Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4990
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4990, 493 aa
1>>>pF1KB4990 493 - 493 aa - 493 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9175+/-0.000972; mu= 14.1151+/- 0.058
mean_var=64.6453+/-13.108, 0's: 0 Z-trim(103.7): 18 B-trim: 3 in 1/50
Lambda= 0.159516
statistics sampled from 7507 (7520) to 7507 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.231), width: 16
Scan time: 3.330
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13386.1 PLTP gene_id:5360|Hs108|chr20 ( 493) 3182 741.4 5.1e-214
CCDS56196.1 PLTP gene_id:5360|Hs108|chr20 ( 405) 2623 612.8 2.2e-175
CCDS13387.1 PLTP gene_id:5360|Hs108|chr20 ( 441) 2144 502.5 3.7e-142
CCDS56197.1 PLTP gene_id:5360|Hs108|chr20 ( 398) 2136 500.7 1.2e-141
CCDS13303.1 BPI gene_id:671|Hs108|chr20 ( 487) 643 157.1 3.9e-38
CCDS13906.1 BPIFC gene_id:254240|Hs108|chr22 ( 507) 600 147.2 3.9e-35
CCDS13304.1 LBP gene_id:3929|Hs108|chr20 ( 481) 530 131.1 2.6e-30
CCDS10772.1 CETP gene_id:1071|Hs108|chr16 ( 493) 367 93.6 5.3e-19
>>CCDS13386.1 PLTP gene_id:5360|Hs108|chr20 (493 aa)
initn: 3182 init1: 3182 opt: 3182 Z-score: 3955.8 bits: 741.4 E(32554): 5.1e-214
Smith-Waterman score: 3182; 100.0% identity (100.0% similar) in 493 aa overlap (1-493:1-493)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MALFGALFLALLAGAHAEFPGCKIRVTSKALELVKQEGLRFLEQELETITIPDLRGKEGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MALFGALFLALLAGAHAEFPGCKIRVTSKALELVKQEGLRFLEQELETITIPDLRGKEGH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 FYYNISEVKVTELQLTSSELDFQPQQELMLQITNASLGLRFRRQLLYWFFYDGGYINASA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FYYNISEVKVTELQLTSSELDFQPQQELMLQITNASLGLRFRRQLLYWFFYDGGYINASA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 EGVSIRTGLELSRDPAGRMKVSNVSCQASVSRMHAAFGGTFKKVYDFLSTFITSGMRFLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EGVSIRTGLELSRDPAGRMKVSNVSCQASVSRMHAAFGGTFKKVYDFLSTFITSGMRFLL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 NQQICPVLYHAGTVLLNSLLDTVPVRSSVDELVGIDYSLMKDPVASTSNLDMDFRGAFFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NQQICPVLYHAGTVLLNSLLDTVPVRSSVDELVGIDYSLMKDPVASTSNLDMDFRGAFFP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LTERNWSLPNRAVEPQLQEEERMVYVAFSEFFFDSAMESYFRAGALQLLLVGDKVPHDLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LTERNWSLPNRAVEPQLQEEERMVYVAFSEFFFDSAMESYFRAGALQLLLVGDKVPHDLD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 MLLRATYFGSIVLLSPAVIDSPLKLELRVLAPPRCTIKPSGTTISVTASVTIALVPPDQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MLLRATYFGSIVLLSPAVIDSPLKLELRVLAPPRCTIKPSGTTISVTASVTIALVPPDQP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 EVQLSSMTMDARLSAKMALRGKALRTQLDLRRFRIYSNHSALESLALIPLQAPLKTMLQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EVQLSSMTMDARLSAKMALRGKALRTQLDLRRFRIYSNHSALESLALIPLQAPLKTMLQI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 GVMPMLNERTWRGVQIPLPEGINFVHEVVTNHAGFLTIGADLHFAKGLREVIEKNRPADV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GVMPMLNERTWRGVQIPLPEGINFVHEVVTNHAGFLTIGADLHFAKGLREVIEKNRPADV
430 440 450 460 470 480
490
pF1KB4 RASTAPTPSTAAV
:::::::::::::
CCDS13 RASTAPTPSTAAV
490
>>CCDS56196.1 PLTP gene_id:5360|Hs108|chr20 (405 aa)
initn: 2623 init1: 2623 opt: 2623 Z-score: 3262.0 bits: 612.8 E(32554): 2.2e-175
Smith-Waterman score: 2623; 100.0% identity (100.0% similar) in 405 aa overlap (89-493:1-405)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 GHFYYNISEVKVTELQLTSSELDFQPQQELMLQITNASLGLRFRRQLLYWFFYDGGYINA
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MLQITNASLGLRFRRQLLYWFFYDGGYINA
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 SAEGVSIRTGLELSRDPAGRMKVSNVSCQASVSRMHAAFGGTFKKVYDFLSTFITSGMRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SAEGVSIRTGLELSRDPAGRMKVSNVSCQASVSRMHAAFGGTFKKVYDFLSTFITSGMRF
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 LLNQQICPVLYHAGTVLLNSLLDTVPVRSSVDELVGIDYSLMKDPVASTSNLDMDFRGAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LLNQQICPVLYHAGTVLLNSLLDTVPVRSSVDELVGIDYSLMKDPVASTSNLDMDFRGAF
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 FPLTERNWSLPNRAVEPQLQEEERMVYVAFSEFFFDSAMESYFRAGALQLLLVGDKVPHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FPLTERNWSLPNRAVEPQLQEEERMVYVAFSEFFFDSAMESYFRAGALQLLLVGDKVPHD
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 LDMLLRATYFGSIVLLSPAVIDSPLKLELRVLAPPRCTIKPSGTTISVTASVTIALVPPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LDMLLRATYFGSIVLLSPAVIDSPLKLELRVLAPPRCTIKPSGTTISVTASVTIALVPPD
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 QPEVQLSSMTMDARLSAKMALRGKALRTQLDLRRFRIYSNHSALESLALIPLQAPLKTML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QPEVQLSSMTMDARLSAKMALRGKALRTQLDLRRFRIYSNHSALESLALIPLQAPLKTML
280 290 300 310 320 330
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 QIGVMPMLNERTWRGVQIPLPEGINFVHEVVTNHAGFLTIGADLHFAKGLREVIEKNRPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QIGVMPMLNERTWRGVQIPLPEGINFVHEVVTNHAGFLTIGADLHFAKGLREVIEKNRPA
340 350 360 370 380 390
480 490
pF1KB4 DVRASTAPTPSTAAV
:::::::::::::::
CCDS56 DVRASTAPTPSTAAV
400
>>CCDS13387.1 PLTP gene_id:5360|Hs108|chr20 (441 aa)
initn: 2140 init1: 2140 opt: 2144 Z-score: 2665.6 bits: 502.5 E(32554): 3.7e-142
Smith-Waterman score: 2722; 89.2% identity (89.5% similar) in 493 aa overlap (1-493:1-441)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MALFGALFLALLAGAHAEFPGCKIRVTSKALELVKQEGLRFLEQELETITIPDLRGKEGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MALFGALFLALLAGAHAEFPGCKIRVTSKALELVKQEGLRFLEQELETITIPDLRGKEGH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 FYYNISEVKVTELQLTSSELDFQPQQELMLQITNASLGLRFRRQLLYWFFYDGGYINASA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS13 FYYNISEVKVTELQLTSSELDFQPQQELMLQITNASLGLRFRRQLLYWFL----------
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 EGVSIRTGLELSRDPAGRMKVSNVSCQASVSRMHAAFGGTFKKVYDFLSTFITSGMRFLL
::::::::::::::::::
CCDS13 ------------------------------------------KVYDFLSTFITSGMRFLL
120
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 NQQICPVLYHAGTVLLNSLLDTVPVRSSVDELVGIDYSLMKDPVASTSNLDMDFRGAFFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NQQICPVLYHAGTVLLNSLLDTVPVRSSVDELVGIDYSLMKDPVASTSNLDMDFRGAFFP
130 140 150 160 170 180
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LTERNWSLPNRAVEPQLQEEERMVYVAFSEFFFDSAMESYFRAGALQLLLVGDKVPHDLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LTERNWSLPNRAVEPQLQEEERMVYVAFSEFFFDSAMESYFRAGALQLLLVGDKVPHDLD
190 200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 MLLRATYFGSIVLLSPAVIDSPLKLELRVLAPPRCTIKPSGTTISVTASVTIALVPPDQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MLLRATYFGSIVLLSPAVIDSPLKLELRVLAPPRCTIKPSGTTISVTASVTIALVPPDQP
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 EVQLSSMTMDARLSAKMALRGKALRTQLDLRRFRIYSNHSALESLALIPLQAPLKTMLQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EVQLSSMTMDARLSAKMALRGKALRTQLDLRRFRIYSNHSALESLALIPLQAPLKTMLQI
310 320 330 340 350 360
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 GVMPMLNERTWRGVQIPLPEGINFVHEVVTNHAGFLTIGADLHFAKGLREVIEKNRPADV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GVMPMLNERTWRGVQIPLPEGINFVHEVVTNHAGFLTIGADLHFAKGLREVIEKNRPADV
370 380 390 400 410 420
490
pF1KB4 RASTAPTPSTAAV
:::::::::::::
CCDS13 RASTAPTPSTAAV
430 440
>>CCDS56197.1 PLTP gene_id:5360|Hs108|chr20 (398 aa)
initn: 2136 init1: 2136 opt: 2136 Z-score: 2656.4 bits: 500.7 E(32554): 1.2e-141
Smith-Waterman score: 2366; 80.7% identity (80.7% similar) in 493 aa overlap (1-493:1-398)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MALFGALFLALLAGAHAEFPGCKIRVTSKALELVKQEGLRFLEQELETITIPDLRGKEGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MALFGALFLALLAGAHAEFPGCKIRVTSKALELVKQEGLRFLEQELETITIPDLRGKEGH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 FYYNISEVKVTELQLTSSELDFQPQQELMLQITNASLGLRFRRQLLYWFFYDGGYINASA
:::::::
CCDS56 FYYNISE-----------------------------------------------------
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 EGVSIRTGLELSRDPAGRMKVSNVSCQASVSRMHAAFGGTFKKVYDFLSTFITSGMRFLL
::::::::::::::::::
CCDS56 ------------------------------------------KVYDFLSTFITSGMRFLL
70 80
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 NQQICPVLYHAGTVLLNSLLDTVPVRSSVDELVGIDYSLMKDPVASTSNLDMDFRGAFFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 NQQICPVLYHAGTVLLNSLLDTVPVRSSVDELVGIDYSLMKDPVASTSNLDMDFRGAFFP
90 100 110 120 130 140
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LTERNWSLPNRAVEPQLQEEERMVYVAFSEFFFDSAMESYFRAGALQLLLVGDKVPHDLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LTERNWSLPNRAVEPQLQEEERMVYVAFSEFFFDSAMESYFRAGALQLLLVGDKVPHDLD
150 160 170 180 190 200
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 MLLRATYFGSIVLLSPAVIDSPLKLELRVLAPPRCTIKPSGTTISVTASVTIALVPPDQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MLLRATYFGSIVLLSPAVIDSPLKLELRVLAPPRCTIKPSGTTISVTASVTIALVPPDQP
210 220 230 240 250 260
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 EVQLSSMTMDARLSAKMALRGKALRTQLDLRRFRIYSNHSALESLALIPLQAPLKTMLQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EVQLSSMTMDARLSAKMALRGKALRTQLDLRRFRIYSNHSALESLALIPLQAPLKTMLQI
270 280 290 300 310 320
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 GVMPMLNERTWRGVQIPLPEGINFVHEVVTNHAGFLTIGADLHFAKGLREVIEKNRPADV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GVMPMLNERTWRGVQIPLPEGINFVHEVVTNHAGFLTIGADLHFAKGLREVIEKNRPADV
330 340 350 360 370 380
490
pF1KB4 RASTAPTPSTAAV
:::::::::::::
CCDS56 RASTAPTPSTAAV
390
>>CCDS13303.1 BPI gene_id:671|Hs108|chr20 (487 aa)
initn: 483 init1: 205 opt: 643 Z-score: 798.1 bits: 157.1 E(32554): 3.9e-38
Smith-Waterman score: 643; 27.2% identity (64.3% similar) in 459 aa overlap (20-462:34-484)
10 20 30 40
pF1KB4 MALFGALFLALLAGAHAEFPGCKIRVTSKALELVKQEGLRFLEQELETI
:: .:...:.:. ..:.: :..::. :
CCDS13 NMARGPCNAPRWASLMVLVAIGTAVTAAVNPGVVVRISQKGLDYASQQGTAALQKELKRI
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 TIPD----LRGKE-GHFYYNISEVKVTELQLTSSELDFQPQQELMLQITNASLGLRFRRQ
::: .. :. :. .:.. . . :.:: ::.... :. : ..:.::.. . . .
CCDS13 KIPDYSDSFKIKHLGKGHYSFYSMDIREFQLPSSQISMVPNVGLKFSISNANIKISGKWK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 LLYWFFYDGGYINASAEGVSIRTGLELSRDP-AGRMKVSNVSCQASVSRMHAAFGGTFKK
:. .: .. : ::.:: . :.:. .: .:. .. ::.. .. .:. .. . :
CCDS13 AQKRFLKMSGNFDLSIEGMSISADLKLGSNPTSGKPTITCSSCSSHINSVHVHISKS--K
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 VYDFLSTF---ITSGMRFLLNQQICPVLYHAGTVLLNSLLDTVPVRSSVDELVGIDYSLM
: ... : : :..: .:.:.: . .. . :. ..:.:: ...: ..::.:.:.
CCDS13 VGWLIQLFHKKIESALRNKMNSQVCEKVTNSVSSELQPYFQTLPVMTKIDSVAGINYGLV
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270
pF1KB4 KDPVASTSNLDMDFRGAFFPLTERNWSLPNRAVEPQLQ---EEERMVYVAFSEFFFDSAM
:.... .::....: :. ...: : . : .. ..::::...:..::..:
CCDS13 APPATTAETLDVQMKGEFYSENHHN---PPPFAPPVMEFPAAHDRMVYLGLSDYFFNTAG
250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 ESYFRAGALQLLLVGDKVPHDLDMLLRATYFGSIVLLSPAVIDS-P-LKLELRVLA--PP
: .::.:.. : : .:.. . : . .::... : : . : .:....: : ::
CCDS13 LVYQEAGVLKMTLRDDMIPKESKFRLTTKFFGTFL---PEVAKKFPNMKIQIHVSASTPP
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 RCTIKPSGTTISVTASVTIALVPPDQPEVQLSSMTMDARLSAKMALRGKALRTQLDLRRF
. ...:.: :. ...: : :.. ..: . : . : ... ... : .: : :.
CCDS13 HLSVQPTGLTFYPAVDVQAFAVLPNSSLASLFLIGMHTTGSMEVSAESNRLVGELKLDRL
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 RIYSNHSALESLALIPLQAPLKTMLQIGVMPMLNERTWRGVQIPLPEGINFVHEVVTNHA
. .:: . . . :: .. .. : :.: .::. .: .: : ... . :. :
CCDS13 LLELKHSNIGPFPVELLQDIMNYIVPILVLPRVNEKLQKGFPLPTPARVQLYNVVLQPHQ
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490
pF1KB4 GFLTIGADLHFAKGLREVIEKNRPADVRASTAPTPSTAAV
.:: .:::.
CCDS13 NFLLFGADVVYK
480
>>CCDS13906.1 BPIFC gene_id:254240|Hs108|chr22 (507 aa)
initn: 484 init1: 351 opt: 600 Z-score: 744.3 bits: 147.2 E(32554): 3.9e-35
Smith-Waterman score: 600; 24.8% identity (61.8% similar) in 476 aa overlap (3-464:9-478)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MALFGALFLALL--AGAHAEFPGCKIRVTSKALELVKQEGLRFLEQELETITIP
:.: ..: : ..... .:: : :.:..::. : :....:: :. .:
CCDS13 MCTKTIPVLWGCFLLWNLYVSSSQTIYPGIKARITQRALDYGVQAGMKMIEQMLKEKKLP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB4 DLRGKEG-------HFYYNISEVKVTELQLTSSELDFQPQQELMLQITNASLGLRFRRQL
:: :.:. . ::.:..:.. ... .. : : : . .... .. .
CCDS13 DLSGSESLEFLKVDYVNYNFSNIKISAFSFPNTSLAFVPGVGIKALTNHGTANISTDWGF
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 LYWFFYDGGYINASAEGVSIRTGLELSRDPAGRMKVSNVSCQASVSRMHAAFGGTFKKVY
.: : : . :: . . :.:. :. .. .: :..:. :..:.: .. .:
CCDS13 ESPLFQDTGGADLFLSGVYFTGIIILTRNDFGHPTLKLQDCYAQLSHAHVSFSGELSVLY
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 DFLSTFITSGMRFLLNQQICPVLYHAGTV-LLNSLLDTVPVRSSVDELVGIDYSLMKDPV
. .. . . . ::...::.. :. : ::. :.:. : ...:. . .::::...:
CCDS13 NSFAEPMEKPILKNLNEMLCPII--ASEVKALNANLSTLEVLTKIDNYTLLDYSLISSPE
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 ASTSNLDMDFRGAFFPLTERNWSLPNRAVEPQLQEEER--MVYVAFSEFFFDSAMESYFR
. . ::....:.:.:: .: . : . : . :. :.:....:.:: :: ..:
CCDS13 ITENYLDLNLKGVFYPL--ENLTDPPFSPVPFVLPERSNSMLYIGIAEYFFKSASFAHFT
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 AGALQLLLVGDKVPHDLDMLLRATYFGSIV--LLSPAVIDSPLKLELRVLAPPRCTIKPS
::.... : ... . . . . .:... . ....:. ... . :: ...:.
CCDS13 AGVFNVTLSTEEISNHF--VQNSQGLGNVLSRIAEIYILSQPFMVRIMATEPPIINLQPG
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 GTTISVTASVTIALVPPDQPEVQLSSMTMDARLSAKMALRGKALRTQLDLRRFRIYSNHS
. :... ::. . : .. . :: . : :. ... :. : .:.: :::. .:
CCDS13 NFTLDIPASIMMLTQPKNSTVETIVSMDFVASTSVGLVILGQRLVCSLSLNRFRLALPES
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 ALESLALIPLQAPLKTMLQIGVMPMLNERTWRGVQIPLPEGINFVHEVVTNHAGFLTIGA
.. .. .. :...:..::.:. : . .: . :. . ::. . ::: :..
CCDS13 NRSNIEVLRFENILSSILHFGVLPLANAKLQQGFPLSNPHKFLFVNSDIEVLEGFLLIST
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CCDS13 V
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]