Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5128
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5128, 795 aa
1>>>pF1KB5128 795 - 795 aa - 795 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8996+/- 0.001; mu= 17.0148+/- 0.060
mean_var=77.1974+/-15.390, 0's: 0 Z-trim(105.1): 192 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.145973
statistics sampled from 8021 (8221) to 8021 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.614), E-opt: 0.2 (0.253), width: 16
Scan time: 4.330
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4246.1 PCDHB4 gene_id:56131|Hs108|chr5 ( 795) 5168 1098.6 0
CCDS4247.1 PCDHB5 gene_id:26167|Hs108|chr5 ( 795) 4035 860.0 0
CCDS4248.1 PCDHB6 gene_id:56130|Hs108|chr5 ( 794) 3998 852.2 0
CCDS4245.1 PCDHB3 gene_id:56132|Hs108|chr5 ( 796) 3966 845.4 0
CCDS4257.1 PCDHB15 gene_id:56121|Hs108|chr5 ( 787) 3965 845.2 0
CCDS4256.1 PCDHB14 gene_id:56122|Hs108|chr5 ( 798) 3931 838.1 0
CCDS4244.1 PCDHB2 gene_id:56133|Hs108|chr5 ( 798) 3885 828.4 0
CCDS4251.1 PCDHB16 gene_id:57717|Hs108|chr5 ( 776) 3871 825.4 0
CCDS4254.1 PCDHB12 gene_id:56124|Hs108|chr5 ( 795) 3866 824.4 0
CCDS4253.1 PCDHB11 gene_id:56125|Hs108|chr5 ( 797) 3840 818.9 0
CCDS4249.1 PCDHB7 gene_id:56129|Hs108|chr5 ( 793) 3839 818.7 0
CCDS4250.1 PCDHB8 gene_id:56128|Hs108|chr5 ( 801) 3825 815.7 0
CCDS75328.1 PCDHB9 gene_id:56127|Hs108|chr5 ( 797) 3783 806.9 0
CCDS4252.1 PCDHB10 gene_id:56126|Hs108|chr5 ( 800) 3772 804.6 0
CCDS4255.1 PCDHB13 gene_id:56123|Hs108|chr5 ( 798) 3770 804.2 0
CCDS78067.1 PCDHB6 gene_id:56130|Hs108|chr5 ( 658) 3465 739.9 3.2e-213
CCDS4243.1 PCDHB1 gene_id:29930|Hs108|chr5 ( 818) 2596 556.9 4.8e-158
CCDS75344.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 808) 2131 459.0 1.4e-128
CCDS47293.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 929) 2131 459.0 1.6e-128
CCDS75335.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 818) 2120 456.7 7.1e-128
CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 932) 2120 456.7 8e-128
CCDS47289.1 PCDHGA2 gene_id:56113|Hs108|chr5 ( 932) 2119 456.5 9.2e-128
CCDS75332.1 PCDHGB2 gene_id:56103|Hs108|chr5 ( 811) 2117 456.0 1.1e-127
CCDS54924.1 PCDHGB2 gene_id:56103|Hs108|chr5 ( 931) 2117 456.1 1.2e-127
CCDS75336.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 817) 2106 453.7 5.5e-127
CCDS54927.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 932) 2106 453.8 6.2e-127
CCDS54922.1 PCDHGA1 gene_id:56114|Hs108|chr5 ( 931) 2102 452.9 1.1e-126
CCDS75333.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 813) 2100 452.5 1.3e-126
CCDS54925.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 931) 2100 452.5 1.5e-126
CCDS75342.1 PCDHGB6 gene_id:56100|Hs108|chr5 ( 820) 2098 452.0 1.8e-126
CCDS54929.1 PCDHGB6 gene_id:56100|Hs108|chr5 ( 930) 2098 452.1 2e-126
CCDS75331.1 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 851) 2095 451.4 2.8e-126
CCDS58979.2 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 962) 2095 451.4 3.2e-126
CCDS75340.1 PCDHGB5 gene_id:56101|Hs108|chr5 ( 818) 2091 450.6 4.9e-126
CCDS75339.1 PCDHGB5 gene_id:56101|Hs108|chr5 ( 923) 2091 450.6 5.5e-126
CCDS75341.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 828) 2089 450.1 6.7e-126
CCDS58981.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 932) 2089 450.2 7.4e-126
CCDS75337.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5 ( 803) 2074 447.0 5.8e-125
CCDS54928.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5 ( 923) 2074 447.0 6.5e-125
CCDS75343.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 850) 2073 446.8 7e-125
CCDS47292.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 936) 2073 446.8 7.6e-125
CCDS75329.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 829) 2072 446.6 8e-125
CCDS75345.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 837) 2072 446.6 8e-125
CCDS47290.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 932) 2072 446.6 8.8e-125
CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 935) 2072 446.6 8.8e-125
CCDS75346.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 820) 2071 446.4 9.1e-125
CCDS4260.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 932) 2071 446.4 1e-124
CCDS75334.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 814) 2045 440.9 4e-123
CCDS58980.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 929) 2045 440.9 4.5e-123
CCDS75338.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 820) 2037 439.2 1.3e-122
>>CCDS4246.1 PCDHB4 gene_id:56131|Hs108|chr5 (795 aa)
initn: 5168 init1: 5168 opt: 5168 Z-score: 5878.5 bits: 1098.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5168; 100.0% identity (100.0% similar) in 795 aa overlap (1-795:1-795)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKKLGRIHPNRQVLAFILMVFLSQVRLEPIRYSVLEETESGSFVAHLAKDLGLGIGELAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MKKLGRIHPNRQVLAFILMVFLSQVRLEPIRYSVLEETESGSFVAHLAKDLGLGIGELAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 RSARVLSDDDKQRLQLDRQTGDLLLREKLDREELCGPIEPCVLHFQVFLEMPVQFFQGEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RSARVLSDDDKQRLQLDRQTGDLLLREKLDREELCGPIEPCVLHFQVFLEMPVQFFQGEL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LIQDINDHSPIFPEREVLLKILENSQPGTLFPLLIAEDLDVGSNGLQKYTISPNSHFHIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LIQDINDHSPIFPEREVLLKILENSQPGTLFPLLIAEDLDVGSNGLQKYTISPNSHFHIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 TRNHSEGKKYPDLVQDKPLDREEQPEFSLTLVALDGGSPPRSGTVMVRILIMDINDNAPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TRNHSEGKKYPDLVQDKPLDREEQPEFSLTLVALDGGSPPRSGTVMVRILIMDINDNAPE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 FVHTPYGVQVLENSPLDSPIVRVLARDIDAGNFGSVSYGLFQASDEIKQTFSINEVTGEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 FVHTPYGVQVLENSPLDSPIVRVLARDIDAGNFGSVSYGLFQASDEIKQTFSINEVTGEI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LLKKKLDFEKIKSYHVEIEATDGGGLSGKGTVVIEVVDVNDNPPELIISSLTSSIPENAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LLKKKLDFEKIKSYHVEIEATDGGGLSGKGTVVIEVVDVNDNPPELIISSLTSSIPENAP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ETVVSIFRIRDRDSGENGKMICSIPDNLPFILKPTLKNFYTLVTERPLDRETSAEYNITI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ETVVSIFRIRDRDSGENGKMICSIPDNLPFILKPTLKNFYTLVTERPLDRETSAEYNITI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 AVTDLGTPRLKTQQNITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AVTDLGTPRLKTQQNITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 TNAQVTYSLLPPQDPHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGASDRGSPAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TNAQVTYSLLPPQDPHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGASDRGSPAL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 SSEALVRVLVLDTNDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SSEALVRVLVLDTNDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAW
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 LSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 LVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAAS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 VGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGDSGTGEFKFLKPIFPNLLVQDTGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGDSGTGEFKFLKPIFPNLLVQDTGR
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB5 EVKENPKFRNSLVFS
:::::::::::::::
CCDS42 EVKENPKFRNSLVFS
790
>>CCDS4247.1 PCDHB5 gene_id:26167|Hs108|chr5 (795 aa)
initn: 4035 init1: 2871 opt: 4035 Z-score: 4588.9 bits: 860.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4035; 77.8% identity (90.9% similar) in 789 aa overlap (4-792:5-792)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKKLGRIHPNRQVLAFILMVFLSQVRLEPIRYSVLEETESGSFVAHLAKDLGLGIGELA
:.. .:::. . ....: .. : .:::. :::::: ::.::::::::.::::
CCDS42 METALAKTPQKRQVMFLAILLLLWEAGSEAVRYSIPEETESGYSVANLAKDLGLGVGELA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SRSARVLSDDDKQRLQLDRQTGDLLLREKLDREELCGPIEPCVLHFQVFLEMPVQFFQGE
.:.::. .:. :::: .::.::: :::::: .:: :::.::::..:: :::::: .
CCDS42 TRGARMHYKGNKELLQLDIKTGNLLLYEKLDREVMCGATEPCILHFQLLLENPVQFFQTD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LLIQDINDHSPIFPEREVLLKILENSQPGTLFPLLIAEDLDVGSNGLQKYTISPNSHFHI
: . :::::.: :::.:.:::: :..::::.::: ::.:.:.::: .:.::::::::::.
CCDS42 LQLTDINDHAPEFPEKEMLLKIPESTQPGTVFPLKIAQDFDIGSNTVQNYTISPNSHFHV
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 LTRNHSEGKKYPDLVQDKPLDREEQPEFSLTLVALDGGSPPRSGTVMVRILIMDINDNAP
:.:...:.:::.:: :: :::::.::.::::.:::::.::::::. .::...: :::::
CCDS42 ATHNRGDGRKYPELVLDKALDREERPELSLTLTALDGGAPPRSGTTTIRIVVLDNNDNAP
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 EFVHTPYGVQVLENSPLDSPIVRVLARDIDAGNFGSVSYGLFQASDEIKQTFSINEVTGE
::... : ::: :::::.: .: : :::.::: .:::.:.:::. ::. : : :.: :.:
CCDS42 EFLQSFYEVQVPENSPLNSLVVVVSARDLDAGAYGSVAYALFQG-DEVTQPFVIDEKTAE
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 ILLKKKLDFEKIKSYHVEIEATDGGGLSGKGTVVIEVVDVNDNPPELIISSLTSSIPENA
: ::. :::: :.::: :::::::::: ::.::::::::: ::: .:.:.: ::::
CCDS42 IRLKRALDFEATPYYNVEIVATDGGGLSGKCTVAIEVVDVNDNAPELTMSTLSSPTPENA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 PETVVSIFRIRDRDSGENGKMICSIPDNLPFILKPTLKNFYTLVTERPLDRETSAEYNIT
:::::..: . : :::.::.::::: ..:::.:::::::::::::.: ::::..::::::
CCDS42 PETVVAVFSVSDPDSGDNGRMICSIQNDLPFLLKPTLKNFYTLVTQRTLDRESQAEYNIT
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 IAVTDLGTPRLKTQQNITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
:.:::.:::::::..:::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ITVTDMGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 GTNAQVTYSLLPPQDPHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGASDRGSPA
::::::::::::::.::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS42 GTNAQVTYSLLPPQNPHLRLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGATDRGSPA
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 LSSEALVRVLVLDTNDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
:::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KB5 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
:::::::::::::::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 WLSYQLLKATEPGLFSMWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KB5 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KB5 SVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGDSGTGEFKFLKPIFPNLLVQDTG
::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.:::::::::.:::: : .:
CCDS42 PVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYHYEVCLTGDSGAGEFKFLKPIIPNLLPQGAG
720 730 740 750 760 770
780 790
pF1KB5 REVKENPKFRNSLVFS
.:. .. ::::.
CCDS42 EEIGKTAAFRNSFGLN
780 790
>>CCDS4248.1 PCDHB6 gene_id:56130|Hs108|chr5 (794 aa)
initn: 2814 init1: 2814 opt: 3998 Z-score: 4546.8 bits: 852.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3998; 77.8% identity (90.4% similar) in 785 aa overlap (11-795:11-794)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKKLGRIHPNRQVLAFILMVFLSQVRLEPIRYSVLEETESGSFVAHLAKDLGLGIGELAS
::: :::... ..: : :.::::::::::.:::.:.::::: .:::::
CCDS42 MMQTKVQNKKRQVAFFILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGELAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 RSARVLSDDDKQRLQLDRQTGDLLLREKLDREELCGPIEPCVLHFQVFLEMPVQFFQGEL
:.:::. ..:.::.: :: :::: :::::::::: ::::: :::.:: :.::::. :
CCDS42 RGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQASL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LIQDINDHSPIFPEREVLLKILENSQPGTLFPLLIAEDLDVGSNGLQKYTISPNSHFHIL
..:::::.: :: ::.:::: : ..:: .::: .:.:::.::::::.:::: : :::.:
CCDS42 RVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFHVL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 TRNHSEGKKYPDLVQDKPLDREEQPEFSLTLVALDGGSPPRSGTVMVRILIMDINDNAPE
:::.:::.:.:.:: ::::::::::.. :::.:::::::::::: ..: ..:::::.::
CCDS42 TRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNVPE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 FVHTPYGVQVLENSPLDSPIVRVLARDIDAGNFGSVSYGLFQASDEIKQTFSINEVTGEI
:.. : .:: ::.:: : .. : :::.:::.::.:::.:::. :...: : :: .::::
CCDS42 FAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQV-DDVNQPFEINAITGEI
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LLKKKLDFEKIKSYHVEIEATDGGGLSGKGTVVIEVVDVNDNPPELIISSLTSSIPENAP
:.: ::::.:.:: :..::::::::::: ..:..:.::::: ::: .: . : :::: :
CCDS42 RLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENLP
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370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ETVVSIFRIRDRDSGENGKMICSIPDNLPFILKPTLKNFYTLVTERPLDRETSAEYNITI
: .:..: . : :::.: ..:::: .::::.:.:...:::::::: ::::. :::::::
CCDS42 EITVAVFSVSDADSGHNQQVICSIENNLPFLLRPSVENFYTLVTEGALDRESRAEYNITI
360 370 380 390 400 410
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.:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TVTDLGTPRLKTQQSITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSG
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::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::
CCDS42 INAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQSFEFRVGATDRGSPAL
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:::::::.::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SSEALVRLLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAW
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:::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSYQLLKATELGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAAS
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pF1KB5 VGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGDSGTGEFKFLKPIFPNLLVQDTGR
::: ::::::::::::::::::::::::::.::::: : :.::::::::.::. : : :
CCDS42 VGRYSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYKVCLTGGSETNEFKFLKPIMPNFPPQGTER
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790
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:..:.: :::. ::
CCDS42 EMEETPTSRNSFPFS
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:. .:::: .:.::: : . : :::: :: :.: ..:.::::::: . :
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::.:.:.:.: .::..::..::::::: ::::::::::: :::.::::..:. :.::
CCDS42 LAARGAQVVSKGNKQHFQLSHQTGDLLLNEKLDREELCGPTEPCILHFQILLQNPLQFVT
60 70 80 90 100 110
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.:: : :.:::::.: : :. :::::.. :::..:: ::::::: :.::.:::.:::::
CCDS42 NELRIIDVNDHSPVFFENEMHLKILESTLPGTVIPLGNAEDLDVGRNSLQNYTITPNSHF
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:.:::.. .:.:::.:: :: :: :::::.::::.::::::::::::... : ..:::::
CCDS42 HVLTRSRRDGRKYPELVLDKALDPEEQPELSLTLTALDGGSPPRSGTAQINIQVLDINDN
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::::.. : : ::::.:..: :: : : :.:.:.::..::..:.::.::..::..: .:
CCDS42 APEFAQPLYEVAVLENTPVNSVIVTVSASDLDTGSFGTISYAFFHASEEIRKTFQLNPIT
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:.. : : :.:: :.::.:.::: ::::::::.::...::::::::::: .::..: :::
CCDS42 GDMQLVKYLNFEAINSYEVDIEAKDGGGLSGKSTVIVQVVDVNDNPPELTLSSVNSPIPE
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CCDS42 NSGETVLAVFSVSDLDSGDNGRVMCSIENNLPFFLKPSVENFYTLVSEGALDRETRSEYN
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CCDS42 ITITITDLGTPRLKTKYNITVLVSDVNDNAPAFTQISYTLFVRENNSPALHIGSVSATDR
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::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS42 DSGTNAQVTYSLLPPQDPHLPLSSLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGATDRGS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 NAWLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATL
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CCDS42 HVLLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADLLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSR
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CCDS42 AASVGRCSVPEGPFPGQMVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSGTNEFKFLKPIIPNFVAQG
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. : . ::.::.:. ::
CCDS42 AERVSEANPSFRKSFEFS
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CCDS42 MEPAGERFPEQRQVLILLLLLEVTLAGWEPRRYSVMEETERGSFVANLANDLGLGVGELA
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CCDS42 ERGARVVSEDNEQGLQLDLQTGQLILNEKLDREKLCGPTEPCIMHFQVLLKKPLEVFRAE
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CCDS42 LLVTDINDHSPEFPEREMTLKIPETSSLGTVFPLKKARDLDVGSNNVQNYNISPNSHFHV
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CCDS42 STRTRGDGRKYPELVLDTELDREEQAELRLTLTAVDGGSPPRSGTVQILILVLDANDNAP
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CCDS42 EFVQALYEVQVPENSPVGSLVVKVSARDLDTGTNGEISYSLYYSSQEIDKPFELSSLSGE
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: : :::::: ..:: ..:::.:::::::: .: ..:.::::: ::: :::::: ::::.
CCDS42 IRLIKKLDFETMSSYDLDIEASDGGGLSGKCSVSVKVLDVNDNFPELSISSLTSPIPENS
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pF1KB5 PETVVSIFRIRDRDSGENGKMICSIPDNLPFILKPTLKNFYTLVTERPLDRETSAEYNIT
::: :..:::::::::::::::::: :..:: :::...::: :::: ::::: ::::::
CCDS42 PETEVALFRIRDRDSGENGKMICSIQDDVPFKLKPSVENFYRLVTEGALDRETRAEYNIT
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:..::::::::::.:.::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ITITDLGTPRLKTEQSITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
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CCDS42 GTNAQVTYSLLPPRDPHLPLTSLVSINTDNGHLFALQSLDYEALQAFEFRVGATDRGFPA
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pF1KB5 LSSEALVRVLVLDTNDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
:::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:
CCDS42 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDVAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLQV
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pF1KB5 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS42 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVFLFVAVRLCRRSRAA
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pF1KB5 SVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGDSGTGEFKFLKPIFPNLLVQDTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: : ...::::::::::.. ::.
CCDS42 SVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSESNDFKFLKPIFPNIVSQDSR
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780 790
pF1KB5 REVKENPKFRNSLVFS
:.
CCDS42 RKSEFLE
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pF1KB5 MKKLGRIHPNRQVLAFILMVFLSQVRLEPIRYSVLEETESGSFVAHLAKDLGLGIGELA
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CCDS42 MEIRGALDLRKRQVLIFLVLLGLSRAGTESAHYSVAEETEIGSFVANLARDLGLGVEELS
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pF1KB5 SRSARVLSDDDKQRLQLDRQTGDLLLREKLDREELCGPIEPCVLHFQVFLEMPVQFFQGE
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CCDS42 SREARVVSDDNKKYLHLDLLTGNLLLNEKLDRDELCGSTEPCVLHFQVVLENPLQFFRFE
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pF1KB5 LLIQDINDHSPIFPEREVLLKILENSQPGTLFPLLIAEDLDVGSNGLQKYTISPNSHFHI
: ..::::::: : ..:.:.:: :.. :. : . :.:::::::.::.:::::::::.:
CCDS42 LCVKDINDHSPTFLDKEILIKISEGTTVGATFLMESAQDLDVGSNSLQNYTISPNSHFYI
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pF1KB5 LTRNHSEGKKYPDLVQDKPLDREEQPEFSLTLVALDGGSPPRSGTVMVRILIMDINDNAP
. :. : ::.:: :. :: :.. :. :::.:.::::::.:::..: : ..:::::::
CCDS42 KIPDSSDRKIYPELVLDRALDYEQEAELRLTLTAVDGGSPPKSGTTLVLIKVLDINDNAP
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pF1KB5 EFVHTPYGVQVLENSPLDSPIVRVLARDIDAGNFGSVSYGLFQASDEIKQTFSINEVTGE
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CCDS42 EFPQSLYEVQVPEDRPLGSWIATISAKDLDAGNYGKISYTFFHASEDIRKTFEINPISGE
250 260 270 280 290 300
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CCDS42 VNLRSPLDFEVIQSYTINIQATDGGGLSGKCTLLVKVMDINDNPPEVTISSITKRIPENA
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pF1KB5 PETVVSIFRIRDRDSGENGKMICSIPDNLPFILKPTLKNFYTLVTERPLDRETSAEYNIT
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CCDS42 SETLVALFSILDQDSGDNGRMICSIQDNLPFFLKPTFKNFFTLVSEKALDRESQAEYNIT
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pF1KB5 IAVTDLGTPRLKTQQNITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
:.:::::::::::. :::: .::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ITVTDLGTPRLKTEYNITVLLSDVNDNAPTFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
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pF1KB5 GTNAQVTYSLLPPQDPHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGASDRGSPA
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CCDS42 GTNAQVNYSLLPPQDRHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQEFEFRVGATDRGSPA
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pF1KB5 LSSEALVRVLVLDTNDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
:::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
550 560 570 580 590 600
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pF1KB5 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
610 620 630 640 650 660
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pF1KB5 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
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pF1KB5 SVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGDSGTGEFKFLKPIFPNLLVQDTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::.::::::::.::. :.:::
CCDS42 SVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSGTNEFKFLKPIIPNFQVHDTG
730 740 750 760 770 780
780 790
pF1KB5 REVKENPKFRNSLVFS
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CCDS42 RNMGEIENFRNSFGLNIQ
790
>>CCDS4244.1 PCDHB2 gene_id:56133|Hs108|chr5 (798 aa)
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pF1KB5 MKKLGRIHPNRQVLAFILMVFLSQVRLEPIRYSVLEETESGSFVAHLAKDLGLGIGE
:. .:::: :.... ..:. .: .::: ::::::::::.: ::::: :::
CCDS42 MEAGEGKERVPKQRQVLIFFVLLGIAQASCQPRHYSVAEETESGSFVANLLKDLGLEIGE
10 20 30 40 50 60
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pF1KB5 LASRSARVLSDDDKQRLQLDRQTGDLLLREKLDREELCGPIEPCVLHFQVFLEMPVQFFQ
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CCDS42 LAVRGARVVSKGKKMHLQFDRQTGDLLLNEKLDREELCGPTEPCVLPFQVLLENPLQFFQ
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CCDS42 AELRIRDVNDHSPVFLDKEILLKIPESITPGTTFLIERAQDLDVGTNSLQNYTISPNFHF
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pF1KB5 HILTRNHSEGKKYPDLVQDKPLDREEQPEFSLTLVALDGGSPPRSGTVMVRILIMDINDN
:. .. .: :.:: .. ::::::::. :::.::::::::::::..::: ..:::::
CCDS42 HLNLQDSLDGIILPQLVLNRALDREEQPEIRLTLTALDGGSPPRSGTALVRIEVVDINDN
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pF1KB5 APEFVHTPYGVQVLENSPLDSPIVRVLARDIDAGNFGSVSYGLFQASDEIKQTFSINEVT
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CCDS42 VPEFAKLLYEVQIPEDSPVGSQVAIVSARDLDIGTNGEISYAFSQASEDIRKTFRLSAKS
250 260 270 280 290 300
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: .:....: . : :::.::.:.::: :.:::.:::...:::::: ::::: .:::
CCDS42 NLQDTLIAVFSVSDPDSGDNGRMVCSIQDDLPFFLKPSVENFYTLVISTALDRETRSEYN
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CCDS42 NAWLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLRERDAAKQRLVVLVKDNGEPPRSATATL
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CCDS42 HVLLVDGFSQPYLLLPEAAPAQAQADLLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSR
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CCDS42 AASVGRCSVPEGPFPGQMVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSGTNEFKFLKPIIPNFVAQG
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CCDS42 AERVSEANPSFRKSFEFT
790
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CCDS42 STRKARIISQGNKQHLQLKAQTGDLLINEKLDREELCGPTEPCILHFQVLMENPLEIFQA
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CCDS42 ELRVIDINDHSPMFTEKEMILKIPENSPLGTEFPLNHALDLDVGSNNVQNYKISPSSHFR
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CCDS42 VLIHEFRDGRKYPELVLDKELDREEEPQLRLTLTALDGGSPPRSGTAQVRIEVVDINDNA
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CCDS42 PEFEQPIYKVQIPENSPLGSLVATVSARDLDGGANGKISYTLFQPSEDISKTLEVNPMTG
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CCDS42 EVRLRKQVDFEMVTSYEVRIKATDGGGLSGKCTLLLQVVDVNDNPPQVTMSALTSPIPEN
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CCDS42 SPEIVVAVFSVSDPDSGNNGKTISSIQEDLPFLLKPSVKNFYTLVTERALDREARAEYNI
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CCDS42 ALSREALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQN
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CCDS42 ASVGRCSMPEGPFPGRLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSETSEFKFLKPIIPNFSP
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CCDS42 SRGARVVSNDNKECLQLDTNTGDLLLREMLDREELCGSNEPCVLYFQVLMKNPTQFLQIE
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CCDS42 EFEQAFYEVKILENSILGSLVVTVSAWDLDSGTNSELSYTFSHASEDIRKTFEINQKSGD
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CCDS42 ITLTAPLDFEAIESYSIIIQATDGGGLFGKSTVRIQVMDVNDNAPEITVSSITSPIPENT
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CCDS42 PETVVMVFRIRDRDSGDNGKMVCSIPEDIPFVLKSSVNNYYTLETERPLDRESRAEYNIT
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CCDS42 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
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CCDS42 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
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CCDS42 PVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYHYEVCVTGGSRSNKFKFLKPIIPNFLPQSTG
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pF1KB5 REVKENPKFRNSLVFS
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CCDS42 SEVEENPPFQNNLGF
790
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pF1KB5 MKKLG-RIHPNRQVLAFILMVFLSQVRLEPIRYSVLEETESGSFVAHLAKDLGLGIGELA
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CCDS42 MENQGTRTQQIRQVLLLFVLLGMSQAGSETWSFSVAEEMQSGSFVGNLAKDLGLKVRELS
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pF1KB5 SRSARVLSDDDKQRLQLDRQTGDLLLREKLDREELCGPIEPCVLHFQVFLEMPVQFFQGE
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CCDS42 SRGARVVSNDKKQRLQLDINTGDLLLSETLDREELCGSIEPCVLHLQVLMQNPTQFLQIE
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pF1KB5 LLIQDINDHSPIFPEREVLLKILENSQPGTLFPLLIAEDLDVGSNGLQKYTISPNSHFHI
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CCDS42 LQVRDINDHSPIFSEKQMLLEIPENSPVGAVFLLESAKDLDVGINAVKSYTISPNSHFHI
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pF1KB5 LTRNHSEGKKYPDLVQDKPLDREEQPEFSLTLVALDGGSPPRSGTVMVRILIMDINDNAP
: ...:::.:: :: :: :: ::.:. : ::::::::::::..::....:::::.:
CCDS42 KMRVIPDNRKYPELVLDKALDYEELPELSFILSALDGGSPPRSGTALVRVVVVDINDNSP
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pF1KB5 EFVHTPYGVQVLENSPLDSPIVRVLARDIDAGNFGSVSYGLFQASDEIKQTFSINEVTGE
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CCDS42 EFEQAFYEVKIRENSILGSLILIVSAWDLDSGTNGEICYTFSHASEDIRKTFEINQKSGE
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pF1KB5 ILLKKKLDFEKIKSYHVEIEATDGGGLSGKGTVVIEVVDVNDNPPELIISSLTSSIPENA
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CCDS42 ITLRAPLDFETIESYSIIIQATDGGGLFGKSTVIIHVIDVNDNAPEITVSSITSPIPENT
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pF1KB5 PETVVSIFRIRDRDSGENGKMICSIPDNLPFILKPTLKNFYTLVTERPLDRETSAEYNIT
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CCDS42 PETVVMVFSIQDIDSGDNGRIVCSIPEDLPFVLKSSVENYYTLETERPLDRESTAEYNIT
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pF1KB5 IAVTDLGTPRLKTQQNITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
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CCDS42 ITVTDLGIPRLKTEHNTTVLVSDVNDNAPTFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
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pF1KB5 GTNAQVTYSLLPPQDPHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGASDRGSPA
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CCDS42 GTNAQVNYSLLPPQDLHLPLASLVSINTDNGHLFALRSLDYEALQAFDFRVGATDRGSPA
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CCDS42 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
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pF1KB5 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
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CCDS42 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLQV
610 620 630 640 650 660
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pF1KB5 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
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CCDS42 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
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pF1KB5 SVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGDSGTGEFKFLKPIFPNLLVQDTG
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CCDS42 SVGSCSVPKGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSETNEFKFLKPVIPNIQAKGLG
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pF1KB5 REVKENPKFRNSLVFS
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CCDS42 KNSEENSTFRNSFGFNF
790
795 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]