Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5134
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5134, 796 aa
1>>>pF1KB5134 796 - 796 aa - 796 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7821+/-0.00104; mu= 18.1406+/- 0.063
mean_var=77.1250+/-15.186, 0's: 0 Z-trim(104.7): 195 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.146042
statistics sampled from 7838 (8037) to 7838 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.604), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16
Scan time: 3.470
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10803.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 796) 5314 1129.8 0
CCDS81992.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 670) 4436 944.8 0
CCDS81993.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 693) 4203 895.7 0
CCDS10802.1 CDH8 gene_id:1006|Hs108|chr16 ( 799) 3582 764.9 0
CCDS3889.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 790) 3100 663.3 4.3e-190
CCDS3892.1 CDH10 gene_id:1008|Hs108|chr5 ( 788) 3091 661.4 1.6e-189
CCDS3894.1 CDH6 gene_id:1004|Hs108|chr5 ( 790) 3085 660.2 3.9e-189
CCDS11993.1 CDH7 gene_id:1005|Hs108|chr18 ( 785) 3074 657.8 1.9e-188
CCDS3893.1 CDH9 gene_id:1007|Hs108|chr5 ( 789) 3026 647.7 2.1e-185
CCDS3890.1 CDH12 gene_id:1010|Hs108|chr5 ( 794) 2987 639.5 6.4e-183
CCDS11977.1 CDH20 gene_id:28316|Hs108|chr18 ( 801) 2984 638.9 9.9e-183
CCDS9586.1 CDH24 gene_id:64403|Hs108|chr14 ( 781) 2920 625.4 1.1e-178
CCDS82259.1 CDH7 gene_id:1005|Hs108|chr18 ( 630) 2420 520.0 4.8e-147
CCDS13395.1 CDH22 gene_id:64405|Hs108|chr20 ( 828) 2416 519.2 1.1e-146
CCDS82991.1 CDH12 gene_id:1010|Hs108|chr5 ( 754) 2198 473.3 6.7e-133
CCDS54835.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 574) 2097 451.9 1.4e-126
CCDS75229.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 575) 2097 451.9 1.4e-126
CCDS9585.1 CDH24 gene_id:64403|Hs108|chr14 ( 819) 1937 418.3 2.6e-116
CCDS10804.1 CDH5 gene_id:1003|Hs108|chr16 ( 784) 1500 326.2 1.3e-88
CCDS59325.1 CDH19 gene_id:28513|Hs108|chr18 ( 490) 1496 325.3 1.6e-88
CCDS58784.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20 ( 842) 1408 306.8 9.4e-83
CCDS13488.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20 ( 916) 1408 306.9 1e-82
CCDS77172.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18 ( 875) 1399 304.9 3.6e-82
CCDS11891.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18 ( 906) 1399 305.0 3.7e-82
CCDS10976.1 CDH15 gene_id:1013|Hs108|chr16 ( 814) 1380 300.9 5.4e-81
CCDS11994.1 CDH19 gene_id:28513|Hs108|chr18 ( 772) 1036 228.4 3.4e-59
CCDS11895.1 DSC1 gene_id:1823|Hs108|chr18 ( 840) 815 181.9 3.8e-45
CCDS11894.1 DSC1 gene_id:1823|Hs108|chr18 ( 894) 815 181.9 4e-45
CCDS11893.1 DSC2 gene_id:1824|Hs108|chr18 ( 847) 796 177.9 6.2e-44
CCDS11892.1 DSC2 gene_id:1824|Hs108|chr18 ( 901) 796 177.9 6.5e-44
CCDS82004.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16 ( 784) 783 175.1 3.9e-43
CCDS32810.1 DSC3 gene_id:1825|Hs108|chr18 ( 896) 769 172.2 3.3e-42
CCDS13485.1 CDH26 gene_id:60437|Hs108|chr20 ( 832) 736 165.2 3.9e-40
CCDS58487.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 674) 669 151.1 5.8e-36
CCDS58486.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 713) 669 151.1 6.1e-36
CCDS58485.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 760) 669 151.1 6.4e-36
CCDS42423.1 DSG2 gene_id:1829|Hs108|chr18 (1118) 640 145.1 6.1e-34
CCDS11898.1 DSG3 gene_id:1830|Hs108|chr18 ( 999) 628 142.5 3.2e-33
CCDS11897.1 DSG4 gene_id:147409|Hs108|chr18 (1040) 601 136.9 1.7e-31
CCDS45845.1 DSG4 gene_id:147409|Hs108|chr18 (1059) 601 136.9 1.7e-31
CCDS14076.1 CELSR1 gene_id:9620|Hs108|chr22 (3014) 579 132.5 1e-29
CCDS82005.1 CDH1 gene_id:999|Hs108|chr16 ( 821) 571 130.5 1.1e-29
CCDS10869.1 CDH1 gene_id:999|Hs108|chr16 ( 882) 571 130.5 1.2e-29
CCDS81473.1 CDH23 gene_id:64072|Hs108|chr10 (1061) 560 128.2 6.9e-29
CCDS81472.1 CDH23 gene_id:64072|Hs108|chr10 (1381) 554 127.0 2.1e-28
CCDS58472.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 ( 732) 550 126.0 2.2e-28
CCDS4317.1 FAT2 gene_id:2196|Hs108|chr5 (4349) 554 127.3 5.5e-28
CCDS11896.1 DSG1 gene_id:1828|Hs108|chr18 (1049) 541 124.2 1.1e-27
CCDS10868.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16 ( 829) 517 119.1 3e-26
CCDS75350.1 PCDHGC5 gene_id:56097|Hs108|chr5 ( 878) 510 117.6 8.8e-26
>>CCDS10803.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 (796 aa)
initn: 5314 init1: 5314 opt: 5314 Z-score: 6047.2 bits: 1129.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5314; 99.9% identity (100.0% similar) in 796 aa overlap (1-796:1-796)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKENYCLQAALVCLGMLCHSHAFAPERRGHLRPSFHGHHEKGKEGQVLQRSKRGWVWNQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MKENYCLQAALVCLGMLCHSHAFAPERRGHLRPSFHGHHEKGKEGQVLQRSKRGWVWNQF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 FVIEEYTGPDPVLVGRLHSDIDSGDGNIKYILSGEGAGTIFVIDDKSGNIHATKTLDREE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FVIEEYTGPDPVLVGRLHSDIDSGDGNIKYILSGEGAGTIFVIDDKSGNIHATKTLDREE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RAQYTLMAQAVDRDTNRPLEPPSEFIVKVQDINDNPPEFLHETYHANVPERSNVGTSVIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RAQYTLMAQAVDRDTNRPLEPPSEFIVKVQDINDNPPEFLHETYHANVPERSNVGTSVIQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 VTASDADDPTYGNSAKLVYSILEGQPYFSVEAQTGIIRTALPNMDREAKEEYHVVIQAKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VTASDADDPTYGNSAKLVYSILEGQPYFSVEAQTGIIRTALPNMDREAKEEYHVVIQAKD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 MGGHMGGLSGTTKVTITLTDVNDNPPKFPQSVYQMSVSEAAVPGEEVGRVKAKDPDIGEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MGGHMGGLSGTTKVTITLTDVNDNPPKFPQSVYQMSVSEAAVPGEEVGRVKAKDPDIGEN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 GLVTYNIVDGDGMESFEITTDYETQEGVIKLKKPVDFETKRAYSLKVEAANVHIDPKFIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GLVTYNIVDGDGMESFEITTDYETQEGVIKLKKPVDFETKRAYSLKVEAANVHIDPKFIS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 NGPFKDTVTVKIAVEDADEPPMFLAPSYIHEVQENAAAGTVVGRVHAKDPDAANSPIRYS
::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NGPFKDTVTVKISVEDADEPPMFLAPSYIHEVQENAAAGTVVGRVHAKDPDAANSPIRYS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 IDRHTDLDRFFTINPEDGFIKTTKPLDREETAWLNITVFAAEIHNRHQEAKVPVAIRVLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IDRHTDLDRFFTINPEDGFIKTTKPLDREETAWLNITVFAAEIHNRHQEAKVPVAIRVLD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 VNDNAPKFAAPYEGFICESDQTKPLSNQPIVTISADDKDDTANGPRFIFSLPPEIIHNPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VNDNAPKFAAPYEGFICESDQTKPLSNQPIVTISADDKDDTANGPRFIFSLPPEIIHNPN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 FTVRDNRDNTAGVYARRGGFSRQKQDLYLLPIVISDGGIPPMSSTNTLTIKVCGCDVNGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FTVRDNRDNTAGVYARRGGFSRQKQDLYLLPIVISDGGIPPMSSTNTLTIKVCGCDVNGA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 LLSCNAEAYILNAGLSTGALIAILACIVILLVIVVLFVTLRRQKKEPLIVFEEEDVRENI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LLSCNAEAYILNAGLSTGALIAILACIVILLVIVVLFVTLRRQKKEPLIVFEEEDVRENI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 ITYDDEGGGEEDTEAFDIATLQNPDGINGFIPRKDIKPEYQYMPRPGLRPAPNSVDVDDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ITYDDEGGGEEDTEAFDIATLQNPDGINGFIPRKDIKPEYQYMPRPGLRPAPNSVDVDDF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 INTRIQEADNDPTAPPYDSIQIYGYEGRGSVAGSLSSLESATTDSDLDYDYLQNWGPRFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 INTRIQEADNDPTAPPYDSIQIYGYEGRGSVAGSLSSLESATTDSDLDYDYLQNWGPRFK
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB5 KLADLYGSKDTFDDDS
::::::::::::::::
CCDS10 KLADLYGSKDTFDDDS
790
>>CCDS81992.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 (670 aa)
initn: 4436 init1: 4436 opt: 4436 Z-score: 5048.6 bits: 944.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4436; 99.9% identity (100.0% similar) in 670 aa overlap (127-796:1-670)
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 AGTIFVIDDKSGNIHATKTLDREERAQYTLMAQAVDRDTNRPLEPPSEFIVKVQDINDNP
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MAQAVDRDTNRPLEPPSEFIVKVQDINDNP
10 20 30
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 PEFLHETYHANVPERSNVGTSVIQVTASDADDPTYGNSAKLVYSILEGQPYFSVEAQTGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 PEFLHETYHANVPERSNVGTSVIQVTASDADDPTYGNSAKLVYSILEGQPYFSVEAQTGI
40 50 60 70 80 90
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 IRTALPNMDREAKEEYHVVIQAKDMGGHMGGLSGTTKVTITLTDVNDNPPKFPQSVYQMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 IRTALPNMDREAKEEYHVVIQAKDMGGHMGGLSGTTKVTITLTDVNDNPPKFPQSVYQMS
100 110 120 130 140 150
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 VSEAAVPGEEVGRVKAKDPDIGENGLVTYNIVDGDGMESFEITTDYETQEGVIKLKKPVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VSEAAVPGEEVGRVKAKDPDIGENGLVTYNIVDGDGMESFEITTDYETQEGVIKLKKPVD
160 170 180 190 200 210
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 FETKRAYSLKVEAANVHIDPKFISNGPFKDTVTVKIAVEDADEPPMFLAPSYIHEVQENA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS81 FETKRAYSLKVEAANVHIDPKFISNGPFKDTVTVKISVEDADEPPMFLAPSYIHEVQENA
220 230 240 250 260 270
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 AAGTVVGRVHAKDPDAANSPIRYSIDRHTDLDRFFTINPEDGFIKTTKPLDREETAWLNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 AAGTVVGRVHAKDPDAANSPIRYSIDRHTDLDRFFTINPEDGFIKTTKPLDREETAWLNI
280 290 300 310 320 330
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 TVFAAEIHNRHQEAKVPVAIRVLDVNDNAPKFAAPYEGFICESDQTKPLSNQPIVTISAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 TVFAAEIHNRHQEAKVPVAIRVLDVNDNAPKFAAPYEGFICESDQTKPLSNQPIVTISAD
340 350 360 370 380 390
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 DKDDTANGPRFIFSLPPEIIHNPNFTVRDNRDNTAGVYARRGGFSRQKQDLYLLPIVISD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DKDDTANGPRFIFSLPPEIIHNPNFTVRDNRDNTAGVYARRGGFSRQKQDLYLLPIVISD
400 410 420 430 440 450
580 590 600 610 620 630
pF1KB5 GGIPPMSSTNTLTIKVCGCDVNGALLSCNAEAYILNAGLSTGALIAILACIVILLVIVVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GGIPPMSSTNTLTIKVCGCDVNGALLSCNAEAYILNAGLSTGALIAILACIVILLVIVVL
460 470 480 490 500 510
640 650 660 670 680 690
pF1KB5 FVTLRRQKKEPLIVFEEEDVRENIITYDDEGGGEEDTEAFDIATLQNPDGINGFIPRKDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 FVTLRRQKKEPLIVFEEEDVRENIITYDDEGGGEEDTEAFDIATLQNPDGINGFIPRKDI
520 530 540 550 560 570
700 710 720 730 740 750
pF1KB5 KPEYQYMPRPGLRPAPNSVDVDDFINTRIQEADNDPTAPPYDSIQIYGYEGRGSVAGSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KPEYQYMPRPGLRPAPNSVDVDDFINTRIQEADNDPTAPPYDSIQIYGYEGRGSVAGSLS
580 590 600 610 620 630
760 770 780 790
pF1KB5 SLESATTDSDLDYDYLQNWGPRFKKLADLYGSKDTFDDDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 SLESATTDSDLDYDYLQNWGPRFKKLADLYGSKDTFDDDS
640 650 660 670
>>CCDS81993.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 (693 aa)
initn: 4203 init1: 4203 opt: 4203 Z-score: 4783.1 bits: 895.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4203; 99.8% identity (100.0% similar) in 631 aa overlap (1-631:1-631)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKENYCLQAALVCLGMLCHSHAFAPERRGHLRPSFHGHHEKGKEGQVLQRSKRGWVWNQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MKENYCLQAALVCLGMLCHSHAFAPERRGHLRPSFHGHHEKGKEGQVLQRSKRGWVWNQF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 FVIEEYTGPDPVLVGRLHSDIDSGDGNIKYILSGEGAGTIFVIDDKSGNIHATKTLDREE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 FVIEEYTGPDPVLVGRLHSDIDSGDGNIKYILSGEGAGTIFVIDDKSGNIHATKTLDREE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RAQYTLMAQAVDRDTNRPLEPPSEFIVKVQDINDNPPEFLHETYHANVPERSNVGTSVIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 RAQYTLMAQAVDRDTNRPLEPPSEFIVKVQDINDNPPEFLHETYHANVPERSNVGTSVIQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 VTASDADDPTYGNSAKLVYSILEGQPYFSVEAQTGIIRTALPNMDREAKEEYHVVIQAKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VTASDADDPTYGNSAKLVYSILEGQPYFSVEAQTGIIRTALPNMDREAKEEYHVVIQAKD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 MGGHMGGLSGTTKVTITLTDVNDNPPKFPQSVYQMSVSEAAVPGEEVGRVKAKDPDIGEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MGGHMGGLSGTTKVTITLTDVNDNPPKFPQSVYQMSVSEAAVPGEEVGRVKAKDPDIGEN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 GLVTYNIVDGDGMESFEITTDYETQEGVIKLKKPVDFETKRAYSLKVEAANVHIDPKFIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GLVTYNIVDGDGMESFEITTDYETQEGVIKLKKPVDFETKRAYSLKVEAANVHIDPKFIS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 NGPFKDTVTVKIAVEDADEPPMFLAPSYIHEVQENAAAGTVVGRVHAKDPDAANSPIRYS
::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NGPFKDTVTVKISVEDADEPPMFLAPSYIHEVQENAAAGTVVGRVHAKDPDAANSPIRYS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 IDRHTDLDRFFTINPEDGFIKTTKPLDREETAWLNITVFAAEIHNRHQEAKVPVAIRVLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 IDRHTDLDRFFTINPEDGFIKTTKPLDREETAWLNITVFAAEIHNRHQEAKVPVAIRVLD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 VNDNAPKFAAPYEGFICESDQTKPLSNQPIVTISADDKDDTANGPRFIFSLPPEIIHNPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VNDNAPKFAAPYEGFICESDQTKPLSNQPIVTISADDKDDTANGPRFIFSLPPEIIHNPN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 FTVRDNRDNTAGVYARRGGFSRQKQDLYLLPIVISDGGIPPMSSTNTLTIKVCGCDVNGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 FTVRDNRDNTAGVYARRGGFSRQKQDLYLLPIVISDGGIPPMSSTNTLTIKVCGCDVNGA
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CCDS38 WGPRFNKLAEMYGGGES-DKDS
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CCDS38 QYVGKLHSDQDRGDGSLKYILSGDGAGDLFIINENTGDIQATKRLDREEKPVYILRAQAI
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CCDS38 NIDSGNGSIFTSKLLDRETLLWHNITVIATEINNPKQSSRVPLYIKVLDVNDNAPEFAEF
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CCDS38 YETFVCE----KAKADQLIQTLHAVDKDDPYSGHQFSFSLAPEAASGSNFTIQDNKDNTA
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CCDS38 FKVLADMFGEEESYNPDKVT
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796 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 22:20:57 2016 done: Thu Nov 3 22:20:58 2016
Total Scan time: 3.470 Total Display time: 0.250
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]