Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4961
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4961, 218 aa
1>>>pF1KB4961 218 - 218 aa - 218 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0632+/-0.000936; mu= 15.0770+/- 0.057
mean_var=75.8824+/-15.299, 0's: 0 Z-trim(106.8): 191 B-trim: 310 in 1/49
Lambda= 0.147233
statistics sampled from 9008 (9218) to 9008 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.67), E-opt: 0.2 (0.283), width: 16
Scan time: 2.050
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11958.1 RAB27B gene_id:5874|Hs108|chr18 ( 218) 1460 319.3 1.2e-87
CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 ( 221) 1064 235.2 2.5e-62
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 442 103.1 1.5e-22
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 439 102.4 2.2e-22
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 423 99.1 2.4e-21
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 394 92.9 1.7e-19
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 386 91.2 5.3e-19
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 385 91.0 6.1e-19
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 376 89.0 2.3e-18
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 376 89.0 2.3e-18
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 371 88.0 4.8e-18
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 369 87.6 6.6e-18
CCDS54162.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 186) 368 87.3 6.9e-18
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 367 87.1 8.3e-18
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 367 87.1 8.9e-18
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 367 87.2 9.2e-18
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 367 87.2 9.3e-18
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 360 85.6 2.4e-17
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 349 83.3 1.2e-16
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 346 82.6 1.8e-16
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 346 82.7 2.2e-16
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 342 81.8 3.5e-16
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 341 81.6 4.1e-16
CCDS81812.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 166) 336 80.5 7.1e-16
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 336 80.6 8.5e-16
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 336 80.6 8.6e-16
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 337 81.2 1.9e-15
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 328 78.9 3.1e-15
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 326 78.4 3.7e-15
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 317 76.5 1.3e-14
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 323 78.2 1.4e-14
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 314 75.9 2.2e-14
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 309 74.8 4.1e-14
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 309 74.8 4.5e-14
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 307 74.4 5.9e-14
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 307 74.4 6.1e-14
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 305 74.0 8.2e-14
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 305 74.0 8.5e-14
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 302 73.3 1.3e-13
CCDS75442.1 RAB44 gene_id:401258|Hs108|chr6 (1021) 308 75.2 1.7e-13
CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 ( 207) 299 72.7 1.9e-13
CCDS77710.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 201) 296 72.0 2.9e-13
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 296 72.1 3.1e-13
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 294 71.6 4.2e-13
CCDS8703.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12 ( 189) 290 70.7 6.8e-13
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 289 70.6 8.4e-13
CCDS1716.1 DNAJC27 gene_id:51277|Hs108|chr2 ( 273) 289 70.7 1e-12
CCDS8702.1 KRAS gene_id:3845|Hs108|chr12 ( 188) 285 69.7 1.4e-12
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 285 69.7 1.6e-12
CCDS73080.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 182) 284 69.5 1.6e-12
>>CCDS11958.1 RAB27B gene_id:5874|Hs108|chr18 (218 aa)
initn: 1460 init1: 1460 opt: 1460 Z-score: 1687.3 bits: 319.3 E(32554): 1.2e-87
Smith-Waterman score: 1460; 100.0% identity (100.0% similar) in 218 aa overlap (1-218:1-218)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MTDGDYDYLIKLLALGDSGVGKTTFLYRYTDNKFNPKFITTVGIDFREKRVVYNAQGPNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MTDGDYDYLIKLLALGDSGVGKTTFLYRYTDNKFNPKFITTVGIDFREKRVVYNAQGPNG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SSGKAFKVHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLMFDLTSQQSFLNVRNWMSQLQAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SSGKAFKVHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLMFDLTSQQSFLNVRNWMSQLQAN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 AYCENPDIVLIGNKADLPDQREVNERQARELADKYGIPYFETSAATGQNVEKAVETLLDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AYCENPDIVLIGNKADLPDQREVNERQARELADKYGIPYFETSAATGQNVEKAVETLLDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KB4 IMKRMEQCVEKTQIPDTVNGGNSGNLDGEKPPEKKCIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IMKRMEQCVEKTQIPDTVNGGNSGNLDGEKPPEKKCIC
190 200 210
>>CCDS10153.1 RAB27A gene_id:5873|Hs108|chr15 (221 aa)
initn: 1067 init1: 1038 opt: 1064 Z-score: 1232.6 bits: 235.2 E(32554): 2.5e-62
Smith-Waterman score: 1064; 71.5% identity (87.3% similar) in 221 aa overlap (1-218:1-221)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MTDGDYDYLIKLLALGDSGVGKTTFLYRYTDNKFNPKFITTVGIDFREKRVVYNAQGPNG
:.:::::::::.:::::::::::. ::.:::.::: ::::::::::::::::: :.::.:
CCDS10 MSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFREKRVVYRASGPDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SSGKAFKVHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLMFDLTSQQSFLNVRNWMSQLQAN
..:.. ..:::::::::::::::::::::::::::::.::::..:::::::::.:::: .
CCDS10 ATGRGQRIHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSFLNVRNWISQLQMH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 AYCENPDIVLIGNKADLPDQREVNERQARELADKYGIPYFETSAATGQNVEKAVETLLDL
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CCDS10 AYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANGTNISQAIEMLLDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210
pF1KB4 IMKRMEQCVEKTQIPDTV---NGGNSGNLDGEKPPEKKCIC
::::::.::.:. ::. : :: : . .:. . : :
CCDS10 IMKRMERCVDKSWIPEGVVRSNGHASTDQLSEEKEKGACGC
190 200 210 220
>>CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 (220 aa)
initn: 606 init1: 235 opt: 442 Z-score: 518.6 bits: 103.1 E(32554): 1.5e-22
Smith-Waterman score: 626; 41.1% identity (76.7% similar) in 219 aa overlap (2-218:15-220)
10 20 30 40
pF1KB4 MTDGDYDYLIKLLALGDSGVGKTTFLYRYTDNKFNPKFITTVGIDFR
.: ..::..:.: .:.:.::::.::.::.:..:.: :..::::::.
CCDS12 MASATDSRYGQKESSDQNFDYMFKILIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 EKRVVYNAQGPNGSSGKAFKVHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLMFDLTSQQSF
: . : . ...::.::::::::.:..:::..: ::::.::.:.:...::
CCDS12 VKTIYRNDK----------RIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMYDITNEESF
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 LNVRNWMSQLQANAYCENPDIVLIGNKADLPDQREVNERQARELADKYGIPYFETSAATG
:..: .:... .. .: ...:.::: :. :.: :. ...:.:::. :. .::.:: .
CCDS12 NAVQDWSTQIKTYSW-DNAQVLLVGNKCDMEDERVVSSERGRQLADHLGFEFFEASAKDN
120 130 140 150 160
170 180 190 200 210
pF1KB4 QNVEKAVETLLDLIMKRMEQCVEKTQIPDTVNGGNSGNL--DGEKPPEKKCIC
::... : :.:.: ..: . .. : : .:.:...: : . ::.. : :
CCDS12 INVKQTFERLVDVICEKMSESLD-TADP-AVTGAKQGPQLSDQQVPPHQDCAC
170 180 190 200 210 220
>>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa)
initn: 562 init1: 234 opt: 439 Z-score: 515.2 bits: 102.4 E(32554): 2.2e-22
Smith-Waterman score: 618; 41.7% identity (75.0% similar) in 216 aa overlap (3-218:16-219)
10 20 30 40
pF1KB4 MTDGDYDYLIKLLALGDSGVGKTTFLYRYTDNKFNPKFITTVGIDFR
: ..::..::: .:.:.::::.::.::.:..:.: :..::::::.
CCDS12 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 EKRVVYNAQGPNGSSGKAFKVHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLMFDLTSQQSF
: : . . ...::.::::::::.:..:::..: :::::::.:...:.::
CCDS12 VKTVYRHDK----------RIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESF
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 LNVRNWMSQLQANAYCENPDIVLIGNKADLPDQREVNERQARELADKYGIPYFETSAATG
:..: .:... .. .: ...:.::: :: :.: : ...:.::: :. .::.:: .
CCDS12 AAVQDWATQIKTYSW-DNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKEN
120 130 140 150 160
170 180 190 200 210
pF1KB4 QNVEKAVETLLDLIMKRMEQCVEKTQIPDTVNGGNSGNLDGEKPPEKKCIC
::... : :.:.: ..:.. .: .. . :: . . :. : ..: :
CCDS12 INVKQVFERLVDVICEKMNESLEPSSSSGS-NGKGPAVGDAPAPQPSSCSC
170 180 190 200 210
>>CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 (227 aa)
initn: 547 init1: 235 opt: 423 Z-score: 496.6 bits: 99.1 E(32554): 2.4e-21
Smith-Waterman score: 600; 39.6% identity (74.2% similar) in 217 aa overlap (2-218:23-227)
10 20 30
pF1KB4 MTDGDYDYLIKLLALGDSGVGKTTFLYRYTDNKFNPKFI
.: ..::..::: .:.:.::::.::.::.:..:. :.
CCDS39 MRHEAPMQMASAQDARYGQKDSSDQNFDYMFKLLIIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTSAFV
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 TTVGIDFREKRVVYNAQGPNGSSGKAFKVHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLMF
.::::::. : : : . ...::.::::::::.:..:::..: ::::.::.
CCDS39 STVGIDFKVKTVFKNEK----------RIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFILMY
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 DLTSQQSFLNVRNWMSQLQANAYCENPDIVLIGNKADLPDQREVNERQARELADKYGIPY
:.:...:: :..: .:... .. .: ...:.::: :. :.: .. .....:... :. .
CCDS39 DITNEESFNAVQDWSTQIKTYSW-DNAQVILVGNKCDMEDERVISTERGQHLGEQLGFEF
120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 FETSAATGQNVEKAVETLLDLIMKRMEQCVEKTQIPDTVNGGNSGNLDGEKPPEKKCIC
::::: . ::... : :.:.: .: . .: :. :. :. . ::. .: :
CCDS39 FETSAKDNINVKQTFERLVDIICDKMSESLE-TDPAITAAKQNTRLKETPPPPQPNCAC
170 180 190 200 210 220
>>CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 (217 aa)
initn: 388 init1: 304 opt: 394 Z-score: 463.6 bits: 92.9 E(32554): 1.7e-19
Smith-Waterman score: 432; 35.7% identity (67.4% similar) in 227 aa overlap (8-218:7-217)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MTDGDYDYLIKLLALGDSGVGKTTFLYRYTDNKF----NPKFITTVGIDFREKRVVYNAQ
: ..:...::: :::. .:.:.:...: .: :::.:: . . .
CCDS83 METIWIYQFRLIVIGDSTVGKSCLLHRFTQGRFPGLRSPACDPTVGVDFFSRLLEIE--
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 GPNGSSGKAFKVHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLMFDLTSQQSFLNVRNWMSQ
: :: ...::::::::::::::.: ...:...: .:.::.:...:: .:..:. .
CCDS83 -P----GK--RIKLQLWDTAGQERFRSITRSYYRNSVGGFLVFDITNRRSFEHVKDWLEE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 LQANAYCENPDIV--LIGNKADLPDQREVNERQARELADKYGIPYFETSAATGQNVEKAV
:. : . :: :.:.: :: .::.:....:..:. :. :.:::: . :::..
CCDS83 --AKMYVQPFRIVFLLVGHKCDLASQRQVTREEAEKLSADCGMKYIETSAKDATNVEESF
120 130 140 150 160
180 190 200 210
pF1KB4 ETLL-DL--IMKRMEQCVEKTQ-------IPDTVNGGNSGNLDGEKPPEKKCIC
: :. ..:. : :.. .:.::.... . :.:.:.:
CCDS83 TILTRDIYELIKKGEICIQDGWEGVKSGFVPNTVHSSEEAV-----KPRKECFC
170 180 190 200 210
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 559 init1: 245 opt: 386 Z-score: 454.6 bits: 91.2 E(32554): 5.3e-19
Smith-Waterman score: 552; 42.7% identity (74.9% similar) in 199 aa overlap (6-204:5-187)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MTDGDYDYLIKLLALGDSGVGKTTFLYRYTDNKFNPKFITTVGIDFREKRVVYNAQGPNG
::::.::: .:::::::: .:.:.... :: ::.:.::::. . . .
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELD------
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SSGKAFKVHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLMFDLTSQQSFLNVRNWMSQLQAN
:: :..::.::::::::::..:::..: :::..:..:.:...:: :..::. ... .
CCDS10 --GK--KIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEH
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 AYCENPDIVLIGNKADLPDQREVNERQARELADKYGIPYFETSAATGQNVEKAVETLLDL
: . ..: ::: :. :.:.:.......:: ::: ..:::: .. :::.: ::
CCDS10 ASSDVERMIL-GNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARD
110 120 130 140 150 160
190 200 210
pF1KB4 IMKRMEQCVEKTQIPDTVNGGNSGNLDGEKPPEKKCIC
:: .... .. :. ..: .:
CCDS10 IMTKLNR-----KMNDSNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
170 180 190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 425 init1: 247 opt: 385 Z-score: 453.5 bits: 91.0 E(32554): 6.1e-19
Smith-Waterman score: 549; 42.9% identity (73.7% similar) in 205 aa overlap (6-210:5-197)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MTDGDYDYLIKLLALGDSGVGKTTFLYRYTDNKFNPKFITTVGIDFREKRVVYNAQGPNG
::::.::: .:::::::: :.:.... :: ::.:.::::. . . .
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELD------
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SSGKAFKVHLQLWDTAGQERFRSLTTAFFRDAMGFLLMFDLTSQQSFLNVRNWMSQLQAN
:: ...::.::::::::::..:::..: :::..:..:.:...:: :.:::. ... .
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CCDS12 IKAKMDKKLEGNS-PQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
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CCDS31 --GKTIK--LQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRY
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pF1KB4 AYCENPDIVLIGNKADLPDQREVNERQARELADKYGIPYFETSAATGQNVEKAVETLLDL
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CCDS31 A-SENVNKLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAE
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CCDS31 IKKRMG--------PGAASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
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>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
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10 20 30 40 50 60
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CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTV--DIEGK--
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CCDS10 ------KIKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKEN
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CCDS10 A-SAGVERLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARD
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]