FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5093, 951 aa
1>>>pF1KB5093 951 - 951 aa - 951 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6962+/-0.00049; mu= 20.3752+/- 0.030
mean_var=140.9593+/-31.933, 0's: 0 Z-trim(112.0): 497 B-trim: 1935 in 2/50
Lambda= 0.108026
statistics sampled from 20125 (20758) to 20125 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16
Scan time: 9.850
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_060960 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repea ( 951) 6343 1001.9 0
NP_001333361 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich re ( 927) 5770 912.6 0
NP_003658 (OMIM: 606667) leucine-rich repeat-conta ( 907) 1748 285.8 6.8e-76
NP_001017403 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-co ( 967) 1676 274.6 1.7e-72
XP_011508141 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 900) 1665 272.9 5.3e-72
NP_067649 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-conta ( 915) 1558 256.2 5.6e-67
XP_005245461 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 924) 1556 255.9 7e-67
XP_011508143 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 833) 1314 218.1 1.5e-55
XP_016857486 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 833) 1314 218.1 1.5e-55
XP_016857485 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 876) 1256 209.1 8.1e-53
NP_001264156 (OMIM: 606667) leucine-rich repeat-co ( 835) 1171 195.8 7.6e-49
XP_011508140 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 900) 1084 182.3 9.6e-45
XP_011508144 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 777) 1082 181.9 1.1e-44
XP_011508148 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 777) 1082 181.9 1.1e-44
XP_011508145 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 777) 1082 181.9 1.1e-44
XP_011508142 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 852) 1071 180.2 3.8e-44
NP_001264155 (OMIM: 606667) leucine-rich repeat-co ( 883) 1041 175.6 9.9e-43
XP_016857487 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 609) 1003 169.5 4.8e-41
NP_001017404 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-co ( 828) 969 164.3 2.3e-39
XP_011508146 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 708) 760 131.7 1.3e-29
XP_005268094 (OMIM: 275200,603372,603373,609152) P ( 764) 685 120.0 4.6e-26
NP_000360 (OMIM: 275200,603372,603373,609152) thyr ( 764) 685 120.0 4.6e-26
NP_852111 (OMIM: 136435,233300,276400,608115) foll ( 669) 682 119.5 5.8e-26
NP_000136 (OMIM: 136435,233300,276400,608115) foll ( 695) 651 114.7 1.7e-24
XP_011535421 (OMIM: 275200,603372,603373,609152) P ( 671) 611 108.4 1.2e-22
NP_004961 (OMIM: 601489,615961) insulin-like growt ( 605) 592 105.4 9.1e-22
NP_001139478 (OMIM: 601489,615961) insulin-like gr ( 643) 592 105.4 9.5e-22
XP_011531036 (OMIM: 136435,233300,276400,608115) P ( 618) 557 100.0 4.1e-20
XP_011531035 (OMIM: 136435,233300,276400,608115) P ( 729) 557 100.1 4.5e-20
XP_011531037 (OMIM: 136435,233300,276400,608115) P ( 431) 542 97.4 1.6e-19
XP_011531038 (OMIM: 136435,233300,276400,608115) P ( 431) 542 97.4 1.6e-19
XP_011531136 (OMIM: 152790,176410,238320) PREDICTE ( 380) 531 95.6 5e-19
XP_005264366 (OMIM: 152790,176410,238320) PREDICTE ( 380) 531 95.6 5e-19
XP_006712078 (OMIM: 152790,176410,238320) PREDICTE ( 389) 531 95.7 5.1e-19
NP_001288115 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19
NP_001288129 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19
NP_001288123 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19
NP_001288126 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19
NP_001288127 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19
NP_001288118 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19
NP_001288124 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19
NP_001288120 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19
NP_001288121 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19
XP_011520420 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 533 96.2 5.4e-19
XP_016878171 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 533 96.2 5.4e-19
NP_001288116 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19
NP_001288128 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19
NP_116197 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and i ( 620) 533 96.2 5.4e-19
XP_016859579 (OMIM: 152790,176410,238320) PREDICTE ( 487) 531 95.8 5.8e-19
XP_011531133 (OMIM: 152790,176410,238320) PREDICTE ( 487) 531 95.8 5.8e-19
>>NP_060960 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repeat-co (951 aa)
initn: 6343 init1: 6343 opt: 6343 Z-score: 5353.5 bits: 1001.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6343; 100.0% identity (100.0% similar) in 951 aa overlap (1-951:1-951)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MPGPLGLLCFLALGLLGSAGPSGAAPPLCAAPCSCDGDRRVDCSGKGLTAVPEGLSAFTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 MPGPLGLLCFLALGLLGSAGPSGAAPPLCAAPCSCDGDRRVDCSGKGLTAVPEGLSAFTQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ALDISMNNITQLPEDAFKNFPFLEELQLAGNDLSFIHPKALSGLKELKVLTLQNNQLKTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 ALDISMNNITQLPEDAFKNFPFLEELQLAGNDLSFIHPKALSGLKELKVLTLQNNQLKTV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 PSEAIRGLSALQSLRLDANHITSVPEDSFEGLVQLRHLWLDDNSLTEVPVHPLSNLPTLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 PSEAIRGLSALQSLRLDANHITSVPEDSFEGLVQLRHLWLDDNSLTEVPVHPLSNLPTLQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 ALTLALNKISSIPDFAFTNLSSLVVLHLHNNKIRSLSQHCFDGLDNLETLDLNYNNLGEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 ALTLALNKISSIPDFAFTNLSSLVVLHLHNNKIRSLSQHCFDGLDNLETLDLNYNNLGEF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 PQAIKALPSLKELGFHSNSISVIPDGAFDGNPLLRTIHLYDNPLSFVGNSAFHNLSDLHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 PQAIKALPSLKELGFHSNSISVIPDGAFDGNPLLRTIHLYDNPLSFVGNSAFHNLSDLHS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LVIRGASMVQQFPNLTGTVHLESLTLTGTKISSIPNNLCQEQKMLRTLDLSYNNIRDLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 LVIRGASMVQQFPNLTGTVHLESLTLTGTKISSIPNNLCQEQKMLRTLDLSYNNIRDLPS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 FNGCHALEEISLQRNQIYQIKEGTFQGLISLRILDLSRNLIHEIHSRAFATLGPITNLDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 FNGCHALEEISLQRNQIYQIKEGTFQGLISLRILDLSRNLIHEIHSRAFATLGPITNLDV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 SFNELTSFPTEGLNGLNQLKLVGNFKLKEALAAKDFVNLRSLSVPYAYQCCAFWGCDSYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 SFNELTSFPTEGLNGLNQLKLVGNFKLKEALAAKDFVNLRSLSVPYAYQCCAFWGCDSYA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 NLNTEDNSLQDHSVAQEKGTADAANVTSTLENEEHSQIIIHCTPSTGAFKPCEYLLGSWM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 NLNTEDNSLQDHSVAQEKGTADAANVTSTLENEEHSQIIIHCTPSTGAFKPCEYLLGSWM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 IRLTVWFIFLVALFFNLLVILTTFASCTSLPSSKLFIGLISVSNLFMGIYTGILTFLDAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 IRLTVWFIFLVALFFNLLVILTTFASCTSLPSSKLFIGLISVSNLFMGIYTGILTFLDAV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 SWGRFAEFGIWWETGSGCKVAGFLAVFSSESAIFLLMLATVERSLSAKDIMKNGKSNHLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 SWGRFAEFGIWWETGSGCKVAGFLAVFSSESAIFLLMLATVERSLSAKDIMKNGKSNHLK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 QFRVAALLAFLGATVAGCFPLFHRGEYSASPLCLPFPTGETPSLGFTVTLVLLNSLAFLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 QFRVAALLAFLGATVAGCFPLFHRGEYSASPLCLPFPTGETPSLGFTVTLVLLNSLAFLL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 MAVIYTKLYCNLEKEDLSENSQSSMIKHVAWLIFTNCIFFCPVAFFSFAPLITAISISPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 MAVIYTKLYCNLEKEDLSENSQSSMIKHVAWLIFTNCIFFCPVAFFSFAPLITAISISPE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 IMKSVTLIFFPLPACLNPVLYVFFNPKFKEDWKLLKRRVTKKSGSVSVSISSQGGCLEQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 IMKSVTLIFFPLPACLNPVLYVFFNPKFKEDWKLLKRRVTKKSGSVSVSISSQGGCLEQD
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB5 FYYDCGMYSHLQGNLTVCDCCESFLLTKPVSCKHLIKSHSCPALAVASCQRPEGYWSDCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 FYYDCGMYSHLQGNLTVCDCCESFLLTKPVSCKHLIKSHSCPALAVASCQRPEGYWSDCG
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KB5 TQSAHSDYADEEDSFVSDSSDQVQACGRACFYQSRGFPLVRYAYNLPRVKD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 TQSAHSDYADEEDSFVSDSSDQVQACGRACFYQSRGFPLVRYAYNLPRVKD
910 920 930 940 950
>>NP_001333361 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repeat (927 aa)
initn: 5757 init1: 5757 opt: 5770 Z-score: 4871.0 bits: 912.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6126; 97.5% identity (97.5% similar) in 951 aa overlap (1-951:1-927)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MPGPLGLLCFLALGLLGSAGPSGAAPPLCAAPCSCDGDRRVDCSGKGLTAVPEGLSAFTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPGPLGLLCFLALGLLGSAGPSGAAPPLCAAPCSCDGDRRVDCSGKGLTAVPEGLSAFTQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KB5 ALDISMNNITQLPEDAFKNFPFLEELQLAGNDLSFIHPKALSGLKELKVLTLQNNQLKTV
:: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AL------------------------QLAGNDLSFIHPKALSGLKELKVLTLQNNQLKTV
70 80 90
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pF1KB5 PSEAIRGLSALQSLRLDANHITSVPEDSFEGLVQLRHLWLDDNSLTEVPVHPLSNLPTLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSEAIRGLSALQSLRLDANHITSVPEDSFEGLVQLRHLWLDDNSLTEVPVHPLSNLPTLQ
100 110 120 130 140 150
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pF1KB5 ALTLALNKISSIPDFAFTNLSSLVVLHLHNNKIRSLSQHCFDGLDNLETLDLNYNNLGEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALTLALNKISSIPDFAFTNLSSLVVLHLHNNKIRSLSQHCFDGLDNLETLDLNYNNLGEF
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 PQAIKALPSLKELGFHSNSISVIPDGAFDGNPLLRTIHLYDNPLSFVGNSAFHNLSDLHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PQAIKALPSLKELGFHSNSISVIPDGAFDGNPLLRTIHLYDNPLSFVGNSAFHNLSDLHS
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LVIRGASMVQQFPNLTGTVHLESLTLTGTKISSIPNNLCQEQKMLRTLDLSYNNIRDLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LVIRGASMVQQFPNLTGTVHLESLTLTGTKISSIPNNLCQEQKMLRTLDLSYNNIRDLPS
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 FNGCHALEEISLQRNQIYQIKEGTFQGLISLRILDLSRNLIHEIHSRAFATLGPITNLDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FNGCHALEEISLQRNQIYQIKEGTFQGLISLRILDLSRNLIHEIHSRAFATLGPITNLDV
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 SFNELTSFPTEGLNGLNQLKLVGNFKLKEALAAKDFVNLRSLSVPYAYQCCAFWGCDSYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SFNELTSFPTEGLNGLNQLKLVGNFKLKEALAAKDFVNLRSLSVPYAYQCCAFWGCDSYA
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 NLNTEDNSLQDHSVAQEKGTADAANVTSTLENEEHSQIIIHCTPSTGAFKPCEYLLGSWM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NLNTEDNSLQDHSVAQEKGTADAANVTSTLENEEHSQIIIHCTPSTGAFKPCEYLLGSWM
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 IRLTVWFIFLVALFFNLLVILTTFASCTSLPSSKLFIGLISVSNLFMGIYTGILTFLDAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IRLTVWFIFLVALFFNLLVILTTFASCTSLPSSKLFIGLISVSNLFMGIYTGILTFLDAV
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 SWGRFAEFGIWWETGSGCKVAGFLAVFSSESAIFLLMLATVERSLSAKDIMKNGKSNHLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SWGRFAEFGIWWETGSGCKVAGFLAVFSSESAIFLLMLATVERSLSAKDIMKNGKSNHLK
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 QFRVAALLAFLGATVAGCFPLFHRGEYSASPLCLPFPTGETPSLGFTVTLVLLNSLAFLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QFRVAALLAFLGATVAGCFPLFHRGEYSASPLCLPFPTGETPSLGFTVTLVLLNSLAFLL
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 MAVIYTKLYCNLEKEDLSENSQSSMIKHVAWLIFTNCIFFCPVAFFSFAPLITAISISPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAVIYTKLYCNLEKEDLSENSQSSMIKHVAWLIFTNCIFFCPVAFFSFAPLITAISISPE
700 710 720 730 740 750
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 IMKSVTLIFFPLPACLNPVLYVFFNPKFKEDWKLLKRRVTKKSGSVSVSISSQGGCLEQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IMKSVTLIFFPLPACLNPVLYVFFNPKFKEDWKLLKRRVTKKSGSVSVSISSQGGCLEQD
760 770 780 790 800 810
850 860 870 880 890 900
pF1KB5 FYYDCGMYSHLQGNLTVCDCCESFLLTKPVSCKHLIKSHSCPALAVASCQRPEGYWSDCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FYYDCGMYSHLQGNLTVCDCCESFLLTKPVSCKHLIKSHSCPALAVASCQRPEGYWSDCG
820 830 840 850 860 870
910 920 930 940 950
pF1KB5 TQSAHSDYADEEDSFVSDSSDQVQACGRACFYQSRGFPLVRYAYNLPRVKD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TQSAHSDYADEEDSFVSDSSDQVQACGRACFYQSRGFPLVRYAYNLPRVKD
880 890 900 910 920
>>NP_003658 (OMIM: 606667) leucine-rich repeat-containin (907 aa)
initn: 2687 init1: 1688 opt: 1748 Z-score: 1483.5 bits: 285.8 E(85289): 6.8e-76
Smith-Waterman score: 2731; 50.9% identity (76.0% similar) in 845 aa overlap (5-832:10-854)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MPGPLGLLCFLALGLLGSAGPSGAAPPLCAAPCSCDGDRR----VDCSGKGLTAV
:.: .: :. ::. ::. : . : :. : : :::: ::. .
NP_003 MDTSRLGVLLSLPVLLQLATGGSSPRSGVLLRGCPTHCHCEPDGRMLLRVDCSDLGLSEL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
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. .: .:::.::::::: :::.:: :::::::::::::.:.::...::::: .:::::
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:: :.. ..... ::: .: .. : . : .. . : . :.. .:
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. :.. :. ...:. .:: ..: ::. : :::.: ::.: :::..:.:::..::: ::..
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::..:.: : . .....: :: : : . . ::. ..:.:::::::.: ::
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..:. :.:.::::: ::.:.. ::::::::.: :: . . ::.::.: :.:::::. :
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XP_011 ASMLGLFPVTPEAVKSVLLVVLPLPACLNPLLYLLFNPHFRDDL----RRLRPRAGDSGP
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pF1KB5 SISSQGGCLEQDFYYDCGMYSHLQGNLTVCDCCESFLLTKPVSCKHLIKSHSCPALAVAS
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XP_011 LAYAAAGELEKS---SCDSTQALVAFSDVDLILEASEAGRPPG----LETYGFPSVTLIS
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pF1KB5 CQRPEGYWSDCGTQSAHSDYADEEDSFVSDSSDQVQACGRACFYQSRGFPLVRYAYNLPR
::.:
XP_011 CQQPGAPRLEGSHCVEPEGNHFGNPQPSMDGELLLRAEGSTPAGGGLSGGGGFQPSGLAF
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pF1KB5 APPLCAAPCSCDGDRRVDCSGKGLTAVPEGLSAFTQALDISMNNITQLPEDAFKNFPFLE
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NP_067 MGRPRLTLVCQVSIIISARDLSMNNLTELQPGLFHHLRFLE
10 20 30 40
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pF1KB5 ELQLAGNDLSFIHPKALSGLKELKVLTLQNNQLKTVPSEAIRGLSALQSLRLDANHITSV
::.:.:: :: : .:.::: ::.: :::::: .:.::. : .::::::::: :. :
NP_067 ELRLSGNHLSHIPGQAFSGLYSLKILMLQNNQLGGIPAEALWELPSLQSLRLDANLISLV
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:: ::::: .:::::::::.:::.::. :.:::.:::.:::::.:: :::.:: ::.:::
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:::::::.:. :. : :.:: ::::::::::.: ::: ::..: :.:::::.:.:..::
NP_067 VLHLHNNRIQHLGTHSFEGLHNLETLDLNYNKLQEFPVAIRTLGRLQELGFHNNNIKAIP
170 180 190 200 210 220
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pF1KB5 DGAFDGNPLLRTIHLYDNPLSFVGNSAFHNLSDLHSLVIRGASMVQQFPNLTGTVHLESL
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NP_067 EKAFMGNPLLQTIHFYDNPIQFVGRSAFQYLPKLHTLSLNGAMDIQEFPDLKGTTSLEIL
230 240 250 260 270 280
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290 300 310 320 330 340
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