FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4969, 2224 aa
1>>>pF1KB4969 2224 - 2224 aa - 2224 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6312+/-0.000625; mu= 3.3729+/- 0.038
mean_var=230.6538+/-48.942, 0's: 0 Z-trim(111.5): 255 B-trim: 294 in 2/52
Lambda= 0.084449
statistics sampled from 19831 (20099) to 19831 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.562), E-opt: 0.2 (0.236), width: 16
Scan time: 17.070
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000121 (OMIM: 188055,227400,600880,601367,61230 (2224) 15037 1847.7 0
XP_016856149 (OMIM: 188055,227400,600880,601367,61 (2087) 14106 1734.3 0
NP_000123 (OMIM: 134500,300841,306700) coagulation (2351) 1809 236.1 3.7e-60
NP_001265571 (OMIM: 606018) EGF-like repeat and di ( 470) 924 127.9 2.9e-28
NP_005702 (OMIM: 606018) EGF-like repeat and disco ( 480) 924 127.9 2.9e-28
NP_000087 (OMIM: 117700,604290) ceruloplasmin prec (1065) 928 128.6 4e-28
XP_016861224 (OMIM: 117700,604290) PREDICTED: ceru (1012) 922 127.8 6.4e-28
XP_006713564 (OMIM: 117700,604290) PREDICTED: ceru (1065) 922 127.8 6.7e-28
XP_016861223 (OMIM: 117700,604290) PREDICTED: ceru (1069) 922 127.8 6.7e-28
XP_006713563 (OMIM: 117700,604290) PREDICTED: ceru (1069) 922 127.8 6.7e-28
XP_006713562 (OMIM: 117700,604290) PREDICTED: ceru (1090) 922 127.8 6.8e-28
XP_011510737 (OMIM: 117700,604290) PREDICTED: ceru (1094) 922 127.8 6.8e-28
XP_016885491 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin (1049) 900 125.1 4.2e-27
XP_016885490 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin (1050) 900 125.1 4.2e-27
XP_016885487 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin (1100) 900 125.2 4.4e-27
XP_011529377 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin (1101) 900 125.2 4.4e-27
NP_001124332 (OMIM: 300167) hephaestin isoform c p (1160) 900 125.2 4.6e-27
XP_006724785 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin (1161) 900 125.2 4.6e-27
XP_011529375 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin (1211) 900 125.2 4.7e-27
NP_620074 (OMIM: 300167) hephaestin isoform a [Hom (1212) 900 125.2 4.7e-27
NP_001297248 (OMIM: 602281) lactadherin isoform d ( 343) 882 122.7 7.8e-27
NP_055614 (OMIM: 300167) hephaestin isoform b [Hom ( 891) 889 123.8 9.3e-27
NP_001297249 (OMIM: 602281) lactadherin isoform c ( 379) 869 121.1 2.5e-26
NP_005919 (OMIM: 602281) lactadherin isoform a pre ( 387) 869 121.1 2.6e-26
NP_001297250 (OMIM: 602281) lactadherin isoform e ( 275) 752 106.8 3.8e-22
XP_016885489 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin (1089) 745 106.3 2.1e-21
XP_016885488 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin (1090) 745 106.3 2.1e-21
XP_011529376 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin (1141) 745 106.3 2.2e-21
NP_063916 (OMIM: 134500,300841,306700) coagulation ( 216) 671 96.8 2.9e-19
NP_001108086 (OMIM: 602281) lactadherin isoform b ( 335) 576 85.4 1.3e-15
XP_016885492 (OMIM: 300167) PREDICTED: hephaestin ( 858) 505 77.0 1.1e-12
NP_001269070 (OMIM: 300167) hephaestin isoform d p ( 969) 505 77.0 1.2e-12
XP_011510721 (OMIM: 608698) PREDICTED: discoidin, ( 699) 462 71.7 3.5e-11
NP_563615 (OMIM: 608698) discoidin, CUB and LCCL d ( 775) 462 71.7 3.8e-11
NP_957716 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 6 pr ( 555) 404 64.5 3.9e-09
XP_016860677 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 848) 404 64.7 5.5e-09
XP_016860676 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 853) 404 64.7 5.5e-09
NP_957719 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 5 pr ( 901) 404 64.7 5.8e-09
XP_016860675 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 901) 404 64.7 5.8e-09
NP_061004 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 4 pr ( 906) 404 64.7 5.8e-09
NP_958436 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 3 pr ( 909) 404 64.7 5.8e-09
XP_016860674 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 926) 404 64.7 5.9e-09
NP_003863 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 2 pr ( 926) 404 64.7 5.9e-09
NP_957718 (OMIM: 602070) neuropilin-2 isoform 1 pr ( 931) 404 64.7 5.9e-09
XP_005246991 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 931) 404 64.7 5.9e-09
XP_005246990 (OMIM: 602070) PREDICTED: neuropilin- ( 931) 404 64.7 5.9e-09
XP_016877695 (OMIM: 602281) PREDICTED: lactadherin ( 243) 388 62.4 7.7e-09
NP_000321 (OMIM: 300839,312700) retinoschisin prec ( 224) 387 62.2 7.8e-09
XP_011537078 (OMIM: 147920,602113) PREDICTED: hist (5525) 397 64.3 4.6e-08
XP_006719679 (OMIM: 147920,602113) PREDICTED: hist (5536) 397 64.3 4.6e-08
>>NP_000121 (OMIM: 188055,227400,600880,601367,612309,61 (2224 aa)
initn: 15037 init1: 15037 opt: 15037 Z-score: 9911.2 bits: 1847.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 15037; 100.0% identity (100.0% similar) in 2224 aa overlap (1-2224:1-2224)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MFPGCPRLWVLVVLGTSWVGWGSQGTEAAQLRQFYVAAQGISWSYRPEPTNSSLNLSVTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MFPGCPRLWVLVVLGTSWVGWGSQGTEAAQLRQFYVAAQGISWSYRPEPTNSSLNLSVTS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 FKKIVYREYEPYFKKEKPQSTISGLLGPTLYAEVGDIIKVHFKNKADKPLSIHPQGIRYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FKKIVYREYEPYFKKEKPQSTISGLLGPTLYAEVGDIIKVHFKNKADKPLSIHPQGIRYS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 KLSEGASYLDHTFPAEKMDDAVAPGREYTYEWSISEDSGPTHDDPPCLTHIYYSHENLIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KLSEGASYLDHTFPAEKMDDAVAPGREYTYEWSISEDSGPTHDDPPCLTHIYYSHENLIE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 DFNSGLIGPLLICKKGTLTEGGTQKTFDKQIVLLFAVFDESKSWSQSSSLMYTVNGYVNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DFNSGLIGPLLICKKGTLTEGGTQKTFDKQIVLLFAVFDESKSWSQSSSLMYTVNGYVNG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 TMPDITVCAHDHISWHLLGMSSGPELFSIHFNGQVLEQNHHKVSAITLVSATSTTANMTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TMPDITVCAHDHISWHLLGMSSGPELFSIHFNGQVLEQNHHKVSAITLVSATSTTANMTV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 GPEGKWIISSLTPKHLQAGMQAYIDIKNCPKKTRNLKKITREQRRHMKRWEYFIAAEEVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GPEGKWIISSLTPKHLQAGMQAYIDIKNCPKKTRNLKKITREQRRHMKRWEYFIAAEEVI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 WDYAPVIPANMDKKYRSQHLDNFSNQIGKHYKKVMYTQYEDESFTKHTVNPNMKEDGILG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 WDYAPVIPANMDKKYRSQHLDNFSNQIGKHYKKVMYTQYEDESFTKHTVNPNMKEDGILG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 PIIRAQVRDTLKIVFKNMASRPYSIYPHGVTFSPYEDEVNSSFTSGRNNTMIRAVQPGET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PIIRAQVRDTLKIVFKNMASRPYSIYPHGVTFSPYEDEVNSSFTSGRNNTMIRAVQPGET
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 YTYKWNILEFDEPTENDAQCLTRPYYSDVDIMRDIASGLIGLLLICKSRSLDRRGIQRAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 YTYKWNILEFDEPTENDAQCLTRPYYSDVDIMRDIASGLIGLLLICKSRSLDRRGIQRAA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 DIEQQAVFAVFDENKSWYLEDNINKFCENPDEVKRDDPKFYESNIMSTINGYVPESITTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DIEQQAVFAVFDENKSWYLEDNINKFCENPDEVKRDDPKFYESNIMSTINGYVPESITTL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 GFCFDDTVQWHFCSVGTQNEILTIHFTGHSFIYGKRHEDTLTLFPMRGESVTVTMDNVGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GFCFDDTVQWHFCSVGTQNEILTIHFTGHSFIYGKRHEDTLTLFPMRGESVTVTMDNVGT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 WMLTSMNSSPRSKKLRLKFRDVKCIPDDDEDSYEIFEPPESTVMATRKMHDRLEPEDEES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 WMLTSMNSSPRSKKLRLKFRDVKCIPDDDEDSYEIFEPPESTVMATRKMHDRLEPEDEES
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 DADYDYQNRLAAALGIRSFRNSSLNQEEEEFNLTALALENGTEFVSSNTDIIVGSNYSSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DADYDYQNRLAAALGIRSFRNSSLNQEEEEFNLTALALENGTEFVSSNTDIIVGSNYSSP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 SNISKFTVNNLAEPQKAPSHQQATTAGSPLRHLIGKNSVLNSSTAEHSSPYSEDPIEDPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SNISKFTVNNLAEPQKAPSHQQATTAGSPLRHLIGKNSVLNSSTAEHSSPYSEDPIEDPL
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850 860 870 880 890 900
pF1KB4 QPDVTGIRLLSLGAGEFKSQEHAKHKGPKVERDQAAKHRFSWMKLLAHKVGRHLSQDTGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QPDVTGIRLLSLGAGEFKSQEHAKHKGPKVERDQAAKHRFSWMKLLAHKVGRHLSQDTGS
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910 920 930 940 950 960
pF1KB4 PSGMRPWEDLPSQDTGSPSRMRPWKDPPSDLLLLKQSNSSKILVGRWHLASEKGSYEIIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 PSGMRPWEDLPSQDTGSPSRMRPWKDPPSDLLLLKQSNSSKILVGRWHLASEKGSYEIIQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB4 DTDEDTAVNNWLISPQNASRAWGESTPLANKPGKQSGHPKFPRVRHKSLQVRQDGGKSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DTDEDTAVNNWLISPQNASRAWGESTPLANKPGKQSGHPKFPRVRHKSLQVRQDGGKSRL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB4 KKSQFLIKTRKKKKEKHTHHAPLSPRTFHPLRSEAYNTFSERRLKHSLVLHKSNETSLPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KKSQFLIKTRKKKKEKHTHHAPLSPRTFHPLRSEAYNTFSERRLKHSLVLHKSNETSLPT
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1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB4 DLNQTLPSMDFGWIASLPDHNQNSSNDTGQASCPPGLYQTVPPEEHYQTFPIQDPDQMHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DLNQTLPSMDFGWIASLPDHNQNSSNDTGQASCPPGLYQTVPPEEHYQTFPIQDPDQMHS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB4 TSDPSHRSSSPELSEMLEYDRSHKSFPTDISQMSPSSEHEVWQTVISPDLSQVTLSPELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TSDPSHRSSSPELSEMLEYDRSHKSFPTDISQMSPSSEHEVWQTVISPDLSQVTLSPELS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QTNLSPDLSHTTLSPELIQRNLSPALGQMPISPDLSHTTLSPDLSHTTLSLDLSQTNLSP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ELSQTNLSPALGQMPLSPDLSHTTLSLDFSQTNLSPELSHMTLSPELSQTNLSPALGQMP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ISPDLSHTTLSLDFSQTNLSPELSQTNLSPALGQMPLSPDPSHTTLSLDLSQTNLSPELS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 QTNLSPDLSEMPLFADLSQIPLTPDLDQMTLSPDLGETDLSPNFGQMSLSPDLSQVTLSP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DISDTTLLPDLSQISPPPDLDQIFYPSESSQSLLLQEFNESFPYPDLGQMPSPSSPTLND
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1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB4 TFLSKEFNPLVIVGLSKDGTDYIEIIPKEEVQSSEDDYAEIDYVPYDDPYKTDVRTNINS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TFLSKEFNPLVIVGLSKDGTDYIEIIPKEEVQSSEDDYAEIDYVPYDDPYKTDVRTNINS
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KB4 SRDPDNIAAWYLRSNNGNRRNYYIAAEEISWDYSEFVQRETDIEDSDDIPEDTTYKKVVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SRDPDNIAAWYLRSNNGNRRNYYIAAEEISWDYSEFVQRETDIEDSDDIPEDTTYKKVVF
1570 1580 1590 1600 1610 1620
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pF1KB4 RKYLDSTFTKRDPRGEYEEHLGILGPIIRAEVDDVIQVRFKNLASRPYSLHAHGLSYEKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RKYLDSTFTKRDPRGEYEEHLGILGPIIRAEVDDVIQVRFKNLASRPYSLHAHGLSYEKS
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KB4 SEGKTYEDDSPEWFKEDNAVQPNSSYTYVWHATERSGPESPGSACRAWAYYSAVNPEKDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SEGKTYEDDSPEWFKEDNAVQPNSSYTYVWHATERSGPESPGSACRAWAYYSAVNPEKDI
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KB4 HSGLIGPLLICQKGILHKDSNMPMDMREFVLLFMTFDEKKSWYYEKKSRSSWRLTSSEMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HSGLIGPLLICQKGILHKDSNMPMDMREFVLLFMTFDEKKSWYYEKKSRSSWRLTSSEMK
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KSHEFHAINGMIYSLPGLKMYEQEWVRLHLLNIGGSQDIHVVHFHGQTLLENGNKQHQLG
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KB4 VWPLLPGSFKTLEMKASKPGWWLLNTEVGENQRAGMQTPFLIMDRDCRMPMGLSTGIISD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VWPLLPGSFKTLEMKASKPGWWLLNTEVGENQRAGMQTPFLIMDRDCRMPMGLSTGIISD
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KB4 SQIKASEFLGYWEPRLARLNNGGSYNAWSVEKLAAEFASKPWIQVDMQKEVIITGIQTQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SQIKASEFLGYWEPRLARLNNGGSYNAWSVEKLAAEFASKPWIQVDMQKEVIITGIQTQG
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KB4 AKHYLKSCYTTEFYVAYSSNQINWQIFKGNSTRNVMYFNGNSDASTIKENQFDPPIVARY
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:.:::: .::..: :: :. .::.: :::: .::::: .:. :. :. ... :..
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:.:.:...:.. :.:..: . .::::::::. ::.: ..:.: : :.: ::. :..
NP_000 SIGAQTDFLSVFFSGYTFKHKMVYEDTLTLFPFSGETVFMSMENPGLWILGCHNSDFRNR
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. .. .: : ::::: . :. . .. .. .::.. ::
NP_000 GMTALLKVSSCDKNTGDYYEDSYEDI----SAYLLSK--NNAIEPRSFS-------QNSR
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pF1KB4 AAALGIRSFRNSSLNQEEEEFNLTALALENGTEFVS--SNTDIIVGSNYS-SPSNISKFT
. ..: ... ... : . .: .. .. :..:... : .: ..:
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:.. :.: . : . .: : .:. :. : : : . . . :. .:.
NP_000 ---LSDLQEA---KYETFSDDPSPGAIDSNNSLSEMT--HFRPQLHHSGDMVFTPE-SGL
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.: :. : . : :. :: ...... .: . .: ... : :: :
NP_000 QLRLNEKLGTTAATE-LKKLDFKV--SSTSNNLISTIPSDNLAAGTDNTSSLGPPS-MPV
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pF1KB4 -WEPFRARLNAQGRVNAWQAKANNNKQWLEIDLLKIKKITAIITQGCKSLSSEMYVKSYT
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NP_005 RSELLGCTEEE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]