Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5251
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5251, 275 aa
1>>>pF1KB5251 275 - 275 aa - 275 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1206+/-0.000871; mu= 11.5328+/- 0.052
mean_var=85.1890+/-16.778, 0's: 0 Z-trim(107.4): 22 B-trim: 13 in 1/51
Lambda= 0.138958
statistics sampled from 9549 (9563) to 9549 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.294), width: 16
Scan time: 2.460
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8558.1 COPS7A gene_id:50813|Hs108|chr12 ( 275) 1730 356.4 1.3e-98
CCDS2488.1 COPS7B gene_id:64708|Hs108|chr2 ( 264) 994 208.9 3.2e-54
CCDS77539.1 COPS7B gene_id:64708|Hs108|chr2 ( 278) 864 182.8 2.3e-46
CCDS63153.1 COPS7B gene_id:64708|Hs108|chr2 ( 273) 851 180.2 1.4e-45
CCDS63152.1 COPS7B gene_id:64708|Hs108|chr2 ( 230) 793 168.5 3.8e-42
CCDS63154.1 COPS7B gene_id:64708|Hs108|chr2 ( 157) 605 130.8 6.1e-31
CCDS74668.1 COPS7B gene_id:64708|Hs108|chr2 ( 209) 603 130.4 1e-30
>>CCDS8558.1 COPS7A gene_id:50813|Hs108|chr12 (275 aa)
initn: 1730 init1: 1730 opt: 1730 Z-score: 1884.2 bits: 356.4 E(32554): 1.3e-98
Smith-Waterman score: 1730; 100.0% identity (100.0% similar) in 275 aa overlap (1-275:1-275)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSAEVKVTGQNQEQFLLLAKSAKGAALATLIHQVLEAPGVYVFGELLDMPNVRELAESDF
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CCDS85 MSAEVKVTGQNQEQFLLLAKSAKGAALATLIHQVLEAPGVYVFGELLDMPNVRELAESDF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ASTFRLLTVFAYGTYADYLAEARNLPPLTEAQKNKLRHLSVVTLAAKVKCIPYAVLLEAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 ASTFRLLTVFAYGTYADYLAEARNLPPLTEAQKNKLRHLSVVTLAAKVKCIPYAVLLEAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ALRNVRQLEDLVIEAVYADVLRGSLDQRNQRLEVDYSIGRDIQRQDLSAIARTLQEWCVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 ALRNVRQLEDLVIEAVYADVLRGSLDQRNQRLEVDYSIGRDIQRQDLSAIARTLQEWCVG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 CEVVLSGIEEQVSRANQHKEQQLGLKQQIESEVANLKKTIKVTTAAAAAATSQDPEQHLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 CEVVLSGIEEQVSRANQHKEQQLGLKQQIESEVANLKKTIKVTTAAAAAATSQDPEQHLT
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB5 ELREPAPGTNQRQPSKKASKGKGLRGSAKIWSKSN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 ELREPAPGTNQRQPSKKASKGKGLRGSAKIWSKSN
250 260 270
>>CCDS2488.1 COPS7B gene_id:64708|Hs108|chr2 (264 aa)
initn: 990 init1: 896 opt: 994 Z-score: 1087.0 bits: 208.9 E(32554): 3.2e-54
Smith-Waterman score: 994; 57.7% identity (86.5% similar) in 267 aa overlap (1-267:1-262)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSAEVKVTGQNQEQFLLLAKSAKGAALATLIHQVLEAPGVYVFGELLDMPNVRELAESDF
:..: : ... :::.::::...:.::..:: :::::::::::::::.. ::.::::.
CCDS24 MAGEQKPSSNLLEQFILLAKGTSGSALTALISQVLEAPGVYVFGELLELANVQELAEGAN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ASTFRLLTVFAYGTYADYLAEARNLPPLTEAQKNKLRHLSVVTLAAKVKCIPYAVLLEAL
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CCDS24 AAYLQLLNLFAYGTYPDYIANKESLPELSTAQQNKLKHLTIVSLASRMKCIPYSVLLKDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ALRNVRQLEDLVIEAVYADVLRGSLDQRNQRLEVDYSIGRDIQRQDLSAIARTLQEWCVG
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CCDS24 EMRNLRELEDLIIEAVYTDIIQGKLDQRNQLLEVDFCIGRDIRKKDINNIVKTLHEWCDG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 CEVVLSGIEEQVSRANQHKEQQLGLKQQIESEVANLKKTIKVTTAAAAAATSQDPEQHLT
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CCDS24 CEAVLLGIEQQVLRANQYKENHNRTQQQVEAEVTNIKKTLKAT----ASSSAQEMEQQLA
190 200 210 220 230
250 260 270
pF1KB5 ELREPAPGTNQRQPSKKASKGKGLRGSAKIWSKSN
: :: : ..::::.:: :: ::: .:
CCDS24 E-RECPPHAEQRQPTKKMSKVKGLVSSRH
240 250 260
>>CCDS77539.1 COPS7B gene_id:64708|Hs108|chr2 (278 aa)
initn: 874 init1: 854 opt: 864 Z-score: 945.8 bits: 182.8 E(32554): 2.3e-46
Smith-Waterman score: 864; 58.3% identity (88.5% similar) in 218 aa overlap (1-218:1-218)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSAEVKVTGQNQEQFLLLAKSAKGAALATLIHQVLEAPGVYVFGELLDMPNVRELAESDF
:..: : ... :::.::::...:.::..:: :::::::::::::::.. ::.::::.
CCDS77 MAGEQKPSSNLLEQFILLAKGTSGSALTALISQVLEAPGVYVFGELLELANVQELAEGAN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ASTFRLLTVFAYGTYADYLAEARNLPPLTEAQKNKLRHLSVVTLAAKVKCIPYAVLLEAL
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CCDS77 AAYLQLLNLFAYGTYPDYIANKESLPELSTAQQNKLKHLTIVSLASRMKCIPYSVLLKDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ALRNVRQLEDLVIEAVYADVLRGSLDQRNQRLEVDYSIGRDIQRQDLSAIARTLQEWCVG
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CCDS77 EMRNLRELEDLIIEAVYTDIIQGKLDQRNQLLEVDFCIGRDIRKKDINNIVKTLHEWCDG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 CEVVLSGIEEQVSRANQHKEQQLGLKQQIESEVANLKKTIKVTTAAAAAATSQDPEQHLT
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CCDS77 CEAVLLGIEQQVLRANQYKENHNRTQQQVEAEIACFQREKRDVPLLNLITTAFFWLPTSR
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB5 ELREPAPGTNQRQPSKKASKGKGLRGSAKIWSKSN
CCDS77 RHSKPPHPPRLRRWSSSWLNGSVPLTLSRGSPPRRCPK
250 260 270
>>CCDS63153.1 COPS7B gene_id:64708|Hs108|chr2 (273 aa)
initn: 861 init1: 841 opt: 851 Z-score: 931.9 bits: 180.2 E(32554): 1.4e-45
Smith-Waterman score: 851; 59.4% identity (88.7% similar) in 212 aa overlap (1-212:1-212)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSAEVKVTGQNQEQFLLLAKSAKGAALATLIHQVLEAPGVYVFGELLDMPNVRELAESDF
:..: : ... :::.::::...:.::..:: :::::::::::::::.. ::.::::.
CCDS63 MAGEQKPSSNLLEQFILLAKGTSGSALTALISQVLEAPGVYVFGELLELANVQELAEGAN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ASTFRLLTVFAYGTYADYLAEARNLPPLTEAQKNKLRHLSVVTLAAKVKCIPYAVLLEAL
:. ..::..:::::: ::.:. ..:: :. ::.:::.::..:.::...:::::.:::. :
CCDS63 AAYLQLLNLFAYGTYPDYIANKESLPELSTAQQNKLKHLTIVSLASRMKCIPYSVLLKDL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ALRNVRQLEDLVIEAVYADVLRGSLDQRNQRLEVDYSIGRDIQRQDLSAIARTLQEWCVG
.::.:.::::.:::::.:...:.:::::: ::::. :::::...:.. :..::.::: :
CCDS63 EMRNLRELEDLIIEAVYTDIIQGKLDQRNQLLEVDFCIGRDIRKKDINNIVKTLHEWCDG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 CEVVLSGIEEQVSRANQHKEQQLGLKQQIESEVANLKKTIKVTTAAAAAATSQDPEQHLT
::.:: :::.:: ::::.::.. .::.:.:
CCDS63 CEAVLLGIEQQVLRANQYKENHNRTQQQVEAEREKRDVPLLNLITTAFFWLPTSRRHSKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB5 ELREPAPGTNQRQPSKKASKGKGLRGSAKIWSKSN
CCDS63 PHPPRLRRWSSSWLNGSVPLTLSRGSPPRRCPK
250 260 270
>>CCDS63152.1 COPS7B gene_id:64708|Hs108|chr2 (230 aa)
initn: 817 init1: 705 opt: 793 Z-score: 870.2 bits: 168.5 E(32554): 3.8e-42
Smith-Waterman score: 793; 56.8% identity (85.9% similar) in 213 aa overlap (55-267:21-228)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 AALATLIHQVLEAPGVYVFGELLDMPNVRELAESDFASTFRLLTVFAYGTYADYLAEARN
:::. :. ..::..:::::: ::.:. ..
CCDS63 MTARRELTSVYMELRHLQIMLAEGANAAYLQLLNLFAYGTYPDYIANKES
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 LPPLTEAQKNKLRHLSVVTLAAKVKCIPYAVLLEALALRNVRQLEDLVIEAVYADVLRGS
:: :. ::.:::.::..:.::...:::::.:::. : .::.:.::::.:::::.:...:.
CCDS63 LPELSTAQQNKLKHLTIVSLASRMKCIPYSVLLKDLEMRNLRELEDLIIEAVYTDIIQGK
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 LDQRNQRLEVDYSIGRDIQRQDLSAIARTLQEWCVGCEVVLSGIEEQVSRANQHKEQQLG
:::::: ::::. :::::...:.. :..::.::: :::.:: :::.:: ::::.::..
CCDS63 LDQRNQLLEVDFCIGRDIRKKDINNIVKTLHEWCDGCEAVLLGIEQQVLRANQYKENHNR
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 LKQQIESEVANLKKTIKVTTAAAAAATSQDPEQHLTELREPAPGTNQRQPSKKASKGKGL
.::.:.::.:.:::.: :.:....:. ::.:.: :: : ..::::.:: :: :::
CCDS63 TQQQVEAEVTNIKKTLK----ATASSSAQEMEQQLAE-RECPPHAEQRQPTKKMSKVKGL
180 190 200 210 220
270
pF1KB5 RGSAKIWSKSN
.:
CCDS63 VSSRH
230
>>CCDS63154.1 COPS7B gene_id:64708|Hs108|chr2 (157 aa)
initn: 627 init1: 516 opt: 605 Z-score: 669.0 bits: 130.8 E(32554): 6.1e-31
Smith-Waterman score: 605; 58.1% identity (85.6% similar) in 160 aa overlap (108-267:1-155)
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 YLAEARNLPPLTEAQKNKLRHLSVVTLAAKVKCIPYAVLLEALALRNVRQLEDLVIEAVY
.:::::.:::. : .::.:.::::.:::::
CCDS63 MKCIPYSVLLKDLEMRNLRELEDLIIEAVY
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 ADVLRGSLDQRNQRLEVDYSIGRDIQRQDLSAIARTLQEWCVGCEVVLSGIEEQVSRANQ
.:...:.:::::: ::::. :::::...:.. :..::.::: :::.:: :::.:: ::::
CCDS63 TDIIQGKLDQRNQLLEVDFCIGRDIRKKDINNIVKTLHEWCDGCEAVLLGIEQQVLRANQ
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 HKEQQLGLKQQIESEVANLKKTIKVTTAAAAAATSQDPEQHLTELREPAPGTNQRQPSKK
.::.. .::.:.::.:.:::.:.: :....:. ::.:.: :: : ..::::.::
CCDS63 YKENHNRTQQQVEAEVTNIKKTLKAT----ASSSAQEMEQQLAE-RECPPHAEQRQPTKK
100 110 120 130 140
260 270
pF1KB5 ASKGKGLRGSAKIWSKSN
:: ::: .:
CCDS63 MSKVKGLVSSRH
150
>>CCDS74668.1 COPS7B gene_id:64708|Hs108|chr2 (209 aa)
initn: 785 init1: 514 opt: 603 Z-score: 664.9 bits: 130.4 E(32554): 1e-30
Smith-Waterman score: 679; 46.8% identity (68.5% similar) in 267 aa overlap (1-267:1-207)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSAEVKVTGQNQEQFLLLAKSAKGAALATLIHQVLEAPGVYVFGELLDMPNVRELAESDF
:..: : ... :::.::::...:.::..:: :::::::::::::::.. ::.:
CCDS74 MAGEQKPSSNLLEQFILLAKGTSGSALTALISQVLEAPGVYVFGELLELANVQE------
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ASTFRLLTVFAYGTYADYLAEARNLPPLTEAQKNKLRHLSVVTLAAKVKCIPYAVLLEAL
::::.:::. :
CCDS74 -------------------------------------------------CIPYSVLLKDL
60
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ALRNVRQLEDLVIEAVYADVLRGSLDQRNQRLEVDYSIGRDIQRQDLSAIARTLQEWCVG
.::.:.::::.:::::.:...:.:::::: ::::. :::::...:.. :..::.::: :
CCDS74 EMRNLRELEDLIIEAVYTDIIQGKLDQRNQLLEVDFCIGRDIRKKDINNIVKTLHEWCDG
70 80 90 100 110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 CEVVLSGIEEQVSRANQHKEQQLGLKQQIESEVANLKKTIKVTTAAAAAATSQDPEQHLT
::.:: :::.:: ::::.::.. .::.:.::.:.:::.:.: :....:. ::.:.
CCDS74 CEAVLLGIEQQVLRANQYKENHNRTQQQVEAEVTNIKKTLKAT----ASSSAQEMEQQLA
130 140 150 160 170 180
250 260 270
pF1KB5 ELREPAPGTNQRQPSKKASKGKGLRGSAKIWSKSN
: :: : ..::::.:: :: ::: .:
CCDS74 E-RECPPHAEQRQPTKKMSKVKGLVSSRH
190 200
275 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 03:30:46 2016 done: Fri Nov 4 03:30:46 2016
Total Scan time: 2.460 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]