Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4948
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4948, 580 aa
1>>>pF1KB4948 580 - 580 aa - 580 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.4658+/-0.00126; mu= -21.2912+/- 0.076
mean_var=522.6668+/-106.049, 0's: 0 Z-trim(115.4): 13 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.056100
statistics sampled from 15987 (15999) to 15987 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.778), E-opt: 0.2 (0.491), width: 16
Scan time: 4.030
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13908.1 SYN3 gene_id:8224|Hs108|chr22 ( 580) 3899 330.1 4.8e-90
CCDS74900.1 SYN2 gene_id:6854|Hs108|chr3 ( 582) 1900 168.3 2.4e-41
CCDS35233.1 SYN1 gene_id:6853|Hs108|chrX ( 669) 1883 166.9 7.1e-41
CCDS14280.1 SYN1 gene_id:6853|Hs108|chrX ( 705) 1883 166.9 7.4e-41
CCDS74901.1 SYN2 gene_id:6854|Hs108|chr3 ( 478) 1789 159.2 1.1e-38
>>CCDS13908.1 SYN3 gene_id:8224|Hs108|chr22 (580 aa)
initn: 3899 init1: 3899 opt: 3899 Z-score: 1730.0 bits: 330.1 E(32554): 4.8e-90
Smith-Waterman score: 3899; 100.0% identity (100.0% similar) in 580 aa overlap (1-580:1-580)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MNFLRRRLSDSSFMANLPNGYMTDLQRPDSSTSSPASPAMERRHPQPLAASFSSPGSSLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MNFLRRRLSDSSFMANLPNGYMTDLQRPDSSTSSPASPAMERRHPQPLAASFSSPGSSLF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SSLSSAMKQAPQATSGLMEPPGPSTPIVQRPRILLVIDDAHTDWSKYFHGKKVNGEIEIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SSLSSAMKQAPQATSGLMEPPGPSTPIVQRPRILLVIDDAHTDWSKYFHGKKVNGEIEIR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 VEQAEFSELNLAAYVTGGCMVDMQVVRNGTKVVSRSFKPDFILVRQHAYSMALGEDYRSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VEQAEFSELNLAAYVTGGCMVDMQVVRNGTKVVSRSFKPDFILVRQHAYSMALGEDYRSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 VIGLQYGGLPAVNSLYSVYNFCSKPWVFSQLIKIFHSLGPEKFPLVEQTFFPNHKPMVTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VIGLQYGGLPAVNSLYSVYNFCSKPWVFSQLIKIFHSLGPEKFPLVEQTFFPNHKPMVTA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 PHFPVVVKLGHAHAGMGKIKVENQLDFQDITSVVAMAKTYATTEAFIDSKYDIRIQKIGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PHFPVVVKLGHAHAGMGKIKVENQLDFQDITSVVAMAKTYATTEAFIDSKYDIRIQKIGS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 NYKAYMRTSISGNWKANTGSAMLEQVAMTERYRLWVDSCSEMFGGLDICAVKAVHSKDGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NYKAYMRTSISGNWKANTGSAMLEQVAMTERYRLWVDSCSEMFGGLDICAVKAVHSKDGR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 DYIIEVMDSSMPLIGEHVEEDRQLMADLVVSKMSQLPMPGGTAPSPLRPWAPQIKSAKSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DYIIEVMDSSMPLIGEHVEEDRQLMADLVVSKMSQLPMPGGTAPSPLRPWAPQIKSAKSP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 GQAQLGPQLGQPQPRPPPQGGPRQAQSPQPQRSGSPSQQRLSPQGQQPLSPQSGSPQQQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GQAQLGPQLGQPQPRPPPQGGPRQAQSPQPQRSGSPSQQRLSPQGQQPLSPQSGSPQQQR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 SPGSPQLSRASSGSSPNQASKPGATLASQPRPPVQGRSTSQQGEESKKPAPPHPHLNKSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SPGSPQLSRASSGSSPNQASKPGATLASQPRPPVQGRSTSQQGEESKKPAPPHPHLNKSQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KB4 SLTNSLSTSDTSQRGTPSEDEAKAETIRNLRKSFASLFSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SLTNSLSTSDTSQRGTPSEDEAKAETIRNLRKSFASLFSD
550 560 570 580
>>CCDS74900.1 SYN2 gene_id:6854|Hs108|chr3 (582 aa)
initn: 1817 init1: 1326 opt: 1900 Z-score: 855.6 bits: 168.3 E(32554): 2.4e-41
Smith-Waterman score: 2229; 58.3% identity (78.5% similar) in 605 aa overlap (1-580:2-582)
10 20 30 40
pF1KB4 MNFLRRRLSDSSFMANLPNGYMTDLQRPD---------------SSTSSP--ASPAMER
:::::::::::::.::::::::::::::. :....: :::. ::
CCDS74 MMNFLRRRLSDSSFIANLPNGYMTDLQRPEPQQPPPPPPPGPGAASASAAPPTASPGPER
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB4 RHPQ-----PLAASFSSPGSSLFSSLSSAMKQAPQATSGLMEPPGPSTPIVQRPRILLVI
: : : : : :::.:::::.:.::. :..::.. :.:. ... ..:::.
CCDS74 RPPPASAPAPQPAPTPSVGSSFFSSLSQAVKQTA-ASAGLVDAPAPAPAAARKAKVLLVV
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 DDAHTDWSKYFHGKKVNGEIEIRVEQAEFSELNLAAYVTGGCMVDMQVVRNGTKVVSRSF
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CCDS74 DEPHADWAKCFRGKKVLGDYDIKVEQAEFSELNLVAHADGTYAVDMQVLRNGTKVV-RSF
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 KPDFILVRQHAYSMALGEDYRSLVIGLQYGGLPAVNSLYSVYNFCSKPWVFSQLIKIFHS
.:::.:.::::..:: .::.: :.::.::.:::..::: :.::::.:::::.::. :...
CCDS74 RPDFVLIRQHAFGMAENEDFRHLIIGMQYAGLPSINSLESIYNFCDKPWVFAQLVAIYKT
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 LGPEKFPLVEQTFFPNHKPMVTAPHFPVVVKLGHAHAGMGKIKVENQLDFQDITSVVAMA
:: :::::.:::..:::: :.: : ::::::.::::.::::.::::. :::::.::::..
CCDS74 LGGEKFPLIEQTYYPNHKEMLTLPTFPVVVKIGHAHSGMGKVKVENHYDFQDIASVVALT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 KTYATTEAFIDSKYDIRIQKIGSNYKAYMRTSISGNWKANTGSAMLEQVAMTERYRLWVD
.::::.: :::::::::.::::.:::::::::::::::.:::::::::.::..::.::::
CCDS74 QTYATAEPFIDSKYDIRVQKIGNNYKAYMRTSISGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYKLWVD
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 SCSEMFGGLDICAVKAVHSKDGRDYIIEVMDSSMPLIGEHVEEDRQLMADLVVSKMSQL-
.:::::::::::::::::.:::.:::.:::: :::::::: :::::...::.:::.::
CCDS74 TCSEMFGGLDICAVKAVHGKDGKDYIFEVMDCSMPLIGEHQVEDRQLITELVISKMNQLL
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 -PMPGGTAPSPLRPWAPQIKSAKSPGQAQLGPQLGQPQPRPPPQGGPRQAQSPQPQRSGS
:. . :: :: . :.: ... :: :::::::: : :. :: .
CCDS74 SRTPALSPQRPLTTQQPQSGTLKDPDSSKTPPQ------RPPPQGGPGQPQGMQPPGKVL
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB4 PSQQRLSPQGQQPLSPQSGSPQQQRSPGSPQLSRASSGSSPNQASKPGATLASQPRPPVQ
: . :: : . : : .:.: ... .: : . .. :..:...: .:: . .::.
CCDS74 PPR-RLPPGPSLPPSSSSSSSSSSSAPQRPG-GPTTHGDAPSSSS----SLA-EAQPPLA
480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KB4 GRSTSQQGEESKKPAPPHPHLNKSQSLTNSLSTSDTSQ-RGTPSEDEAKAETIRNLRKSF
. .:: : ::.:::::::::..: :..: :.. .::::::::::.:::::
CCDS74 A--------PPQKPQP-HPQLNKSQSLTNAFSFSESSFFRSSANEDEAKAETIRSLRKSF
530 540 550 560 570
580
pF1KB4 ASLFSD
::::::
CCDS74 ASLFSD
580
>>CCDS35233.1 SYN1 gene_id:6853|Hs108|chrX (669 aa)
initn: 1567 init1: 1274 opt: 1883 Z-score: 847.3 bits: 166.9 E(32554): 7.1e-41
Smith-Waterman score: 2037; 57.1% identity (76.7% similar) in 580 aa overlap (1-532:1-575)
10 20 30 40
pF1KB4 MNFLRRRLSDSSFMANLPNGYMTDLQRPD-----------SSTSSPASPAMERRHPQPLA
::.::::::::.::::::::::::::::. ..: .:.. . :: :
CCDS35 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQPPPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSSGVAPA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB4 ASFS--SPGSS----LFSSLSSAMKQAPQATSGLM-EPPGPSTPIVQR----PRILLVID
:: . ::::: .:::::.:.::. :... . : : .. . : :.:::::
CCDS35 ASPAAPSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASRVLLVID
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 DAHTDWSKYFHGKKVNGEIEIRVEQAEFSELNLAAYVTGGCMVDMQVVRNGTKVVSRSFK
. ::::.:::.:::..:::.:.:::::::.:::.:...:: :::.:.:::.::: ::.:
CCDS35 EPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKVV-RSLK
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 PDFILVRQHAYSMALGEDYRSLVIGLQYGGLPAVNSLYSVYNFCSKPWVFSQLIKIFHSL
:::.:.::::.::: . :::::::::::.:.:.::::.::::::.:::::.:.... ..:
CCDS35 PDFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVRLHKKL
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 GPEKFPLVEQTFFPNHKPMVTAPHFPVVVKLGHAHAGMGKIKVENQLDFQDITSVVAMAK
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CCDS35 GTEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASVVALTK
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 TYATTEAFIDSKYDIRIQKIGSNYKAYMRTSISGNWKANTGSAMLEQVAMTERYRLWVDS
::::.: :::.:::.:.::::.:::::::::.:::::.:::::::::.::..::.::::.
CCDS35 TYATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYKLWVDT
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 CSEMFGGLDICAVKAVHSKDGRDYIIEVMDSSMPLIGEHVEEDRQLMADLVVSKMSQ-LP
:::.:::::::::.:.:.:::::.::::. :::::::.: .::.::...:::.::.: ::
CCDS35 CSEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKMAQALP
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 MPGGTAPSPLRPWAPQIKSAKSPGQAQLGPQLGQ-P-----QPRPPPQGGPRQAQSPQPQ
:: : : . ::: :: : .: : : :::::::: : .: ::
CCDS35 RQRQRDASPGRGSHGQ---TPSPGALPLGRQTSQQPAGPPAQQRPPPQGGPPQP-GPGPQ
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500
pF1KB4 RSGSPSQQRLSPQGQQPLS---PQSGSPQQQR--SPGSPQLSRASSGSSPNQA----SKP
:.: : ::: ::::: :: : .::: :: :: : . ::... :.:. :.:
CCDS35 RQGPPLQQRPPPQGQQHLSGLGPPAGSPLPQRLPSPTSAPQQPASQAAPPTQGQGRQSRP
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550
pF1KB4 GATLASQP---RPPVQGRSTSQQG--EESKK-----PAPPHPHLNKSQSLTNSLSTSDTS
: . : :::.. : : . ... ::::
CCDS35 VAGGPGAPPAARPPASPSPQRQAGPPQATRQTSVSGPAPPKASGAPPGGQQRQGPPQKPP
540 550 560 570 580 590
560 570 580
pF1KB4 QRGTPSEDEAKAETIRNLRKSFASLFSD
CCDS35 GPAGPTRQASQAGPVPRTGPPTTQQPRPSGPGPAGRPKPQLAQKPSQDVPPPATAAAGGP
600 610 620 630 640 650
>>CCDS14280.1 SYN1 gene_id:6853|Hs108|chrX (705 aa)
initn: 1816 init1: 1274 opt: 1883 Z-score: 847.0 bits: 166.9 E(32554): 7.4e-41
Smith-Waterman score: 2037; 57.1% identity (76.7% similar) in 580 aa overlap (1-532:1-575)
10 20 30 40
pF1KB4 MNFLRRRLSDSSFMANLPNGYMTDLQRPD-----------SSTSSPASPAMERRHPQPLA
::.::::::::.::::::::::::::::. ..: .:.. . :: :
CCDS14 MNYLRRRLSDSNFMANLPNGYMTDLQRPQPPPPPPGAHSPGATPGPGTATAERSSGVAPA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB4 ASFS--SPGSS----LFSSLSSAMKQAPQATSGLM-EPPGPSTPIVQR----PRILLVID
:: . ::::: .:::::.:.::. :... . : : .. . : :.:::::
CCDS14 ASPAAPSPGSSGGGGFFSSLSNAVKQTTAAAAATFSEQVGGGSGGAGRGGAASRVLLVID
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 DAHTDWSKYFHGKKVNGEIEIRVEQAEFSELNLAAYVTGGCMVDMQVVRNGTKVVSRSFK
. ::::.:::.:::..:::.:.:::::::.:::.:...:: :::.:.:::.::: ::.:
CCDS14 EPHTDWAKYFKGKKIHGEIDIKVEQAEFSDLNLVAHANGGFSVDMEVLRNGVKVV-RSLK
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 PDFILVRQHAYSMALGEDYRSLVIGLQYGGLPAVNSLYSVYNFCSKPWVFSQLIKIFHSL
:::.:.::::.::: . :::::::::::.:.:.::::.::::::.:::::.:.... ..:
CCDS14 PDFVLIRQHAFSMARNGDYRSLVIGLQYAGIPSVNSLHSVYNFCDKPWVFAQMVRLHKKL
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 GPEKFPLVEQTFFPNHKPMVTAPHFPVVVKLGHAHAGMGKIKVENQLDFQDITSVVAMAK
: :.:::..:::.:::: :... .:::::.::::.::::.::.:: :::::.::::..:
CCDS14 GTEEFPLIDQTFYPNHKEMLSSTTYPVVVKMGHAHSGMGKVKVDNQHDFQDIASVVALTK
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 TYATTEAFIDSKYDIRIQKIGSNYKAYMRTSISGNWKANTGSAMLEQVAMTERYRLWVDS
::::.: :::.:::.:.::::.:::::::::.:::::.:::::::::.::..::.::::.
CCDS14 TYATAEPFIDAKYDVRVQKIGQNYKAYMRTSVSGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYKLWVDT
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 CSEMFGGLDICAVKAVHSKDGRDYIIEVMDSSMPLIGEHVEEDRQLMADLVVSKMSQ-LP
:::.:::::::::.:.:.:::::.::::. :::::::.: .::.::...:::.::.: ::
CCDS14 CSEIFGGLDICAVEALHGKDGRDHIIEVVGSSMPLIGDHQDEDKQLIVELVVNKMAQALP
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 MPGGTAPSPLRPWAPQIKSAKSPGQAQLGPQLGQ-P-----QPRPPPQGGPRQAQSPQPQ
:: : : . ::: :: : .: : : :::::::: : .: ::
CCDS14 RQRQRDASPGRGSHGQ---TPSPGALPLGRQTSQQPAGPPAQQRPPPQGGPPQP-GPGPQ
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500
pF1KB4 RSGSPSQQRLSPQGQQPLS---PQSGSPQQQR--SPGSPQLSRASSGSSPNQA----SKP
:.: : ::: ::::: :: : .::: :: :: : . ::... :.:. :.:
CCDS14 RQGPPLQQRPPPQGQQHLSGLGPPAGSPLPQRLPSPTSAPQQPASQAAPPTQGQGRQSRP
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550
pF1KB4 GATLASQP---RPPVQGRSTSQQG--EESKK-----PAPPHPHLNKSQSLTNSLSTSDTS
: . : :::.. : : . ... ::::
CCDS14 VAGGPGAPPAARPPASPSPQRQAGPPQATRQTSVSGPAPPKASGAPPGGQQRQGPPQKPP
540 550 560 570 580 590
560 570 580
pF1KB4 QRGTPSEDEAKAETIRNLRKSFASLFSD
CCDS14 GPAGPTRQASQAGPVPRTGPPTTQQPRPSGPGPAGRPKPQLAQKPSQDVPPPATAAAGGP
600 610 620 630 640 650
>>CCDS74901.1 SYN2 gene_id:6854|Hs108|chr3 (478 aa)
initn: 1577 init1: 1326 opt: 1789 Z-score: 808.3 bits: 159.2 E(32554): 1.1e-38
Smith-Waterman score: 1936; 62.7% identity (81.9% similar) in 464 aa overlap (1-440:2-457)
10 20 30 40
pF1KB4 MNFLRRRLSDSSFMANLPNGYMTDLQRPD---------------SSTSSP--ASPAMER
:::::::::::::.::::::::::::::. :....: :::. ::
CCDS74 MMNFLRRRLSDSSFIANLPNGYMTDLQRPEPQQPPPPPPPGPGAASASAAPPTASPGPER
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB4 RHPQ-----PLAASFSSPGSSLFSSLSSAMKQAPQATSGLMEPPGPSTPIVQRPRILLVI
: : : : : :::.:::::.:.::. :..::.. :.:. ... ..:::.
CCDS74 RPPPASAPAPQPAPTPSVGSSFFSSLSQAVKQTA-ASAGLVDAPAPAPAAARKAKVLLVV
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 DDAHTDWSKYFHGKKVNGEIEIRVEQAEFSELNLAAYVTGGCMVDMQVVRNGTKVVSRSF
:. :.::.: :.:::: :. .:.:::::::::::.:.. : :::::.::::::: :::
CCDS74 DEPHADWAKCFRGKKVLGDYDIKVEQAEFSELNLVAHADGTYAVDMQVLRNGTKVV-RSF
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 KPDFILVRQHAYSMALGEDYRSLVIGLQYGGLPAVNSLYSVYNFCSKPWVFSQLIKIFHS
.:::.:.::::..:: .::.: :.::.::.:::..::: :.::::.:::::.::. :...
CCDS74 RPDFVLIRQHAFGMAENEDFRHLIIGMQYAGLPSINSLESIYNFCDKPWVFAQLVAIYKT
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 LGPEKFPLVEQTFFPNHKPMVTAPHFPVVVKLGHAHAGMGKIKVENQLDFQDITSVVAMA
:: :::::.:::..:::: :.: : ::::::.::::.::::.::::. :::::.::::..
CCDS74 LGGEKFPLIEQTYYPNHKEMLTLPTFPVVVKIGHAHSGMGKVKVENHYDFQDIASVVALT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 KTYATTEAFIDSKYDIRIQKIGSNYKAYMRTSISGNWKANTGSAMLEQVAMTERYRLWVD
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CCDS74 QTYATAEPFIDSKYDIRVQKIGNNYKAYMRTSISGNWKTNTGSAMLEQIAMSDRYKLWVD
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 SCSEMFGGLDICAVKAVHSKDGRDYIIEVMDSSMPLIGEHVEEDRQLMADLVVSKMSQL-
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CCDS74 TCSEMFGGLDICAVKAVHGKDGKDYIFEVMDCSMPLIGEHQVEDRQLITELVISKMNQLL
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CCDS74 KQVQAS
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