FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4823, 741 aa
1>>>pF1KB4823 741 - 741 aa - 741 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8119+/-0.00089; mu= 10.6933+/- 0.054
mean_var=164.8016+/-32.920, 0's: 0 Z-trim(112.4): 24 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.099906
statistics sampled from 13111 (13134) to 13111 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.721), E-opt: 0.2 (0.403), width: 16
Scan time: 4.360
The best scores are: opt bits E(32554)
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>>CCDS33589.1 ADARB1 gene_id:104|Hs108|chr21 (741 aa)
initn: 4938 init1: 4938 opt: 4938 Z-score: 3855.1 bits: 724.0 E(32554): 2.1e-208
Smith-Waterman score: 4938; 100.0% identity (100.0% similar) in 741 aa overlap (1-741:1-741)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GHSKYRLKKRRKTPGPVLPKNALMQLNEIKPGLQYTLLSQTGPVHAPLFVMSVEVNGQVF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TWDGVLQGERLLTMSCSDKIARWNVVGIQGSLLSIFVEPIYFSSIILGSLYHGDHLSRAM
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LGRASRLCKHALYCRWMRVHGKVPSHLLRSKITKPNVYHESKLAAKEYQAAKARLFTAFI
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KB4 KAGLGAWVEKPTEQDQFSLTP
:::::::::::::::::::::
CCDS33 KAGLGAWVEKPTEQDQFSLTP
730 740
>>CCDS42970.1 ADARB1 gene_id:104|Hs108|chr21 (714 aa)
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Smith-Waterman score: 4745; 100.0% identity (100.0% similar) in 712 aa overlap (1-712:1-712)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MDIEDEENMSSSSTDVKENRNLDNVSPKDGSTPGPGEGSQLSNGGGGGPGRKRPLEEGSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GHSKYRLKKRRKTPGPVLPKNALMQLNEIKPGLQYTLLSQTGPVHAPLFVMSVEVNGQVF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EGSGPTKKKAKLHAAEKALRSFVQFPNASEAHLAMGRTLSVNTDFTSDQADFPDTLFNGF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ETPDKAEPPFYVGSNGDDSFSSSGDLSLSASPVPASLAQPPLPVLPPFPPPSGKNPVMIL
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250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 NELRPGLKYDFLSESGESHAKSFVMSVVVDGQFFEGSGRNKKLAKARAAQSALAAIFNLH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TDVKDAKVISVSTGTKCINGEYMSDRGLALNDCHAEIISRRSLLRFLYTQLELYLNNKDD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB4 TWDGVLQGERLLTMSCSDKIARWNVVGIQGSLLSIFVEPIYFSSIILGSLYHGDHLSRAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TWDGVLQGERLLTMSCSDKIARWNVVGIQGSLLSIFVEPIYFSSIILGSLYHGDHLSRAM
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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730 740
pF1KB4 KAGLGAWVEKPTEQDQFSLTP
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10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MDIEDEENMSSSSTDVKENRNLDNVSPKDGSTPGPGEGSQLSNGGGGGPGRKRPLEEGSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MDIEDEENMSSSSTDVKENRNLDNVSPKDGSTPGPGEGSQLSNGGGGGPGRKRPLEEGSN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 GHSKYRLKKRRKTPGPVLPKNALMQLNEIKPGLQYTLLSQTGPVHAPLFVMSVEVNGQVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GHSKYRLKKRRKTPGPVLPKNALMQLNEIKPGLQYTLLSQTGPVHAPLFVMSVEVNGQVF
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130 140 150 160 170 180
pF1KB4 EGSGPTKKKAKLHAAEKALRSFVQFPNASEAHLAMGRTLSVNTDFTSDQADFPDTLFNGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EGSGPTKKKAKLHAAEKALRSFVQFPNASEAHLAMGRTLSVNTDFTSDQADFPDTLFNGF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 ETPDKAEPPFYVGSNGDDSFSSSGDLSLSASPVPASLAQPPLPVLPPFPPPSGKNPVMIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ETPDKAEPPFYVGSNGDDSFSSSGDLSLSASPVPASLAQPPLPVLPPFPPPSGKNPVMIL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 NELRPGLKYDFLSESGESHAKSFVMSVVVDGQFFEGSGRNKKLAKARAAQSALAAIFNLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NELRPGLKYDFLSESGESHAKSFVMSVVVDGQFFEGSGRNKKLAKARAAQSALAAIFNLH
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pF1KB4 LDQTPSRQPIPSEGLQLHLPQVLADAVSRLVLGKFGDLTDNFSSPHARRKVLAGVVMTTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LDQTPSRQPIPSEGLQLHLPQVLADAVSRLVLGKFGDLTDNFSSPHARRKVLAGVVMTTG
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pF1KB4 TDVKDAKVISVSTGTKCINGEYMSDRGLALNDCHAEIISRRSLLRFLYTQLELYLNNKDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TDVKDAKVISVSTGTKCINGEYMSDRGLALNDCHAEIISRRSLLRFLYTQLELYLNNKDD
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB4 GSLQPRPPGLLSDPSTSTFQGAGTTEPADRHPNRKARGQLRTKIESGEGTIPVRSNASIQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB4 TWDGVLQGERLLTMSCSDKIARWNVVGIQGSLLSIFVEPIYFSSIILGSLYHGDHLSRAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TWDGVLQGERLLTMSCSDKIARWNVVGIQGSLLSIFVEPIYFSSIILGSLYHGDHLSRAM
510 520 530 540 550 560
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 YQRISNIEDLPPLYTLNKPLLSGISNAEARQPGKAPNFSVNWTVGDSAIEVINATTGKDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 YQRISNIEDLPPLYTLNKPLLSGISNAEARQPGKAPNFSVNWTVGDSAIEVINATTGKDE
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pF1KB4 LGRASRLCKHALYCRWMRVHGKVPSHLLRSKITKPNVYHESKLAAKEYQAAKARLFTAFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LGRASRLCKHALYCRWMRVHGKVPSHLLRSKITKPNVYHESKLAAKEYQAAKARLFTAFI
630 640 650 660 670 680
730 740
pF1KB4 KAGLGAWVEKPTEQDQFSLTP
:::::::::::::::::::::
CCDS33 KAGLGAWVEKPTEQDQFSLTP
690 700
>>CCDS7058.1 ADARB2 gene_id:105|Hs108|chr10 (739 aa)
initn: 2400 init1: 766 opt: 940 Z-score: 740.8 bits: 147.7 E(32554): 6.1e-35
Smith-Waterman score: 2358; 51.3% identity (75.5% similar) in 743 aa overlap (2-740:55-738)
10 20 30
pF1KB4 MDIEDEENMSSSSTDVKENRNLDNVSPKDGS
. ::....:.::..::::::. :.. .
CCDS70 RRRRRSKRKDKVSILSTFLAPFKHLSPGITNTEDDDTLSTSSAEVKENRNVGNLAAR---
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 TPGPGEGSQLSNGGGGGPGRKRPLEEGSNGH-SKYRLKKRRKTPGPVLPKNALMQLNEIK
: :. :.. . ::. : ::::::::..:: : .: . : : :::::.::.:..
CCDS70 -PPPS-GDR-ARGGAPGAKRKRPLEEGNGGHLCKLQLVWK-KLSWSVAPKNALVQLHELR
90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 PGLQYTLLSQTGPVHAPLFVMSVEVNGQVFEGSGPTKKKAKLHAAEKALRSFVQFPNASE
::::: .:::::::::.:...::::: .:::.::::::::..::: ::::::::::: .
CCDS70 PGLQYRTVSQTGPVHAPVFAVAVEVNGLTFEGTGPTKKKAKMRAAELALRSFVQFPNACQ
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200
pF1KB4 AHLAMGRTLSVNTDFTSDQADFPDTLFNGFETPDKAEPPFYVGSNGDDSFSSS--GDLSL
:::::: . .:::::::::::::::. :: : .: . : :: .. :. : :
CCDS70 AHLAMGGGPGPGTDFTSDQADFPDTLFQEFE-PPAPRPGLAGGRPGDAALLSAAYGRRRL
200 210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KB4 SASPVPASLAQPPLPVLPPFPPPSGKNPVMILNELRPGLKYDFLSESGESHAKSFVMSVV
. .:. : :. : :. .:::..::.:: ::.: :.: .: .:.::::.:
CCDS70 LCRAL--DLVGPT-PATP--AAPGERNPVVLLNRLRAGLRYVCLAEPAERRARSFVMAVS
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300 310 320
pF1KB4 VDGQFFEGSGRNKKLAKARAAQSALAAIFNLHLDQTPSRQPIPSEGLQLHLPQVLADAVS
:::. ::::::.::::...:::.:: .:.. : :.. : ... . .:: .::..:
CCDS70 VDGRTFEGSGRSKKLARGQAAQAALQELFDI---QMPGHAP--GRARRTPMPQEFADSIS
320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KB4 RLVLGKFGDLTDNFSSPHARRKVLAGVVMTTGTDVKDAKVISVSTGTKCINGEYMSDRGL
.:: :: ..: ... :::.:.:::.::: : :...:.:...:.:::::.::..::.::
CCDS70 QLVTQKFREVTTDLTPMHARHKALAGIVMTKGLDARQAQVVALSSGTKCISGEHLSDQGL
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KB4 ALNDCHAEIISRRSLLRFLYTQLELYLNNK-DDQKRSIFQKSERGGFRLKENVQFHLYIS
..::::::...::..:.::::::::.:... .:..:::: . ..::.::.::. ::::.:
CCDS70 VVNDCHAEVVARRAFLHFLYTQLELHLSKRREDSERSIFVRLKEGGYRLRENILFHLYVS
430 440 450 460 470 480
450 460 470 480 490 500
pF1KB4 TSPCGDARIFSPHEPILEGSRSYTQAGVQWCNHGSLQPRPPGLLSDPSTSTFQGAGTTEP
::::::::. ::.: . .: .:
CCDS70 TSPCGDARLHSPYE----------------------------ITTDLHSS----------
490 500
510 520 530 540 550 560
pF1KB4 ADRHPNRKARGQLRTKIESGEGTIPVRSNASIQTWDGVLQGERLLTMSCSDKIARWNVVG
.: :: ::.:::::::::::.:::. ...::::::: ::.:.::::.::::::::.:
CCDS70 --KHLVRKFRGHLRTKIESGEGTVPVRGPSAVQTWDGVLLGEQLITMSCTDKIARWNVLG
510 520 530 540 550 560
570 580 590 600 610 620
pF1KB4 IQGSLLSIFVEPIYFSSIILGSLYHGDHLSRAMYQRISNIEDLPPLYTLNKPLLSGISNA
.::.::: ::::.:..::..:::.: ::.:.: .:. .. .:: : :.:::::.:.:
CCDS70 LQGALLSHFVEPVYLQSIVVGSLHHTGHLARVMSHRMEGVGQLPASYRHNRPLLSGVSDA
570 580 590 600 610 620
630 640 650 660 670 680
pF1KB4 EARQPGKAPNFSVNWTVGDSAIEVINATTGKDELGRASRLCKHALYCRWMRVHGKVPSHL
:::::::.: ::.::.::.. .:.::::::. : ::::::.: :: :..:.. ..
CCDS70 EARQPGKSPPFSMNWVVGSADLEIINATTGRRSCGGPSRLCKHVLSARWARLYGRLSTRT
630 640 650 660 670 680
690 700 710 720 730 740
pF1KB4 LRSKITKPNVYHESKLAAKEYQAAKARLFTAFIKAGLGAWVEKPTEQDQFSLTP
: :..: :.::.:. ::..: .:: :: :::::.::.:: ::.:: ::
CCDS70 -PSPGDTPSMYCEAKLGAHTYQSVKQQLFKAFQKAGLGTWVRKPPEQQQFLLTL
690 700 710 720 730
>>CCDS30879.1 ADAR gene_id:103|Hs108|chr1 (931 aa)
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: . : :..:.: . :.:.:: :: :::.:.... .:: : :. .:
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:: . . :. ..:.. :.::::.:.:::::::.:. . ::::. :::: :
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: :. :: :. .: : :
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CCDS10 GKQEAADAALRVLIGENEKAERMGFTEVTPVTGASLRRTMLLLSRSPEAQPKTLPLTGST
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CCDS10 GNWISKPQEEKNFYLCPV
1210 1220
741 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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start: Mon Nov 7 21:03:51 2016 done: Mon Nov 7 21:03:51 2016
Total Scan time: 4.360 Total Display time: 0.160
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]