Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5086
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5086, 660 aa
1>>>pF1KB5086 660 - 660 aa - 660 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2271+/-0.000933; mu= 13.0942+/- 0.057
mean_var=152.9356+/-30.697, 0's: 0 Z-trim(111.1): 10 B-trim: 84 in 1/52
Lambda= 0.103710
statistics sampled from 12083 (12091) to 12083 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.704), E-opt: 0.2 (0.371), width: 16
Scan time: 3.470
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13977.2 GTPBP1 gene_id:9567|Hs108|chr22 ( 669) 4354 663.5 2.7e-190
CCDS4903.1 GTPBP2 gene_id:54676|Hs108|chr6 ( 602) 1688 264.5 3e-70
CCDS69124.1 GTPBP2 gene_id:54676|Hs108|chr6 ( 514) 1639 257.2 4.3e-68
>>CCDS13977.2 GTPBP1 gene_id:9567|Hs108|chr22 (669 aa)
initn: 4354 init1: 4354 opt: 4354 Z-score: 3529.9 bits: 663.5 E(32554): 2.7e-190
Smith-Waterman score: 4354; 100.0% identity (100.0% similar) in 660 aa overlap (1-660:10-669)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MDSPVPASMFAPEPSSPGAARAAAAAARLHGGFDSDCSEDGEALNGEPELD
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CCDS13 MATERSRSAMDSPVPASMFAPEPSSPGAARAAAAAARLHGGFDSDCSEDGEALNGEPELD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 LTSKLVLVSPTSEQYDSLLRQMWERMDEGCGETIYVIGQGSDGTEYGLSEADMEASYATV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LTSKLVLVSPTSEQYDSLLRQMWERMDEGCGETIYVIGQGSDGTEYGLSEADMEASYATV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 KSMAEQIEADVILLRERQEAGGRVRDYLVRKRVGDNDFLEVRVAVVGNVDAGKSTLLGVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KSMAEQIEADVILLRERQEAGGRVRDYLVRKRVGDNDFLEVRVAVVGNVDAGKSTLLGVL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 THGELDNGRGFARQKLFRHKHEIESGRTSSVGNDILGFDSEGNVVNKPDSHGGSLEWTKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 THGELDNGRGFARQKLFRHKHEIESGRTSSVGNDILGFDSEGNVVNKPDSHGGSLEWTKI
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 CEKSTKVITFIDLAGHEKYLKTTVFGMTGHLPDFCMLMVGSNAGIVGMTKEHLGLALALN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CEKSTKVITFIDLAGHEKYLKTTVFGMTGHLPDFCMLMVGSNAGIVGMTKEHLGLALALN
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 VPVFVVVTKIDMCPANILQETLKLLQRLLKSPGCRKIPVLVQSKDDVIVTASNFSSERMC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VPVFVVVTKIDMCPANILQETLKLLQRLLKSPGCRKIPVLVQSKDDVIVTASNFSSERMC
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 PIFQISNVTGENLDLLKMFLNLLSPRTSYREEEPAEFQIDDTYSVPGVGTVVSGTTLRGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PIFQISNVTGENLDLLKMFLNLLSPRTSYREEEPAEFQIDDTYSVPGVGTVVSGTTLRGL
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 IKLNDTLLLGPDPLGNFLSIAVKSIHRKRMPVKEVRGGQTASFALKKIKRSSIRKGMVMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IKLNDTLLLGPDPLGNFLSIAVKSIHRKRMPVKEVRGGQTASFALKKIKRSSIRKGMVMV
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 SPRLNPQASWEFEAEILVLHHPTTISPRYQAMVHCGSIRQTATILSMDKDCLRTGDKATV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SPRLNPQASWEFEAEILVLHHPTTISPRYQAMVHCGSIRQTATILSMDKDCLRTGDKATV
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 HFRFIKTPEYLHIDQRLVFREGRTKAVGTITKLLQTTNNSPMNSKPQQIKMQSTKKGPLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 HFRFIKTPEYLHIDQRLVFREGRTKAVGTITKLLQTTNNSPMNSKPQQIKMQSTKKGPLT
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB5 KRDEGGPSGGPAVGAPPPGDEASSVGAGQPAASSNLQPQPKPSSGGRRRGGQRHKVKSQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KRDEGGPSGGPAVGAPPPGDEASSVGAGQPAASSNLQPQPKPSSGGRRRGGQRHKVKSQG
610 620 630 640 650 660
660
pF1KB5 ACVTPASGC
:::::::::
CCDS13 ACVTPASGC
>>CCDS4903.1 GTPBP2 gene_id:54676|Hs108|chr6 (602 aa)
initn: 1708 init1: 483 opt: 1688 Z-score: 1374.7 bits: 264.5 E(32554): 3e-70
Smith-Waterman score: 1692; 47.5% identity (74.2% similar) in 598 aa overlap (1-568:1-592)
10 20 30 40
pF1KB5 MDSPVPASMFAPEPSSPGAARAAAAAARLHG-GFDSDCS-EDGEALNGE-----------
::: : . .:. ::.. :.... . .: : .: :. :. ::.
CCDS49 MDSRV-SELFGGC-CRPGGGPAVGGTLKARGAGSSSGCGGPKGKKKNGRNRGGKANNPPY
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 --PELD---LTSKLVLVSPTSEQYDSLLRQMWERMDEGCGETIYVIGQGSDGTEYGLSEA
:: . . :: ::.:.. ... :. :: :..:: ::..: :: ..: ::.:
CCDS49 LPPEAEDGNIEYKLKLVNPSQYRFEHLVTQMKWRLQEGRGEAVYQIGVEDNGLLVGLAEE
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KB5 DMEASYATVKSMAEQIEADVILLRERQ-----EAGGRVRDYLVRKRVGDNDFLEVRVAVV
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CCDS49 EMRASLKTLHRMAEKVGADITVLREREVDYDSDMPRKITEVLVRKVPDNQQFLDLRVAVL
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 GNVDAGKSTLLGVLTHGELDNGRGFARQKLFRHKHEIESGRTSSVGNDILGFDSEGNVVN
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CCDS49 GNVDSGKSTLLGVLTQGELDNGRGRARLNLFRHLHEIQSGRTSSISFEILGFNSKGEVVN
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 KPDSHGGSLEWTKICEKSTKVITFIDLAGHEKYLKTTVFGMTGHLPDFCMLMVGSNAGIV
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CCDS49 YSDSRTAE----EICESSSKMITFIDLAGHHKYLHTTIFGLTSYCPDCALLLVSANTGIA
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 GMTKEHLGLALALNVPVFVVVTKIDMCPANILQETLKLLQRLLKSPGCRKIPVLVQSKDD
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CCDS49 GTTREHLGLALALKVPFFIVVSKIDLCAKTTVERTVRQLERVLKQPGCHKVPMLVTSEDD
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 VIVTASNFS-SERMCPIFQISNVTGENLDLLKMFLNLLSPRTSYREEEP-----AEFQID
....:..:. : . ::: .:.:.::.:::::.:::.: : :. .:.: .:::.:
CCDS49 AVTAAQQFAQSPNVTPIFTLSSVSGESLDLLKVFLNILPPLTNSKEQEELMQQLTEFQVD
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 DTYSVPGVGTVVSGTTLRGLIKLNDTLLLGPDPLGNFLSIAVKSIHRKRMPVKEVRGGQT
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CCDS49 EIYTVPEVGTVVGGTLSSGICREGDQLVVGPTDDGCFLELRVCSIQRNRSACRVLRAGQA
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 ASFALKKIKRSSIRKGMVMVSPRLNPQASWEFEAEILVLHHPTTISPRYQAMVHCGSIRQ
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CCDS49 ATLALGDFDRALLRKGMVMVSPEMNPTICSVFEAEIVLLFHATTFRRGFQVTVHVGNVRQ
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 TATILSMD-KDCLRTGDKATVHFRFIKTPEYLHIDQRLVFREGRTKAVGTITKLLQTTNN
::.. .. :: ::::.::.:.:::.: ::::.. .:.:::: ::..: .: . :
CCDS49 TAVVEKIHAKDKLRTGEKAVVRFRFLKHPEYLKVGAKLLFREGVTKGIGHVTDVQAITAG
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KB5 SPMNSKPQQIKMQSTKKGPLTKRDEGGPSGGPAVGAPPPGDEASSVGAGQPAASSNLQPQ
CCDS49 EAQANMGF
600
>>CCDS69124.1 GTPBP2 gene_id:54676|Hs108|chr6 (514 aa)
initn: 1649 init1: 483 opt: 1639 Z-score: 1336.0 bits: 257.2 E(32554): 4.3e-68
Smith-Waterman score: 1639; 51.3% identity (78.1% similar) in 507 aa overlap (74-568:3-504)
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 LNGEPELDLTSKLVLVSPTSEQYDSLLRQMWERMDEGCGETIYVIGQGSDGTEYGLSEAD
: :..:: ::..: :: ..: ::.: .
CCDS69 MKW-RLQEGRGEAVYQIGVEDNGLLVGLAEEE
10 20 30
110 120 130 140 150
pF1KB5 MEASYATVKSMAEQIEADVILLRERQ-----EAGGRVRDYLVRKRVGDNDFLEVRVAVVG
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CCDS69 MRASLKTLHRMAEKVGADITVLREREVDYDSDMPRKITEVLVRKVPDNQQFLDLRVAVLG
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 NVDAGKSTLLGVLTHGELDNGRGFARQKLFRHKHEIESGRTSSVGNDILGFDSEGNVVNK
:::.::::::::::.:::::::: :: .:::: :::.::::::.. .::::.:.:.:::
CCDS69 NVDSGKSTLLGVLTQGELDNGRGRARLNLFRHLHEIQSGRTSSISFEILGFNSKGEVVNY
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 PDSHGGSLEWTKICEKSTKVITFIDLAGHEKYLKTTVFGMTGHLPDFCMLMVGSNAGIVG
::. . .:::.:.:.:::::::::.:::.::.::.:.. :: .:.:..:.::.:
CCDS69 SDSRTAE----EICESSSKMITFIDLAGHHKYLHTTIFGLTSYCPDCALLLVSANTGIAG
160 170 180 190 200
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 MTKEHLGLALALNVPVFVVVTKIDMCPANILQETLKLLQRLLKSPGCRKIPVLVQSKDDV
:.:::::::::.:: :.::.:::.: . ...:.. :.:.::.:::.:.:.:: :.::.
CCDS69 TTREHLGLALALKVPFFIVVSKIDLCAKTTVERTVRQLERVLKQPGCHKVPMLVTSEDDA
210 220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 IVTASNFS-SERMCPIFQISNVTGENLDLLKMFLNLLSPRTSYREEEP-----AEFQIDD
...:..:. : . ::: .:.:.::.:::::.:::.: : :. .:.: .:::.:.
CCDS69 VTAAQQFAQSPNVTPIFTLSSVSGESLDLLKVFLNILPPLTNSKEQEELMQQLTEFQVDE
270 280 290 300 310 320
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 TYSVPGVGTVVSGTTLRGLIKLNDTLLLGPDPLGNFLSIAVKSIHRKRMPVKEVRGGQTA
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CCDS69 IYTVPEVGTVVGGTLSSGICREGDQLVVGPTDDGCFLELRVCSIQRNRSACRVLRAGQAA
330 340 350 360 370 380
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 SFALKKIKRSSIRKGMVMVSPRLNPQASWEFEAEILVLHHPTTISPRYQAMVHCGSIRQT
..:: . :. .:::::::::..:: :::::..: : ::. .:. :: :..:::
CCDS69 TLALGDFDRALLRKGMVMVSPEMNPTICSVFEAEIVLLFHATTFRRGFQVTVHVGNVRQT
390 400 410 420 430 440
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 ATILSMD-KDCLRTGDKATVHFRFIKTPEYLHIDQRLVFREGRTKAVGTITKLLQTTNNS
:.. .. :: ::::.::.:.:::.: ::::.. .:.:::: ::..: .: . :
CCDS69 AVVEKIHAKDKLRTGEKAVVRFRFLKHPEYLKVGAKLLFREGVTKGIGHVTDVQAITAGE
450 460 470 480 490 500
580 590 600 610 620 630
pF1KB5 PMNSKPQQIKMQSTKKGPLTKRDEGGPSGGPAVGAPPPGDEASSVGAGQPAASSNLQPQP
CCDS69 AQANMGF
510
660 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 15:55:38 2016 done: Thu Nov 3 15:55:38 2016
Total Scan time: 3.470 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]