Result of FASTA (omim) for
pF1KB5298
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5298, 634 aa
1>>>pF1KB5298 634 - 634 aa - 634 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9442+/-0.000427; mu= 15.9720+/- 0.026
mean_var=97.4757+/-21.372, 0's: 0 Z-trim(112.7): 364 B-trim: 477 in 1/55
Lambda= 0.129905
statistics sampled from 21203 (21658) to 21203 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.618), E-opt: 0.2 (0.254), width: 16
Scan time: 11.140
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001161775 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 ( 613) 1177 231.8 5.4e-60
XP_016885439 (OMIM: 300655) PREDICTED: kelch-like ( 639) 1177 231.8 5.6e-60
NP_001161774 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 ( 639) 1177 231.8 5.6e-60
NP_001161773 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 ( 639) 1177 231.8 5.6e-60
NP_001161772 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 ( 649) 1177 231.8 5.7e-60
NP_277030 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 iso ( 655) 1177 231.8 5.7e-60
XP_011529713 (OMIM: 300655) PREDICTED: kelch-like ( 655) 1177 231.8 5.7e-60
NP_001161771 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 ( 658) 1177 231.8 5.7e-60
XP_011529711 (OMIM: 300655) PREDICTED: kelch-like ( 661) 1177 231.8 5.8e-60
XP_011529712 (OMIM: 300655) PREDICTED: kelch-like ( 661) 1177 231.8 5.8e-60
NP_061335 (OMIM: 611201) kelch-like protein 9 [Hom ( 617) 1172 230.9 1e-59
XP_005249164 (OMIM: 610749) PREDICTED: kelch-like ( 634) 940 187.4 1.3e-46
XP_016866347 (OMIM: 610749) PREDICTED: kelch-like ( 634) 940 187.4 1.3e-46
NP_001003760 (OMIM: 610749) kelch-like protein 31 ( 634) 940 187.4 1.3e-46
XP_016876167 (OMIM: 605332) PREDICTED: kelch-like ( 575) 829 166.6 2.2e-40
NP_065917 (OMIM: 605332) kelch-like protein 1 isof ( 748) 829 166.7 2.7e-40
NP_001165125 (OMIM: 608064) kelch-like protein 5 i ( 568) 823 165.5 4.8e-40
XP_016863762 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 804) 824 165.8 5.5e-40
XP_016863763 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 804) 824 165.8 5.5e-40
XP_011512001 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 804) 824 165.8 5.5e-40
NP_001007076 (OMIM: 608064) kelch-like protein 5 i ( 709) 823 165.5 5.7e-40
NP_057074 (OMIM: 608064) kelch-like protein 5 isof ( 755) 823 165.5 6e-40
XP_016863764 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 788) 823 165.6 6.2e-40
XP_011512002 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 788) 823 165.6 6.2e-40
XP_016863765 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 788) 823 165.6 6.2e-40
XP_011512003 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 788) 823 165.6 6.2e-40
XP_005262712 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 789) 823 165.6 6.2e-40
XP_006724581 (OMIM: 300980,300982) PREDICTED: kelc ( 604) 789 159.1 4.2e-38
NP_085127 (OMIM: 300980,300982) kelch-like protein ( 604) 789 159.1 4.2e-38
NP_001273654 (OMIM: 605332) kelch-like protein 1 i ( 687) 763 154.3 1.4e-36
NP_950240 (OMIM: 608064) kelch-like protein 5 isof ( 694) 762 154.1 1.5e-36
NP_061990 (OMIM: 300348) kelch-like protein 4 isof ( 718) 762 154.1 1.6e-36
XP_016876168 (OMIM: 605332) PREDICTED: kelch-like ( 525) 754 152.5 3.5e-36
NP_689680 (OMIM: 608778,615081) kelch-like protein ( 608) 751 152.0 5.8e-36
NP_001316524 (OMIM: 608778,615081) kelch-like prot ( 608) 751 152.0 5.8e-36
NP_476503 (OMIM: 300348) kelch-like protein 4 isof ( 720) 752 152.2 5.8e-36
NP_001138821 (OMIM: 147485) actin-binding protein ( 582) 743 150.5 1.6e-35
NP_059111 (OMIM: 605775,614495) kelch-like protein ( 587) 740 149.9 2.4e-35
NP_001244123 (OMIM: 605775,614495) kelch-like prot ( 555) 739 149.7 2.6e-35
NP_005888 (OMIM: 147485) actin-binding protein IPP ( 584) 738 149.5 3.1e-35
NP_009177 (OMIM: 605774) kelch-like protein 2 isof ( 593) 732 148.4 6.8e-35
NP_001154993 (OMIM: 605774) kelch-like protein 2 i ( 597) 732 148.4 6.8e-35
NP_569713 (OMIM: 614214) kelch-like protein 6 [Hom ( 621) 730 148.1 9.1e-35
XP_016863163 (OMIM: 605774) PREDICTED: kelch-like ( 555) 724 146.9 1.8e-34
NP_001289980 (OMIM: 614522) kelch-like protein 12 ( 606) 715 145.2 6.3e-34
XP_011508137 (OMIM: 614522) PREDICTED: kelch-like ( 623) 715 145.2 6.4e-34
XP_011529874 (OMIM: 605774) PREDICTED: kelch-like ( 633) 712 144.7 9.6e-34
NP_067646 (OMIM: 614522) kelch-like protein 12 iso ( 568) 710 144.3 1.1e-33
XP_016856699 (OMIM: 147485) PREDICTED: actin-bindi ( 531) 673 137.3 1.3e-31
NP_065856 (OMIM: 613772) kelch-like protein 14 [Ho ( 628) 659 134.7 9.3e-31
>>NP_001161775 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 isof (613 aa)
initn: 1248 init1: 397 opt: 1177 Z-score: 1198.0 bits: 231.8 E(85289): 5.4e-60
Smith-Waterman score: 1177; 34.8% identity (65.2% similar) in 597 aa overlap (27-613:27-609)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAEEQEFTQLCKLPAQPSHPHCVNNTYRSAQHSQALLRGLLALRDSGILFDVVLVVEGRH
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NP_001 MKLSLGGSEMGLSSHLQSSKAGPTRIFTSNTHSSVVLQGFDQLRLEGLLCDVTLM-PGDT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 IEA---HRILLAASCDYFRGMFAGGLKEMEQEEVLIHGVSYNAMCQILHFIYTSELELSL
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NP_001 DDAFPVHRVMMASASDYFKAMFTGGMKEQDLMCIKLHGVSKVGLRKIIDFIYTAKLSLNM
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pF1KB5 SNVQETLVAACQLQIPEIIHFCCDFLMSWVDEENILDVYRLAELFDLSRLTEQLDTYILK
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NP_001 DNLQDTLEAASFLQILPVLDFCKVFLISGVTLDNCVEVGRIANTYNLTEVDKYVNSFVLK
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pF1KB5 NFVAFSRTDKYRQLPLEKVYSLLSSNRLEVSCETEVYEGALLYHYSLEQVQADQISLHEP
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pF1KB5 PKLLETVRFPLMEAEVLQRLHDKLDPSPLRDTVASALM----YHRNESLQPSLQSPQTEL
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NP_001 -KLMKNIRFPLMTPQELINYVQTVDFMRTDNTCVNLLLEASNYQMMPYMQPVMQSDRTAI
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pF1KB5 TWHTLADGPVRRAWHGMATLLNKLYVIGGSN-NDAGYRRDVHQVACYSCTSGQWSSVCPL
: : . :. : : :. ..::::::.. .. :: . :: ::. . .
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pF1KB5 PAGHGEPGIAVLDNRIYVLGGRSHNRGSRTGYVHIYDVEKDCWEEGPQLDNSISGLAACV
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NP_001 LRGQSDVGVAVFENKIYVVGGYSWNNRCMVEIVQKYDPDKDEWHKVFDLPESLGGIRACT
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pF1KB5 LTLPRSLLLEPPRGTPDRSQADPDFASEVMSVSDWEEFDNSSED
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NP_001 LTV-----FPPEETTPSPSRESPLSAP
600 610
>>XP_016885439 (OMIM: 300655) PREDICTED: kelch-like prot (639 aa)
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Smith-Waterman score: 1177; 34.8% identity (65.2% similar) in 597 aa overlap (27-613:53-635)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAEEQEFTQLCKLPAQPSHPHCVNNTYRSAQHSQALLRGLLALRDSGILFDVVLVV
. : ::...:.:. :: :.: ::.:.
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pF1KB5 EGRHIEA---HRILLAASCDYFRGMFAGGLKEMEQEEVLIHGVSYNAMCQILHFIYTSEL
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pF1KB5 ELSLSNVQETLVAACQLQIPEIIHFCCDFLMSWVDEENILDVYRLAELFDLSRLTEQLDT
:...:.:.:: :: ::: .. :: ::.: : .: ..: :.:. ..:... . ...
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pF1KB5 YILKNFVAFSRTDKYRQLPLEKVYSLLSSNRLEVSCETEVYEGALLYHYSLEQVQADQIS
..:::: :. : .. .::.:.. .:::: :. : :... : ::. . : .
XP_016 FVLKNFPALLSTGEFLKLPFERLAFVLSSNSLKHCTELELFK-ATCRWLRLEEPRMDFAA
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240 250 260 270 280
pF1KB5 LHEPPKLLETVRFPLMEAEVLQRLHDKLDPSPLRDTVASALM----YHRNESLQPSLQSP
::....::::: . : . .: .: .. :. :. .:: .::
XP_016 -----KLMKNIRFPLMTPQELINYVQTVDFMRTDNTCVNLLLEASNYQMMPYMQPVMQSD
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pF1KB5 QTELRSDFQCVVGFGGIHSTPSTVLSDQAKYLNPLLGEWKHFTASLAPRMSNQGIAVLNN
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pF1KB5 FVYLIGGDNN--VQGFRAESRCWRYDPRHNRWFQIQSLQQEHADLSVCVVGRYIYAVAGR
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XP_016 FLYVVGGQSNYDTKGKTAVDTVFRFDPRYNKWMQVASLNEKRTFFHLSALKGYLYAVGGR
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pF1KB5 DYHNDLNAVERYDPATNSWAYVAPLKREVYAHAGATLEGKMYITCGRRGEDYLKETHCYD
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pF1KB5 PGSNTWHTLADGPVRRAWHGMATLLNKLYVIGGSN-NDAGYRRDVHQVACYSCTSGQWSS
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XP_016 PDTDKWIQKAPMTTVRGLHCMCTVGERLYVIGGNHFRGTSDYDDVLSCEYYSPILDQWTP
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pF1KB5 VCPLPAGHGEPGIAVLDNRIYVLGGRSHNRGSRTGYVHIYDVEKDCWEEGPQLDNSISGL
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pF1KB5 AACVLTLPRSLLLEPPRGTPDRSQADPDFASEVMSVSDWEEFDNSSED
::.::. . : . ::. :. .:
XP_016 RACTLTV-----FPPEETTPSPSRESPLSAP
620 630
>>NP_001161774 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 isof (639 aa)
initn: 1312 init1: 397 opt: 1177 Z-score: 1197.8 bits: 231.8 E(85289): 5.6e-60
Smith-Waterman score: 1177; 34.8% identity (65.2% similar) in 597 aa overlap (27-613:53-635)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MAEEQEFTQLCKLPAQPSHPHCVNNTYRSAQHSQALLRGLLALRDSGILFDVVLVV
. : ::...:.:. :: :.: ::.:.
NP_001 EDQHMKLSLGGSEMGLSSHLQSSKAGPTRIFTSNTHSSVVLQGFDQLRLEGLLCDVTLM-
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60 70 80 90 100 110
pF1KB5 EGRHIEA---HRILLAASCDYFRGMFAGGLKEMEQEEVLIHGVSYNAMCQILHFIYTSEL
: .: ::...:.. :::..::.::.::.. . .:::: .. .:. ::::..:
NP_001 PGDTDDAFPVHRVMMASASDYFKAMFTGGMKEQDLMCIKLHGVSKVGLRKIIDFIYTAKL
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120 130 140 150 160 170
pF1KB5 ELSLSNVQETLVAACQLQIPEIIHFCCDFLMSWVDEENILDVYRLAELFDLSRLTEQLDT
:...:.:.:: :: ::: .. :: ::.: : .: ..: :.:. ..:... . ...
NP_001 SLNMDNLQDTLEAASFLQILPVLDFCKVFLISGVTLDNCVEVGRIANTYNLTEVDKYVNS
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pF1KB5 YILKNFVAFSRTDKYRQLPLEKVYSLLSSNRLEVSCETEVYEGALLYHYSLEQVQADQIS
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NP_001 FVLKNFPALLSTGEFLKLPFERLAFVLSSNSLKHCTELELFK-ATCRWLRLEEPRMDFAA
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240 250 260 270 280
pF1KB5 LHEPPKLLETVRFPLMEAEVLQRLHDKLDPSPLRDTVASALM----YHRNESLQPSLQSP
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NP_001 -----KLMKNIRFPLMTPQELINYVQTVDFMRTDNTCVNLLLEASNYQMMPYMQPVMQSD
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NP_001 RTAIRSDTTHLVTLGGVLRQ-QLVVSKELRMYDEKAHEWKSLAPMDAPRYQH-GIAVIGN
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NP_001 FLYVVGGQSNYDTKGKTAVDTVFRFDPRYNKWMQVASLNEKRTFFHLSALKGYLYAVGGR
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pF1KB5 DYHNDLNAVERYDPATNSWAYVAPLKREVYAHAGATLEGKMYITCGRRGEDYLKETHCYD
. ..: .:: :.: :: :.::: ... :.:::.. : :::. : . . :: :.:
NP_001 NAAGELPTVECYNPRTNEWTYVAKMSEPHYGHAGTVYGGVMYISGGITHDTFQKELMCFD
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pF1KB5 PGSNTWHTLADGPVRRAWHGMATLLNKLYVIGGSN-NDAGYRRDVHQVACYSCTSGQWSS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]