Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4911
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4911, 194 aa
1>>>pF1KB4911 194 - 194 aa - 194 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0819+/-0.000862; mu= 14.1193+/- 0.052
mean_var=72.8241+/-14.291, 0's: 0 Z-trim(107.0): 220 B-trim: 37 in 1/51
Lambda= 0.150292
statistics sampled from 9097 (9343) to 9097 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.287), width: 16
Scan time: 1.670
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 1290 288.7 1.5e-78
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 897 203.5 7e-53
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 633 146.3 1.3e-35
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 615 142.4 1.9e-34
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 615 142.4 1.9e-34
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 615 142.4 2.1e-34
CCDS77710.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 201) 506 118.7 2.4e-27
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 486 114.4 4.8e-26
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 482 113.5 8.9e-26
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 479 112.8 1.4e-25
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 478 112.6 1.6e-25
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 474 111.8 3e-25
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 474 111.8 3.2e-25
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 470 110.9 5.4e-25
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 467 110.2 8.4e-25
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 464 109.6 1.3e-24
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 463 109.4 1.6e-24
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 462 109.2 1.9e-24
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 457 108.1 3.8e-24
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 456 107.9 4.4e-24
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 451 106.8 9.6e-24
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 451 106.8 9.7e-24
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 451 106.8 9.8e-24
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 448 106.1 1.5e-23
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 447 105.9 1.8e-23
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 443 105.1 3.7e-23
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 438 104.0 6.8e-23
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 432 102.7 1.7e-22
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 431 102.5 1.9e-22
CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 430 102.3 2.6e-22
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 429 102.0 2.8e-22
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 427 101.6 3.5e-22
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 425 101.2 4.8e-22
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 423 100.7 6.2e-22
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 419 99.8 1.1e-21
CCDS34300.1 RAB24 gene_id:53917|Hs108|chr5 ( 203) 419 99.8 1.1e-21
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 418 99.6 1.4e-21
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 416 99.2 1.8e-21
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 413 98.4 2.3e-21
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 409 97.7 5.4e-21
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 405 96.8 9.8e-21
CCDS35322.2 RAB41 gene_id:347517|Hs108|chrX ( 221) 404 96.6 1.2e-20
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 402 96.2 1.7e-20
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 401 95.9 1.7e-20
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 397 95.1 3e-20
CCDS58155.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 175) 396 94.8 3.2e-20
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 397 95.1 3.3e-20
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 397 95.1 3.4e-20
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 397 95.1 3.5e-20
CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 ( 207) 396 94.9 3.7e-20
>>CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 (194 aa)
initn: 1290 init1: 1290 opt: 1290 Z-score: 1523.5 bits: 288.7 E(32554): 1.5e-78
Smith-Waterman score: 1290; 100.0% identity (100.0% similar) in 194 aa overlap (1-194:1-194)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MALRELKVCLLGDTGVGKSSIVWRFVEDSFDPNINPTIGASFMTKTVQYQNELHKFLIWD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MALRELKVCLLGDTGVGKSSIVWRFVEDSFDPNINPTIGASFMTKTVQYQNELHKFLIWD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 TAGQERFRALAPMYYRGSAAAIIVYDITKEETFSTLKNWVKELRQHGPPNIVVAIAGNKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TAGQERFRALAPMYYRGSAAAIIVYDITKEETFSTLKNWVKELRQHGPPNIVVAIAGNKC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DLIDVREVMERDAKDYADSIHAIFVETSAKNAININELFIEISRRIPSTDANLPSGGKGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DLIDVREVMERDAKDYADSIHAIFVETSAKNAININELFIEISRRIPSTDANLPSGGKGF
130 140 150 160 170 180
190
pF1KB4 KLRRQPSEPKRSCC
::::::::::::::
CCDS33 KLRRQPSEPKRSCC
190
>>CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 (195 aa)
initn: 896 init1: 896 opt: 897 Z-score: 1062.9 bits: 203.5 E(32554): 7e-53
Smith-Waterman score: 897; 71.8% identity (86.7% similar) in 195 aa overlap (1-194:2-195)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MALRELKVCLLGDTGVGKSSIVWRFVEDSFDPNINPTIGASFMTKTVQYQNELHKFLIW
::.::::::::::::::::::: :::.: :: ::.:::::::::::: :::::::::
CCDS45 MMAIRELKVCLLGDTGVGKSSIVCRFVQDHFDHNISPTIGASFMTKTVPCGNELHKFLIW
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DTAGQERFRALAPMYYRGSAAAIIVYDITKEETFSTLKNWVKELRQHGPPNIVVAIAGNK
::::::::..::::::::::::.:::::::...: :::.:::::..::: :::.::::::
CCDS45 DTAGQERFHSLAPMYYRGSAAAVIVYDITKQDSFYTLKKWVKELKEHGPENIVMAIAGNK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 CDLIDVREVMERDAKDYADSIHAIFVETSAKNAININELFIEISRRIPSTDANLPSGGKG
::: :.::: .:::.::.:: :: :::::::::::.::: :::.:: : . .:..:
CCDS45 CDLSDIREVPLKDAKEYAESIGAIVVETSAKNAINIEELFQGISRQIPPLDPH-ENGNNG
130 140 150 160 170
180 190
pF1KB4 -FKLRRQPSEPKRSCC
.:... . .: ::
CCDS45 TIKVEKPTMQASRRCC
180 190
>>CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 (215 aa)
initn: 595 init1: 595 opt: 633 Z-score: 753.0 bits: 146.3 E(32554): 1.3e-35
Smith-Waterman score: 633; 49.2% identity (79.5% similar) in 195 aa overlap (5-194:20-213)
10 20 30 40
pF1KB4 MALRELKVCLLGDTGVGKSSIVWRFVEDSFDPNINPTIGASFMTK
..:. :::...:::::.: :::. .: . ::::.:.:.
CCDS26 MASRGATRPNGPNTGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEFQESTIGAAFLTQ
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 TVQYQNELHKFLIWDTAGQERFRALAPMYYRGSAAAIIVYDITKEETFSTLKNWVKELRQ
:: .. :: :::::::::...::::::::. :::.:::::.::.:. :::::::..
CCDS26 TVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNEESFARAKNWVKELQR
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 HGPPNIVVAIAGNKCDLIDVREVMERDAKDYADSIHAIFVETSAKNAININELFIEISRR
.. ::::.:..::: :: . : : ..:..:::. .:.:::::...:.::.:. :...
CCDS26 QASPNIVIALSGNKADLANKRAVDFQEAQSYADDNSLLFMETSAKTSMNVNEIFMAIAKK
130 140 150 160 170 180
170 180 190
pF1KB4 IPSTDANLPSG----GKGFKLRRQPSEPKRS-CC
.:... . :.. :.: : .:..: :. ::
CCDS26 LPKNEPQNPGANSARGRGVDLT-EPTQPTRNQCCSN
190 200 210
>>CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 (215 aa)
initn: 611 init1: 574 opt: 615 Z-score: 731.9 bits: 142.4 E(32554): 1.9e-34
Smith-Waterman score: 615; 49.0% identity (78.1% similar) in 196 aa overlap (5-194:20-213)
10 20 30 40
pF1KB4 MALRELKVCLLGDTGVGKSSIVWRFVEDSFDPNINPTIGASFMTK
..:. :::...:::::.: :::. .: . ::::.:.:.
CCDS89 MTSRSTARPNGQPQASKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQESTIGAAFLTQ
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 TVQYQNELHKFLIWDTAGQERFRALAPMYYRGSAAAIIVYDITKEETFSTLKNWVKELRQ
.: .. :: :::::::::...::::::::. :::.:::::..:::. :.:::::..
CCDS89 SVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNQETFARAKTWVKELQR
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 HGPPNIVVAIAGNKCDLIDVREVMERDAKDYADSIHAIFVETSAKNAININELFIEISRR
.. :.::.:.:::: :: . : : ..:. :::. .:.:::::.:.:.:.::. :...
CCDS89 QASPSIVIALAGNKADLANKRMVEYEEAQAYADDNSLLFMETSAKTAMNVNDLFLAIAKK
130 140 150 160 170 180
170 180 190
pF1KB4 IPSTDA-NLPSGG-----KGFKLRRQPSEPKRSCC
.:... :: :: .: :..: .. : .::
CCDS89 LPKSEPQNL--GGAAGRSRGVDLHEQSQQNKSQCCSN
190 200 210
>>CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 (216 aa)
initn: 581 init1: 581 opt: 615 Z-score: 731.8 bits: 142.4 E(32554): 1.9e-34
Smith-Waterman score: 615; 47.9% identity (77.8% similar) in 194 aa overlap (5-194:21-214)
10 20 30 40
pF1KB4 MALRELKVCLLGDTGVGKSSIVWRFVEDSFDPNINPTIGASFMT
..:. :::...:::::.: :::. .: . ::::.:.:
CCDS11 MAGRGGAARPNGPAAGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQESTIGAAFLT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 KTVQYQNELHKFLIWDTAGQERFRALAPMYYRGSAAAIIVYDITKEETFSTLKNWVKELR
.:: .. :: :::::::::...::::::::. :::.:::::. .::. :::::::.
CCDS11 QTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNTDTFARAKNWVKELQ
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 QHGPPNIVVAIAGNKCDLIDVREVMERDAKDYADSIHAIFVETSAKNAININELFIEISR
... ::::.:.:::: :: . : : ..:. :::. .:.:::::.:.:.::.:. :..
CCDS11 RQASPNIVIALAGNKADLASKRAVEFQEAQAYADDNSLLFMETSAKTAMNVNEIFMAIAK
130 140 150 160 170 180
170 180 190
pF1KB4 RIPSTD----ANLPSGGKGFKLRRQPSEPKRSCC
..:... .. :. ..: :... . .::
CCDS11 KLPKNEPQNATGAPGRNRGVDLQENNPASRSQCCSN
190 200 210
>>CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 (249 aa)
initn: 581 init1: 581 opt: 615 Z-score: 731.0 bits: 142.4 E(32554): 2.1e-34
Smith-Waterman score: 615; 47.9% identity (77.8% similar) in 194 aa overlap (5-194:54-247)
10 20 30
pF1KB4 MALRELKVCLLGDTGVGKSSIVWRFVEDSFDPNI
..:. :::...:::::.: :::. .:
CCDS58 ALWTTTAGRAMAGRGGAARPNGPAAGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEYQ
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 NPTIGASFMTKTVQYQNELHKFLIWDTAGQERFRALAPMYYRGSAAAIIVYDITKEETFS
. ::::.:.:.:: .. :: :::::::::...::::::::. :::.:::::. .::.
CCDS58 ESTIGAAFLTQTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNTDTFA
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 TLKNWVKELRQHGPPNIVVAIAGNKCDLIDVREVMERDAKDYADSIHAIFVETSAKNAIN
:::::::.... ::::.:.:::: :: . : : ..:. :::. .:.:::::.:.:
CCDS58 RAKNWVKELQRQASPNIVIALAGNKADLASKRAVEFQEAQAYADDNSLLFMETSAKTAMN
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190
pF1KB4 INELFIEISRRIPSTD----ANLPSGGKGFKLRRQPSEPKRSCC
.::.:. :....:... .. :. ..: :... . .::
CCDS58 VNEIFMAIAKKLPKNEPQNATGAPGRNRGVDLQENNPASRSQCCSN
210 220 230 240
>>CCDS77710.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 (201 aa)
initn: 468 init1: 468 opt: 506 Z-score: 604.5 bits: 118.7 E(32554): 2.4e-27
Smith-Waterman score: 569; 46.7% identity (74.9% similar) in 195 aa overlap (5-194:20-199)
10 20 30 40
pF1KB4 MALRELKVCLLGDTGVGKSSIVWRFVEDSFDPNINPTIGASFMTK
..:. :::...:::::.: :::. .: . :::.
CCDS77 MASRGATRPNGPNTGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEFQESTIGV-----
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 TVQYQNELHKFLIWDTAGQERFRALAPMYYRGSAAAIIVYDITKEETFSTLKNWVKELRQ
:: :::::::::...::::::::. :::.:::::.::.:. :::::::..
CCDS77 ---------KFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNEESFARAKNWVKELQR
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 HGPPNIVVAIAGNKCDLIDVREVMERDAKDYADSIHAIFVETSAKNAININELFIEISRR
.. ::::.:..::: :: . : : ..:..:::. .:.:::::...:.::.:. :...
CCDS77 QASPNIVIALSGNKADLANKRAVDFQEAQSYADDNSLLFMETSAKTSMNVNEIFMAIAKK
110 120 130 140 150 160
170 180 190
pF1KB4 IPSTDANLPSG----GKGFKLRRQPSEPKRS-CC
.:... . :.. :.: : .:..: :. ::
CCDS77 LPKNEPQNPGANSARGRGVDLT-EPTQPTRNQCCSN
170 180 190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 472 init1: 457 opt: 486 Z-score: 581.0 bits: 114.4 E(32554): 4.8e-26
Smith-Waterman score: 486; 39.1% identity (71.6% similar) in 197 aa overlap (6-194:12-205)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MALRELKVCLLGDTGVGKSSIVWRFVEDSFDPNINPTIGASFMTKTVQYQNELH
.:. :.::.::::: .. ::..:.. . :::..: .:.. ...
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 KFLIWDTAGQERFRALAPMYYRGSAAAIIVYDITKEETFSTLKNWVKELRQHGPPNIVVA
:. :::::::::::... ::::. . :.:::.: .:.:...:.:..:. ... :.
CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KB4 IAGNKCDLIDVREVMERDAKDYADSIHAIFVETSAKNAININELFI----EISRRI-PST
..:::::: . : ::..:::. :.::::::: :... :. ::..:. :..
CCDS46 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
130 140 150 160 170 180
170 180 190
pF1KB4 DANLPSGGKGFKLRRQPSEPKRS---CC
:. :.. ... : . :.: ::
CCDS46 TAG---GAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
190 200
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