDS54515.1 AP1B1 gene_id:162|Hs108|chr22 ( 919) 996 227.9 5.5e-59
CCDS13856.2 AP1B1 gene_id:162|Hs108|chr22 ( 939) 996 227.9 5.6e-59
CCDS13855.1 AP1B1 gene_id:162|Hs108|chr22 ( 949) 996 227.9 5.6e-59
CCDS61736.1 AP3B2 gene_id:8120|Hs108|chr15 (1050) 389 95.0 6.5e-19
CCDS45331.1 AP3B2 gene_id:8120|Hs108|chr15 (1082) 344 85.1 6.2e-16
CCDS61737.1 AP3B2 gene_id:8120|Hs108|chr15 (1101) 344 85.1 6.3e-16
CCDS64186.1 AP3B1 gene_id:8546|Hs108|chr5 (1045) 327 81.4 8e-15
CCDS4041.1 AP3B1 gene_id:8546|Hs108|chr5 (1094) 327 81.4 8.3e-15
>>CCDS865.1 AP4B1 gene_id:10717|Hs108|chr1 (739 aa)
initn: 4916 init1: 4916 opt: 4916 Z-score: 5814.5 bits: 1086.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4916; 99.9% identity (99.9% similar) in 739 aa overlap (1-739:1-739)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MPYLGSEDVVKELKKALCNPHIQADRLRYRNVIQRVIRYMTQGLDMSGVFMEMVKASATV
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CCDS86 MPYLGSEDVVKELKKALCNPHIQADRLRYRNVIQRVIRYMTQGLDMSGVFMEMVKASATV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DIVQKKLVYLYMCTYAPLKPDLALLAINTLCKDCSDPNPMVRGLALRSMCSLRMPGVQEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 DIVQKKLVYLYMCTYAPLKPDLALLAINTLCKDCSDPNPMVRGLALRSMCSLRMPGVQEY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 IQQPILNGLRDKASYVRRVAVLGCAKMHNLHGDSEVDGALVNELYSLLRDQDPIVVVNCL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 RSLEEILKQEGGVVINKPIAHHLLNRMSKLDQWGQAEVLNFLLRYQPRSEEELFDILNLL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 DSFLKSSSPGVVMGATKLFLILAKMFPHVQTDVLVRVKGPLLAACSSESRELCFVALCHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 DSFLKSSSPGVVMGATKLFLILAKMFPHVQTDVLVRVKGPLLAACSSESRELCFVALCHV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 RQILHSLPGHFSSHYKKFFCSYSEPHYIKLQKVEVLCELVNDENVQQVLEELRGYCTDVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 RQILHSLPGHFSSHYKKFFCSYSEPHYIKLQKVEVLCELVNDENVQQVLEELRGYCTDVS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ADFAQAAIFAIGGIARTYTDQCVQILTELLGLRQEHITTVVVQTFRDLVWLCPQCTEAVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 ADFAQAAIFAIGGIARTYTDQCVQILTELLGLRQEHITTVVVQTFRDLVWLCPQCTEAVC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 QALPGCEENIQDSEGKQALIWLLGVHGERIPNAPYVLEDFVENVKSETFPAVKMELLTAS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 QALPGCEENIQDSEGKQALIWLLGVHGERIPNAPYVLEDFVENVKSETFPAVKMELLTAL
430 440 450 460 470 480
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pF1KB5 LRLFLSRPAECQDMLGRLLYYCIEEEKDMAVRDRGLFYYRLLLVGIDEVKRILCSPKSDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 LRLFLSRPAECQDMLGRLLYYCIEEEKDMAVRDRGLFYYRLLLVGIDEVKRILCSPKSDP
490 500 510 520 530 540
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pF1KB5 TLGLLEDPAERPVNSWASDFNTLVPVYGKAHWATISKCQGAERCDPELPKTSSFAASGPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 TLGLLEDPAERPVNSWASDFNTLVPVYGKAHWATISKCQGAERCDPELPKTSSFAASGPL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 IPEENKERVQELPDSGALMLVPNRQLTADYFEKTWLSLKVAHQQVLPWRGEFHPDTLQMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 IPEENKERVQELPDSGALMLVPNRQLTADYFEKTWLSLKVAHQQVLPWRGEFHPDTLQMA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 LQVVNIQTIAMSRAGSRPWKAYLSAQDDTGCLFLTELLLEPGNSEMQISVKQNEARTETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS86 LQVVNIQTIAMSRAGSRPWKAYLSAQDDTGCLFLTELLLEPGNSEMQISVKQNEARTETL
670 680 690 700 710 720
730
pF1KB5 NSFISVLETVIGTIEEIKS
:::::::::::::::::::
CCDS86 NSFISVLETVIGTIEEIKS
730
>>CCDS76192.1 AP4B1 gene_id:10717|Hs108|chr1 (571 aa)
initn: 3556 init1: 3556 opt: 3556 Z-score: 4206.5 bits: 788.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3556; 99.8% identity (99.8% similar) in 534 aa overlap (206-739:38-571)
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 VVNCLRSLEEILKQEGGVVINKPIAHHLLNRMSKLDQWGQAEVLNFLLRYQPRSEEELFD
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 DVVKELKKALCNPHIQADRLRYRNVIQRVIRMSKLDQWGQAEVLNFLLRYQPRSEEELFD
10 20 30 40 50 60
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 ILNLLDSFLKSSSPGVVMGATKLFLILAKMFPHVQTDVLVRVKGPLLAACSSESRELCFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 ILNLLDSFLKSSSPGVVMGATKLFLILAKMFPHVQTDVLVRVKGPLLAACSSESRELCFV
70 80 90 100 110 120
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ALCHVRQILHSLPGHFSSHYKKFFCSYSEPHYIKLQKVEVLCELVNDENVQQVLEELRGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 ALCHVRQILHSLPGHFSSHYKKFFCSYSEPHYIKLQKVEVLCELVNDENVQQVLEELRGY
130 140 150 160 170 180
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 CTDVSADFAQAAIFAIGGIARTYTDQCVQILTELLGLRQEHITTVVVQTFRDLVWLCPQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 CTDVSADFAQAAIFAIGGIARTYTDQCVQILTELLGLRQEHITTVVVQTFRDLVWLCPQC
190 200 210 220 230 240
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 TEAVCQALPGCEENIQDSEGKQALIWLLGVHGERIPNAPYVLEDFVENVKSETFPAVKME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 TEAVCQALPGCEENIQDSEGKQALIWLLGVHGERIPNAPYVLEDFVENVKSETFPAVKME
250 260 270 280 290 300
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pF1KB5 LLTASLRLFLSRPAECQDMLGRLLYYCIEEEKDMAVRDRGLFYYRLLLVGIDEVKRILCS
:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB5 PKSDPTLGLLEDPAERPVNSWASDFNTLVPVYGKAHWATISKCQGAERCDPELPKTSSFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 PKSDPTLGLLEDPAERPVNSWASDFNTLVPVYGKAHWATISKCQGAERCDPELPKTSSFA
370 380 390 400 410 420
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pF1KB5 ASGPLIPEENKERVQELPDSGALMLVPNRQLTADYFEKTWLSLKVAHQQVLPWRGEFHPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 ASGPLIPEENKERVQELPDSGALMLVPNRQLTADYFEKTWLSLKVAHQQVLPWRGEFHPD
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pF1KB5 TLQMALQVVNIQTIAMSRAGSRPWKAYLSAQDDTGCLFLTELLLEPGNSEMQISVKQNEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 TLQMALQVVNIQTIAMSRAGSRPWKAYLSAQDDTGCLFLTELLLEPGNSEMQISVKQNEA
490 500 510 520 530 540
720 730
pF1KB5 RTETLNSFISVLETVIGTIEEIKS
::::::::::::::::::::::::
CCDS76 RTETLNSFISVLETVIGTIEEIKS
550 560 570
>>CCDS32622.1 AP2B1 gene_id:163|Hs108|chr17 (937 aa)
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Smith-Waterman score: 1026; 30.3% identity (66.7% similar) in 624 aa overlap (12-619:17-628)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MPYLGSEDVVKELKKALCNPHIQADRLRYRNVIQRVIRYMTQGLDMSGVFMEMVK
::: : : . . . ......:: :: : :.:..: ..:.
CCDS32 MTDSKYFTTNKKGEIFELKAELNNEK----KEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 ASATVDIVQKKLVYLYMCTYAPLKPDLALLAINTLCKDCSDPNPMVRGLALRSMCSLRMP
: .. :::::::. .:: .::.:..:.:.. ::: ::::..:.::.:.: .:.
CCDS32 CMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQPDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 GVQEYIQQPILNGLRDKASYVRRVAVLGCAKMHNLHGDSEVDGALVNELYSLLRDQDPIV
. ::. .:. . :.:. :::..:.. ::.:..... : .... : .:. :..:.:
CCDS32 KITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQGFLDSLRDLIADSNPMV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 VVNCLRSLEEILKQEGG---VVINKPIAHHLLNRMSKLDQWGQAEVLNFLLRYQPRSEEE
:.: . .: :: ... . . .: ..::. ... .::: .:. : :.:....:
CCDS32 VANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDRE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB5 LFDILNLLDSFLKSSSPGVVMGATKLFLILAKMFPHVQTD----VLVRVKGPLLAACSSE
.: . . :. .. .::..:.:... . ...:. ..: .: .. ::.. :.:
CCDS32 AQSICERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPK-DSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 SRELCFVALCHVRQILHSLPGHFSSHYKKFFCSYSEPHYIKLQKVEVLCELVNDENVQQV
:. .::: .. :... : .... : :: .:..: :.::.:.... .:... :. ::
CCDS32 P-EVQYVALRNINLIVQKRPEILKQEIKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQV
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 LEELRGYCTDVSADFAQAAIFAIGGIA---RTYTDQCVQILTELLGLRQEHITTVVVQTF
: ::. : :.:..::.. :. ::: : . ...::. : .:. . .... .. ..
CCDS32 LAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQTKVNYVVQEAIVVI
360 370 380 390 400 410
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pF1KB5 RDLVWLCPQCTEAVCQALPGCE--ENIQDSEGKQALIWLLGVHGERIPNAPYVLEDFVEN
::. :. :.. .: :: ..... ... :.::..: ..::: :: .::.:.:.
CCDS32 RDIFRKYPNKYESIIATL--CENLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEG
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470 480 490 500 510 520
pF1KB5 VKSETFPAVKMELLTASLRLFLSRPAECQDMLGRLLYYCIEEEKDMAVRDRGLFYYRLLL
..:. :.. :::: ..:::..:.: :... ..: .. . .:::: .:.:::
CCDS32 FHDES-TQVQLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLS
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 VGIDEVKRILCSPKSDPTLGLLEDPAERP--VNSWASDFNTLVPVYGKAHWATISKCQGA
. .:... : : : .. : : : .. ...:. :: : : . .:
CCDS32 TDPVTAKEVVLSEK--PLISEETDLIE-PTLLDELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGI
540 550 560 570 580
590 600 610 620 630
pF1KB5 ERCDPELPKTSSFAASGPL--IPEENKERVQELPDSGALMLVPNRQLTADYFEKTWLSLK
.: . . :. :...:. : :. : .:..: :.
CCDS32 HRKHLPIHHGSTDAGDSPVGTTTATNLEQPQVIPSQGDLLGDLLNLDLGPPVNVPQVSSM
590 600 610 620 630 640
640 650 660 670 680 690
pF1KB5 VAHQQVLPWRGEFHPDTLQMALQVVNIQTIAMSRAGSRPWKAYLSAQDDTGCLFLTELLL
CCDS32 QMGAVDLLGGGLDSLVGQSFIPSSVPATFAPSPTPAVVSSGLNDLFELSTGIGMAPGGYV
650 660 670 680 690 700
>>CCDS32621.1 AP2B1 gene_id:163|Hs108|chr17 (951 aa)
initn: 1018 init1: 422 opt: 1026 Z-score: 1207.8 bits: 234.5 E(32554): 5.9e-61
Smith-Waterman score: 1026; 30.3% identity (66.7% similar) in 624 aa overlap (12-619:17-628)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MPYLGSEDVVKELKKALCNPHIQADRLRYRNVIQRVIRYMTQGLDMSGVFMEMVK
::: : : . . . ......:: :: : :.:..: ..:.
CCDS32 MTDSKYFTTNKKGEIFELKAELNNEK----KEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 ASATVDIVQKKLVYLYMCTYAPLKPDLALLAINTLCKDCSDPNPMVRGLALRSMCSLRMP
: .. :::::::. .:: .::.:..:.:.. ::: ::::..:.::.:.: .:.
CCDS32 CMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQPDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 GVQEYIQQPILNGLRDKASYVRRVAVLGCAKMHNLHGDSEVDGALVNELYSLLRDQDPIV
. ::. .:. . :.:. :::..:.. ::.:..... : .... : .:. :..:.:
CCDS32 KITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQGFLDSLRDLIADSNPMV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 VVNCLRSLEEILKQEGG---VVINKPIAHHLLNRMSKLDQWGQAEVLNFLLRYQPRSEEE
:.: . .: :: ... . . .: ..::. ... .::: .:. : :.:....:
CCDS32 VANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDRE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB5 LFDILNLLDSFLKSSSPGVVMGATKLFLILAKMFPHVQTD----VLVRVKGPLLAACSSE
.: . . :. .. .::..:.:... . ...:. ..: .: .. ::.. :.:
CCDS32 AQSICERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPK-DSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 SRELCFVALCHVRQILHSLPGHFSSHYKKFFCSYSEPHYIKLQKVEVLCELVNDENVQQV
:. .::: .. :... : .... : :: .:..: :.::.:.... .:... :. ::
CCDS32 P-EVQYVALRNINLIVQKRPEILKQEIKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQV
300 310 320 330 340 350
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pF1KB5 LEELRGYCTDVSADFAQAAIFAIGGIA---RTYTDQCVQILTELLGLRQEHITTVVVQTF
: ::. : :.:..::.. :. ::: : . ...::. : .:. . .... .. ..
CCDS32 LAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQTKVNYVVQEAIVVI
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 RDLVWLCPQCTEAVCQALPGCE--ENIQDSEGKQALIWLLGVHGERIPNAPYVLEDFVEN
::. :. :.. .: :: ..... ... :.::..: ..::: :: .::.:.:.
CCDS32 RDIFRKYPNKYESIIATL--CENLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEG
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 VKSETFPAVKMELLTASLRLFLSRPAECQDMLGRLLYYCIEEEKDMAVRDRGLFYYRLLL
..:. :.. :::: ..:::..:.: :... ..: .. . .:::: .:.:::
CCDS32 FHDES-TQVQLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLS
480 490 500 510 520 530
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pF1KB5 VGIDEVKRILCSPKSDPTLGLLEDPAERP--VNSWASDFNTLVPVYGKAHWATISKCQGA
. .:... : : : .. : : : .. ...:. :: : : . .:
CCDS32 TDPVTAKEVVLSEK--PLISEETDLIE-PTLLDELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGI
540 550 560 570 580
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pF1KB5 ERCDPELPKTSSFAASGPL--IPEENKERVQELPDSGALMLVPNRQLTADYFEKTWLSLK
.: . . :. :...:. : :. : .:..: :.
CCDS32 HRKHLPIHHGSTDAGDSPVGTTTATNLEQPQVIPSQGDLLGDLLNLDLGPPVNVPQVSSM
590 600 610 620 630 640
640 650 660 670 680 690
pF1KB5 VAHQQVLPWRGEFHPDTLQMALQVVNIQTIAMSRAGSRPWKAYLSAQDDTGCLFLTELLL
CCDS32 QMGAVDLLGGGLDSLLGSDLGGGIGGSPAVGQSFIPSSVPATFAPSPTPAVVSSGLNDLF
650 660 670 680 690 700
>>CCDS54515.1 AP1B1 gene_id:162|Hs108|chr22 (919 aa)
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Smith-Waterman score: 998; 30.4% identity (66.0% similar) in 608 aa overlap (28-619:29-629)
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CCDS61 AIGRCATNIGRVR-DTCLNGLVQLLSNRDELVVAESVVVIKKLLQMQPAQHGEIIKHLAK
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CCDS61 LTDNIQVPMARASILWLIGEYCEHVPRIAPDVLRKMAKSFTAEE-DIVKLQVINLAAKLY
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pF1KB5 KASATVDIVQKKLVYLYMCTYAPLKPDLALLAINTLCKDCSDPNPMVRGLALRSMCSLRM
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CCDS45 KNVACKNIEVKKLVYVYLVRYAEEQQDLALLSISTFQRGLKDPNQLIRASALRVLSSIRV
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CCDS45 PIIVPIMMLAIKEAASDMSPYVRKTAAHAIPKLYSL--DSDQKDQLIEVIEKLLADKTTL
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pF1KB5 VVVNCLRSLEEILKQEGGVVINKPIAHHLLNRMSKLDQWGQAEVLNFLLRY------QPR
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CCDS45 VAGSVVMAFEEVCPERIDL-IHKNY-RKLCNLLIDVEEWGQVVIISMLTRYARTQFLSPT
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pF1KB5 SEEELFD------------------------------------------ILNLLDSFLKS
..: :.. .: .:.:
CCDS45 QNESLLEENAEKAFYGSEEDEAKGAGSEETAAAAAPSRKPYVMDPDHRLLLRNTKPLLQS
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pF1KB5 SSPGVVMGATKLFLILAKMFPHVQTDVLVRVKGPLLAACSSESRELCFVALCHVRQILHS
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CCDS45 RSAAVVMAVAQLYFHLA---PKAEVGVIAKALVRLLRSHS----EVQYVVLQNVATMSIK
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CCDS45 RRGMFEPYLKSFYIRSTDPTQIKILKLEVLTNLANETNIPTVLREFQTYIRSMDKDFVAA
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