Result of FASTA (omim) for
pF1KB5199
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5199, 452 aa
1>>>pF1KB5199 452 - 452 aa - 452 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8336+/-0.000436; mu= 19.6604+/- 0.027
mean_var=59.2482+/-12.048, 0's: 0 Z-trim(108.1): 143 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.166624
statistics sampled from 15984 (16137) to 15984 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.536), E-opt: 0.2 (0.189), width: 16
Scan time: 8.630
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000806 (OMIM: 137163,613060) gamma-aminobutyric ( 452) 2965 721.8 9.1e-208
XP_011539496 (OMIM: 137163,613060) PREDICTED: gamm ( 465) 2826 688.4 1.1e-197
XP_016856425 (OMIM: 137163,613060) PREDICTED: gamm ( 687) 2821 687.3 3.4e-197
NP_068712 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-amino ( 473) 1093 271.8 2.8e-72
NP_068711 (OMIM: 600232) gamma-aminobutyric acid r ( 512) 1093 271.8 2.9e-72
NP_000804 (OMIM: 600232) gamma-aminobutyric acid r ( 474) 1090 271.1 4.6e-72
NP_000803 (OMIM: 137190,617153) gamma-aminobutyric ( 474) 1088 270.6 6.4e-72
NP_000805 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-amino ( 473) 1077 268.0 4e-71
NP_055026 (OMIM: 602729) gamma-aminobutyric acid r ( 440) 1060 263.8 6.4e-70
NP_001243632 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric aci ( 462) 1049 261.2 4.1e-69
NP_002033 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric acid r ( 479) 1049 261.2 4.3e-69
NP_001254511 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric aci ( 392) 1048 260.9 4.3e-69
XP_016866178 (OMIM: 137161) PREDICTED: gamma-amino ( 392) 1048 260.9 4.3e-69
NP_001243633 (OMIM: 137161) gamma-aminobutyric aci ( 392) 1048 260.9 4.3e-69
NP_002034 (OMIM: 137162) gamma-aminobutyric acid r ( 465) 1032 257.1 7.1e-68
XP_011534015 (OMIM: 137162) PREDICTED: gamma-amino ( 421) 1006 250.9 5e-66
NP_944494 (OMIM: 137164,607681,611277) gamma-amino ( 475) 968 241.8 3.1e-63
NP_001139512 (OMIM: 138491,149400) glycine recepto ( 457) 967 241.5 3.5e-63
XP_016864119 (OMIM: 600421) PREDICTED: glycine rec ( 424) 965 241.0 4.6e-63
NP_006520 (OMIM: 600421) glycine receptor subunit ( 464) 965 241.0 5e-63
XP_011529486 (OMIM: 300349) PREDICTED: gamma-amino ( 406) 936 234.0 5.6e-61
NP_061028 (OMIM: 300349) gamma-aminobutyric acid r ( 632) 936 234.1 8e-61
NP_001178250 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-am ( 402) 933 233.3 9.2e-61
XP_011519730 (OMIM: 137192,612269,617113) PREDICTE ( 414) 933 233.3 9.4e-61
NP_000162 (OMIM: 138491,149400) glycine receptor s ( 449) 927 231.9 2.7e-60
XP_011534018 (OMIM: 137162) PREDICTED: gamma-amino ( 366) 926 231.6 2.7e-60
XP_011534017 (OMIM: 137162) PREDICTED: gamma-amino ( 366) 926 231.6 2.7e-60
XP_011534019 (OMIM: 137162) PREDICTED: gamma-amino ( 366) 926 231.6 2.7e-60
XP_011534016 (OMIM: 137162) PREDICTED: gamma-amino ( 366) 926 231.6 2.7e-60
XP_016864838 (OMIM: 138491,149400) PREDICTED: glyc ( 465) 927 231.9 2.8e-60
XP_011543798 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 436) 926 231.6 3.1e-60
XP_011543797 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 436) 926 231.6 3.1e-60
XP_006724550 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 436) 926 231.6 3.1e-60
NP_001112357 (OMIM: 305990) glycine receptor subun ( 452) 926 231.6 3.2e-60
NP_001112358 (OMIM: 305990) glycine receptor subun ( 452) 926 231.6 3.2e-60
XP_016884916 (OMIM: 305990) PREDICTED: glycine rec ( 452) 926 231.6 3.2e-60
NP_002054 (OMIM: 305990) glycine receptor subunit ( 452) 926 231.6 3.2e-60
NP_000807 (OMIM: 137164,607681,611277) gamma-amino ( 467) 924 231.2 4.6e-60
NP_001036008 (OMIM: 600421) glycine receptor subun ( 449) 918 229.7 1.2e-59
NP_001178249 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-am ( 388) 910 227.8 4.1e-59
NP_001265560 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-am ( 388) 910 227.8 4.1e-59
XP_005265929 (OMIM: 602729) PREDICTED: gamma-amino ( 361) 903 226.1 1.2e-58
NP_150092 (OMIM: 600233) gamma-aminobutyric acid r ( 467) 885 221.8 3.1e-57
NP_001191195 (OMIM: 137141) gamma-aminobutyric aci ( 535) 861 216.1 1.9e-55
NP_000800 (OMIM: 137141) gamma-aminobutyric acid r ( 554) 861 216.1 1.9e-55
XP_011519732 (OMIM: 600233) PREDICTED: gamma-amino ( 473) 858 215.3 2.8e-55
NP_775807 (OMIM: 137166) gamma-aminobutyric acid r ( 465) 854 214.3 5.4e-55
NP_001278914 (OMIM: 602729) gamma-aminobutyric aci ( 289) 850 213.2 7.1e-55
NP_000802 (OMIM: 137143) gamma-aminobutyric acid r ( 453) 851 213.6 8.7e-55
NP_000799 (OMIM: 305660) gamma-aminobutyric acid r ( 492) 849 213.2 1.3e-54
>>NP_000806 (OMIM: 137163,613060) gamma-aminobutyric aci (452 aa)
initn: 2965 init1: 2965 opt: 2965 Z-score: 3851.1 bits: 721.8 E(85289): 9.1e-208
Smith-Waterman score: 2965; 100.0% identity (100.0% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFVDKLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFVDKLW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECML
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 DLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 FHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAKVKVSRPRAEMDVRNAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAKVKVSRPRAEMDVRNAI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLR
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB5 PIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
430 440 450
>>XP_011539496 (OMIM: 137163,613060) PREDICTED: gamma-am (465 aa)
initn: 2821 init1: 2821 opt: 2826 Z-score: 3670.3 bits: 688.4 E(85289): 1.1e-197
Smith-Waterman score: 2826; 98.6% identity (99.1% similar) in 438 aa overlap (15-452:31-465)
10 20 30 40
pF1KB5 MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNL
:.:. ::::::::::::::::::::::
XP_011 MSEATPLDRNDSENTGGLISRPHPWDQSPSCVQE---DRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNL
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 DGLIAGYARNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DGLIAGYARNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNH
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 TNETLGLDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TNETLGLDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVAC
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 DMDLAKYPMDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DMDLAKYPMDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTE
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 LMNFKSAGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LMNFKSAGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 TTVLTMTTLMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TTVLTMTTLMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 VKVSRPRAEMDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VKVSRPRAEMDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKE
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KB5 GAARSGGQGGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GAARSGGQGGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
420 430 440 450 460
>>XP_016856425 (OMIM: 137163,613060) PREDICTED: gamma-am (687 aa)
initn: 2821 init1: 2821 opt: 2821 Z-score: 3661.3 bits: 687.3 E(85289): 3.4e-197
Smith-Waterman score: 2821; 100.0% identity (100.0% similar) in 430 aa overlap (23-452:258-687)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYA
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PEQCCIPRKGPRLSGIKLSPGLSDRWLCIPRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYA
230 240 250 260 270 280
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 RNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLD
290 300 310 320 330 340
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 SRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYP
350 360 370 380 390 400
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 MDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAG
410 420 430 440 450 460
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 QFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTT
470 480 490 500 510 520
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 LMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAKVKVSRPRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAKVKVSRPRA
530 540 550 560 570 580
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 EMDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EMDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQ
590 600 610 620 630 640
420 430 440 450
pF1KB5 GGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
650 660 670 680
>>NP_068712 (OMIM: 137192,612269,617113) gamma-aminobuty (473 aa)
initn: 1137 init1: 657 opt: 1093 Z-score: 1418.7 bits: 271.8 E(85289): 2.8e-72
Smith-Waterman score: 1171; 40.8% identity (70.8% similar) in 476 aa overlap (7-450:8-471)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGT--RAMNDIGDYVGSNLEISWLPN-LDGLIAGYARNFR
:: :. : . ::. :..:: :. .:.. . .: :. :: .:
NP_068 MCSGLLELLLPIWLSWTLGTRGSEPRSVNDPGN-------MSFVKETVDKLLKGYDIRLR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 PGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFV
: .::::: :.. ...:::: .::.::.::.:....: :::.::.:. .: ::.: .
NP_068 PDFGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 DKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQ
:.::.:::...: :... : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::.:::
NP_068 DQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 ECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPR
.: :..:::::...:: .:: ... . :.....: ::.:. .:.... . : ..: .::
NP_068 NCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVF-ATGAYPR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 LSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVS
::: :.:.:: : .:.:.::::.:.. .:::::::. : :::.:::::::::::. .
NP_068 LSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTH
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB5 ARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHF----NADYRKKQ----KAKVKVS
: .::. .::.:.:. :.:::: ::.::::... . :.:. ::.: .
NP_068 LRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKND
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380
pF1KB5 RPRAE---MDVRNAIVLFSL----------SAAGVTQELAIS-------RRQRRVPGNLM
: ..: .:... :.: :: .. : :.. ::: :.. .: .
NP_068 RSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPRE--
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 GSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLRPI-DADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYW
: : .: .. :: : ..: .. .. . :...:: ..: ::: .:. :..::
NP_068 GHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQ--LKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYW
420 430 440 450 460
450
pF1KB5 AAYAM
:
NP_068 LYYVN
470
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:..:: :
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NP_001 DFTMTLYLRHYWKDERLSFPSTNNLSMTFDGRLVKKIWVPDMFFVHSKRSFIHDTTTDNV
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NP_001 MLRVQPDGKVLYSLRVTVTAMCNMDFSRFPLDTQTCSLEIESYAYTEDDLMLYWKKGNDS
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:.:::. ..
NP_001 LFNLIYWSIFS
460
452 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]