FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4919, 1833 aa
1>>>pF1KB4919 1833 - 1833 aa - 1833 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.2114+/-0.000519; mu= -4.6332+/- 0.033
mean_var=648.7321+/-159.567, 0's: 0 Z-trim(121.7): 26 B-trim: 2226 in 1/55
Lambda= 0.050355
statistics sampled from 38775 (38801) to 38775 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.455), width: 16
Scan time: 18.940
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016866294 (OMIM: 143054,616977) PREDICTED: tran (2446) 12457 922.4 0
NP_006725 (OMIM: 143054,616977) transcription fact (2446) 12457 922.4 0
NP_001121186 (OMIM: 606649) transcription factor H (2405) 1530 128.6 7.2e-28
XP_016857483 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (2405) 1530 128.6 7.2e-28
XP_011540186 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (2406) 1528 128.5 8e-28
XP_016857481 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (2406) 1528 128.5 8e-28
NP_078779 (OMIM: 606649) transcription factor HIVE (2406) 1528 128.5 8e-28
XP_016857482 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (2406) 1528 128.5 8e-28
XP_011512857 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2707) 934 85.4 8.4e-15
XP_011512855 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2718) 934 85.4 8.4e-15
XP_011512853 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2718) 934 85.4 8.4e-15
NP_002105 (OMIM: 194540) zinc finger protein 40 [H (2718) 934 85.4 8.4e-15
XP_011512854 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2718) 934 85.4 8.4e-15
XP_011512849 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727) 934 85.4 8.4e-15
XP_016866291 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727) 934 85.4 8.4e-15
XP_011512852 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727) 934 85.4 8.4e-15
XP_016866290 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727) 934 85.4 8.4e-15
XP_016866289 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727) 934 85.4 8.4e-15
XP_011512850 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727) 934 85.4 8.4e-15
XP_011512851 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727) 934 85.4 8.4e-15
XP_011512848 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727) 934 85.4 8.4e-15
XP_011540187 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (1805) 877 81.0 1.1e-13
XP_011540189 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (1737) 875 80.9 1.2e-13
XP_011540188 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (1769) 875 80.9 1.3e-13
XP_016866292 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2693) 722 70.0 3.6e-10
>>XP_016866294 (OMIM: 143054,616977) PREDICTED: transcri (2446 aa)
initn: 12457 init1: 12457 opt: 12457 Z-score: 4911.4 bits: 922.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 12457; 99.9% identity (99.9% similar) in 1833 aa overlap (1-1833:614-2446)
10 20 30
pF1KB4 MLKGISSSSLKEKKLSPGDRVGYDYDVCRK
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IPPQRMLRRQAAFELPSVQEGHVEVEHHGRMLKGISSSSLKEKKLSPGDRVGYDYDVCRK
590 600 610 620 630 640
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 PYKKWEDSETPKQNYRDISCLSSLKHGGEYFMDPVVPLQGVPSMFGTTCENRKRRKEKSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PYKKWEDSETPKQNYRDISCLSSLKHGGEYFMDPVVPLQGVPSMFGTTCENRKRRKEKSV
650 660 670 680 690 700
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 GDEEDTPMICSSIVSTPVGIMASDYDPKLQMQEGVRSGFAMAGHENLSHGHTERFDPCRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GDEEDTPMICSSIVSTPVGIMASDYDPKLQMQEGVRSGFAMAGHENLSHGHTERFDPCRP
710 720 730 740 750 760
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 QLQPGSPSLVSEESPSAIDSDKMSDLGGRKPPGNVISVIQHTNSLSRPNSFERSESAELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QLQPGSPSLVSEESPSAIDSDKMSDLGGRKPPGNVISVIQHTNSLSRPNSFERSESAELV
770 780 790 800 810 820
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 ACTQDKAPSPSETCDSEISEAPVSPEWAPPGDGAESGGKPSPSQQVQQQSYHTQPRLVRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ACTQDKAPSPSETCDSEISEAPVSPEWAPPGDGAESGGKPSPSQQVQQQSYHTQPRLVRQ
830 840 850 860 870 880
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 HNIQVPEIRVTEEPDKPEKEKEAQSKEPEKPVEEFQWPQRSETLSQLPAEKLPPKKKRLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HNIQVPEIRVTEEPDKPEKEKEAQSKEPEKPVEEFQWPQRSETLSQLPAEKLPPKKKRLR
890 900 910 920 930 940
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 LADMEHSSGESSFESTGTGLSRSPSQESNLSHSSSFSMSFEREETSKLSALPKQDEFGKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LADMEHSSGESSFESTGTGLSRSPSQESNLSHSSSFSMSFEREETSKLSALPKQDEFGKH
950 960 970 980 990 1000
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 SEFLTVPAGSYSLSVPGHHHQKEMRRCSSEQMPCPHPAEVPEVRSKSFDYGNLSHAPVSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SEFLTVPAGSYSLSVPGHHHQKEMRRCSSEQMPCPHPAEVPEVRSKSFDYGNLSHAPVSG
1010 1020 1030 1040 1050 1060
460 470 480 490 500 510
pF1KB4 AAASTVSPSRERKKCFLVRQASFSGSPEISQGEVGMDQSVKQEQLEHLHAGLRSGWHHGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AAASTVSPSRERKKCFLVRQASFSGSPEISQGEVGMDQSVKQEQLEHLHAGLRSGWHHGP
1070 1080 1090 1100 1110 1120
520 530 540 550 560 570
pF1KB4 PAVLPPLQQEDPGKQVAGPCPPLSSGPLHLAQPQIMHMDSQESLRNPLIQPTSYMTSKHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PAVLPPLQQEDPGKQVAGPCPPLSSGPLHLAQPQIMHMDSQESLRNPLIQPTSYMTSKHL
1130 1140 1150 1160 1170 1180
580 590 600 610 620 630
pF1KB4 PEQPHLFPHQETIPFSPIQNALFQFQYPTVCMVHLPAQQPPWWQAHFPHPFAQHPQKSYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PEQPHLFPHQETIPFSPIQNALFQFQYPTVCMVHLPAQQPPWWQAHFPHPFAQHPQKSYG
1190 1200 1210 1220 1230 1240
640 650 660 670 680 690
pF1KB4 KPSFQTEIHSSYPLEHVAEHTGKKPAEYAHTKEQTYPCYSGASGLHPKNLLPKFPSDQSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KPSFQTEIHSSYPLEHVAEHTGKKPAEYAHTKEQTYPCYSGASGLHPKNLLPKFPSDQSS
1250 1260 1270 1280 1290 1300
700 710 720 730 740 750
pF1KB4 KSTETPSEQVLQEDFASANAGSLQSLPGTVVPVRIQTHVPSYGSVMYTSISQILGQNSPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KSTETPSEQVLQEDFASANAGSLQSLPGTVVPVRIQTHVPSYGSVMYTSISQILGQNSPA
1310 1320 1330 1340 1350 1360
760 770 780 790 800 810
pF1KB4 IVICKVDENMTQRTLVTNAAMQGIGFNIAQVLGQHAGLEKYPIWKAPQTLPLGLESSIPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IVICKVDENMTQRTLVTNAAMQGIGFNIAQVLGQHAGLEKYPIWKAPQTLPLGLESSIPL
1370 1380 1390 1400 1410 1420
820 830 840 850 860 870
pF1KB4 CLPSTSDSVATLGGSKRMLSPASSLELFMETKQQKRVKEEKMYGQIVEELSAVELTNSDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CLPSTSDSVATLGGSKRMLSPASSLELFMETKQQKRVKEEKMYGQIVEELSAVELTNSDI
1430 1440 1450 1460 1470 1480
880 890 900 910 920 930
pF1KB4 KKDLSRPQKPQLVRQGCASEPKDGLQSGSSSFSSLSPSSSQDYPSVSPSSREPFPPSKEM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
XP_016 KKDLSRPQKPQLVRQGCASEPKDGLQSGSSSFSSLSPSSSQDYPSVSPSSREPFLPSKEM
1490 1500 1510 1520 1530 1540
940 950 960 970 980 990
pF1KB4 LSGSRAPLPGQKSSGPSESKESSDELDIDETASDMSMSPQSSSLPAGDGQLEEEGKGHKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LSGSRAPLPGQKSSGPSESKESSDELDIDETASDMSMSPQSSSLPAGDGQLEEEGKGHKR
1550 1560 1570 1580 1590 1600
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KB4 PVGMLVRMASAPSGNVADSTLLLTDMADFQQILQFPSLRTTTTVSWCFLNYTKPNYVQQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PVGMLVRMASAPSGNVADSTLLLTDMADFQQILQFPSLRTTTTVSWCFLNYTKPNYVQQA
1610 1620 1630 1640 1650 1660
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KB4 TFKSSVYASWCISSCNPNPSGLNTKTTLALLRSKQKITAEIYTLAAMHRPGTGKLTSSSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TFKSSVYASWCISSCNPNPSGLNTKTTLALLRSKQKITAEIYTLAAMHRPGTGKLTSSSA
1670 1680 1690 1700 1710 1720
1120 1130 1140 1150 1160 1170
pF1KB4 WKQFTQMKPDASFLFGSKLERKLVGNILKERGKGDIHGDKDIGSKQTEPIRIKIFEGGYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WKQFTQMKPDASFLFGSKLERKLVGNILKERGKGDIHGDKDIGSKQTEPIRIKIFEGGYK
1730 1740 1750 1760 1770 1780
1180 1190 1200 1210 1220 1230
pF1KB4 SNEDYVYVRGRGRGKYICEECGIRCKKPSMLKKHIRTHTDVRPYVCKLCNFAFKTKGNLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SNEDYVYVRGRGRGKYICEECGIRCKKPSMLKKHIRTHTDVRPYVCKLCNFAFKTKGNLT
1790 1800 1810 1820 1830 1840
1240 1250 1260 1270 1280 1290
pF1KB4 KHMKSKAHMKKCLELGVSMTSVDDTETEEAENLEDLHKAAEKHSMSSISTDHQFSDAEES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KHMKSKAHMKKCLELGVSMTSVDDTETEEAENLEDLHKAAEKHSMSSISTDHQFSDAEES
1850 1860 1870 1880 1890 1900
1300 1310 1320 1330 1340 1350
pF1KB4 DGEDGDDNDDDDEDEDDFDDQGDLTPKTRSRSTSPQPPRFSSLPVNVGAVPHGVPSDSSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DGEDGDDNDDDDEDEDDFDDQGDLTPKTRSRSTSPQPPRFSSLPVNVGAVPHGVPSDSSL
1910 1920 1930 1940 1950 1960
1360 1370 1380 1390 1400 1410
pF1KB4 GHSSLISYLVTLPSIRVTQLMTPSDSCEDTQMTEYQRLFQSKSTDSEPDKDRLDIPSCMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GHSSLISYLVTLPSIRVTQLMTPSDSCEDTQMTEYQRLFQSKSTDSEPDKDRLDIPSCMD
1970 1980 1990 2000 2010 2020
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pF1KB4 EECMLPSEPSSSPRDFSPSSHHSSPGYDSSPCRDNSPKRYLIPKGDLSPRRHLSPRRDLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EECMLPSEPSSSPRDFSPSSHHSSPGYDSSPCRDNSPKRYLIPKGDLSPRRHLSPRRDLS
2030 2040 2050 2060 2070 2080
1480 1490 1500 1510 1520 1530
pF1KB4 PMRHLSPRKEAALRREMSQRDVSPRRHLSPRRPVSPGKDITARRDLSPRRERRYMTTIRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PMRHLSPRKEAALRREMSQRDVSPRRHLSPRRPVSPGKDITARRDLSPRRERRYMTTIRA
2090 2100 2110 2120 2130 2140
1540 1550 1560 1570 1580 1590
pF1KB4 PSPRRALYHNPPLSMGQYLQAEPIVLGPPNLRRGLPQVPYFSLYGDQEGAYEHPGSSLFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PSPRRALYHNPPLSMGQYLQAEPIVLGPPNLRRGLPQVPYFSLYGDQEGAYEHPGSSLFP
2150 2160 2170 2180 2190 2200
1600 1610 1620 1630 1640 1650
pF1KB4 EGPNDYVFSHLPLHSQQQVRAPIPMVPVGGIQMVHSMPPALSSLHPSPTLPLPMEGFEEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EGPNDYVFSHLPLHSQQQVRAPIPMVPVGGIQMVHSMPPALSSLHPSPTLPLPMEGFEEK
2210 2220 2230 2240 2250 2260
1660 1670 1680 1690 1700 1710
pF1KB4 KGASGESFSKDPYVLSKQHEKRGPHALQSSGPPSTPSSPRLLMKQSTSEDSLNATEREQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KGASGESFSKDPYVLSKQHEKRGPHALQSSGPPSTPSSPRLLMKQSTSEDSLNATEREQE
2270 2280 2290 2300 2310 2320
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pF1KB4 ENIQTCTKAIASLRIATEEAALLGPDQPARVQEPHQNPLGSAHVSIRHFSRPEPGQPCTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ENIQTCTKAIASLRIATEEAALLGPDQPARVQEPHQNPLGSAHVSIRHFSRPEPGQPCTS
2330 2340 2350 2360 2370 2380
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pF1KB4 ATHPDLHDGEKDNFGTSQTPLAHSTFYSKSCVDDKQLDFHSSKELSSSTEESKDPSSEKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ATHPDLHDGEKDNFGTSQTPLAHSTFYSKSCVDDKQLDFHSSKELSSSTEESKDPSSEKS
2390 2400 2410 2420 2430 2440
pF1KB4 QLH
:::
XP_016 QLH
>>NP_006725 (OMIM: 143054,616977) transcription factor H (2446 aa)
initn: 12457 init1: 12457 opt: 12457 Z-score: 4911.4 bits: 922.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 12457; 99.9% identity (99.9% similar) in 1833 aa overlap (1-1833:614-2446)
10 20 30
pF1KB4 MLKGISSSSLKEKKLSPGDRVGYDYDVCRK
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 IPPQRMLRRQAAFELPSVQEGHVEVEHHGRMLKGISSSSLKEKKLSPGDRVGYDYDVCRK
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40 50 60 70 80 90
pF1KB4 PYKKWEDSETPKQNYRDISCLSSLKHGGEYFMDPVVPLQGVPSMFGTTCENRKRRKEKSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PYKKWEDSETPKQNYRDISCLSSLKHGGEYFMDPVVPLQGVPSMFGTTCENRKRRKEKSV
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100 110 120 130 140 150
pF1KB4 GDEEDTPMICSSIVSTPVGIMASDYDPKLQMQEGVRSGFAMAGHENLSHGHTERFDPCRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GDEEDTPMICSSIVSTPVGIMASDYDPKLQMQEGVRSGFAMAGHENLSHGHTERFDPCRP
710 720 730 740 750 760
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 QLQPGSPSLVSEESPSAIDSDKMSDLGGRKPPGNVISVIQHTNSLSRPNSFERSESAELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 QLQPGSPSLVSEESPSAIDSDKMSDLGGRKPPGNVISVIQHTNSLSRPNSFERSESAELV
770 780 790 800 810 820
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 ACTQDKAPSPSETCDSEISEAPVSPEWAPPGDGAESGGKPSPSQQVQQQSYHTQPRLVRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 ACTQDKAPSPSETCDSEISEAPVSPEWAPPGDGAESGGKPSPSQQVQQQSYHTQPRLVRQ
830 840 850 860 870 880
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 HNIQVPEIRVTEEPDKPEKEKEAQSKEPEKPVEEFQWPQRSETLSQLPAEKLPPKKKRLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 HNIQVPEIRVTEEPDKPEKEKEAQSKEPEKPVEEFQWPQRSETLSQLPAEKLPPKKKRLR
890 900 910 920 930 940
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 LADMEHSSGESSFESTGTGLSRSPSQESNLSHSSSFSMSFEREETSKLSALPKQDEFGKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 LADMEHSSGESSFESTGTGLSRSPSQESNLSHSSSFSMSFEREETSKLSALPKQDEFGKH
950 960 970 980 990 1000
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 SEFLTVPAGSYSLSVPGHHHQKEMRRCSSEQMPCPHPAEVPEVRSKSFDYGNLSHAPVSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 SEFLTVPAGSYSLSVPGHHHQKEMRRCSSEQMPCPHPAEVPEVRSKSFDYGNLSHAPVSG
1010 1020 1030 1040 1050 1060
460 470 480 490 500 510
pF1KB4 AAASTVSPSRERKKCFLVRQASFSGSPEISQGEVGMDQSVKQEQLEHLHAGLRSGWHHGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 AAASTVSPSRERKKCFLVRQASFSGSPEISQGEVGMDQSVKQEQLEHLHAGLRSGWHHGP
1070 1080 1090 1100 1110 1120
520 530 540 550 560 570
pF1KB4 PAVLPPLQQEDPGKQVAGPCPPLSSGPLHLAQPQIMHMDSQESLRNPLIQPTSYMTSKHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PAVLPPLQQEDPGKQVAGPCPPLSSGPLHLAQPQIMHMDSQESLRNPLIQPTSYMTSKHL
1130 1140 1150 1160 1170 1180
580 590 600 610 620 630
pF1KB4 PEQPHLFPHQETIPFSPIQNALFQFQYPTVCMVHLPAQQPPWWQAHFPHPFAQHPQKSYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PEQPHLFPHQETIPFSPIQNALFQFQYPTVCMVHLPAQQPPWWQAHFPHPFAQHPQKSYG
1190 1200 1210 1220 1230 1240
640 650 660 670 680 690
pF1KB4 KPSFQTEIHSSYPLEHVAEHTGKKPAEYAHTKEQTYPCYSGASGLHPKNLLPKFPSDQSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 KPSFQTEIHSSYPLEHVAEHTGKKPAEYAHTKEQTYPCYSGASGLHPKNLLPKFPSDQSS
1250 1260 1270 1280 1290 1300
700 710 720 730 740 750
pF1KB4 KSTETPSEQVLQEDFASANAGSLQSLPGTVVPVRIQTHVPSYGSVMYTSISQILGQNSPA
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NP_006 KSTETPSEQVLQEDFASANAGSLQSLPGTVVPVRIQTHVPSYGSVMYTSISQILGQNSPA
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. :. : . .. .:. : :.: :.. . : : : .: :..
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NP_001 SPTESSSASVSPVAKVSKFTLSSELEGGDYPKERERTGGGPGRPPDWTPHGTGAPAEPTP
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