FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5066, 575 aa
1>>>pF1KB5066 575 - 575 aa - 575 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2169+/-0.00131; mu= 11.2997+/- 0.078
mean_var=239.7559+/-44.421, 0's: 0 Z-trim(110.5): 971 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.082830
statistics sampled from 10544 (11624) to 10544 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.704), E-opt: 0.2 (0.357), width: 16
Scan time: 2.800
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS47352.1 ZNF879 gene_id:345462|Hs108|chr5 ( 563) 913 122.9 1.1e-27
CCDS12943.1 ZNF583 gene_id:147949|Hs108|chr19 ( 569) 913 122.9 1.1e-27
>>CCDS12974.1 ZNF8 gene_id:7554|Hs108|chr19 (575 aa)
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Smith-Waterman score: 4024; 100.0% identity (100.0% similar) in 575 aa overlap (1-575:1-575)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MDPEDEGVAGVMSVGPPAARLQEPVTFRDVAVDFTQEEWGQLDPTQRILYRDVMLETFGH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LLSIGPELPKPEVISQLEQGTELWVAERGTTQGCHPAWEPRSESQASRKEEGLPEEEPSH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VTGREGFPTDAPYPTTLGKDRECQSQSLALKEQNNLKQLEFGLKEAPVQDQGYKTLRLRE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NCVLSSSPNPFPEISRGEYLYTYDSQITDSEHNSSLVSQQTGSPGKQPGENSDCHRDSSQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 AIPITELTKSQVQDKPYKCTDCGKSFNHNAHLTVHKRIHTGERPYMCKECGKAFSQNSSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AIPITELTKSQVQDKPYKCTDCGKSFNHNAHLTVHKRIHTGERPYMCKECGKAFSQNSSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VQHERIHTGDKPYKCAECGKSFCHSTHLTVHRRIHTGEKPYECQDCGRAFNQNSSLGRHK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RTHTGEKPYTCSVCGKSFSRTTCLFLHLRTHTEERPYECNHCGKGFRHSSSLAQHQRKHA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GEKPFECRQRLIFEQTPALTKHEWTEALGCDPPLSQDERTHRSDRPFKCNQCGKCFIQSS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HLIRHQITHTREEQPHGRSRRREQSSSRNSHLVQHQHPNSRKSSAGGAKAGQPESRALAL
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550 560 570
pF1KB5 FDIQKIMQEKNPVHVIGVEEPSVGASMLFDIREST
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FDIQKIMQEKNPVHVIGVEEPSVGASMLFDIREST
550 560 570
>>CCDS12504.1 ZNF570 gene_id:148268|Hs108|chr19 (536 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MDPEDEGVAGVMSVGPPAARLQEPVTFRDVAVDFTQEEWGQLDPTQRILYRDVMLETFGH
:.:: : :: ::::::::::.:::: :: .:: :: .::::..
CCDS12 MAVGLLKAMYQELVTFRDVAVDFSQEEWDCLDSSQRHLYSNVMLENYRI
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LLSIGPELPKPEVISQLEQGTELWVAERGTTQGCHPAWEPRSESQASRKEEGLPEEEPSH
:.:.: . :: :: :::: :...: :.: .::: :.. .. . ::. :.
CCDS12 LVSLGLCFSKPSVILLLEQGKAPWMVKRELTKGLCSGWEPICETEELTPKQDFYEEHQSQ
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130 140 150 160 170
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. . : ..: .. .:.. . ... .:. :. .: :. : : ::.
CCDS12 KIIETLTSYNLEY-SSLREEWKCEGYFERQPGNQKACFKE-EIITHEEPLFDEREQEYKS
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pF1KB5 L-RLRENCVLSSSPNPFPEISRGEYLYTYDSQITDSEHNSSLVSQQTGSPGKQPGENSDC
...: .: .. : . : .. .:.: . ..: .. .. :. . .::
CCDS12 WGSFHQNPLLCTQKI----IPKEEKVHKHDTQKRSFKKNLMAIKPKSVCAEKKLLKCNDC
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240 250 260 270 280 290
pF1KB5 HRDSSQAIPITELTKSQVQDKPYKCTDCGKSFNHNAHLTVHKRIHTGERPYMCKECGKAF
.. ::. .: . .. .::::: .:::.:.. ..:. :.::::::.:: :::: :::
CCDS12 EKVFSQSSSLTLHQRIHTGEKPYKCIECGKAFSQRSNLVQHQRIHTGEKPYECKECRKAF
230 240 250 260 270 280
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pF1KB5 SQNSSLVQHERIHTGDKPYKCAECGKSFCHSTHLTVHRRIHTGEKPYECQDCGRAFNQNS
:::. :::: :.:::.:::.: : :.: . ..:. :.:.::::::::: .::.::.. :
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:...:.:.::::::: :.::::.:: . : .: : :: ::::::..:::.: ..: :::
CCDS12 SIAQHQRVHTGEKPYECNVCGKAFSLRAYLTVHQRIHTGERPYECKECGKAFSQNSHLAQ
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pF1KB5 HQRKHAGEKPFECRQ-RLIFEQTPALTKHEWT-------EALGC------DPPLSQDERT
::: :.::::..:.. : : : :..:. . : . : : :.: .:.
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pF1KB5 HRSDRPFKCNQCGKCFIQSSHLIRHQITHTREEQPHGRSRRREQSSSRNSHLVQHQHPNS
: ...:..:. ::: : . : .:: :: : .:. . .. ... ...::..::
CCDS12 HTGEKPYECTVCGKAFSYCGSLAQHQRIHTGE-RPY-ECKECKKTFRQHAHLAHHQRIHI
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pF1KB5 RKSSAGGAKAGQPESRALALFDIQKIMQEKNPVHVIGVEEPSVGASMLFDIREST
CCDS12 GESLSPPNPVNHQVL
530
>>CCDS74355.1 ZNF570 gene_id:148268|Hs108|chr19 (592 aa)
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Smith-Waterman score: 1311; 40.2% identity (67.0% similar) in 525 aa overlap (12-516:57-573)
10 20 30 40
pF1KB5 MDPEDEGVAGVMSVGPPAARLQEPVTFRDVAVDFTQEEWGQ
:.:: : :: ::::::::::.::::
CCDS74 SSQAICVTPVRVESSEATAISQEKSQEEERMAVGLLKAMYQELVTFRDVAVDFSQEEWDC
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50 60 70 80 90 100
pF1KB5 LDPTQRILYRDVMLETFGHLLSIGPELPKPEVISQLEQGTELWVAERGTTQGCHPAWEPR
:: .:: :: .::::.. :.:.: . :: :: :::: :...: :.: .:::
CCDS74 LDSSQRHLYSNVMLENYRILVSLGLCFSKPSVILLLEQGKAPWMVKRELTKGLCSGWEPI
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150
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:.. .. . ::. :. . . : ..: .. .:.. . ... .:.
CCDS74 CETEELTPKQDFYEEHQSQKIIETLTSYNLEY-SSLREEWKCEGYFERQPGNQKACFKE-
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 EFGLKEAPVQD---QGYKTL-RLRENCVLSSSPNPFPEISRGEYLYTYDSQITDSEHNSS
:. .: :. : : ::. ...: .: .. : . : .. .:.: . ..:
CCDS74 EIITHEEPLFDEREQEYKSWGSFHQNPLLCTQKI----IPKEEKVHKHDTQKRSFKKNLM
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 LVSQQTGSPGKQPGENSDCHRDSSQAIPITELTKSQVQDKPYKCTDCGKSFNHNAHLTVH
.. .. :. . .::.. ::. .: . .. .::::: .:::.:.. ..:. :
CCDS74 AIKPKSVCAEKKLLKCNDCEKVFSQSSSLTLHQRIHTGEKPYKCIECGKAFSQRSNLVQH
270 280 290 300 310 320
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pF1KB5 KRIHTGERPYMCKECGKAFSQNSSLVQHERIHTGDKPYKCAECGKSFCHSTHLTVHRRIH
.::::::.:: :::: ::::::. :::: :.:::.:::.: : :.: . ..:. :.:.:
CCDS74 QRIHTGEKPYECKECRKAFSQNAHLVQHLRVHTGEKPYECKVCRKAFSQFAYLAQHQRVH
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pF1KB5 TGEKPYECQDCGRAFNQNSSLGRHKRTHTGEKPYTCSVCGKSFSRTTCLFLHLRTHTEER
:::::::: .::.::.. ::...:.:.::::::: :.::::.:: . : .: : :: ::
CCDS74 TGEKPYECIECGKAFSNRSSIAQHQRVHTGEKPYECNVCGKAFSLRAYLTVHQRIHTGER
390 400 410 420 430 440
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pF1KB5 PYECNHCGKGFRHSSSLAQHQRKHAGEKPFECRQ-RLIFEQTPALTKHEWT-------EA
::::..:::.: ..: :::::: :.::::..:.. : : : :..:. . :
CCDS74 PYECKECGKAFSQNSHLAQHQRIHTGEKPYKCQECRKAFSQIAYLAQHQRVHTGEKPYEC
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450 460 470 480 490 500
pF1KB5 LGC------DPPLSQDERTHRSDRPFKCNQCGKCFIQSSHLIRHQITHTREEQPHGRSRR
. : : :.: .:.: ...:..:. ::: : . : .:: :: : .:. . ..
CCDS74 IECGKAFSNDSSLTQHQRVHTGEKPYECTVCGKAFSYCGSLAQHQRIHTGE-RPY-ECKE
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510 520 530 540 550 560
pF1KB5 REQSSSRNSHLVQHQHPNSRKSSAGGAKAGQPESRALALFDIQKIMQEKNPVHVIGVEEP
... ...::..::
CCDS74 CKKTFRQHAHLAHHQRIHIGESLSPPNPVNHQVL
560 570 580 590
>>CCDS2011.1 ZNF514 gene_id:84874|Hs108|chr2 (400 aa)
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Smith-Waterman score: 1149; 43.6% identity (68.6% similar) in 401 aa overlap (25-423:1-398)
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pF1KB5 MDPEDEGVAGVMSVGPPAARLQEPVTFRDVAVDFTQEEWGQLDPTQRILYRDVMLETFGH
.::.::::.:.: :::::.:.:. :::.::::.: .
CCDS20 MTFEDVAVEFSQWEWGQLNPAQKDLYREVMLENFRN
10 20 30
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pF1KB5 LLSIGPELPKPEVISQLEQGTELWVAERGTTQGCHPAWEPRSESQASRKEEGLPEEEPSH
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CCDS20 VVSVEKHIQDVLQFSKLKAACGCDGQLEMQQIKQERHLKQMSTIHKSATTLSRDYKWNGF
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.. : : : :: : :... .. ... ::.: : :. . ..: ..
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pF1KB5 SQAIPITELTKSQVQDKPYKCTDCGKSFNHNAHLTVHKRIHTGERPYMCKECGKAFSQNS
. . . .. .:::.:.:::..:.: . : :.: ::::.:: :.:::.::::.:
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CCDS20 HAGKKTL
400
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40 50 60 70 80 90
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..: .::... . . : . :.. .: : .:: . .. .::..: .:::.:....
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280 290 300 310 320 330
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450
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CCDS92 YLIMERILSQGPVYSSFKGGWKCKDHTEMLQENQGCIRKVTVSHQEALAQHMNISTVERP
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CCDS92 DCNKTFSYLSFLIEHQRTHTGEKPYECTECGKAFSRASNLTRHQRIHIGKKQYICRKCGK
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CCDS92 AFSSGSELIRHQITHTGEKPYECIECGKAFRRFSHLTRHQSIHTTKTPYECNECRKAFRC
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CCDS92 HSFLIKHQRIHAGEKLYECDECGKVFTWHASLIQHTKSHTGEKPYACAECDKAFSRSFSL
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pF1KB5 AQHQRKHAGEKPFECRQRLIFEQTPALTKHEWTEALGCDPPLSQDERTHRSDRPFKCNQC
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CCDS92 ILHQRTHTGEKPYVCK---VCNKS-----FSWSSNL------AKHQRTHTLDNPYEYEN-
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CCDS92 --SFNYHSFLTEHQ
450
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CCDS44 MAVDLLSAQEPVTFRDVAVFFSQDEWLHLDSAQRALYREVMLENYSS
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CCDS44 LVSLGIPFSMPKLIHQLQQGEDPCMVEREVPSDTRLGFKTWLETEALPHRQDIFIEETSQ
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pF1KB5 VTGREGFPTDAPYPTTLGKDRECQSQSLALKEQNNLKQLEFGLKEAPVQDQGYKTLRLRE
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CCDS44 GMVKKESIKDGHWDINFEEAVEFESEIEEEQEKKPLRQMIDSHEKTISEDGNHTSLELGK
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pF1KB5 ----NCVLSSSPN-PFPEISRGEYLYTYDSQITDSEHNSSLVSQQTGSPGKQPGENSDCH
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CCDS44 SLFTNTALVTQQSVPIERIP--NMYYTFGK---DFKQNFDLMKCFQIYPGGKPHICNECG
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pF1KB5 RDSSQAIPITELTKSQVQDKPYKCTDCGKSFNHNAHLTVHKRIHTGERPYMCKECGKAFS
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CCDS44 KSFKQNLHLIEHQRIHTGEKPYKCNECEKTFSHRSSLLSHQRIHTGEKPYKCNECEKAFS
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CCDS44 NSSTLIKHLRVHTGEKPYRCRECGKAFSQCSTLTVHQRIHTGEKLYKCGECEKAFNCRAK
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CCDS44 LHRHQRIHTGEKPYKCSECGKGYSQFTSLAEHQRFHTGEQLYTCLECGRTFTRIVTLIEH
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pF1KB5 QRKHAGEKPFECRQ-RLIFEQTPALTKH-------------EWTEALGCDPPLSQDERTH
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CCDS44 QRIHTGQKPYQCNECEKAFNQYSSFNEHRKIHTGEKLYTCEECGKAFGCKSNLYRHQRIH
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CCDS44 TGEKPYQCNQCGKAFSQYSFLTEHERIHTGEKL--YKCMECGKAYSYRSNLCRHKKVHTK
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CCDS44 EKLYKWKEYGKPFICSSSLTQYQRFFKGDKAYEV
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